Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,542,643 |
Δ1 bp |
intergenic (+46/‑22) |
b4316 → / → fimD |
Pil/FimD |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,542,640 | 0 | G | . | 100.0%
| 1338.9
/ NA
| 293 | intergenic (+43/‑25) | b4316/fimD | Pil/FimD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base . (154/139); total (154/139) |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
tAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCg > 1:7583098/1‑93 (MQ=255)
aaaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgg < 1:2696937/93‑1 (MQ=255)
aaTGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCggg < 2:4708802/93‑1 (MQ=255)
tGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgggtg > 2:7682428/1‑91 (MQ=255)
aTTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCgggtgat > 1:2193582/1‑89 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt < 2:2671098/93‑1 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt > 1:5670187/1‑93 (MQ=255)
tATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAttt > 2:1695472/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTa < 1:2525976/93‑1 (MQ=255)
cgcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGc < 1:2953199/93‑1 (MQ=255)
gcACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGcc < 1:508755/93‑1 (MQ=255)
aCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgg > 2:3807822/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCgga < 2:2446672/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggag > 1:1563382/1‑93 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg < 2:198882/93‑1 (MQ=255)
tACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCggagg < 1:4301834/93‑1 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 1:1853435/1‑93 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa > 1:5155323/1‑93 (MQ=255)
cccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaa < 1:4999137/93‑1 (MQ=255)
ccccAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaat > 1:3769507/1‑93 (MQ=255)
cAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGaataat > 2:2761955/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATg > 2:3404136/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:955308/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt > 1:7932839/1‑93 (MQ=255)
aaaTGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGt < 2:3225722/93‑1 (MQ=255)
tGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCat > 2:7911160/1‑93 (MQ=255)
tGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCat > 2:3499966/1‑93 (MQ=255)
tGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCat > 2:5969809/1‑93 (MQ=255)
gACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCata < 2:3927683/93‑1 (MQ=255)
gACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCata < 1:3179630/93‑1 (MQ=255)
aCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCatat > 2:4227439/1‑93 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 1:7485408/93‑1 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 1:858589/93‑1 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 2:1594506/93‑1 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 2:1929850/93‑1 (MQ=255)
cGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATc < 1:3551160/93‑1 (MQ=255)
ggCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTg < 1:1747618/93‑1 (MQ=255)
gCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGa < 1:4448937/93‑1 (MQ=255)
cgaaaTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGaa > 2:6928434/4‑93 (MQ=255)
tAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAtt > 2:5761892/1‑93 (MQ=255)
tAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAtt > 2:4090282/1‑93 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa < 2:7458643/93‑1 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa > 2:1239983/1‑93 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa > 1:4923129/1‑93 (MQ=255)
aTGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTa > 1:2092852/1‑93 (MQ=255)
tGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTaa > 1:4021670/1‑93 (MQ=255)
tGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTaa > 1:6916469/1‑93 (MQ=255)
tGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTaa < 2:6289119/93‑1 (MQ=255)
ggAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAg < 1:4382149/93‑1 (MQ=255)
gAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGa < 1:3059744/93‑1 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt > 2:1294731/1‑93 (MQ=255)
tAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACtt < 2:6766173/93‑1 (MQ=255)
aaCGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACttt > 1:4579178/1‑93 (MQ=255)
gCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTAcc < 2:4501712/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCa < 1:7347151/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCa < 1:2392006/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGACTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCa < 2:4676799/93‑1 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg > 2:3686628/1‑93 (MQ=255)
aGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg > 2:5604504/1‑93 (MQ=255)
aGGGGGAATGTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAg < 1:7299331/93‑1 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc < 2:1364789/93‑1 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:2171136/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 1:5795530/1‑93 (MQ=255)
gggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGc > 2:7712509/1‑93 (MQ=255)
ggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCg > 2:5317537/1‑93 (MQ=255)
ggggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCg > 1:4503573/1‑93 (MQ=255)
ggAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGaa < 1:1013142/93‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAACAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac < 1:7023581/93‑1 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac > 1:1312319/1‑93 (MQ=255)
aaTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAac < 2:2186711/93‑1 (MQ=255)
aTTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAaca < 2:2938982/93‑1 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacac > 1:6679709/1‑93 (MQ=255)
tttttCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAacac < 2:712697/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 1:6441247/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATCTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 2:3543274/93‑1 (MQ=255)
tCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTGTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACaa < 2:385562/93‑1 (MQ=255)
cGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAt < 1:5736001/93‑1 (MQ=255)
ccTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGc < 2:541702/93‑1 (MQ=255)
tGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACATACAATGCtt > 1:1424504/1‑93 (MQ=255)
aaTAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGc > 1:1180550/1‑93 (MQ=255)
aaTAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGc < 1:6299078/93‑1 (MQ=255)
aTAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa < 1:3901270/93‑1 (MQ=255)
aTAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCa > 2:7376964/1‑93 (MQ=255)
tAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCat > 2:3263442/1‑93 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata < 2:7806053/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCata < 2:6840753/93‑1 (MQ=255)
aaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 2:66440/1‑93 (MQ=255)
aaaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCatat > 1:5522261/1‑93 (MQ=255)
aaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAtt < 1:5923500/93‑1 (MQ=255)
aaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAtt < 2:4965405/93‑1 (MQ=255)
aaaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAtt < 1:1167104/93‑1 (MQ=255)
aaGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTc > 2:5576951/1‑93 (MQ=255)
aGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCg < 1:5470005/93‑1 (MQ=255)
gAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt < 2:6124125/93‑1 (MQ=255)
gAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGt > 2:7356288/1‑93 (MQ=255)
aaTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTa < 1:3378804/93‑1 (MQ=255)
aaTTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTa > 2:3363395/1‑93 (MQ=255)
ttGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAg > 2:1115536/1‑93 (MQ=255)
ttGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAg > 2:5138753/1‑93 (MQ=255)
aCTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCAt < 1:681361/93‑1 (MQ=255)
|
TAAATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC > NC_000913/4542548‑4542728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT > NC_000913/4542550‑4542736
|
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGT > SRR4302543.1309069/1‑94 (MQ=60)
TGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGA > SRR4302543.5639539/1‑94 (MQ=60)
TGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGA > SRR4302543.7825027/1‑94 (MQ=60)
GATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGAT > SRR4302543.2213287/1‑94 (MQ=60)
ATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATT > SRR4302543.842344/1‑94 (MQ=60)
ATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATT > SRR4302543.2888940/1‑94 (MQ=60)
ATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATT < SRR4302543.25167/94‑1 (MQ=60)
TTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTT > SRR4302543.5721941/1‑94 (MQ=60)
TATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTT < SRR4302543.2695028/94‑1 (MQ=60)
ATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTA > SRR4302543.3185101/1‑94 (MQ=60)
TGGCGCTCTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAA < SRR4302543.2548952/94‑1 (MQ=60)
GGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAG < SRR4302543.6949544/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCG > SRR4302543.1001873/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302543.5020812/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302543.7383832/1‑94 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC < SRR4302543.2980016/94‑1 (MQ=60)
CGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCC > SRR4302543.6868156/1‑94 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG < SRR4302543.7051792/94‑1 (MQ=60)
GCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCG < SRR4302543.513485/94‑1 (MQ=60)
CACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGGCGG > SRR4302543.24629/1‑94 (MQ=60)
ACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGA > SRR4302543.5292166/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG > SRR4302543.1577345/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAG < SRR4302543.3603092/94‑1 (MQ=60)
TTGCCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG < SRR4302543.2784974/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTTGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG < SRR4302543.2248086/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGG > SRR4302543.3487372/1‑94 (MQ=60)
TACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGA > SRR4302543.7441164/1‑94 (MQ=60)
TACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGA < SRR4302543.4340918/94‑1 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302543.5201911/1‑94 (MQ=60)
ACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAA > SRR4302543.1870100/1‑94 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT < SRR4302543.2147663/94‑1 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT < SRR4302543.5044639/94‑1 (MQ=60)
CCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAAT > SRR4302543.3802693/1‑94 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATTGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA < SRR4302543.2235332/94‑1 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302543.3168580/1‑94 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA < SRR4302543.4617295/94‑1 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302543.717776/1‑94 (MQ=60)
CCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATA > SRR4302543.657144/1‑94 (MQ=60)
CCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAA < SRR4302543.4522548/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT > SRR4302543.2166895/1‑94 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT < SRR4302543.1187061/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT < SRR4302543.5837319/94‑1 (MQ=60)
CCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAAGTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAAT < SRR4302543.2204039/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG < SRR4302543.588495/94‑1 (MQ=60)
CAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATG < SRR4302543.7034299/94‑1 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302543.8007304/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT < SRR4302543.7661348/94‑1 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302543.6893466/1‑94 (MQ=60)
AAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGT > SRR4302543.963683/1‑94 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA < SRR4302543.3649175/94‑1 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA < SRR4302543.3521058/94‑1 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA > SRR4302543.5660718/1‑94 (MQ=60)
AATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCA < SRR4302543.2014864/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT > SRR4302543.5446693/1‑94 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302543.3322944/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302543.4406004/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302543.1714048/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302543.669702/94‑1 (MQ=60)
ATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCAT < SRR4302543.6420401/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATAT < SRR4302543.1832921/94‑1 (MQ=60)
GACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATAT < SRR4302543.3208295/94‑1 (MQ=60)
GACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATAT > SRR4302543.4602477/1‑94 (MQ=60)
ACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATC > SRR4302543.2950872/1‑94 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302543.7557040/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302543.3582659/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302543.7557041/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302543.1671272/94‑1 (MQ=60)
CGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCT < SRR4302543.866242/94‑1 (MQ=60)
GGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGA < SRR4302543.2980721/94‑1 (MQ=60)
GGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGA < SRR4302543.1763226/94‑1 (MQ=60)
GCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAA < SRR4302543.933181/94‑1 (MQ=60)
GCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAA < SRR4302543.4489234/94‑1 (MQ=60)
GCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGCCATATCTGAT > SRR4302543.1183641/1‑94 (MQ=60)
CGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAAT > SRR4302543.1442617/1‑94 (MQ=60)
GTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATT > SRR4302543.3426989/1‑94 (MQ=60)
GTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATT > SRR4302543.7482718/1‑94 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA > SRR4302543.4967982/1‑94 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA > SRR4302543.1467332/1‑94 (MQ=60)
AATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTA > SRR4302543.2111554/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA > SRR4302543.1095786/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA < SRR4302543.1361946/94‑1 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA > SRR4302543.4057592/1‑94 (MQ=60)
ATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAA > SRR4302543.6981487/1‑94 (MQ=60)
TGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAG > SRR4302543.5749022/1‑94 (MQ=60)
GGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGA < SRR4302543.4421874/94‑1 (MQ=60)
GAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAC < SRR4302543.3087274/94‑1 (MQ=60)
GAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGAC > SRR4302543.1143721/1‑94 (MQ=60)
AATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACT > SRR4302543.4445510/1‑94 (MQ=60)
ATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT > SRR4302543.3917013/1‑94 (MQ=60)
ATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTT > SRR4302543.849425/1‑94 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT > SRR4302543.4620796/1‑94 (MQ=60)
TAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTT < SRR4302543.19386/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACC > SRR4302543.5554395/1‑94 (MQ=60)
GCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCA < SRR4302543.5094306/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG < SRR4302543.7417827/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG < SRR4302543.2413651/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302543.5809722/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302543.5843650/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302543.1201157/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAG > SRR4302543.886204/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGTAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC < SRR4302543.305246/94‑1 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC < SRR4302543.5191687/94‑1 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC > SRR4302543.5848258/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC > SRR4302543.4331302/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC < SRR4302543.7369743/94‑1 (MQ=60)
AGGGGGAATGTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGC < SRR4302543.7369742/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302543.4132528/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302543.5762338/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG < SRR4302543.1396536/94‑1 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCG > SRR4302543.4544511/1‑94 (MQ=60)
GGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCA > SRR4302543.4544510/1‑94 (MQ=60)
GGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAA > SRR4302543.4077483/1‑94 (MQ=60)
GGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAA < SRR4302543.1022109/94‑1 (MQ=60)
GAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGG‑GATTTTAAGCCGGAGGCATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAAC > SRR4302543.2067560/1‑94 (MQ=60)
GAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAAC > SRR4302543.1323983/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTCGCCTGAATAAACAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACA < SRR4302543.7090900/94‑1 (MQ=60)
ATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACAC > SRR4302543.4366860/1‑94 (MQ=60)
ATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACAC > SRR4302543.6742774/1‑94 (MQ=60)
cactctCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACA < SRR4302543.5352950/88‑1 (MQ=60)
TCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGGTTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAT > SRR4302543.6192848/1‑94 (MQ=60)
TCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAT < SRR4302543.6501930/94‑1 (MQ=60)
TCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAAT < SRR4302543.6501931/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302543.5788321/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATG < SRR4302543.7611078/94‑1 (MQ=60)
CCTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCT > SRR4302543.3874770/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACATACAATGCTT > SRR4302543.1437398/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302543.6847247/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302543.4592754/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302543.4018660/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302543.3300204/1‑94 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT < SRR4302543.7280265/94‑1 (MQ=60)
CTGAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTT > SRR4302543.4989142/1‑94 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC > SRR4302543.4905134/1‑94 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC > SRR4302543.1191231/1‑94 (MQ=60)
GAATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGC > SRR4302543.6436414/1‑94 (MQ=60)
AATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCA < SRR4302543.6358359/94‑1 (MQ=60)
AATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCA > SRR4302543.5050552/1‑94 (MQ=60)
ATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCAT < SRR4302543.3935719/94‑1 (MQ=60)
ATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCAT > SRR4302543.2677217/1‑94 (MQ=60)
ATAAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCAT < SRR4302543.404297/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT > SRR4302543.5572428/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATAT < SRR4302543.7958045/94‑1 (MQ=60)
AAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTC < SRR4302543.4468863/94‑1 (MQ=60)
AAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTC < SRR4302543.5977627/94‑1 (MQ=60)
AAAGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTC < SRR4302543.1177708/94‑1 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT > SRR4302543.4942002/1‑94 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT < SRR4302543.5519546/94‑1 (MQ=60)
AGAATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGT < SRR4302543.7173117/94‑1 (MQ=60)
AATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAA < SRR4302543.3409130/94‑1 (MQ=60)
ATTGACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAG < SRR4302543.982816/94‑1 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC < SRR4302543.687656/94‑1 (MQ=60)
ACTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATC < SRR4302543.1464375/94‑1 (MQ=60)
CTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCG < SRR4302543.5554008/94‑1 (MQ=60)
CTGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCG > SRR4302543.4939661/1‑94 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT < SRR4302543.6038112/94‑1 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT > SRR4302543.2368038/1‑94 (MQ=60)
TGCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGT > SRR4302543.2088462/1‑94 (MQ=60)
GCC‑GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTT > SRR4302543.6598773/1‑94 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT < SRR4302543.3902008/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT < SRR4302543.6259444/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT < SRR4302543.6259654/94‑1 (MQ=60)
CCGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTT > SRR4302543.6526507/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG > SRR4302543.6323922/1‑94 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG < SRR4302543.5237873/94‑1 (MQ=60)
CGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTG < SRR4302543.3898695/94‑1 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG > SRR4302543.3701078/1‑94 (MQ=60)
GGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGG < SRR4302543.5247133/94‑1 (MQ=60)
GGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGC < SRR4302543.282407/94‑1 (MQ=60)
GGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGC > SRR4302543.1100613/1‑94 (MQ=60)
GTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT > SRR4302543.1237648/1‑94 (MQ=60)
|
AATGATTATGGCGCACTTACCCCCAAAATGACGGGCGTAATGGAATAACGCAGGGGGAATTTTTCGCCTGAATAAAAAGAATTGACTGCCGGGGTGATTTTAAGCCGGAGGAATAATGTCATATCTGAATTTAAGACTTTACCAGCGAAACACACAATGCTTGCATATTCGTAAGCATCGTTTGGCT > NC_000913/4542550‑4542736
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
