Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,207,023 |
A→G |
D346G (GAC→GGC) |
yehP → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,207,023 | 0 | A | G | 99.2%
| 408.6
/ ‑5.3
| 134 | D346G (GAC→GGC) | yehP | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (73/59); total (73/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGACCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAT > NC_000913/2206933‑2207111
|
tGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCcgcg > 1:2835207/1‑93 (MQ=255)
gACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGa > 2:194028/1‑93 (MQ=255)
gACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGa < 1:1863369/93‑1 (MQ=255)
gCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATAc < 1:1040085/93‑1 (MQ=255)
gCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATAc > 2:3705025/1‑93 (MQ=255)
gCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATAc > 2:443538/1‑93 (MQ=255)
cATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACg < 2:1625307/93‑1 (MQ=255)
aTCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACgg > 1:3366422/1‑93 (MQ=255)
aTCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACgg > 1:1940567/1‑93 (MQ=255)
aTCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACgg > 1:2611026/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGc > 2:2478989/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGc > 2:722042/1‑93 (MQ=255)
aGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGccc > 2:4488480/1‑93 (MQ=255)
aGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGccc < 1:209558/93‑1 (MQ=255)
aGGTGAAAAAGTGTGCCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGccc < 1:1654622/93‑1 (MQ=255)
ggTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCa < 2:4323155/93‑1 (MQ=255)
gTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAg < 2:2467431/93‑1 (MQ=255)
gTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAg > 2:3922014/1‑93 (MQ=255)
gTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAg < 2:2411925/93‑1 (MQ=255)
tGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAgg > 2:3330616/1‑93 (MQ=255)
gAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGgc < 1:3041033/93‑1 (MQ=255)
aaaaaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGgcg > 2:312268/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGgcgc < 1:2306363/93‑1 (MQ=255)
aaaaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGgcgc > 1:4398846/1‑93 (MQ=255)
aaaaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGgcgc > 1:1393022/1‑93 (MQ=255)
aaaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCt > 2:4570702/1‑93 (MQ=255)
aaGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTg < 1:3308745/93‑1 (MQ=255)
aGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGGTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTgg > 1:1610479/1‑93 (MQ=255)
aGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTgg > 2:582813/1‑93 (MQ=255)
aGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTgg > 2:3668213/1‑93 (MQ=255)
gtgtgtCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGt < 2:144827/93‑1 (MQ=255)
gtgtgtCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGt < 1:638126/93‑1 (MQ=255)
gtgtgtCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGt > 1:3784098/1‑93 (MQ=255)
tgtCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTaa < 2:4679350/93‑1 (MQ=255)
tgtCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTaa < 1:4507186/93‑1 (MQ=255)
tCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATg > 2:4042992/1‑93 (MQ=255)
ccAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGt < 2:2683435/93‑1 (MQ=255)
ccAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGt < 2:68107/93‑1 (MQ=255)
agCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGTCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGgc < 2:1160295/93‑1 (MQ=255)
agCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGgc > 1:4480178/1‑93 (MQ=255)
gCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGgcg > 2:3421735/1‑93 (MQ=255)
ggCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGca > 1:2392171/1‑93 (MQ=255)
gCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGcac > 2:1350387/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACaaa > 2:736019/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACaaa < 1:2433059/93‑1 (MQ=255)
cAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAAt < 1:2308862/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATa > 2:4004027/1‑93 (MQ=255)
aaGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAg < 2:1380757/93‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgc > 2:2931293/1‑93 (MQ=255)
aGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgc < 2:3228354/93‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgc < 1:190845/93‑1 (MQ=255)
aGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgc > 1:739200/1‑93 (MQ=255)
aGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgc < 2:1092096/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgcc > 2:2553381/1‑93 (MQ=255)
gTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgcc > 2:3928410/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgccg > 2:4470134/1‑93 (MQ=255)
cTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCACAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAgccgcc > 1:4130068/1‑93 (MQ=255)
tGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCa < 2:3454011/93‑1 (MQ=255)
tGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCa < 2:2602180/93‑1 (MQ=255)
gACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGa < 1:301245/93‑1 (MQ=255)
cTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACCAATAGCCGCCATGACg > 1:4045461/1‑93 (MQ=255)
cTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACg > 1:3397672/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGc > 1:4393168/1‑93 (MQ=255)
ggCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACTTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGcc < 1:3752388/93‑1 (MQ=255)
ggCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGcc < 1:4645071/93‑1 (MQ=255)
gcgcTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGc > 1:4323692/1‑93 (MQ=255)
gcTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGa < 2:4595979/93‑1 (MQ=255)
gcTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGa > 2:1661479/1‑93 (MQ=255)
gcTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGa > 2:639830/1‑93 (MQ=255)
cTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAg > 2:3128823/1‑93 (MQ=255)
tCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGc < 1:1353609/93‑1 (MQ=255)
ccGATAGCACCGCAACGCCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGc < 2:3260659/92‑1 (MQ=255)
cGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCt < 2:1328091/93‑1 (MQ=255)
cGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCt < 1:280964/93‑1 (MQ=255)
gagaGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTAAATGTCGGCGCACAAAGAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTg < 2:1754827/90‑1 (MQ=255)
aTAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTgg > 2:1672367/1‑93 (MQ=255)
aTAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTgg > 1:4323129/1‑93 (MQ=255)
gCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGcat > 1:2769490/1‑93 (MQ=255)
aCCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGcatca > 1:294832/1‑93 (MQ=255)
cGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATg < 2:1595069/93‑1 (MQ=255)
gCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATgg < 1:4578849/93‑1 (MQ=255)
cAACATCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTGAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGc < 1:3397695/93‑1 (MQ=255)
cAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGc < 1:462506/93‑1 (MQ=255)
cAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGc < 2:2676925/93‑1 (MQ=255)
aaCACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCt < 1:4058653/93‑1 (MQ=255)
aaCACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCt > 1:182105/1‑93 (MQ=255)
aaCACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCt > 1:2563859/1‑93 (MQ=255)
acacCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGACGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCtt > 2:1735690/1‑93 (MQ=255)
cacCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTg < 1:2617991/93‑1 (MQ=255)
cccTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGc < 2:4078454/92‑1 (MQ=255)
cccTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGc < 2:2542798/92‑1 (MQ=255)
acCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCtttt > 2:4140161/1‑91 (MQ=255)
acCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCtttc > 2:2350627/1‑91 (MQ=255)
ccTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCg < 2:1299019/93‑1 (MQ=255)
ttGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTTCggg > 1:3268416/1‑92 (MQ=255)
ttGCTATGGCCGCAATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGga < 2:4530504/93‑1 (MQ=255)
cTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGaa < 2:3025018/93‑1 (MQ=255)
cTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGaa < 1:1664823/93‑1 (MQ=255)
tATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAt < 2:4201984/93‑1 (MQ=255)
tATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAt < 1:1085411/93‑1 (MQ=255)
|
TACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGACCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAT > NC_000913/2206933‑2207111
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CATTACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGACCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAATCTTCA > NC_000913/2206930‑2207116
|
CATTACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGG > SRR4302535.1786607/1‑94 (MQ=60)
ATTACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGC > SRR4302535.4581607/1‑94 (MQ=60)
CTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCG > SRR4302535.2855327/1‑94 (MQ=60)
GACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGAT < SRR4302535.1876803/94‑1 (MQ=60)
GCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACG < SRR4302535.1047463/94‑1 (MQ=60)
CATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGG > SRR4302535.2629759/1‑94 (MQ=60)
CATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGG > SRR4302535.4465420/1‑94 (MQ=60)
CATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGG > SRR4302535.1954548/1‑94 (MQ=60)
CATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGG > SRR4302535.3389846/1‑94 (MQ=60)
AGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCA < SRR4302535.210996/94‑1 (MQ=60)
AGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCA > SRR4302535.2843032/1‑94 (MQ=60)
AGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCA > SRR4302535.2374950/1‑94 (MQ=60)
AGGTGAAAAAGTGTGCCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCA < SRR4302535.1666593/94‑1 (MQ=60)
GAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCG > SRR4302535.1388139/1‑94 (MQ=60)
GAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCG < SRR4302535.3062336/94‑1 (MQ=60)
AAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGC > SRR4302535.1402969/1‑94 (MQ=60)
AAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGC > SRR4302535.4428954/1‑94 (MQ=60)
AAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCT < SRR4302535.2322858/94‑1 (MQ=60)
AAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGGTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGG > SRR4302535.1622086/1‑94 (MQ=60)
AAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGG < SRR4302535.3331768/94‑1 (MQ=60)
AGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGT > SRR4302535.3810207/1‑94 (MQ=60)
GTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTT < SRR4302535.642586/94‑1 (MQ=60)
TGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAAT < SRR4302535.4538120/94‑1 (MQ=60)
TGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAAT > SRR4302535.3841114/1‑94 (MQ=60)
GTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATG < SRR4302535.892052/94‑1 (MQ=60)
GAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGC > SRR4302535.4510933/1‑94 (MQ=60)
CGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCA > SRR4302535.2409369/1‑94 (MQ=60)
GGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCAC > SRR4302535.2528828/1‑94 (MQ=60)
TCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAAT < SRR4302535.2450587/94‑1 (MQ=60)
CAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATA < SRR4302535.2325390/94‑1 (MQ=60)
CAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATA < SRR4302535.3248157/94‑1 (MQ=60)
AAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAG > SRR4302535.3398088/1‑94 (MQ=60)
AAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGC > SRR4302535.744397/1‑94 (MQ=60)
AGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCC < SRR4302535.192166/94‑1 (MQ=60)
GCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCACAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCC > SRR4302535.4158329/1‑94 (MQ=60)
TGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCAT < SRR4302535.3748852/94‑1 (MQ=60)
GACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACTCCTTGCTATGCCCGGGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGAC < SRR4302535.2733227/94‑1 (MQ=60)
GACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGAC < SRR4302535.502421/94‑1 (MQ=60)
GACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGAC < SRR4302535.303345/94‑1 (MQ=60)
GACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGAC < SRR4302535.195352/94‑1 (MQ=60)
ACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACCAATAGCCGCCATGACG > SRR4302535.4073155/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACG > SRR4302535.3421314/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGC > SRR4302535.4423229/1‑94 (MQ=60)
GGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACTTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCG < SRR4302535.3778357/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCG < SRR4302535.4676550/94‑1 (MQ=60)
AGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGC > SRR4302535.4353267/1‑94 (MQ=60)
TCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCT < SRR4302535.1363294/94‑1 (MQ=60)
CGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTG < SRR4302535.282925/94‑1 (MQ=60)
CGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTG > SRR4302535.1749671/1‑94 (MQ=60)
CGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTG > SRR4302535.417131/1‑94 (MQ=60)
GATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGG > SRR4302535.4352703/1‑94 (MQ=60)
ATAGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGC > SRR4302535.4418475/1‑94 (MQ=60)
AGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCAT > SRR4302535.2789211/1‑94 (MQ=60)
AGCACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCAT > SRR4302535.4575969/1‑94 (MQ=60)
CACCGCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCA > SRR4302535.296891/1‑94 (MQ=60)
GCAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGC < SRR4302535.4610039/94‑1 (MQ=60)
GCAACACCTTGCTAGGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGC < SRR4302535.2236502/94‑1 (MQ=60)
CAACATCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTGAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCT < SRR4302535.3421338/94‑1 (MQ=60)
CAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCT > SRR4302535.183365/1‑94 (MQ=60)
CAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCT > SRR4302535.2582313/1‑94 (MQ=60)
CAACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCT < SRR4302535.465738/94‑1 (MQ=60)
AACACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTT < SRR4302535.4086432/94‑1 (MQ=60)
CACCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGC < SRR4302535.2636760/94‑1 (MQ=60)
CCTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGG < SRR4302535.1635171/94‑1 (MQ=60)
CTTGCTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTtcggg > SRR4302535.3291122/1‑89 (MQ=60)
CTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTtgggggaaa > SRR4302535.3336572/1‑85 (MQ=60)
CTATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAT < SRR4302535.1676855/94‑1 (MQ=60)
CTATGACCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAAT < SRR4302535.3014447/94‑1 (MQ=60)
TATGGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAATC < SRR4302535.1093125/94‑1 (MQ=60)
GGCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAATCTTC < SRR4302535.2520142/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAATCTTCA < SRR4302535.4058828/94‑1 (MQ=60)
|
CATTACTGACGCATCAGGTGAAAAAGTGTGTCCAGAGCGGCATCAAAGTGCTGGGACTGGCAGCGCTCGATAGCACCGCAACACCTTGCTATGACCGCGATACGGCCCAGGCGCTGGTTAATGTCGGCGCACAAATAGCCGCCATGACGCCGGGCGAGCTGGCATCATGGCTTGCGGAGAATCTTCA > NC_000913/2206930‑2207116
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
