Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,007,515 |
T→C |
V5A (GTT→GCT) |
yedF → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,007,515 | 0 | T | C | 99.2%
| 415.7
/ NA
| 133 | V5A (GTT→GCT) | yedF | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (77/55); minor base A (1/0); total (78/55) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGTTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGG > NC_000913/2007426‑2007604
|
ctgcGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTcc > 2:1973312/1‑93 (MQ=255)
tgcGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCt < 1:2504575/93‑1 (MQ=255)
cgcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGa < 1:2063067/93‑1 (MQ=255)
cgcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGa < 2:2828432/93‑1 (MQ=255)
cgcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGa < 2:1085771/93‑1 (MQ=255)
cgcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGa < 2:437821/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGAt > 2:289604/1‑93 (MQ=255)
gcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGAt < 2:1983500/93‑1 (MQ=255)
gcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGAt > 1:1834071/1‑93 (MQ=255)
gcTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTACGCCGTGCGGCCGCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGGACAATATCGCTCCTGAt > 2:746116/1‑93 (MQ=255)
tGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTa > 2:1059016/1‑93 (MQ=255)
tGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTa > 1:4067410/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTAc > 1:3884137/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTAc > 1:412430/1‑93 (MQ=255)
aggTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTAcc < 2:4127113/91‑1 (MQ=255)
tGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCg > 2:2460833/1‑93 (MQ=255)
gTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGc > 1:4332415/1‑93 (MQ=255)
ttGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGcc > 1:2225986/1‑93 (MQ=255)
tGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCt < 2:175024/93‑1 (MQ=255)
aTTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTg > 1:1002037/1‑93 (MQ=255)
aTTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTg > 1:915463/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGa > 2:4070778/1‑93 (MQ=255)
ttATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGa < 2:3601711/93‑1 (MQ=255)
aTCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGata > 2:2073594/1‑93 (MQ=255)
tCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGatat < 2:1806251/93‑1 (MQ=255)
gCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGCAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATAtggg > 1:2599572/1‑92 (MQ=255)
cTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATAtggtg < 2:941696/93‑1 (MQ=255)
ggAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATggtgggt < 1:3086894/93‑1 (MQ=255)
ggAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATggtgggg > 2:4550861/1‑92 (MQ=255)
gAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATggtgggtg > 1:3639212/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGaa > 2:2959880/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGaa > 2:4381578/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTCaa < 2:650597/93‑1 (MQ=255)
aaaaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGGGaa > 2:4255604/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTACTGATTACAGCCTTGATATGGTGGGTGaa > 1:2006939/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAAcc > 1:1157299/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGGGAAcc > 1:1289386/1‑93 (MQ=255)
cGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCt > 1:3366242/1‑93 (MQ=255)
gCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTg > 2:268139/1‑93 (MQ=255)
cttcCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCt < 1:4240672/93‑1 (MQ=255)
gccgTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATcc > 1:3603948/1‑93 (MQ=255)
ccgTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCg < 1:4584374/93‑1 (MQ=255)
ggCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTc < 1:4467073/93‑1 (MQ=255)
ggCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTc < 1:1563332/93‑1 (MQ=255)
cACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGc > 1:516567/1‑93 (MQ=255)
ccGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCaa < 2:1965600/93‑1 (MQ=255)
ccGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCaa < 2:3372127/93‑1 (MQ=255)
cGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATTGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAAc > 1:1899040/1‑93 (MQ=255)
gCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAAcc < 1:740114/93‑1 (MQ=255)
aGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCt > 1:2783238/1‑93 (MQ=255)
aGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCt < 2:1694394/93‑1 (MQ=255)
gACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCtt > 2:950346/1‑93 (MQ=255)
gACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCtt < 2:3914758/93‑1 (MQ=255)
gACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCtt > 1:3878679/1‑93 (MQ=255)
gACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATAGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCtt > 1:1107979/1‑93 (MQ=255)
cTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCGACCCTTGa < 1:3816266/93‑1 (MQ=255)
cTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGa < 2:128518/93‑1 (MQ=255)
cTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCCCCTTGATTTGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCGGGACGCCCTAACCCTTgg > 2:1259620/1‑92 (MQ=255)
tGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAg > 2:3870783/1‑93 (MQ=255)
tGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAg < 2:3652873/93‑1 (MQ=255)
tGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAg > 1:427134/1‑93 (MQ=255)
gCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAgg > 2:2250591/1‑93 (MQ=255)
cTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGc < 2:2717321/93‑1 (MQ=255)
cTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGc < 1:41823/93‑1 (MQ=255)
tAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCg > 2:121110/1‑93 (MQ=255)
tAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCg > 2:2922230/1‑93 (MQ=255)
tAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCg > 2:4425228/1‑93 (MQ=255)
aaGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGa < 2:3543304/93‑1 (MQ=255)
aGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGAt < 1:4125007/93‑1 (MQ=255)
aGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGAt > 2:2913117/1‑93 (MQ=255)
ggAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATg > 2:2669555/1‑93 (MQ=255)
ggAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATg > 2:261483/1‑93 (MQ=255)
ggAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATg > 1:1893856/1‑93 (MQ=255)
ggAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATg > 2:1766581/1‑93 (MQ=255)
agaTCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGcc < 1:1608343/93‑1 (MQ=255)
gaTCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCg > 1:1118474/1‑93 (MQ=255)
aTCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGc > 1:3224085/1‑93 (MQ=255)
aTCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGc < 2:1094984/93‑1 (MQ=255)
tCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCa < 2:4349587/93‑1 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt < 1:2638023/93‑1 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt < 1:1633197/93‑1 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt > 1:1401088/1‑93 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt > 1:1794218/1‑93 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt > 1:1168452/1‑93 (MQ=255)
gCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGt < 1:3113760/93‑1 (MQ=255)
cATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGtt > 1:1458746/1‑93 (MQ=255)
aTGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGGCGCAGGTa > 1:469829/1‑93 (MQ=255)
aTGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTa > 2:1305930/1‑93 (MQ=255)
gAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaa > 2:2854514/1‑93 (MQ=255)
aaaaTATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaaaa > 1:2434168/1‑93 (MQ=255)
aaaaTATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaaaa > 1:72358/1‑93 (MQ=255)
aaaTATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCATCCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaaaaa < 1:2863034/93‑1 (MQ=255)
aaTATCGCTCCTGATTTCCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaaaaaa < 2:3168518/93‑1 (MQ=255)
aaTATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGACCCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTaaaaaaa < 2:4229569/93‑1 (MQ=255)
tatCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAgg > 1:1740100/1‑93 (MQ=255)
tatCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAgg < 2:70002/93‑1 (MQ=255)
tatCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAgg > 2:161881/1‑93 (MQ=255)
atCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAggg < 2:4325702/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAgggg < 1:2575485/93‑1 (MQ=255)
tCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAgggg < 1:3091034/93‑1 (MQ=255)
|
CTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGTTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGG > NC_000913/2007426‑2007604
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTTGCTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGTTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGAAAT > NC_000913/2007422‑2007608
|
TTTGCTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGC < SRR4302535.1500547/94‑1 (MQ=60)
TTGCTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCT < SRR4302535.1053853/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTG < SRR4302535.2522631/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTG < SRR4302535.2925690/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGAT > SRR4302535.1847305/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGAT < SRR4302535.2077938/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATT < SRR4302535.760736/94‑1 (MQ=60)
CTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTA > SRR4302535.4095242/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTGATTATCGGCTGGGGAAAAGGCTTCTTCCGGCGTGCGGAACAGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTtt > SRR4302535.1951934/1‑92 (MQ=60)
TGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTAC > SRR4302535.3910784/1‑94 (MQ=60)
TGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTAC > SRR4302535.415327/1‑94 (MQ=60)
GATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACC < SRR4302535.1373473/94‑1 (MQ=60)
ATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCG > SRR4302535.1540017/1‑94 (MQ=60)
TGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGC > SRR4302535.4362043/1‑94 (MQ=60)
GTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCC > SRR4302535.2241822/1‑94 (MQ=60)
GATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTG > SRR4302535.1009155/1‑94 (MQ=60)
GATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTG > SRR4302535.921963/1‑94 (MQ=60)
ATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGC > SRR4302535.2523241/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGCAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGG > SRR4302535.2618234/1‑94 (MQ=60)
GCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTG > SRR4302535.4522086/1‑94 (MQ=60)
GGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTG < SRR4302535.3108393/94‑1 (MQ=60)
GGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTG > SRR4302535.3664424/1‑94 (MQ=60)
AAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTACTGATTACAGCCTTGATATGGTGGGTGAA > SRR4302535.2021397/1‑94 (MQ=60)
AAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACC > SRR4302535.1165575/1‑94 (MQ=60)
AAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGGGAACC > SRR4302535.1298573/1‑94 (MQ=60)
AACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCC > SRR4302535.641300/1‑94 (MQ=60)
ACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCT > SRR4302535.3389666/1‑94 (MQ=60)
CTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTT < SRR4302535.4269699/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATC > SRR4302535.182393/1‑94 (MQ=60)
CGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCC < SRR4302535.4189960/94‑1 (MQ=60)
CGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCC > SRR4302535.3628953/1‑94 (MQ=60)
CCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGG < SRR4302535.4615592/94‑1 (MQ=60)
GGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCG < SRR4302535.1574595/94‑1 (MQ=60)
GGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCG < SRR4302535.4497721/94‑1 (MQ=60)
GCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGC > SRR4302535.520179/1‑94 (MQ=60)
CACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCA > SRR4302535.2684308/1‑94 (MQ=60)
CCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATTGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAAC > SRR4302535.1912705/1‑94 (MQ=60)
GCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCC < SRR4302535.745316/94‑1 (MQ=60)
CAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCT > SRR4302535.220551/1‑94 (MQ=60)
CAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCT > SRR4302535.2803044/1‑94 (MQ=60)
CAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCT < SRR4302535.1145386/94‑1 (MQ=60)
AGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTT > SRR4302535.3905309/1‑94 (MQ=60)
AGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATAGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTT > SRR4302535.1115891/1‑94 (MQ=60)
CTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCGACCCTTGAG < SRR4302535.3842597/94‑1 (MQ=60)
CTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAG > SRR4302535.430107/1‑94 (MQ=60)
CTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAG < SRR4302535.1962038/94‑1 (MQ=60)
CTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAG > SRR4302535.1726825/1‑94 (MQ=60)
CTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCG < SRR4302535.42141/94‑1 (MQ=60)
AGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATG < SRR4302535.4153239/94‑1 (MQ=60)
AGGAGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATG > SRR4302535.1907491/1‑94 (MQ=60)
AGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCG < SRR4302535.1619943/94‑1 (MQ=60)
AGATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCG > SRR4302535.1126453/1‑94 (MQ=60)
GATCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGC > SRR4302535.3246436/1‑94 (MQ=60)
TCGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAG < SRR4302535.4346951/94‑1 (MQ=60)
CGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGT > SRR4302535.1411087/1‑94 (MQ=60)
CGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGT > SRR4302535.1807190/1‑94 (MQ=60)
CGCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGT > SRR4302535.1176792/1‑94 (MQ=60)
GCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTT > SRR4302535.314955/1‑94 (MQ=60)
GCATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTT < SRR4302535.1645000/94‑1 (MQ=60)
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CATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGGCGCAGGTA > SRR4302535.473115/1‑94 (MQ=60)
CATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTA > SRR4302535.3627379/1‑94 (MQ=60)
ATGAAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAA > SRR4302535.3993359/1‑94 (MQ=60)
AAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAA > SRR4302535.2451703/1‑94 (MQ=60)
AAAAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAA > SRR4302535.72884/1‑94 (MQ=60)
AAATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCATCCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAA < SRR4302535.2883319/94‑1 (MQ=60)
AATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAG < SRR4302535.3868937/94‑1 (MQ=60)
ATATCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGG > SRR4302535.1752674/1‑94 (MQ=60)
TCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGA < SRR4302535.2593996/94‑1 (MQ=60)
TCGCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGA < SRR4302535.3112561/94‑1 (MQ=60)
GCTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGAAA > SRR4302535.2222045/1‑94 (MQ=60)
CTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGAAAT > SRR4302535.3143003/1‑94 (MQ=60)
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TTTGCTGCGCTGATGTTGATTATCGGCTGGGAAAAACGCTTCTTCCGCCGTGCGGCACCGCAGACTGCTAAGGAGATCGCATGAAAAATATCGTTCCTGATTACCGCCTTGATATGGTGGGTGAACCCTGCCCTTATCCGGCAGTCGCAACCCTTGAGGCGATGCCGCAGTTAAAAAAAGGGGAAAT > NC_000913/2007422‑2007608
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
