Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,926,936 |
A→G |
intergenic (‑73/+136) |
ptrB ← / ← yebE |
protease II/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,926,936 | 0 | A | G | 100.0%
| 383.2
/ NA
| 125 | intergenic (‑73/+136) | ptrB/yebE | protease II/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (65/60); total (65/60) |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGAGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGAT > NC_000913/1926846‑1927024
|
ggcggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGt > 1:1496696/1‑93 (MQ=255)
ggcggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGt > 1:2075069/1‑93 (MQ=255)
gcggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTc > 2:2784949/1‑93 (MQ=255)
ggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAt < 1:4178479/93‑1 (MQ=255)
ggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAt > 1:1916343/1‑93 (MQ=255)
ggcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAt > 1:2958809/1‑93 (MQ=255)
gcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAtt > 2:344753/1‑93 (MQ=255)
gcTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAtg > 2:4166193/1‑92 (MQ=255)
ttttGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGCGATTGc > 2:2904370/1‑93 (MQ=255)
tttGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCt > 2:779306/1‑93 (MQ=255)
tttGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCt > 2:2851365/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTa < 1:412311/93‑1 (MQ=255)
tAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCCAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAgat > 1:23418/1‑93 (MQ=255)
tAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAgat < 1:3114297/93‑1 (MQ=255)
aGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAACGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAgatg > 2:652827/1‑93 (MQ=255)
gCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAgatga < 1:1173684/93‑1 (MQ=255)
gCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAgatga < 1:1954276/93‑1 (MQ=255)
aTGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGatgatg < 2:716666/93‑1 (MQ=255)
tGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGAtgatga > 1:1105128/1‑93 (MQ=255)
tGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGAtgatga > 2:309908/1‑93 (MQ=255)
ttATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACa < 2:1617313/93‑1 (MQ=255)
tATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAg > 2:2125706/1‑93 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt < 1:4401422/93‑1 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt < 2:1135475/93‑1 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt > 1:49880/1‑93 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt < 2:3879477/93‑1 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt > 1:2066553/1‑93 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGAGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt > 1:3109345/1‑93 (MQ=255)
ttctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGCGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAt > 2:1725383/1‑93 (MQ=255)
tctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATg < 2:1338498/93‑1 (MQ=255)
tctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATg > 1:3272772/1‑93 (MQ=255)
ctttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATgg > 1:1459188/1‑93 (MQ=255)
tttctGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGgc > 1:214951/1‑93 (MQ=255)
gTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGat > 2:726246/1‑93 (MQ=255)
ttGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGata > 1:2754098/1‑93 (MQ=255)
ttGAAACAGCTTATAAGGGTGGCAGAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGata < 2:1945395/93‑1 (MQ=255)
taaaCATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATc < 1:3774316/92‑1 (MQ=255)
gAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATc > 2:3959951/1‑93 (MQ=255)
gAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATc > 2:3968318/1‑93 (MQ=255)
aCATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGaa < 1:1205271/93‑1 (MQ=255)
cATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAt < 1:3628467/93‑1 (MQ=255)
cATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAt > 2:1694793/1‑93 (MQ=255)
cATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAt > 2:4341259/1‑93 (MQ=255)
cATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAt < 1:1832185/93‑1 (MQ=255)
aTCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATg > 2:2102394/1‑93 (MQ=255)
aTCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATg > 2:1732559/1‑93 (MQ=255)
aTCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATg < 2:3708347/93‑1 (MQ=255)
tCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGt < 2:1023164/93‑1 (MQ=255)
tCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGt < 2:3091569/93‑1 (MQ=255)
tCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATAGCGCGGATATCGAATGt > 2:4652100/1‑93 (MQ=255)
cTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGtt < 1:274805/93‑1 (MQ=255)
cTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGtt > 1:3686088/1‑93 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt > 2:2429176/1‑93 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt < 2:1563496/93‑1 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt < 1:1411785/93‑1 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt > 1:955385/1‑93 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt < 1:3274816/93‑1 (MQ=255)
tataAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAt < 1:3075650/93‑1 (MQ=255)
aaGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGca < 1:4624199/93‑1 (MQ=255)
aGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcag > 2:1509362/1‑93 (MQ=255)
aGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcag > 1:610884/1‑93 (MQ=255)
aGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcag > 2:3810330/1‑93 (MQ=255)
gggTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcaga > 2:1154883/1‑93 (MQ=255)
ggTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcagac < 2:3405252/93‑1 (MQ=255)
ggTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcagac > 1:453584/1‑93 (MQ=255)
gTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcagaca < 1:3898138/93‑1 (MQ=255)
ggCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGcagacaga < 1:3806195/93‑1 (MQ=255)
cAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAgaga < 2:142560/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGGCAGAGaa > 2:2474893/1‑93 (MQ=255)
aaaaCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGaa > 1:2775762/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGaaa > 2:1612750/1‑93 (MQ=255)
aaCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAAGTTATGCAGACAGAGaaaa < 2:4572503/93‑1 (MQ=255)
aCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAAt > 2:4254245/1‑93 (MQ=255)
aCTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAAt < 2:2696205/93‑1 (MQ=255)
cTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATc < 1:1631887/93‑1 (MQ=255)
cTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATc < 1:68580/93‑1 (MQ=255)
cACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAg < 2:377812/93‑1 (MQ=255)
cccGGGGATGCAAGCGAAGCAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGc < 1:3654320/92‑1 (MQ=255)
cccGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGc < 2:345458/92‑1 (MQ=255)
ccGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGcc < 1:3570524/93‑1 (MQ=255)
cGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGGAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCt > 2:606744/1‑93 (MQ=255)
ggggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTg > 2:4282166/1‑93 (MQ=255)
ggggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTg < 1:3270491/93‑1 (MQ=255)
gggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGt > 1:900511/1‑93 (MQ=255)
gggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGt < 2:3593467/93‑1 (MQ=255)
gggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGt > 1:280782/1‑93 (MQ=255)
gggATGCAAGCGAAACAGGGGGGCCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGt > 2:4263620/1‑93 (MQ=255)
ggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGtt < 1:169360/93‑1 (MQ=255)
ggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGtt > 1:3912787/1‑93 (MQ=255)
ggATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGtt < 1:3172190/93‑1 (MQ=255)
tGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCaa > 1:167853/1‑93 (MQ=255)
gCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCaaa < 2:299626/93‑1 (MQ=255)
cAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAAt < 2:2568490/93‑1 (MQ=255)
aaGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATg < 1:2489428/93‑1 (MQ=255)
gCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGc < 2:2865740/93‑1 (MQ=255)
gAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCtg > 1:2568045/1‑93 (MQ=255)
aaaCAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCtgt > 1:129696/1‑93 (MQ=255)
aaCAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCtgtg > 1:3620114/1‑93 (MQ=255)
ggggggTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGAt < 1:2956937/93‑1 (MQ=255)
ggggggTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGAt < 2:2848661/93‑1 (MQ=255)
|
GGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGAGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGAT > NC_000913/1926846‑1927024
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGAGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGATT > NC_000913/1926844‑1927025
|
CGGGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGG > SRR4302535.2616660/1‑94 (MQ=60)
GGGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGT > SRR4302535.2090017/1‑94 (MQ=60)
GGGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGT > SRR4302535.1507459/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAT > SRR4302535.2979587/1‑94 (MQ=60)
CGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCAT > SRR4302535.1930152/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATT < SRR4302535.4207081/94‑1 (MQ=60)
CTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGC < SRR4302535.570781/94‑1 (MQ=60)
TGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAG < SRR4302535.415208/94‑1 (MQ=60)
GTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCCAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGAT > SRR4302535.23602/1‑94 (MQ=60)
TAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATG < SRR4302535.3135978/94‑1 (MQ=60)
GCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGAT < SRR4302535.1182061/94‑1 (MQ=60)
GCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGAT < SRR4302535.1968341/94‑1 (MQ=60)
ATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGA > SRR4302535.1113024/1‑94 (MQ=60)
TGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGAC < SRR4302535.4439632/94‑1 (MQ=60)
GTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAT > SRR4302535.50250/1‑94 (MQ=60)
GTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAT > SRR4302535.2081452/1‑94 (MQ=60)
GTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGAGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAAT > SRR4302535.3130993/1‑94 (MQ=60)
TTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATG < SRR4302535.4431541/94‑1 (MQ=60)
TTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATG > SRR4302535.3295506/1‑94 (MQ=60)
TCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGG > SRR4302535.1469643/1‑94 (MQ=60)
CTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGC > SRR4302535.216424/1‑94 (MQ=60)
TTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCG < SRR4302535.2313706/94‑1 (MQ=60)
GTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATA > SRR4302535.2773728/1‑94 (MQ=60)
TTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATAT < SRR4302535.39846/94‑1 (MQ=60)
TTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATAT < SRR4302535.1982855/94‑1 (MQ=60)
TGAAACATCTTATAAGGGGGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATC > SRR4302535.1341368/1‑94 (MQ=60)
TAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCG < SRR4302535.3800344/94‑1 (MQ=60)
AAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGA > SRR4302535.922324/1‑94 (MQ=60)
ACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAAT < SRR4302535.1213928/94‑1 (MQ=60)
CATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATG < SRR4302535.1845406/94‑1 (MQ=60)
CATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATG < SRR4302535.3653615/94‑1 (MQ=60)
ATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGT < SRR4302535.3429591/94‑1 (MQ=60)
TCTTATAAGGGTGGCAAAACTCTCCGGGGATGCAAGCTAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTT < SRR4302535.2731622/94‑1 (MQ=60)
TCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTT > SRR4302535.3711590/1‑94 (MQ=60)
CTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTA < SRR4302535.276718/94‑1 (MQ=60)
TTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTAT > SRR4302535.962155/1‑94 (MQ=60)
TATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATG < SRR4302535.3097111/94‑1 (MQ=60)
TATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATG < SRR4302535.3297561/94‑1 (MQ=60)
TATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATG < SRR4302535.1421863/94‑1 (MQ=60)
ATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGC > SRR4302535.3265052/1‑94 (MQ=60)
AAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAG < SRR4302535.4655601/94‑1 (MQ=60)
AAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAG < SRR4302535.3050691/94‑1 (MQ=60)
AAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAG > SRR4302535.615138/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGAC > SRR4302535.456761/1‑94 (MQ=60)
GTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAG < SRR4302535.3924845/94‑1 (MQ=60)
GGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAG < SRR4302535.3832439/94‑1 (MQ=60)
CAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAA < SRR4302535.3675123/94‑1 (MQ=60)
CAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAA > SRR4302535.2795524/1‑94 (MQ=60)
AACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAAT < SRR4302535.170562/94‑1 (MQ=60)
CTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCA < SRR4302535.69087/94‑1 (MQ=60)
CTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCA < SRR4302535.3812713/94‑1 (MQ=60)
CTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCA < SRR4302535.1643678/94‑1 (MQ=60)
CCCGGGGATGCAAGCGAAGCAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCC < SRR4302535.3679620/94‑1 (MQ=60)
CCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCT < SRR4302535.3595284/94‑1 (MQ=60)
GGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGT > SRR4302535.906887/1‑94 (MQ=60)
GGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGT > SRR4302535.282740/1‑94 (MQ=60)
GGGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGT < SRR4302535.3293209/94‑1 (MQ=60)
GGGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTT > SRR4302535.3939569/1‑94 (MQ=60)
GGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTC < SRR4302535.3194149/94‑1 (MQ=60)
GGATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTC < SRR4302535.170537/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAA > SRR4302535.169017/1‑94 (MQ=60)
AAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGG < SRR4302535.2507380/94‑1 (MQ=60)
AAGCGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGG < SRR4302535.2810300/94‑1 (MQ=60)
CGAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTG > SRR4302535.2586517/1‑94 (MQ=60)
GAAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGT > SRR4302535.130609/1‑94 (MQ=60)
AAACAGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTG > SRR4302535.3645208/1‑94 (MQ=60)
AGGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGAT > SRR4302535.1615899/1‑94 (MQ=60)
GGGGGGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGATT < SRR4302535.2977704/94‑1 (MQ=60)
|
CGGGCGGCTTTTGGTAGCATGTTATTGTTCTTTCTGGTTGAAACATCTTATAAGGGTGGCAAAACTCACCGGGGATGCAAGCGAAACAGGGGAGTCATTGCTTAGATGATGACAGGTAATGGCGCGGATATCGAATGTTATGCAGACAGAGAAAATCAGCCTGTTCAAATGGCTGTGCGATT > NC_000913/1926844‑1927025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
