Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,983,543 |
(C)5→4 |
coding (609/990 nt) |
araF ← |
L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,983,539 | 0 | C | . | 92.9%
| 432.7
/ 23.3
| 113 | coding (613/990 nt) | araF | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base . (52/52); total (54/59) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983450‑1983627
|
gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 1:2118751/93‑1 (MQ=255)
ccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGACGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccgg < 2:3586631/93‑3 (MQ=255)
cAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggg > 2:4416765/1‑93 (MQ=255)
cAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggg > 1:817278/1‑93 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:1121165/93‑2 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 2:757287/93‑2 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:2451138/93‑2 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:2745552/93‑2 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 2:3564244/93‑2 (MQ=255)
aGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCggga < 1:501266/93‑2 (MQ=255)
ggTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCg > 2:3696971/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGt < 2:2395383/93‑1 (MQ=255)
gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 1:2326473/93‑1 (MQ=255)
gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa > 2:3515262/1‑93 (MQ=255)
cTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCCATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGCGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAg > 2:721606/1‑93 (MQ=255)
cTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAg > 1:2961070/1‑93 (MQ=255)
gTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAt > 1:1511968/1‑93 (MQ=255)
tCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAtt < 1:48034/93‑1 (MQ=255)
tCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAtt < 1:800817/93‑1 (MQ=255)
tCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggt > 1:1966886/1‑93 (MQ=255)
tCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggt > 1:4593101/1‑93 (MQ=255)
tCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggt < 1:1241962/93‑1 (MQ=255)
cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta > 2:1695959/1‑93 (MQ=255)
aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag > 1:3983934/1‑93 (MQ=255)
aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag > 1:3099703/1‑93 (MQ=255)
tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg < 1:4243323/93‑1 (MQ=255)
tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg < 1:4130585/93‑1 (MQ=255)
aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 1:4602546/1‑93 (MQ=255)
aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 2:2650775/1‑93 (MQ=255)
aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 2:1497212/1‑93 (MQ=255)
acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGTATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 1:4425349/93‑1 (MQ=255)
gctCAGCCAATGTTTAACTTCCGGCTGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGa < 1:2100776/91‑1 (MQ=255)
gaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGa < 2:4659009/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAt < 1:3127871/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAt > 1:379282/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 2:538426/93‑1 (MQ=255)
tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 1:936991/93‑1 (MQ=255)
tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 2:2867761/93‑1 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa < 1:1945221/93‑1 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 1:1873172/1‑93 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 1:4379808/1‑93 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa > 2:2699198/1‑93 (MQ=255)
gCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAt > 1:308159/1‑93 (MQ=255)
ccAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAtt < 2:1890130/93‑1 (MQ=255)
ccAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAtt < 1:2061534/93‑1 (MQ=255)
cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt < 1:98327/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTg < 1:2590939/93‑1 (MQ=255)
aaTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGAATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTg < 2:3050730/93‑1 (MQ=255)
aTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGt > 2:884951/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt < 1:2120261/93‑1 (MQ=255)
tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 1:566526/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 2:1018492/1‑93 (MQ=255)
gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 1:2765232/93‑1 (MQ=255)
gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 1:198131/93‑1 (MQ=255)
gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 2:959168/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 1:166478/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 2:546627/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 2:2683204/93‑1 (MQ=255)
tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc < 1:1895625/93‑1 (MQ=255)
tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc > 1:909371/1‑93 (MQ=255)
aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg > 2:2767812/1‑93 (MQ=255)
aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg < 2:4167521/93‑1 (MQ=255)
aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTACg > 1:2174592/1‑93 (MQ=255)
cTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg < 2:851360/93‑1 (MQ=255)
ttCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgcg > 1:454700/1‑91 (MQ=255)
tCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGa < 2:4155820/93‑1 (MQ=255)
ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 2:4371008/93‑1 (MQ=255)
ggATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATc > 2:543631/1‑93 (MQ=255)
ggATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATc < 1:473280/93‑1 (MQ=255)
gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAAttc > 1:2165121/1‑91 (MQ=255)
gATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATcc > 2:2413835/1‑93 (MQ=255)
aTGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCg < 2:2096664/93‑1 (MQ=255)
tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg > 1:1954929/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCtt > 2:103599/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCtt > 1:259972/1‑93 (MQ=255)
aCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCtt > 1:304190/1‑93 (MQ=255)
ccAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCTGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCttt < 1:1106789/93‑1 (MQ=255)
ccAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCttt < 2:1230579/93‑1 (MQ=255)
cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc > 2:2510093/1‑93 (MQ=255)
cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc < 1:4099816/93‑1 (MQ=255)
aGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CGCCGGGATGTCGTTAGAGTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTGCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa < 2:1130494/93‑1 (MQ=255)
aGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa < 1:4183760/93‑1 (MQ=255)
aGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa < 1:3091173/93‑1 (MQ=255)
aGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa > 2:3420148/1‑93 (MQ=255)
ggaTTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGGACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAg > 2:2449421/3‑93 (MQ=255)
gCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAg > 2:1953745/1‑93 (MQ=255)
gCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAg < 1:2668252/93‑1 (MQ=255)
cATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgc > 1:1482699/1‑93 (MQ=255)
aTTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgcg > 1:471392/1‑93 (MQ=255)
ttGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgcga > 2:1187832/1‑92 (MQ=255)
gTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATcc < 2:2632082/93‑1 (MQ=255)
ttGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCa > 1:3267293/1‑93 (MQ=255)
ttGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCa > 1:289767/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCAt > 2:4660643/1‑93 (MQ=255)
gCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAg > 2:3170864/1‑93 (MQ=255)
gCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATc > 2:1700001/1‑93 (MQ=255)
cGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATcc < 2:1926536/93‑1 (MQ=255)
gTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATccc > 2:505083/1‑93 (MQ=255)
aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta < 1:2109222/93‑1 (MQ=255)
aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta > 2:111530/1‑93 (MQ=255)
|
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983450‑1983627
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCG > NC_000913/1983450‑1983635
|
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCG < SRR4302535.2134034/94‑1 (MQ=60)
CCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGGG > SRR4302535.823012/1‑94 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT < SRR4302535.1129160/94‑1 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT < SRR4302535.2765121/94‑1 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT < SRR4302535.2468804/94‑1 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT < SRR4302535.504776/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTC < SRR4302535.2687318/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTT > SRR4302535.1775199/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTT < SRR4302535.595029/94‑1 (MQ=60)
GCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAG > SRR4302535.2981855/1‑94 (MQ=60)
GCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAG < SRR4302535.3755307/94‑1 (MQ=60)
GCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAG < SRR4302535.2343119/94‑1 (MQ=60)
TGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAT > SRR4302535.1522859/1‑94 (MQ=60)
TCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTT < SRR4302535.48394/94‑1 (MQ=60)
TCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTT < SRR4302535.806445/94‑1 (MQ=60)
CGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTG > SRR4302535.4248928/1‑94 (MQ=60)
TTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGT > SRR4302535.4624365/1‑94 (MQ=60)
TTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGT > SRR4302535.1981064/1‑94 (MQ=60)
TCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTA < SRR4302535.1250832/94‑1 (MQ=60)
CATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAG > SRR4302535.3121286/1‑94 (MQ=60)
CATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAG > SRR4302535.4011156/1‑94 (MQ=60)
TACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGT < SRR4302535.4272364/94‑1 (MQ=60)
TACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGT > SRR4302535.4633845/1‑94 (MQ=60)
TACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGT < SRR4302535.4158846/94‑1 (MQ=60)
ACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGTATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTG < SRR4302535.4455660/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGCTGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAT < SRR4302535.2115924/94‑1 (MQ=60)
GATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAT > SRR4302535.381908/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATA < SRR4302535.3149654/94‑1 (MQ=60)
TCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAA < SRR4302535.943627/94‑1 (MQ=60)
CAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAA > SRR4302535.1886672/1‑94 (MQ=60)
CAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAA > SRR4302535.4409774/1‑94 (MQ=60)
AGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAT < SRR4302535.1959224/94‑1 (MQ=60)
AGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAT > SRR4302535.310294/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTT < SRR4302535.2076389/94‑1 (MQ=60)
CAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTG < SRR4302535.99021/94‑1 (MQ=60)
AATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGT > SRR4302535.2173006/1‑94 (MQ=60)
AATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGT < SRR4302535.2609541/94‑1 (MQ=60)
ATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTT > SRR4302535.570490/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAAT‑TCCTCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTT < SRR4302535.4642173/94‑1 (MQ=60)
TGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTT < SRR4302535.2135553/94‑1 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT < SRR4302535.2784927/94‑1 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT < SRR4302535.199491/94‑1 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTC > SRR4302535.915830/1‑94 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTC < SRR4302535.167636/94‑1 (MQ=60)
TAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCC < SRR4302535.1909265/94‑1 (MQ=60)
AACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTACG > SRR4302535.2190143/1‑94 (MQ=60)
CTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGCG > SRR4302535.457885/1‑94 (MQ=60)
GGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATTC > SRR4302535.2180647/1‑94 (MQ=60)
GGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCC < SRR4302535.476592/94‑1 (MQ=60)
ATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGG > SRR4302535.1968999/1‑94 (MQ=60)
AACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTT > SRR4302535.261772/1‑94 (MQ=60)
AACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTT > SRR4302535.306302/1‑94 (MQ=60)
CCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCTGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTC < SRR4302535.1114694/94‑1 (MQ=60)
CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTaggggtggggggggtgtgtttggttttttggggggggggggggtgtgg > SRR4302535.647637/1‑46 (MQ=60)
CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCA < SRR4302535.4127886/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG < SRR4302535.4212387/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG < SRR4302535.3112700/94‑1 (MQ=60)
GCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGC < SRR4302535.2687352/94‑1 (MQ=60)
GCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGC > SRR4302535.1493302/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCG > SRR4302535.474691/1‑94 (MQ=60)
GTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCA > SRR4302535.3289989/1‑94 (MQ=60)
GTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCA > SRR4302535.291795/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAG < SRR4302535.203786/94‑1 (MQ=60)
GTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCG > SRR4302535.306279/1‑94 (MQ=60)
AAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAG < SRR4302535.2124433/94‑1 (MQ=60)
AAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAG > SRR4302535.197970/1‑94 (MQ=60)
AATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGT < SRR4302535.3542861/94‑1 (MQ=60)
AATG‑CCCCGGGATGTCGGTAGATTTGGTAGGTGCCTGATAAATTTGGTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGT < SRR4302535.3542860/94‑1 (MQ=60)
GCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACG > SRR4302535.4292235/1‑94 (MQ=60)
GCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACG < SRR4302535.2396738/94‑1 (MQ=60)
CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGG < SRR4302535.2832153/94‑1 (MQ=60)
CCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGC > SRR4302535.382281/1‑94 (MQ=60)
CCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCG < SRR4302535.461207/94‑1 (MQ=60)
CCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCG > SRR4302535.2766739/1‑94 (MQ=60)
|
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCG > NC_000913/1983450‑1983635
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
