Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,497,141 |
A→G |
A19A (GCA→GCG) |
yhfL → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,497,141 | 0 | A | G | 100.0%
| 355.4
/ NA
| 112 | A19A (GCA→GCG) | yhfL | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (106/6); total (106/6) |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
ATTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGC > NC_000913/3497053‑3497228
|
taattaatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACt > 1:1026121/1‑93 (MQ=255)
taattaatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACt > 2:3086447/1‑93 (MQ=255)
aattaatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTg > 1:1463522/1‑93 (MQ=255)
aattaatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTg > 2:1426389/1‑93 (MQ=255)
ttaatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGt > 1:3255825/1‑93 (MQ=255)
taatATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTc > 1:1826981/1‑93 (MQ=255)
atatatAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTTGTCat > 2:3910302/1‑93 (MQ=255)
atatatAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCat > 2:2710399/1‑93 (MQ=255)
tatataATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCata > 1:1548159/1‑93 (MQ=255)
tatataATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCata > 1:1810973/1‑93 (MQ=255)
atataATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCatat > 1:871137/1‑93 (MQ=255)
tataATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATAtt > 1:2223986/1‑93 (MQ=255)
tataATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATAtt > 2:3460278/1‑93 (MQ=255)
ataataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTTGTCATATTg > 2:1015637/1‑93 (MQ=255)
taataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGa > 2:3052927/1‑93 (MQ=255)
taataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGa < 2:1910485/93‑1 (MQ=255)
taataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGa > 2:2807885/1‑93 (MQ=255)
aataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaa > 2:2081603/1‑93 (MQ=255)
aataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaa > 2:1732060/1‑93 (MQ=255)
ataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaaa > 1:4342237/1‑93 (MQ=255)
ataCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaaa > 1:671600/1‑93 (MQ=255)
taCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaaaa > 1:2302762/1‑93 (MQ=255)
taCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaaaa > 1:1844302/1‑93 (MQ=255)
taCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGaaaa > 2:3785319/1‑93 (MQ=255)
aCATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAAc < 2:4614585/93‑1 (MQ=255)
aTAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCg > 1:2423416/1‑93 (MQ=255)
aTAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCg > 1:4641070/1‑93 (MQ=255)
aTAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCg > 1:3795464/1‑93 (MQ=255)
aTAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCg > 2:1093037/1‑93 (MQ=255)
aTAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCg > 2:2265778/1‑93 (MQ=255)
gggAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGa > 1:3484146/1‑93 (MQ=255)
gggAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGa > 2:835980/1‑93 (MQ=255)
gggAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGa > 1:3814850/1‑93 (MQ=255)
aaTGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATaa > 2:128282/1‑93 (MQ=255)
aaTGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATaa > 2:935572/1‑93 (MQ=255)
aaTGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATaa > 1:2496469/1‑93 (MQ=255)
aTGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAg > 2:1639944/1‑93 (MQ=255)
tGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTCACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGa > 2:3626656/1‑93 (MQ=255)
gTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGaa > 1:1297844/1‑93 (MQ=255)
gTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGaa > 1:2471700/1‑93 (MQ=255)
tAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAAc > 1:3607151/1‑93 (MQ=255)
aaTGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTg > 2:2854567/1‑93 (MQ=255)
aaTGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTg > 1:3134440/1‑93 (MQ=255)
gAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGTACTGctc > 1:1600673/1‑93 (MQ=255)
aCAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCtt < 2:370954/93‑1 (MQ=255)
aCAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATACTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCtt > 2:3793900/1‑93 (MQ=255)
cAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTa > 2:1697645/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACg > 1:4509493/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACg > 1:4509494/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACg > 2:2995866/1‑93 (MQ=255)
aaTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACg > 2:2783539/1‑93 (MQ=255)
aTTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGa > 1:3260811/1‑93 (MQ=255)
tttATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGAc > 2:3380363/1‑93 (MQ=255)
tttATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGAc > 2:1161583/1‑93 (MQ=255)
tttATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGAc > 1:3153523/1‑93 (MQ=255)
ttattaAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACt > 1:3901141/1‑93 (MQ=255)
tattaAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTa > 2:4092074/1‑93 (MQ=255)
tattaAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTa > 2:662476/1‑93 (MQ=255)
ttaAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTAcc > 1:3981537/1‑93 (MQ=255)
aGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGCACTGGGCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACctgct > 1:3294964/1‑93 (MQ=255)
gTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACctgctg > 2:1237724/1‑93 (MQ=255)
gTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACctgctg > 2:1872308/1‑93 (MQ=255)
ttGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCtgctgc > 1:154570/1‑93 (MQ=255)
ttGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCtgctgc > 1:2966456/1‑93 (MQ=255)
tGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCa > 2:2567673/1‑93 (MQ=255)
cACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCAcc > 1:4571804/1‑93 (MQ=255)
aCTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCAccc > 2:4183236/1‑93 (MQ=255)
cTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCg > 1:3710364/1‑93 (MQ=255)
cTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCg > 1:980422/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCgg > 2:1057917/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCgg > 1:1578634/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCgg > 1:4408818/1‑93 (MQ=255)
tGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCgg > 1:2791208/1‑93 (MQ=255)
ggTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGc > 2:552991/1‑93 (MQ=255)
ggTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGc > 1:411148/1‑93 (MQ=255)
tAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCaa > 2:2539635/1‑93 (MQ=255)
aGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAat > 1:1803055/1‑93 (MQ=255)
aGGGGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTACTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAat > 1:1478519/1‑93 (MQ=255)
gTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAattt > 1:4404740/1‑93 (MQ=255)
cAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttcta < 2:2141901/93‑1 (MQ=255)
aGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctat > 1:489756/1‑93 (MQ=255)
gTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatt > 2:2949482/1‑93 (MQ=255)
gTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatt > 1:4684756/1‑93 (MQ=255)
gTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatt > 2:3033206/1‑93 (MQ=255)
gTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatt > 1:638825/1‑93 (MQ=255)
aCTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatttc < 1:4434618/93‑1 (MQ=255)
cTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAatttctatttct > 1:3592017/1‑93 (MQ=255)
tGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAAtttctatttcta > 2:1466972/1‑93 (MQ=255)
gCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTaaa > 1:278532/1‑93 (MQ=255)
tACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAAt > 1:756787/1‑93 (MQ=255)
tACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAAt > 2:1436176/1‑93 (MQ=255)
aCGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATc > 1:3876603/1‑93 (MQ=255)
aCGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATc > 2:632029/1‑93 (MQ=255)
cGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGACCTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCa > 1:2507831/1‑93 (MQ=255)
ttAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCAtt > 2:1200483/1‑93 (MQ=255)
ttAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCAtt > 1:1519966/1‑93 (MQ=255)
ttAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCAtt > 1:378921/1‑93 (MQ=255)
tAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTg > 2:4120579/1‑93 (MQ=255)
aCTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGc > 1:3698863/1‑93 (MQ=255)
aCTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGc > 1:2762970/1‑93 (MQ=255)
|
ATTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGC > NC_000913/3497053‑3497228
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TATTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTT > NC_000913/3497052‑3497232
|
TATTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTA > SRR4302535.2333420/1‑94 (MQ=60)
TTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACT > SRR4302535.1033408/1‑94 (MQ=60)
TAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTG > SRR4302535.1474007/1‑94 (MQ=60)
ATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGT > SRR4302535.3278447/1‑94 (MQ=60)
TTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTC > SRR4302535.1840172/1‑94 (MQ=60)
ATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATA > SRR4302535.1559311/1‑94 (MQ=60)
ATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATA > SRR4302535.1824070/1‑94 (MQ=60)
TATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATAT > SRR4302535.877310/1‑94 (MQ=60)
ATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATT > SRR4302535.3879666/1‑94 (MQ=60)
ATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATT > SRR4302535.2239816/1‑94 (MQ=60)
AATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAA > SRR4302535.4371932/1‑94 (MQ=60)
AATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAA > SRR4302535.676287/1‑94 (MQ=60)
ATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAA > SRR4302535.2319238/1‑94 (MQ=60)
ATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAA > SRR4302535.1857600/1‑94 (MQ=60)
CATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCG > SRR4302535.3821627/1‑94 (MQ=60)
CATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCG > SRR4302535.2440874/1‑94 (MQ=60)
CATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCG > SRR4302535.4672534/1‑94 (MQ=60)
TAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTG > SRR4302535.4442757/1‑94 (MQ=60)
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AGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGA > SRR4302535.3508337/1‑94 (MQ=60)
GAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAA > SRR4302535.2514479/1‑94 (MQ=60)
TGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAA > SRR4302535.1307101/1‑94 (MQ=60)
TGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAA > SRR4302535.2489517/1‑94 (MQ=60)
GTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAAC < SRR4302535.2939035/94‑1 (MQ=60)
GTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAAC > SRR4302535.3632171/1‑94 (MQ=60)
AAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTG > SRR4302535.3156262/1‑94 (MQ=60)
TGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGTACTGCTC > SRR4302535.1612220/1‑94 (MQ=60)
AAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACG > SRR4302535.4540435/1‑94 (MQ=60)
AAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACG > SRR4302535.4540436/1‑94 (MQ=60)
AATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGA > SRR4302535.3283469/1‑94 (MQ=60)
ATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGAC > SRR4302535.3175432/1‑94 (MQ=60)
TTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACT > SRR4302535.3927863/1‑94 (MQ=60)
TTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGAGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTTCTCTTAAGACTA > SRR4302535.1590070/1‑94 (MQ=60)
ATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACC > SRR4302535.4008738/1‑94 (MQ=60)
AAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGCACTGGGCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCT > SRR4302535.3317870/1‑94 (MQ=60)
AGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTG > SRR4302535.636819/1‑94 (MQ=60)
GTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGC > SRR4302535.155655/1‑94 (MQ=60)
GTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGC > SRR4302535.2987267/1‑94 (MQ=60)
GCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACC > SRR4302535.4602974/1‑94 (MQ=60)
ACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCG > SRR4302535.987390/1‑94 (MQ=60)
ACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCG > SRR4302535.3736064/1‑94 (MQ=60)
CTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGG > SRR4302535.2811074/1‑94 (MQ=60)
CTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGG > SRR4302535.1590031/1‑94 (MQ=60)
CTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGG > SRR4302535.4438989/1‑94 (MQ=60)
TGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGC > SRR4302535.414034/1‑94 (MQ=60)
TAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAAT > SRR4302535.1816087/1‑94 (MQ=60)
TAGGGGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTACTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAAT > SRR4302535.1489099/1‑94 (MQ=60)
GGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTT > SRR4302535.4434885/1‑94 (MQ=60)
CAGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTAT > SRR4302535.493195/1‑94 (MQ=60)
AGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATT > SRR4302535.4716456/1‑94 (MQ=60)
AGTACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATT > SRR4302535.643291/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCT > SRR4302535.3616929/1‑94 (MQ=60)
ACTGGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCT < SRR4302535.4465008/94‑1 (MQ=60)
GGCTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAA > SRR4302535.280473/1‑94 (MQ=60)
CTACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAAT > SRR4302535.762114/1‑94 (MQ=60)
TACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATC > SRR4302535.3903229/1‑94 (MQ=60)
ACGTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGACCTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCA > SRR4302535.2525909/1‑94 (MQ=60)
GTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCACTTTCTATTTCTAAAATCATT > SRR4302535.3533593/1‑94 (MQ=60)
GTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATT > SRR4302535.381546/1‑94 (MQ=60)
GTTAACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATT > SRR4302535.1530915/1‑94 (MQ=60)
AACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGC > SRR4302535.2782656/1‑94 (MQ=60)
AACTGCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGC > SRR4302535.3724486/1‑94 (MQ=60)
GCGTGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTCAAATCATTGGCGGTT > SRR4302535.1812853/1‑94 (MQ=60)
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TATTAATTAATATATAATACATAGGGAATGTAAATGAACAAATTTATTAAAGTTGCACTGGTAGGTGCAGTACTGGCTACGTTAACTGCATGTACTGGTCATATTGAAAACCGTGATAAGAACTGCTCTTACGACTACCTGCTGCACCCGGCAATTTCTATTTCTAAAATCATTGGCGGTT > NC_000913/3497052‑3497232
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
