Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,389,812 |
Δ1 bp |
intergenic (‑149/+4151) |
tldD ← / ← cafA |
TldD/CafA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,389,811 | 0 | C | . | 100.0%
| 338.9
/ NA
| 96 | intergenic (‑148/+4152) | tldD/cafA | TldD/CafA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (48/48); total (48/48) |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG > NC_000913/3389719‑3389891
|
cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGc < 1:3919733/93‑1 (MQ=255)
ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcg > 2:678414/1‑92 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 1:4575980/1‑91 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg < 2:3795737/93‑3 (MQ=255)
gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTCATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcgg > 2:3665559/1‑91 (MQ=255)
cgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggc < 2:2682068/93‑4 (MQ=255)
gTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGcggcg > 1:3240734/1‑89 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt > 1:3748675/1‑93 (MQ=255)
tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGt < 1:3667134/93‑1 (MQ=255)
gAACGCCCTAGCCAGCCTATGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTa < 2:4119805/93‑1 (MQ=17)
aCGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:2074356/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 2:947406/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:4100817/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:4483461/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:2640128/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 2:4215202/93‑1 (MQ=255)
aCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTaaa < 1:1573499/93‑1 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc < 1:3875136/93‑1 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc < 2:2831761/93‑1 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc > 2:4211708/1‑93 (MQ=255)
cccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGc > 1:1762862/1‑93 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGCT‑CCGGCGTAAAAGcc > 2:457691/1‑93 (MQ=17)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc > 1:2240402/1‑93 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc > 2:878120/1‑93 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc < 1:141592/93‑1 (MQ=255)
ccTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGcc > 1:694047/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:4166445/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:641003/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:3997490/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt > 1:3893731/1‑93 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCt < 1:2158713/93‑1 (MQ=255)
cTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑AGGCGTAAACGCCt > 2:1110942/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt > 2:4515351/1‑93 (MQ=255)
tATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCtt < 1:842614/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa < 1:1331676/93‑1 (MQ=255)
aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTa > 2:1720145/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 2:3762383/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAt < 1:273784/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCCTAt > 2:2901626/1‑93 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTGGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:3299844/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 2:633499/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:2713613/93‑1 (MQ=255)
ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATc < 1:1455698/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 2:3543311/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 1:4443194/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc < 1:901285/93‑1 (MQ=255)
cAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:1407706/1‑93 (MQ=255)
aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:2060346/1‑93 (MQ=255)
aGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:705461/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 1:1985358/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa < 2:670342/93‑1 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:3557448/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:3505148/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:2906411/1‑93 (MQ=255)
gCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 1:4263000/1‑93 (MQ=255)
ccTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAc > 2:628586/1‑93 (MQ=19)
cTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc > 1:4406801/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:218202/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt > 1:1142031/1‑93 (MQ=19)
tACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCt < 2:1570449/93‑1 (MQ=19)
agggTTATTTTCCGTTTTGTA‑GCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:3300486/91‑1 (MQ=11)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa > 1:3043679/1‑93 (MQ=19)
aCGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTa < 1:2656411/93‑1 (MQ=255)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:1165684/93‑1 (MQ=19)
cGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAc < 2:1636749/93‑1 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 1:2300141/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg < 1:3664601/93‑1 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 1:759506/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:1807630/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:2930776/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:3867711/1‑93 (MQ=19)
ggTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATACGACCTACg > 2:2228904/1‑93 (MQ=255)
ggTTATGTGCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACg > 2:4573694/1‑93 (MQ=255)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:1139291/1‑93 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 1:2131830/93‑1 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 2:1041993/1‑93 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt < 2:2232779/93‑1 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:69931/1‑93 (MQ=19)
ttATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 2:4624052/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 2:2006942/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:3455700/93‑1 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 2:2952763/1‑93 (MQ=19)
tATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt > 2:929222/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:4069481/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:3500296/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 2:2922210/1‑93 (MQ=19)
aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTa > 1:2286662/1‑93 (MQ=255)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:3596501/93‑1 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:4084257/93‑1 (MQ=19)
tGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:324170/93‑1 (MQ=19)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 1:1685766/93‑1 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 2:1852375/93‑1 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 1:3266964/1‑93 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 2:3009155/1‑93 (MQ=16)
ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 1:3615430/93‑1 (MQ=16)
ccGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:2215332/93‑1 (MQ=9)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCATCGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:2522470/1‑93 (MQ=0)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 2:2724258/1‑93 (MQ=0)
cGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:3683256/93‑1 (MQ=0)
cGGCTGTCGGAT‑CCGGCGGAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 1:1492831/93‑1 (MQ=9)
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACG > NC_000913/3389719‑3389891
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389719‑3389905
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCG < SRR4302535.3946538/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCG < SRR4302535.3990189/94‑1 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG > SRR4302535.4607161/1‑94 (MQ=60)
GGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGG < SRR4302535.1933868/94‑1 (MQ=60)
CGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCG > SRR4302535.3263235/1‑94 (MQ=60)
GTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGT > SRR4302535.3774610/1‑94 (MQ=60)
TGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTA < SRR4302535.3692527/94‑1 (MQ=57)
ACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302535.2089298/94‑1 (MQ=44)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302535.4514234/94‑1 (MQ=46)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302535.4128894/94‑1 (MQ=46)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302535.2659041/94‑1 (MQ=46)
ACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAAC < SRR4302535.1584859/94‑1 (MQ=46)
GCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGC > SRR4302535.1775630/1‑94 (MQ=41)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC > SRR4302535.698917/1‑94 (MQ=39)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC > SRR4302535.2256338/1‑94 (MQ=39)
CCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCC < SRR4302535.3901759/94‑1 (MQ=39)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302535.645481/1‑94 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT < SRR4302535.4611654/94‑1 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302535.3920420/1‑94 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302535.4024840/1‑94 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT < SRR4302535.142584/94‑1 (MQ=37)
CCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCT > SRR4302535.4194973/1‑94 (MQ=37)
CTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTT < SRR4302535.2174223/94‑1 (MQ=34)
TATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTA < SRR4302535.848534/94‑1 (MQ=32)
ATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTAT < SRR4302535.1341177/94‑1 (MQ=29)
TCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATC < SRR4302535.275691/94‑1 (MQ=27)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTGGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302535.3322793/94‑1 (MQ=23)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302535.2733000/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC > SRR4302535.1417764/1‑94 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302535.1466118/94‑1 (MQ=24)
CCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCC < SRR4302535.243498/94‑1 (MQ=24)
CAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCG < SRR4302535.907666/94‑1 (MQ=22)
CAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCG < SRR4302535.4473667/94‑1 (MQ=22)
CAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCG > SRR4302535.2075191/1‑94 (MQ=22)
AGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGA > SRR4302535.4292195/1‑94 (MQ=20)
AGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGA > SRR4302535.1999654/1‑94 (MQ=20)
CCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACC > SRR4302535.4436960/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302535.1150173/1‑94 (MQ=12)
CTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCT > SRR4302535.219702/1‑94 (MQ=12)
TACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTA > SRR4302535.3065002/1‑94 (MQ=12)
ACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTAC < SRR4302535.2675445/94‑1 (MQ=12)
CGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACG > SRR4302535.764858/1‑94 (MQ=12)
CGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACG > SRR4302535.2316601/1‑94 (MQ=12)
GGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGG < SRR4302535.3689975/94‑1 (MQ=12)
gtgaggtcCCGGTTTGTAGGCCGAATAAGACGCACAGCGTCGCAGCAGGCAACGGCTGTCGGA‑GGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT < SRR4302535.2615526/86‑1 (MQ=0)
GTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT < SRR4302535.3418517/94‑1 (MQ=12)
GTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT > SRR4302535.70443/1‑94 (MQ=12)
GTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGT > SRR4302535.1147411/1‑94 (MQ=12)
TTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTT < SRR4302535.2147199/94‑1 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTA > SRR4302535.4097330/1‑94 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTA > SRR4302535.3524632/1‑94 (MQ=12)
TATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCATATCCGACCTACGGTTA > SRR4302535.2302998/1‑94 (MQ=11)
GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGT > SRR4302535.3289660/1‑94 (MQ=7)
TTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT < SRR4302535.3640495/94‑1 (MQ=4)
TTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTT < SRR4302535.1697971/94‑1 (MQ=4)
CCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCATCGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCC > SRR4302535.2540647/1‑94 (MQ=0)
CGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG < SRR4302535.3708742/94‑1 (MQ=0)
CGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATG‑CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG > SRR4302535.885463/1‑94 (MQ=0)
CGGCTGTCGGAT‑CCGGCGGAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGG < SRR4302535.1503554/94‑1 (MQ=4)
CGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG < SRR4302535.1935154/94‑1 (MQ=0)
|
CGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGG > NC_000913/3389719‑3389905
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
