Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,418,628 |
A→G |
A286A (GCA→GCG) |
b3269 → |
putative transport system permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,418,628 | 0 | A | G | 99.1%
| 1002.8
/ ‑1.9
| 325 | A286A (GCA→GCG) | b3269 | putative transport system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base G (165/157); total (166/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
tttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGt < 2:6431890/93‑1 (MQ=255)
ttAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTg > 2:4936620/1‑93 (MQ=255)
tcggAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGGTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAt < 1:7554852/90‑1 (MQ=255)
cTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATg < 2:620849/93‑1 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg > 1:7015405/1‑93 (MQ=255)
tGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATgg < 1:5424879/93‑1 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc > 2:945047/1‑93 (MQ=255)
aaCTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTc > 1:2827209/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGCGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCaa > 1:1011018/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa < 1:6269299/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa < 1:6781801/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACa < 2:5790715/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACAt < 1:5762005/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa > 2:1239272/1‑93 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa < 2:4751894/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa < 2:4442497/93‑1 (MQ=255)
gCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGaa > 1:380907/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg > 1:4052698/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 1:7081155/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAg < 2:6556026/93‑1 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGc > 2:605152/1‑93 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGc < 2:4240320/93‑1 (MQ=255)
cTTAACGCTGGCACTGTCGGTTTATACATCTGCATTGATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGGCTTATGGTCAACATGAAGc < 1:4686852/93‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCg > 1:1699396/1‑93 (MQ=255)
tAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCgg < 2:2939920/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGc < 1:6646426/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt > 2:2139797/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCt > 2:6624620/1‑93 (MQ=255)
cGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTc > 2:4169237/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCg > 2:6985020/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCg < 1:2940569/93‑1 (MQ=255)
cTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCgg > 1:1358368/1‑93 (MQ=255)
cTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCgg > 2:2083619/1‑93 (MQ=255)
tGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCggc > 1:824187/1‑92 (MQ=255)
tGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGt > 1:2231690/1‑93 (MQ=255)
tGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGt < 1:527797/93‑1 (MQ=255)
ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTc > 1:5131078/1‑93 (MQ=255)
ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTc > 2:2312053/1‑93 (MQ=255)
ggCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTc < 2:6872324/93‑1 (MQ=255)
gCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCa > 1:2092806/1‑93 (MQ=255)
cACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCAc < 2:4385324/93‑1 (MQ=255)
aCTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACt < 2:5544087/93‑1 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg > 1:5361890/1‑93 (MQ=255)
cTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTg > 2:6765770/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACtcg > 2:7167235/1‑91 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTgg > 2:1657531/1‑93 (MQ=255)
tttCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCAGAGCTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTAACTgg < 2:1369617/93‑1 (MQ=255)
ggTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAtt > 1:3988006/1‑93 (MQ=255)
ggTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAtt > 2:7678428/1‑93 (MQ=255)
gTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa > 1:7757852/1‑93 (MQ=255)
tttATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAc > 1:1859652/1‑93 (MQ=255)
ataCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCa > 2:3959822/1‑93 (MQ=255)
taCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTAcccca > 1:5615568/1‑91 (MQ=255)
taCATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCaa > 1:586881/1‑93 (MQ=255)
cATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAcc > 2:1966412/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 2:4617533/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAAccc > 1:1233494/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTGGGATTACCCAAccc > 2:5359105/1‑93 (MQ=255)
cTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCgg > 1:1537472/1‑93 (MQ=255)
cTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCgg < 1:5057292/93‑1 (MQ=255)
tGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGt < 1:3930553/93‑1 (MQ=255)
cATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGAATACCCAACCCGGGta > 2:2811381/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg > 1:4461639/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg > 2:7461416/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg > 1:3358850/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTAGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacg > 1:2300498/1‑93 (MQ=255)
ttATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTTGGATTTCCCAACCCGGGtacgc > 2:7223236/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgcta < 2:1126591/93‑1 (MQ=255)
tCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTtacgctac < 1:1745354/93‑1 (MQ=255)
cGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCa < 1:7412448/93‑1 (MQ=255)
cGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCa > 1:6175950/1‑93 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCCACCCGGTTACGCTACGCCAg > 1:5457589/1‑93 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg < 2:3628184/93‑1 (MQ=255)
gagaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAg > 2:885726/1‑93 (MQ=255)
gaTTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAggc > 2:2571413/1‑92 (MQ=255)
aTCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatt < 1:3629297/93‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattt > 1:4821120/1‑92 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCatta < 1:7247026/93‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCCGGTCatta > 1:345698/1‑93 (MQ=255)
tCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTa < 2:7524058/62‑1 (MQ=255)
ccGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattat < 2:3511288/93‑1 (MQ=255)
ccGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattat > 1:6386189/1‑93 (MQ=255)
cgcgCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCattatt < 2:3219039/93‑1 (MQ=255)
cgcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTcc < 1:6851942/93‑1 (MQ=255)
gcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTccc < 1:7621509/93‑1 (MQ=255)
gcTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTccc > 1:2992221/1‑93 (MQ=255)
tGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCa > 1:7894876/1‑93 (MQ=255)
tGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCa < 1:3245557/93‑1 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTTCCCAACCCGGTTACGGTACGCCAGGTCATTATTTCCCAg > 2:6301170/1‑93 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAg < 2:1746788/93‑1 (MQ=255)
gggATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAg < 2:5964360/93‑1 (MQ=255)
gATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGc > 1:4259529/1‑93 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa < 2:7092893/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa < 2:4540139/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa < 1:6054338/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCa > 2:1845169/1‑93 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:5106947/93‑1 (MQ=255)
ccAGGCGGTGCATTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAtt < 2:82727/93‑1 (MQ=255)
cAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTg > 2:5995165/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCg > 2:7270471/1‑93 (MQ=255)
|
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCG > NC_000913/3418538‑3418717
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT > NC_000913/3418535‑3418720
|
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCG < SRR4302543.5760978/94‑1 (MQ=60)
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCCCTGGGATCCAGGCG > SRR4302543.561433/1‑94 (MQ=60)
GGCTTGAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTGTCGGTTTATACATCTGCATTGATCGCCGAGATTACCCGCGCTGGGATCCAGGCG < SRR4302543.7508957/94‑1 (MQ=60)
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGT > SRR4302543.982523/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGT < SRR4302543.6202090/94‑1 (MQ=60)
TTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTG > SRR4302543.6159719/1‑94 (MQ=60)
TTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGC > SRR4302543.448831/1‑94 (MQ=60)
TAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCC < SRR4302543.4170400/94‑1 (MQ=60)
AATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCT < SRR4302543.6301168/94‑1 (MQ=60)
ATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTT > SRR4302543.7885243/1‑94 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302543.6756733/94‑1 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302543.5469455/94‑1 (MQ=60)
TCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTAT < SRR4302543.6923402/94‑1 (MQ=60)
tcgGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGGTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG < SRR4302543.7626793/91‑1 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG < SRR4302543.1357920/94‑1 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG < SRR4302543.7626792/94‑1 (MQ=60)
CCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATG < SRR4302543.1667723/94‑1 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302543.7082407/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG < SRR4302543.7463006/94‑1 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302543.3990770/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302543.6310335/1‑94 (MQ=60)
CTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGG > SRR4302543.5763478/1‑94 (MQ=60)
TGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGT < SRR4302543.5474184/94‑1 (MQ=60)
GAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTC > SRR4302543.2853073/1‑94 (MQ=60)
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ACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGCTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAA > SRR4302543.2209792/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA > SRR4302543.7092034/1‑94 (MQ=60)
TGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACA > SRR4302543.172513/1‑94 (MQ=60)
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GCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATG < SRR4302543.7053905/94‑1 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA > SRR4302543.384423/1‑94 (MQ=60)
AGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAA > SRR4302543.4759032/1‑94 (MQ=60)
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GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302543.4088968/1‑94 (MQ=60)
GCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAG > SRR4302543.3324613/1‑94 (MQ=60)
CCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGC < SRR4302543.7149922/94‑1 (MQ=60)
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CTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCG > SRR4302543.1714627/1‑94 (MQ=60)
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CTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGC > SRR4302543.831452/1‑94 (MQ=60)
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TGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTC > SRR4302543.5177453/1‑94 (MQ=60)
GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA > SRR4302543.562354/1‑94 (MQ=60)
GGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCA < SRR4302543.5342820/94‑1 (MQ=60)
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TATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCA > SRR4302543.3215614/1‑94 (MQ=60)
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ATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAA > SRR4302543.592236/1‑94 (MQ=60)
ATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGAATTACCCAA < SRR4302543.4980199/94‑1 (MQ=60)
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ATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCG > SRR4302543.5660257/1‑94 (MQ=60)
TCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGG > SRR4302543.1551241/1‑94 (MQ=60)
CTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGT > SRR4302543.6194520/1‑94 (MQ=60)
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aatttatctgCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAGCATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTAC < SRR4302543.6050786/84‑1 (MQ=60)
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ATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACG > SRR4302543.4502066/1‑94 (MQ=60)
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ATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTAC > SRR4302543.1879466/1‑94 (MQ=60)
ATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTAC > SRR4302543.5503214/1‑94 (MQ=60)
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CCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGGTACGCTAgcccg > SRR4302543.795438/1‑89 (MQ=60)
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CGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAG > SRR4302543.3926444/1‑94 (MQ=60)
CGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAG < SRR4302543.7483569/94‑1 (MQ=60)
CGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAG < SRR4302543.2564392/94‑1 (MQ=60)
CGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAG < SRR4302543.7008199/94‑1 (MQ=60)
GAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGG > SRR4302543.3866816/1‑94 (MQ=60)
GAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGG < SRR4302543.4075710/94‑1 (MQ=60)
GAGATTATACGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCCCTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGG < SRR4302543.4227370/94‑1 (MQ=60)
AGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGT < SRR4302543.4019965/94‑1 (MQ=60)
AGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGC > SRR4302543.1684928/1‑94 (MQ=60)
AGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACAGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGT > SRR4302543.7676714/1‑94 (MQ=60)
AGAGTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCAGCTCGGGCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTAGGCCAGGT < SRR4302543.4019963/94‑1 (MQ=60)
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ATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCA > SRR4302543.7104092/1‑94 (MQ=60)
ATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCA > SRR4302543.3215976/1‑94 (MQ=60)
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TATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATT < SRR4302543.36085/94‑1 (MQ=60)
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ATCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTA < SRR4302543.3661255/94‑1 (MQ=60)
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TCCGCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGGCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTAT > SRR4302543.6446298/1‑94 (MQ=60)
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GCGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCC < SRR4302543.4686642/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCC < SRR4302543.6916568/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCC > SRR4302543.3019383/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCC < SRR4302543.5760131/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCC < SRR4302543.7693841/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGCTACGCTACGCCAGGTCATTATTCTCC > SRR4302543.2632489/1‑94 (MQ=60)
CTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCA < SRR4302543.3842071/94‑1 (MQ=60)
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CTGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCA > SRR4302543.3497062/1‑94 (MQ=60)
TGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAG > SRR4302543.6906558/1‑94 (MQ=60)
TGGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAG < SRR4302543.3274908/94‑1 (MQ=60)
GGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGG > SRR4302543.5197739/1‑94 (MQ=60)
GGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGG < SRR4302543.3792367/94‑1 (MQ=60)
GGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGG > SRR4302543.4800746/1‑94 (MQ=60)
GGGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGG < SRR4302543.5422235/94‑1 (MQ=60)
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GGATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGC > SRR4302543.4298204/1‑94 (MQ=60)
ATCCAGGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCAT < SRR4302543.6111654/94‑1 (MQ=60)
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GGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGG > SRR4302543.417098/1‑94 (MQ=60)
GGCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGG > SRR4302543.2464863/1‑94 (MQ=60)
GCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGG < SRR4302543.7230934/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGG < SRR4302543.7235608/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT < SRR4302543.1642236/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT > SRR4302543.83191/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGG > SRR4302543.3247162/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGG > SRR4302543.229663/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGG > SRR4302543.4193252/1‑94 (MQ=60)
|
GGTTTTAATTCCTGAACTGGCAGCCTTAACGCTGGCACTTTCGGTTTATACATCTGCATTTATCGCCGAGATTATCCGCGCTGGGATCCAGGCAGTGCCTTATGGTCAACATGAAGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGT > NC_000913/3418535‑3418720
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
