Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,088,609 |
T→C |
P132P (CCT→CCC) |
hisG → |
ATP phosphoribosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,088,609 | 0 | T | C | 100.0%
| 348.7
/ NA
| 110 | P132P (CCT→CCC) | hisG | ATP phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (54/56); total (54/56) |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGG > NC_000913/2088520‑2088698
|
ggcTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCAc < 1:1184561/93‑1 (MQ=255)
gcTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCAcc < 2:4233782/93‑1 (MQ=255)
cTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCt > 2:3875307/1‑93 (MQ=255)
tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTg > 2:4245487/1‑93 (MQ=255)
tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTg < 1:2443185/93‑1 (MQ=255)
tcgtcTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCt > 2:3858223/1‑93 (MQ=255)
cgtcTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTc < 2:508911/93‑1 (MQ=255)
tcTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCaa < 2:3768921/93‑1 (MQ=255)
cTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAg < 1:3707847/93‑1 (MQ=255)
tttCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGc > 1:3666838/1‑93 (MQ=255)
tttCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGc > 2:2631065/1‑93 (MQ=255)
tttCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGc > 2:2612568/1‑93 (MQ=255)
ttCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCg > 2:2327800/1‑93 (MQ=255)
tacGCTGCGAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAGACAGTAAACGTACCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCg < 1:4466379/91‑1 (MQ=255)
cTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTAt < 2:2175780/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTAt < 2:505853/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTAt < 2:1716467/93‑1 (MQ=255)
cAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCg < 1:4411166/93‑1 (MQ=255)
aaCGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCGGCTCAAGCGTTATCTCGa > 2:1813217/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAc < 2:104788/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAc > 1:1389567/1‑93 (MQ=255)
aCGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAc < 2:2984685/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAc < 2:2976779/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCa > 2:4458950/1‑93 (MQ=255)
gCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCa > 1:3149883/1‑93 (MQ=255)
cccGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCa < 1:4023485/92‑1 (MQ=255)
ccGGTTTATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAg < 1:4547810/93‑1 (MQ=255)
ggTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAGCAGaa > 1:1130186/1‑93 (MQ=255)
ggTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGaa < 1:3142580/93‑1 (MQ=255)
ggTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGaa > 2:2618053/1‑93 (MQ=255)
gTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGaaa < 1:1556387/93‑1 (MQ=255)
gTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGaaa > 1:1525124/1‑93 (MQ=255)
ttGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAg < 1:1827261/93‑1 (MQ=255)
ttGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAg < 1:1935879/93‑1 (MQ=255)
ttGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAg < 2:827676/93‑1 (MQ=255)
tgatgaAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAgg < 2:606971/93‑1 (MQ=255)
tgatgaAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAgg < 2:2025556/93‑1 (MQ=255)
tgaAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAt > 1:1492250/1‑93 (MQ=255)
tgaAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAt > 1:1952410/1‑93 (MQ=255)
gaAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAtc > 2:3909190/1‑93 (MQ=255)
aGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAtctc > 1:1591641/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATctct > 1:4609404/1‑93 (MQ=255)
ccTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCtt < 1:3722425/93‑1 (MQ=255)
cTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCttt < 1:660537/93‑1 (MQ=255)
cTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCttt < 1:4028459/93‑1 (MQ=255)
cTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCttt > 1:1309711/1‑93 (MQ=255)
tGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCtttt > 2:4217620/1‑93 (MQ=255)
gACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTaaa > 2:17262/1‑93 (MQ=255)
cGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATc < 1:1608276/93‑1 (MQ=255)
ggTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATcc < 2:3305003/93‑1 (MQ=255)
gTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCt < 1:2069237/93‑1 (MQ=255)
gTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCt > 2:1626007/1‑93 (MQ=255)
ccGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGc < 2:2790562/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCt < 2:483655/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTAGCTCCGCCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCt < 2:2328253/93‑1 (MQ=255)
gCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCtt > 2:3754415/1‑93 (MQ=255)
gCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCtt > 2:3754414/1‑93 (MQ=255)
ctctCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCGCCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTa > 2:3827776/1‑93 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc > 2:1812697/1‑93 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc > 2:1551157/1‑93 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc > 1:2138697/1‑93 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc < 2:751106/93‑1 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc > 1:4220180/1‑93 (MQ=255)
tctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc < 2:4147902/93‑1 (MQ=255)
cctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAc < 1:3708012/92‑1 (MQ=255)
ctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACt < 2:1694118/93‑1 (MQ=255)
ctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACt < 1:2619380/93‑1 (MQ=255)
ctcCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACt > 2:1248381/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGa > 1:2979644/1‑93 (MQ=255)
cTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGaa > 2:1214765/1‑93 (MQ=255)
cTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGaa < 1:2227780/93‑1 (MQ=255)
ttAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCTCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAAc > 2:4686300/1‑93 (MQ=255)
aaCGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGt > 2:4268466/1‑93 (MQ=255)
aCGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGtt < 2:288073/93‑1 (MQ=255)
cGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTc < 2:2070041/93‑1 (MQ=255)
cGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTc > 1:2382492/1‑93 (MQ=255)
ggTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCt > 1:2692926/1‑93 (MQ=255)
gTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTg < 1:3133454/93‑1 (MQ=255)
tAAACGTATCGCCGCCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGt < 2:3716381/93‑1 (MQ=255)
tAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGt < 1:1405128/93‑1 (MQ=255)
aaaCGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGtt > 1:2199704/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAg > 2:2686054/1‑93 (MQ=255)
gTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAg < 2:2818179/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGt > 2:1110543/1‑93 (MQ=255)
cGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGc < 2:4401969/93‑1 (MQ=255)
ccccccTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGcc < 2:883405/89‑1 (MQ=255)
ccACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGccc < 2:2855174/93‑1 (MQ=255)
cACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGcccc > 2:3759762/1‑93 (MQ=255)
cACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATATCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGccgc > 2:2215897/1‑91 (MQ=255)
aCCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcg > 2:3691259/1‑93 (MQ=255)
ccTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcgc > 1:2656961/1‑93 (MQ=255)
ccTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcgc < 1:568992/93‑1 (MQ=255)
ctctTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcgcg < 1:2705329/93‑1 (MQ=255)
tctTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGt < 1:4200059/93‑1 (MQ=255)
tctTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGt > 2:1948079/1‑93 (MQ=255)
ttATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGc > 1:2521691/1‑93 (MQ=255)
aTCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAGGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCg < 2:797594/93‑1 (MQ=255)
aTCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCg > 2:4144733/1‑93 (MQ=255)
tCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCgg > 1:3746125/1‑93 (MQ=255)
tCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCgg > 1:844181/1‑93 (MQ=255)
|
GGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGG > NC_000913/2088520‑2088698
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACT > NC_000913/2088516‑2088701
|
CGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCC > SRR4302535.2445882/1‑94 (MQ=60)
GGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACC < SRR4302535.1193023/94‑1 (MQ=60)
CTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTG > SRR4302535.2498339/1‑94 (MQ=60)
TGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGC < SRR4302535.2460787/94‑1 (MQ=60)
CTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGC < SRR4302535.3733522/94‑1 (MQ=60)
CTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGC > SRR4302535.3692228/1‑94 (MQ=60)
tacgctgcgAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAGACAGTAAACGTACCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGT < SRR4302535.4497018/85‑1 (MQ=60)
CAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGA < SRR4302535.4441356/94‑1 (MQ=60)
AACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAC > SRR4302535.1399484/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCA > SRR4302535.3171777/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAG < SRR4302535.4382258/94‑1 (MQ=60)
CCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAG < SRR4302535.4051011/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTTATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGA < SRR4302535.4578904/94‑1 (MQ=60)
CGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGAGCAGAA > SRR4302535.1138254/1‑94 (MQ=60)
GGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAA < SRR4302535.3164445/94‑1 (MQ=60)
GGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAA > SRR4302535.1536112/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAG < SRR4302535.1567607/94‑1 (MQ=60)
TTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGG < SRR4302535.1840453/94‑1 (MQ=60)
TTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGG < SRR4302535.1949823/94‑1 (MQ=60)
GATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCA < SRR4302535.1815478/94‑1 (MQ=60)
ATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAT > SRR4302535.1502970/1‑94 (MQ=60)
ATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCAT > SRR4302535.1966464/1‑94 (MQ=60)
AAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTC > SRR4302535.1603125/1‑94 (MQ=60)
AGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCT > SRR4302535.4640726/1‑94 (MQ=60)
CCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTT < SRR4302535.3748212/94‑1 (MQ=60)
CCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTT > SRR4302535.1319074/1‑94 (MQ=60)
CTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTT < SRR4302535.4056021/94‑1 (MQ=60)
CTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTT < SRR4302535.665147/94‑1 (MQ=60)
CGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCC < SRR4302535.1619875/94‑1 (MQ=60)
GTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTG < SRR4302535.2084153/94‑1 (MQ=60)
TCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGC < SRR4302535.3183256/94‑1 (MQ=60)
CTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAC > SRR4302535.2154099/1‑94 (MQ=60)
CTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTAC > SRR4302535.4249057/1‑94 (MQ=60)
CCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACT < SRR4302535.3733687/94‑1 (MQ=60)
CTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTG < SRR4302535.2638158/94‑1 (MQ=60)
TCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGA > SRR4302535.3000550/1‑94 (MQ=60)
CTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAAC < SRR4302535.2243628/94‑1 (MQ=60)
ACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTC > SRR4302535.2399600/1‑94 (MQ=60)
CGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCT > SRR4302535.2712173/1‑94 (MQ=60)
GTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGT < SRR4302535.3155272/94‑1 (MQ=60)
TAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTT > SRR4302535.2215381/1‑94 (MQ=60)
TAAACGTATCGCCACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTT < SRR4302535.1415173/94‑1 (MQ=60)
ACCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGC > SRR4302535.2675996/1‑94 (MQ=60)
CCTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCG < SRR4302535.572988/94‑1 (MQ=60)
CTCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGT < SRR4302535.2724661/94‑1 (MQ=60)
TCTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTG < SRR4302535.4228800/94‑1 (MQ=60)
CTTATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGC > SRR4302535.2539861/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGG > SRR4302535.3772043/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGG > SRR4302535.850111/1‑94 (MQ=60)
CCCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAAGCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACT < SRR4302535.4082351/94‑1 (MQ=60)
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CGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGCGTGCCGGACT > NC_000913/2088516‑2088701
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
