Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,071,598 |
A→G |
R680G (AGG→GGG) |
b2000 → |
outer membrane fluffing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,071,598 | 0 | A | G | 99.2%
| 390.4
/ ‑4.4
| 127 | R680G (AGG→GGG) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (51/74); total (52/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.21e-01 |
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAA > NC_000913/2071508‑2071687
|
tCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACggg < 2:4030455/93‑1 (MQ=255)
tCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACggg > 2:1159845/1‑93 (MQ=255)
cGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGc < 1:3767280/93‑1 (MQ=255)
gggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTg > 1:493032/1‑93 (MQ=255)
ggCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGc < 2:1871027/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 1:4587882/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 1:3551574/93‑1 (MQ=255)
gCTGGCGACCAGCGGTAAGAGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCa < 2:3304193/93‑1 (MQ=255)
tGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAgg < 1:3048923/93‑1 (MQ=255)
tGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAgg > 1:1481564/1‑93 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGc > 1:249092/1‑93 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGc < 2:2990418/93‑1 (MQ=255)
ggCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGc < 2:4426035/93‑1 (MQ=255)
gCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTTCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGcc < 2:622455/93‑1 (MQ=255)
gCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGcc < 1:3372415/93‑1 (MQ=255)
gCGACAAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGAAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGcc < 2:503738/93‑1 (MQ=255)
aCCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCggg > 1:1062066/1‑92 (MQ=255)
aCCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGt < 2:3530713/93‑1 (MQ=255)
ccAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTg > 2:1804855/1‑93 (MQ=255)
cAGCGGTAAGTGTATTCAGGGGGTAGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGc < 2:471113/93‑1 (MQ=255)
ggTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCttt > 1:2203486/1‑93 (MQ=255)
tAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaa > 2:2961015/1‑93 (MQ=255)
aaGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTaat > 1:1464817/1‑92 (MQ=255)
aaGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAac < 2:3238169/93‑1 (MQ=255)
gggTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactc < 1:1209898/93‑2 (MQ=255)
gggTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAacta > 1:2302099/1‑93 (MQ=255)
gggTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAacta < 2:120527/93‑1 (MQ=255)
ggTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGGGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactac < 1:3279681/93‑1 (MQ=255)
gTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactact > 2:4037138/1‑93 (MQ=255)
gTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAactact < 1:2493829/93‑1 (MQ=255)
tATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTc < 2:2511569/93‑1 (MQ=255)
tATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTc > 1:2867915/1‑93 (MQ=255)
tATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTc > 1:868414/1‑93 (MQ=255)
tATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTc > 1:1755224/1‑93 (MQ=255)
aTTCAGGTGTTGGAAGCCATTAACGGTGCCGCCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTcc < 1:1544706/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTccc > 2:1512249/1‑93 (MQ=255)
cgggtggtGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAGCGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTc < 2:1718069/91‑1 (MQ=255)
cAGGTGGTGGAATCAATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTc < 2:4415370/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCa > 1:2645944/1‑93 (MQ=255)
aGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCa > 1:2352498/1‑93 (MQ=255)
ggtggtTGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCaa > 2:1024067/1‑93 (MQ=255)
ggtggtGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACTGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCaa > 2:3799551/1‑93 (MQ=255)
gtggtgGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAc > 1:28666/1‑93 (MQ=255)
tggtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAcc < 1:1725191/93‑1 (MQ=255)
tgggggAAGCAATTAAGGGTGCCACGACGGAGGAAGGGGCCTTTGGCCAGGGGAGGGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAcc < 2:4123440/93‑1 (MQ=255)
gtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCgg < 2:1979613/93‑1 (MQ=255)
gtggAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCgg > 1:219549/1‑93 (MQ=255)
gAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGAc < 2:3316536/93‑1 (MQ=255)
aaGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACa < 2:1355455/93‑1 (MQ=255)
aGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAg < 2:845171/93‑1 (MQ=255)
gCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAgg > 1:2708901/1‑92 (MQ=255)
gCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGACTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGt < 1:3296977/93‑1 (MQ=255)
cttAACGGTGCCTCCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAGCCGGGACAGtgat < 2:2577053/92‑1 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat > 1:1975440/1‑93 (MQ=255)
aTTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGtgat < 1:343912/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCCACGACGGAGGAAGGGGCTTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgaga < 2:3304258/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATgaga < 1:1113086/93‑1 (MQ=255)
ggTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGc < 1:2742855/93‑1 (MQ=255)
gTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt > 1:4525513/1‑93 (MQ=255)
gTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCt > 2:539793/1‑93 (MQ=255)
gCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCttg < 2:3505521/93‑3 (MQ=255)
gCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTgg > 1:2430138/1‑93 (MQ=255)
ccaccaCGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGt < 1:3725362/93‑1 (MQ=255)
accacGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTAt > 2:4618064/1‑93 (MQ=255)
ggaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTgcg > 2:1787958/1‑93 (MQ=255)
gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTgcgc > 2:3716730/1‑93 (MQ=255)
gaggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGGGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGAGATGAGAGTTGGTATCTgggc > 2:50358/1‑93 (MQ=255)
aggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCa < 2:1490858/93‑1 (MQ=255)
ggaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAg < 1:2279461/93‑1 (MQ=255)
gaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGt > 2:2602966/1‑93 (MQ=255)
gaAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGt < 1:684123/93‑1 (MQ=255)
aaGAGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTg < 1:4635687/93‑1 (MQ=255)
ggggCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaa > 2:365047/1‑93 (MQ=255)
gggCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaaa < 1:3624814/93‑1 (MQ=255)
gggCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGaaa > 1:88839/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAt < 2:573149/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAt < 1:1164599/93‑1 (MQ=255)
gCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAt < 2:846044/93‑1 (MQ=255)
cttttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATg < 2:3423547/91‑1 (MQ=255)
ccTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATg < 1:2894111/93‑1 (MQ=255)
ccTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGCATCTGCGCAGTGAAAATg > 2:2261038/1‑93 (MQ=255)
cTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGc < 1:3660632/93‑1 (MQ=255)
cTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGc > 2:3191559/1‑93 (MQ=255)
tttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCt > 2:3683502/1‑93 (MQ=255)
tttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCt < 1:3193440/93‑1 (MQ=255)
tttGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCt > 1:2587751/1‑93 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGTGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 2:3207121/93‑1 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 2:1521208/93‑1 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 1:1690250/93‑1 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 2:3602140/93‑1 (MQ=255)
tGTCCAGGGGAACGGGCGGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTa < 1:1224931/93‑1 (MQ=255)
tCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc > 1:3915954/1‑93 (MQ=255)
tCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATc < 1:1311782/93‑1 (MQ=255)
ccAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCg < 2:2778023/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGCTGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATTGt > 1:2061643/1‑93 (MQ=255)
cAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGt > 1:2061642/1‑93 (MQ=255)
cAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGt > 1:4394435/1‑93 (MQ=255)
aGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTg < 1:397973/93‑1 (MQ=255)
gAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGa > 1:3024636/1‑93 (MQ=255)
gAACGGCCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGa < 2:3728813/93‑1 (MQ=255)
|
TCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAA > NC_000913/2071508‑2071687
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > NC_000913/2071505‑2071691
|
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302535.268641/94‑1 (MQ=60)
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302535.567335/94‑1 (MQ=60)
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACG < SRR4302535.2121117/94‑1 (MQ=60)
CGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCT < SRR4302535.3793292/94‑1 (MQ=60)
GGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTG > SRR4302535.496487/1‑94 (MQ=60)
GGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTG < SRR4302535.4446916/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAG < SRR4302535.3576220/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAG < SRR4302535.4619121/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGG > SRR4302535.1492159/1‑94 (MQ=60)
TGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGC < SRR4302535.3070281/94‑1 (MQ=60)
TGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGC > SRR4302535.250807/1‑94 (MQ=60)
GCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCG < SRR4302535.3395875/94‑1 (MQ=60)
GACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGG > SRR4302535.1069627/1‑94 (MQ=60)
AGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCT > SRR4302535.2860962/1‑94 (MQ=60)
CGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTT > SRR4302535.2219187/1‑94 (MQ=60)
TAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAAT > SRR4302535.1475312/1‑94 (MQ=60)
AAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACT > SRR4302535.2617621/1‑94 (MQ=60)
AGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTA > SRR4302535.2318572/1‑94 (MQ=60)
GGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTCC < SRR4302535.1218591/94‑1 (MQ=60)
GGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGGGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACT < SRR4302535.3302460/94‑1 (MQ=60)
GTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTC > SRR4302535.1767908/1‑94 (MQ=60)
GTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTC > SRR4302535.1831783/1‑94 (MQ=60)
GTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTC > SRR4302535.2888226/1‑94 (MQ=60)
GTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTC > SRR4302535.874559/1‑94 (MQ=60)
GTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTC < SRR4302535.2511825/94‑1 (MQ=60)
ATTCAGGTGTTGGAAGCCATTAACGGTGCCGCCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCC < SRR4302535.1555832/94‑1 (MQ=60)
ATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCC > SRR4302535.714412/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCA > SRR4302535.2369363/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCA > SRR4302535.2664895/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAAC > SRR4302535.28890/1‑94 (MQ=60)
TGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCG < SRR4302535.1737667/94‑1 (MQ=60)
GGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGG > SRR4302535.221061/1‑94 (MQ=60)
AGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGG > SRR4302535.2728261/1‑94 (MQ=60)
GCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTG < SRR4302535.2946729/94‑1 (MQ=60)
GCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGACTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTG < SRR4302535.3319898/94‑1 (MQ=60)
CATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGAT > SRR4302535.1989670/1‑94 (MQ=60)
ATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATG < SRR4302535.346287/94‑1 (MQ=60)
TTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGCCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGA < SRR4302535.3219641/94‑1 (MQ=60)
TAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAG < SRR4302535.477492/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAG < SRR4302535.1121024/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCT < SRR4302535.2762405/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCT > SRR4302535.4556514/1‑94 (MQ=60)
TGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGG < SRR4302535.119245/94‑1 (MQ=60)
TGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGG > SRR4302535.2447646/1‑94 (MQ=60)
TGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGG < SRR4302535.3874868/94‑1 (MQ=60)
CCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTA < SRR4302535.3751172/94‑1 (MQ=60)
CCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCT < SRR4302535.2461393/94‑1 (MQ=60)
CGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCG > SRR4302535.2106693/1‑94 (MQ=60)
GGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGT < SRR4302535.2295743/94‑1 (MQ=60)
GAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTG < SRR4302535.688911/94‑1 (MQ=60)
AAGAGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGA < SRR4302535.4667127/94‑1 (MQ=60)
GGGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAA > SRR4302535.89467/1‑94 (MQ=60)
GGGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAA < SRR4302535.3649938/94‑1 (MQ=60)
GGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAT < SRR4302535.1656094/94‑1 (MQ=60)
GGCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAAT < SRR4302535.2299202/94‑1 (MQ=60)
GCCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATG < SRR4302535.1172917/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGC < SRR4302535.2914581/94‑1 (MQ=60)
CTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCT > SRR4302535.2606333/1‑94 (MQ=60)
CTTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCT < SRR4302535.3685968/94‑1 (MQ=60)
TTTGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTT < SRR4302535.3215533/94‑1 (MQ=60)
TGTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTAT < SRR4302535.1702482/94‑1 (MQ=60)
TGTCCAGGGGAACGGGCGGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTAT < SRR4302535.1233690/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATC > SRR4302535.3942752/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCG < SRR4302535.1321157/94‑1 (MQ=60)
CCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGCTGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATTGT > SRR4302535.2076500/1‑94 (MQ=60)
CCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGT > SRR4302535.4424507/1‑94 (MQ=60)
CCAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGT > SRR4302535.2076499/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTG > SRR4302535.1446735/1‑94 (MQ=60)
AGGGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGC < SRR4302535.400761/94‑1 (MQ=60)
GGGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAG > SRR4302535.3420603/1‑94 (MQ=60)
GGAACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGA > SRR4302535.3045811/1‑94 (MQ=60)
AACGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAG < SRR4302535.366271/94‑1 (MQ=60)
CGGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTC < SRR4302535.4537930/94‑1 (MQ=60)
GGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > SRR4302535.3042599/1‑94 (MQ=60)
|
GCGTCGGGGCTGGCGACCAGCGGTAAGGGTATTCAGGTGGTGGAAGCCATTAACGGTGCCACCACGGAGGAAGGGGCCTTTGTCCAGGGGAACAGGCTGCAGGCCGGTGCCTTTAACTACTCCCTCAACCGGGACAGTGATGAGAGCTGGTATCTGCGCAGTGAAAATGCTTATCGTGCAGAAGTCC > NC_000913/2071505‑2071691
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
