Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,747,858 |
A→G |
Y48C (TAC→TGC) |
sgbE → |
putative epimerase/aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,747,858 | 0 | A | G | 100.0%
| 688.1
/ NA
| 220 | Y48C (TAC→TGC) | sgbE | putative epimerase/aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (108/112); total (108/112) |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACAC > NC_000913/3747768‑3747947
|
cTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGACAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCCGCAATGGATGGTAATCAAACTTTCCGCCGCCGAGTgcg > 1:4401517/1‑93 (MQ=255)
cACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTgcgac > 1:4685262/1‑93 (MQ=255)
aCCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTgcgacg > 2:1274394/1‑93 (MQ=255)
ccATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCAGGCGTCGAGTgcgacgg > 2:3538065/1‑92 (MQ=255)
cATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGtg > 2:3718876/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGtga > 2:4526153/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGtgat < 1:967889/93‑1 (MQ=255)
tGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGtgatga > 1:3906730/1‑93 (MQ=255)
tGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGtgatga < 1:3159323/93‑1 (MQ=255)
tGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccg < 1:4177602/93‑1 (MQ=255)
tGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccg > 1:2389525/1‑93 (MQ=255)
gACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgc > 1:1402351/1‑93 (MQ=255)
gACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgc > 2:3471767/1‑93 (MQ=255)
aCGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgcc < 1:2828923/93‑1 (MQ=255)
aCGTTCACCTGGGGCAATATCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgcc > 2:3301564/1‑93 (MQ=255)
cGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAgcgccg > 2:2351716/1‑93 (MQ=255)
cGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgccg > 2:2912884/1‑93 (MQ=255)
gTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAccgccgc > 2:1791673/1‑92 (MQ=255)
ttCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCcgac > 2:440303/1‑93 (MQ=255)
taCCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAGCCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCcgacga < 2:4445185/92‑1 (MQ=255)
cACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCcgacga < 2:2610646/93‑1 (MQ=255)
aCCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGat > 2:788892/1‑93 (MQ=255)
aCCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGat > 1:1517225/1‑93 (MQ=255)
cTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGatat < 1:646115/93‑1 (MQ=255)
gggCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggt < 2:316650/93‑1 (MQ=255)
ggCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggtg < 1:1004450/93‑1 (MQ=255)
ggCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggtg > 1:2969178/1‑93 (MQ=255)
aaTGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggtggtg > 2:2188037/1‑93 (MQ=255)
aTGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggtggtgg < 2:545516/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATAtggtggtgg > 1:1364501/1‑93 (MQ=255)
gTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGtt < 1:1545321/93‑1 (MQ=255)
gTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGtt < 2:1378023/93‑1 (MQ=255)
gTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGtt < 1:4126604/93‑1 (MQ=255)
tCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTggtgggtg > 2:4004078/1‑93 (MQ=255)
tCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACAGCCGACGATATGGTGGTGGTTg > 2:384541/1‑93 (MQ=255)
cggcgcGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTga < 2:4304110/91‑1 (MQ=255)
cAGCGCGGTAGACGAAACGCTGCAATGGATGCTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTga < 2:4387125/93‑1 (MQ=255)
cAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTga < 1:1703617/93‑1 (MQ=255)
aGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTgag > 1:573538/1‑93 (MQ=255)
gcgcGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTgaga > 2:3595646/1‑93 (MQ=255)
gcgcGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTgaga < 2:2831952/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTgaga > 1:2342242/1‑93 (MQ=255)
cgcgGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGAt < 2:375028/93‑1 (MQ=255)
ggTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGc < 2:1203436/93‑1 (MQ=255)
ggTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGGTGAGATAGc > 2:1636443/1‑93 (MQ=255)
gTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGcc < 2:1666535/93‑1 (MQ=255)
gACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGc > 1:838619/1‑93 (MQ=255)
gACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGc < 1:1945061/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTa > 1:2158445/1‑93 (MQ=255)
aaCGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTaa < 2:4191869/93‑1 (MQ=255)
aaCGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTaa < 2:717707/93‑1 (MQ=255)
aCGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAg < 2:671558/93‑1 (MQ=255)
aCGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAg > 1:1127822/1‑93 (MQ=255)
gggCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAggtg < 2:491562/92‑1 (MQ=255)
ggCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAggtgg < 2:2547379/93‑1 (MQ=255)
ggCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAggtgg < 2:874902/93‑1 (MQ=255)
ggCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAggtgg < 2:172959/93‑1 (MQ=255)
ggCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAggtgg < 1:2587499/93‑1 (MQ=255)
cAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGgtggtg > 2:4514444/1‑93 (MQ=255)
cAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGgtggtg < 1:3631281/93‑1 (MQ=255)
aaTGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGtggtgg < 1:3783829/93‑1 (MQ=255)
tggatggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGaa < 1:2746064/93‑1 (MQ=255)
ggatggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAg > 2:2430067/1‑93 (MQ=255)
atggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgc > 1:3141620/1‑93 (MQ=255)
atggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgc < 1:4516112/93‑1 (MQ=255)
tggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgca > 1:1053605/1‑93 (MQ=255)
tggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgca < 1:3950298/93‑1 (MQ=255)
tggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgca < 2:1531059/93‑1 (MQ=255)
ggTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgcag > 1:4546112/1‑93 (MQ=255)
gTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGgcagc < 1:1322667/93‑1 (MQ=255)
aaaCCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCaaaaaa < 1:1593695/93‑1 (MQ=255)
aaCCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCACCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAAc > 2:1414163/1‑93 (MQ=255)
aCCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAccc < 1:3553353/93‑1 (MQ=255)
aCCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAAcc > 2:2984529/1‑93 (MQ=255)
ccTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAAccc < 1:2018907/93‑1 (MQ=255)
ccTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGACAGCCAGCGGTCAGGTGGGGGAAGGCAGCAAAAAAccc > 2:2709085/1‑93 (MQ=38)
cTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCct > 1:2808145/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctc < 1:3184049/93‑1 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctc > 2:2511793/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctc > 1:4277398/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctc > 2:2525197/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctc < 1:3687278/93‑1 (MQ=255)
ttCCGGCGTCGAGAGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGGTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAAACctc > 2:1579040/1‑93 (MQ=255)
tCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctct < 1:1622911/93‑1 (MQ=255)
tCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCctct < 1:3373628/93‑1 (MQ=255)
ccGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCtt > 1:4235477/1‑93 (MQ=255)
cGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTc < 1:1437184/93‑1 (MQ=255)
cGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTc < 2:825453/93‑1 (MQ=255)
gCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCg < 2:1290117/93‑1 (MQ=255)
gCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCg > 1:79092/1‑93 (MQ=255)
gCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCg > 1:1920637/1‑93 (MQ=255)
cGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGa < 2:3115609/93‑1 (MQ=255)
gTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGAt > 2:4657630/1‑93 (MQ=255)
gTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGAGGAGAAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCAGAt > 1:2922611/1‑93 (MQ=255)
tCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAACCCCTCTTCCGATa < 2:2752822/93‑1 (MQ=255)
tCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAACAACTCTTTCGAtc > 2:2049931/1‑92 (MQ=255)
tCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATa > 1:3472088/1‑93 (MQ=255)
cGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATac < 1:4576186/93‑1 (MQ=255)
gAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATaca > 2:1988777/1‑93 (MQ=255)
gAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATaca < 2:110660/93‑1 (MQ=255)
|
CTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACAC > NC_000913/3747768‑3747947
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGCTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCA > NC_000913/3747766‑3747949
|
CGCTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGC > SRR4302535.1742960/1‑94 (MQ=60)
GCTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCG > SRR4302535.2850620/1‑94 (MQ=60)
GCTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGACAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCCGCAATGGATGGTAATCAAACTTTCCGCCGCCGAGTGCG > SRR4302535.4431636/1‑94 (MQ=60)
TCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGAC > SRR4302535.4716980/1‑94 (MQ=60)
CACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACG > SRR4302535.723134/1‑94 (MQ=60)
CACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACG < SRR4302535.2150275/94‑1 (MQ=60)
ACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGT > SRR4302535.1774844/1‑94 (MQ=60)
ACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGT > SRR4302535.3650597/1‑94 (MQ=60)
TCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATG < SRR4302535.974768/94‑1 (MQ=60)
TCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATG > SRR4302535.2836572/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGA > SRR4302535.3933496/1‑94 (MQ=60)
TGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAC < SRR4302535.3181244/94‑1 (MQ=60)
TGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGAC > SRR4302535.2434977/1‑94 (MQ=60)
GTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCG > SRR4302535.2406703/1‑94 (MQ=60)
GTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCG < SRR4302535.2544425/94‑1 (MQ=60)
TGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGC < SRR4302535.4206199/94‑1 (MQ=60)
TGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGC > SRR4302535.1412356/1‑94 (MQ=60)
ACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCG < SRR4302535.2849000/94‑1 (MQ=60)
GTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGAC < SRR4302535.835118/94‑1 (MQ=60)
GTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACAGCCGAC > SRR4302535.4461394/1‑94 (MQ=60)
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GTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCA < SRR4302535.1332108/94‑1 (MQ=60)
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AAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAAC < SRR4302535.1605195/94‑1 (MQ=60)
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AAACCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGGGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGGGGTGGAAGGCAGCAAAAAAC > SRR4302535.894718/1‑94 (MQ=60)
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CCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCT > SRR4302535.2828110/1‑94 (MQ=60)
CCTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCT < SRR4302535.3855030/94‑1 (MQ=60)
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CTTCCGGCGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTC > SRR4302535.4157072/1‑94 (MQ=60)
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CGTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGAGGAGAAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCAGAT > SRR4302535.2943223/1‑94 (MQ=60)
GTCGAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATA > SRR4302535.3496215/1‑94 (MQ=60)
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GAGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACAC < SRR4302535.2870998/94‑1 (MQ=60)
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AGTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACC > SRR4302535.99723/1‑94 (MQ=60)
GTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCA < SRR4302535.2226434/94‑1 (MQ=60)
GTGCGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCA < SRR4302535.1939718/94‑1 (MQ=60)
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CGCTCACCATCTGGTGACGTTCACCTGGGGCAATGTCAGCGCGGTAGACGAAACGCGGCAATGGATGGTAATCAAACCTTCCGGCGTCGAGTACGACGTGATGACCGCCGACGATATGGTGGTGGTTGAGATAGCCAGCGGTAAGGTGGTGGAAGGCAGCAAAAAACCCTCTTCCGATACACCA > NC_000913/3747766‑3747949
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
