Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,544,357 |
+G |
coding (163/1314 nt) |
gntT → |
gluconate permease |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,544,356 | 1 | . | G | 99.4%
| 549.9
/ NA
| 175 | V54V (GTC→GTG) | gntT | gluconate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); major base G (98/76); minor base T (1/0); total (99/76) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
GCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544265‑3544437
|
ttCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggc > 1:4056639/1‑91 (MQ=255)
tCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcg > 2:461339/1‑90 (MQ=255)
tCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTc‑ggcg < 2:3847825/93‑4 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc < 2:4237415/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc < 2:4193830/93‑1 (MQ=255)
tCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGcc > 2:3664150/1‑93 (MQ=255)
ggtgcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 1:913828/90‑1 (MQ=255)
gTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCtt < 1:344648/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTg < 1:3531934/93‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTg > 2:155306/1‑93 (MQ=255)
ggCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGc > 2:3917384/1‑93 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGcc > 1:961876/1‑93 (MQ=255)
gcgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGcc > 2:1041893/1‑93 (MQ=255)
cgcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGccc < 2:2613965/93‑1 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCt > 2:1655533/1‑93 (MQ=255)
gcTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCt > 1:2380438/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 2:2576230/1‑93 (MQ=255)
cTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTg > 2:2741321/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 2:3061747/93‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt > 1:2207666/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt > 2:3083821/1‑93 (MQ=255)
tGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAt < 1:441007/93‑1 (MQ=255)
gCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATc > 2:870751/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa > 1:2337232/1‑93 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 1:46968/93‑1 (MQ=255)
cTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCa < 2:2922078/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 1:3261377/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 1:761706/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 1:2919310/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt > 1:1916909/1‑93 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 1:2081690/93‑1 (MQ=255)
tGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAt < 2:3078121/93‑1 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:2822764/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:1848023/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:2476438/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 2:2946353/1‑93 (MQ=255)
gTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATg > 1:2778786/1‑93 (MQ=255)
ttGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATgg > 1:1674786/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt > 2:3726683/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt > 2:1353914/1‑93 (MQ=255)
aTTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGttt < 2:4113884/93‑1 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGTTCATGGGtttt > 2:3911158/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:2475478/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 2:1776139/1‑93 (MQ=255)
ttAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGtttt > 1:1105909/1‑93 (MQ=255)
tAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTg < 1:3258736/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc > 2:3570103/1‑93 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:4488048/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGgc < 1:2970084/93‑1 (MQ=255)
aTGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGATTTGgc > 2:4327467/1‑93 (MQ=255)
aaGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCaa < 1:415728/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:941319/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt > 1:553925/1‑93 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 1:2163505/93‑1 (MQ=255)
aGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAt < 2:1794283/93‑1 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATg > 2:4299924/1‑93 (MQ=255)
ggAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGGTTTGGCGGAATg > 2:3610799/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 2:285672/1‑93 (MQ=255)
gAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGc > 1:1674847/1‑93 (MQ=255)
aaTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCt < 1:1183248/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 1:3340926/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 1:4683799/93‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg > 2:607116/1‑93 (MQ=255)
aTGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTg < 1:998086/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTgg < 1:1334676/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCa < 1:2720547/93‑1 (MQ=255)
cGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTCGCGCAATGCTGGGCa > 2:744078/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:4068175/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:1598220/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 2:3293537/1‑93 (MQ=255)
gCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaa > 1:2115018/1‑93 (MQ=255)
cTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaa < 1:4581190/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 1:1259065/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa < 2:1527427/93‑1 (MQ=255)
tGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCaaaa > 2:767357/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt < 1:2840603/93‑1 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 2:2354515/1‑93 (MQ=255)
ggATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAt > 1:4327314/1‑93 (MQ=255)
gATAAATTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATg < 2:876233/93‑1 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc > 2:1719351/1‑93 (MQ=255)
aTAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGc < 2:3786462/93‑1 (MQ=255)
tAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCt < 2:3412009/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg < 2:2224878/93‑1 (MQ=255)
aaGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTgg > 1:3703496/1‑93 (MQ=255)
ttATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAg < 1:1016120/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAc > 2:1132059/1‑93 (MQ=255)
ttGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACt > 2:3169621/1‑93 (MQ=255)
ggCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTgg > 2:2835135/1‑92 (MQ=255)
gCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCg < 1:1458581/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCg > 1:1230254/1‑93 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt < 2:3403926/93‑1 (MQ=255)
tCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGt > 1:4387931/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 1:2254298/1‑93 (MQ=255)
ccATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTg > 2:3267112/1‑93 (MQ=255)
cATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTgg < 1:2035198/93‑1 (MQ=255)
tCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcg < 1:2108631/93‑1 (MQ=255)
cAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGgcgc < 2:2049911/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 1:2011048/93‑1 (MQ=255)
aGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGcaca < 2:364621/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACaa > 2:2560175/1‑93 (MQ=255)
|
GCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTC‑GC‑GGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544265‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑CGGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG > SRR4302535.797610/1‑94 (MQ=60)
CTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgc > SRR4302535.4084411/1‑92 (MQ=60)
TTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcg > SRR4302535.3707495/1‑91 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATGAAAGCCGGTGTCGgcggg > SRR4302535.1011032/1‑89 (MQ=60)
CATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggg > SRR4302535.3896942/1‑89 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggga < SRR4302535.4518083/94‑7 (MQ=60)
ATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcggga < SRR4302535.3924796/94‑7 (MQ=60)
TCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggac > SRR4302535.2924011/1‑87 (MQ=60)
CGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacc > SRR4302535.347547/1‑86 (MQ=60)
CTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgct > SRR4302535.3516696/1‑84 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcg > SRR4302535.4507436/1‑82 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcg < SRR4302535.4691936/94‑13 (MQ=60)
CTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcg < SRR4302535.1970422/94‑13 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggt < SRR4302535.1349472/94‑15 (MQ=60)
CGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggt > SRR4302535.4358204/1‑80 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggaggctcggta > SRR4302535.3716690/1‑79 (MQ=60)
GTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctccgga > SRR4302535.4433927/1‑79 (MQ=60)
CCTTGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagc < SRR4302535.3671285/94‑18 (MQ=60)
CCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagc > SRR4302535.943504/1‑77 (MQ=60)
CCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagc > SRR4302535.4382883/1‑77 (MQ=60)
CCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagc > SRR4302535.1922652/1‑77 (MQ=60)
CTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtagcc > SRR4302535.1594515/1‑76 (MQ=60)
CGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCCAAGCCGGTGTCGgcgggacgctcggtcgcctt > SRR4302535.2265749/1‑74 (MQ=60)
ggtGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTG < SRR4302535.920320/91‑1 (MQ=60)
GTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTG < SRR4302535.347025/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGC < SRR4302535.3556454/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCC < SRR4302535.4085065/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCC > SRR4302535.968711/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302535.2397534/1‑94 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCT < SRR4302535.2359685/94‑1 (MQ=60)
CGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCT > SRR4302535.4404990/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302535.2046018/1‑94 (MQ=60)
GCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTG > SRR4302535.3532284/1‑94 (MQ=60)
CTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGA > SRR4302535.190548/1‑94 (MQ=60)
TTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGAT > SRR4302535.2223390/1‑94 (MQ=60)
TGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATC < SRR4302535.444096/94‑1 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCA > SRR4302535.2353955/1‑94 (MQ=60)
GCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGGGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCC > SRR4302535.1004335/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT < SRR4302535.47323/94‑1 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302535.2939910/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302535.767075/1‑94 (MQ=60)
CTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCAT > SRR4302535.1930720/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302535.563980/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302535.3284036/94‑1 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302535.2842804/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302535.2798572/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302535.2494295/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG > SRR4302535.1861341/1‑94 (MQ=60)
TGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATG < SRR4302535.2096688/94‑1 (MQ=60)
GTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGG > SRR4302535.1686912/1‑94 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGCT > SRR4302535.4593622/1‑94 (MQ=60)
GGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGGAGCCTTGCCCTGATCATGGGCT > SRR4302535.3957880/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT > SRR4302535.1113810/1‑94 (MQ=60)
ATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTT < SRR4302535.4439298/94‑1 (MQ=60)
TTNANNNANGGNANGCCGCNGNNNAAAGTTNTTGGCTCCNTCNAAGCCNGTGTCGGNGGGACGCTCGGNAGNCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302535.1501316/94‑1 (MQ=30)
TTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTG < SRR4302535.4225878/94‑1 (MQ=60)
TAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGG < SRR4302535.3281384/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302535.4518858/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302535.2990932/94‑1 (MQ=60)
ATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCG < SRR4302535.201527/94‑1 (MQ=60)
TGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTACCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGGGC > SRR4302535.496405/1‑94 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT < SRR4302535.418642/94‑1 (MQ=60)
AAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAAT > SRR4302535.557803/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302535.2855059/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302535.947982/94‑1 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG > SRR4302535.2122302/1‑94 (MQ=60)
AGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATG < SRR4302535.2179024/94‑1 (MQ=60)
GGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGC > SRR4302535.1686973/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG > SRR4302535.3364203/1‑94 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302535.1191700/94‑1 (MQ=60)
AATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTG < SRR4302535.2795580/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302535.4715474/94‑1 (MQ=60)
ATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGG < SRR4302535.1005168/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGG < SRR4302535.1344195/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302535.1804722/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302535.4096016/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA < SRR4302535.2739981/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAA > SRR4302535.2130283/1‑94 (MQ=60)
GCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGCTCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAA > SRR4302535.3418602/1‑94 (MQ=60)
CTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAA < SRR4302535.4612388/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302535.1268075/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT < SRR4302535.2930412/94‑1 (MQ=60)
TGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAAT > SRR4302535.4356908/1‑94 (MQ=60)
GGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATG < SRR4302535.2860754/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCT < SRR4302535.205199/94‑1 (MQ=60)
TAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTG < SRR4302535.2336457/94‑1 (MQ=60)
AAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGG > SRR4302535.3729142/1‑94 (MQ=60)
AAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGC > SRR4302535.127683/1‑94 (MQ=60)
AGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCA > SRR4302535.3348814/1‑94 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA < SRR4302535.1023342/94‑1 (MQ=60)
TTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGA > SRR4302535.1224061/1‑94 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC < SRR4302535.2822283/94‑1 (MQ=60)
TATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGAC > SRR4302535.2204106/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACT < SRR4302535.965437/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302535.1138299/94‑1 (MQ=60)
TTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTG < SRR4302535.1423849/94‑1 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG > SRR4302535.1239047/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG > SRR4302535.1239048/1‑94 (MQ=60)
GGCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCG < SRR4302535.3218843/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGG < SRR4302535.1469023/94‑1 (MQ=60)
CTCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGT > SRR4302535.4417946/1‑94 (MQ=60)
TCCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTG > SRR4302535.2270350/1‑94 (MQ=60)
CCATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCGTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGG < SRR4302535.2401753/94‑1 (MQ=60)
CATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGC < SRR4302535.2049861/94‑1 (MQ=60)
ATCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCG > SRR4302535.2986464/1‑94 (MQ=60)
TCAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGC < SRR4302535.2123838/94‑1 (MQ=60)
CAAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCA > SRR4302535.4676127/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGTGCAC > SRR4302535.943933/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAC > SRR4302535.2228723/1‑94 (MQ=60)
AAAGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCAA > SRR4302535.4481303/1‑94 (MQ=60)
AGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA < SRR4302535.2025524/94‑1 (MQ=60)
AGCCGGTGTCGGCGGGACGCTCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > SRR4302535.2147618/1‑94 (MQ=60)
|
GGCTTCATCGCTCTCGTCCTCGTGGCGCTTGCTGTTGGATTAATGCAAGGAATGCCGCTGGATAAAGTTATTGGCTCCATCAAAGCCGGTGTCG‑‑CGGACG‑TCGGTAGCCTTGCCCTGATCATGGGTTTTGGCGCAATGCTGGGCAAAATGCTGGCAGACTGCGGTGGCGCACAA > NC_000913/3544264‑3544437
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
