Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,895,138 |
T→C |
S2P (TCT→CCT) |
yieI → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,895,138 | 0 | T | C | 99.7%
| 934.9
/ ‑5.1
| 293 | S2P (TCT→CCT) | yieI | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (129/163); total (129/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.33e-01 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTC > NC_000913/3895048‑3895227
|
ggTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCt > 1:3992739/1‑93 (MQ=255)
ggTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCt < 1:1142184/93‑1 (MQ=255)
ggTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCt < 2:2597457/93‑1 (MQ=255)
ggTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTCAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCt > 2:3941364/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTg > 1:1448738/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTg < 2:956724/93‑1 (MQ=255)
ttggATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGtt < 1:1036993/91‑1 (MQ=255)
tGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGtt < 2:3012101/93‑1 (MQ=255)
tGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGtt < 1:925162/93‑1 (MQ=255)
gggATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGttt > 1:2642585/1‑93 (MQ=255)
ggATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTc > 2:2056954/1‑93 (MQ=255)
ggATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTc < 2:4524881/93‑1 (MQ=255)
gATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCa < 2:4250482/93‑1 (MQ=255)
gATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCa < 2:814998/93‑1 (MQ=255)
atatTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCAc < 2:3338394/93‑1 (MQ=255)
ttACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTc > 1:3662499/1‑93 (MQ=255)
aCGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCgg > 2:1221204/1‑93 (MQ=255)
cGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTCCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCggg < 2:2240520/93‑1 (MQ=255)
gCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTa > 2:2180486/1‑93 (MQ=255)
gCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTa > 1:2784117/1‑93 (MQ=255)
cATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTaa > 1:4067157/1‑93 (MQ=255)
cATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTaa > 2:3325864/1‑93 (MQ=255)
aTAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAAt > 1:1324848/1‑93 (MQ=255)
tAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATa > 1:2425004/1‑93 (MQ=255)
tAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATa > 1:2727896/1‑93 (MQ=255)
tAGTTCTGCGCGCTCCCTTCACTTCCCCCGCTTAGATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATa < 2:3690578/93‑1 (MQ=255)
gTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACa < 1:3720318/93‑1 (MQ=255)
tcttcCCCCTCCCTTCACTTCCCCCGCTTAAATGGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATc < 1:1636942/93‑1 (MQ=255)
tcttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATc < 1:2061480/93‑1 (MQ=255)
cttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCa < 2:3464725/93‑1 (MQ=255)
ttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAc > 1:3076449/1‑93 (MQ=255)
ttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAc < 2:2938143/93‑1 (MQ=255)
acacTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGa > 2:3262729/1‑93 (MQ=255)
cacTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGAc < 1:1096558/93‑1 (MQ=255)
ccTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACt < 1:4260473/92‑1 (MQ=255)
acTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACt > 2:1090638/1‑93 (MQ=255)
acTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACt > 2:3775249/1‑93 (MQ=255)
acTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGGAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACt > 2:3549019/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACttt > 1:1576496/1‑93 (MQ=255)
ccTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAt < 2:778327/93‑1 (MQ=255)
cTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtt < 1:3417821/93‑1 (MQ=255)
cTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtt < 2:1899967/93‑1 (MQ=255)
cTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtt < 1:4456384/93‑1 (MQ=255)
ttCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAttt < 1:2250085/93‑1 (MQ=255)
ttCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAttt < 1:294492/93‑1 (MQ=255)
tCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtttt > 1:3971547/1‑93 (MQ=255)
tCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtttt < 2:1117782/93‑1 (MQ=255)
cACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGCGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTg > 1:2514850/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCa < 1:3278534/93‑1 (MQ=255)
cTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCa > 2:1445529/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCa < 2:1826476/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGGAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACCTCAAGGATTTTATTTTGCAg > 2:3102091/1‑93 (MQ=255)
tACCCCGCTTTAATTGGCGCTCAAAGGTAAATAAAGGTAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGt < 2:3744206/93‑1 (MQ=255)
tACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGt < 2:2155027/93‑1 (MQ=255)
aCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGtt < 2:1667491/93‑1 (MQ=255)
ccccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGttt < 2:840900/93‑1 (MQ=255)
cGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAg > 1:352066/1‑93 (MQ=255)
cGCTTAAATTCGCACTCAAAGGTAAGTAAAGCGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAg < 1:4190409/93‑1 (MQ=255)
gCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAgg < 2:238119/93‑1 (MQ=255)
gCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAgg > 2:972937/1‑93 (MQ=255)
gCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAgg > 2:2535331/1‑93 (MQ=255)
gCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAgg > 2:3396850/1‑93 (MQ=255)
gCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAgg > 1:801914/1‑93 (MQ=255)
cTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGa < 1:3546938/93‑1 (MQ=255)
ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAc > 1:1255024/1‑93 (MQ=255)
ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAc < 1:461144/93‑1 (MQ=255)
tAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAcc < 1:3861690/93‑1 (MQ=255)
tAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAcc > 1:2286187/1‑93 (MQ=255)
aaTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGt > 2:4418307/1‑93 (MQ=255)
aaTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGt > 1:2123360/1‑93 (MQ=255)
aTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGtt > 1:3449571/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTaa > 2:1606111/1‑93 (MQ=255)
cgcTCAAAGGTAAGTAAAGAGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTg < 1:681583/93‑1 (MQ=255)
cAAAGGTAAATAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtgt < 1:2142433/93‑1 (MQ=255)
aaaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGtt > 1:619029/1‑93 (MQ=255)
aaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTc < 2:2453448/93‑1 (MQ=255)
aaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTc > 2:2826739/1‑93 (MQ=255)
ggTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTg < 1:18372/93‑1 (MQ=255)
ggTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTg > 1:3778851/1‑93 (MQ=255)
ggTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGATTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTg > 2:1275770/1‑93 (MQ=255)
gtaagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGt > 2:1561939/1‑93 (MQ=255)
gtaagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGt < 1:1967772/93‑1 (MQ=255)
gtaagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGt > 1:4087660/1‑93 (MQ=255)
taagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGtt < 1:1485100/93‑1 (MQ=255)
agtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTc < 1:3146135/93‑1 (MQ=255)
gtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCt > 1:842704/1‑93 (MQ=255)
taaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCtt < 1:4591682/93‑1 (MQ=255)
taaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCtt < 2:4586498/93‑1 (MQ=255)
aaaGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTg > 1:499976/1‑93 (MQ=255)
aaaGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTg > 2:4294238/1‑93 (MQ=255)
aaGGTAGTTTGATATGCTTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGt < 2:456021/93‑1 (MQ=255)
aGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTc < 1:4537391/93‑1 (MQ=255)
gggAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTcc < 2:179596/93‑1 (MQ=255)
aGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCctct > 1:1940558/1‑93 (MQ=255)
gTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTa > 1:4107692/1‑93 (MQ=255)
tGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACat > 1:3633640/1‑93 (MQ=255)
tatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAtt < 1:1208531/93‑1 (MQ=255)
tatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAtt > 2:4058721/1‑93 (MQ=255)
tatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAtt > 1:4650326/1‑93 (MQ=255)
atGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAttc > 2:2310059/1‑93 (MQ=255)
|
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTC > NC_000913/3895048‑3895227
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC > NC_000913/3895047‑3895230
|
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT > SRR4302535.4020052/1‑94 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT < SRR4302535.2506183/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT < SRR4302535.902514/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT > SRR4302535.1122464/1‑94 (MQ=60)
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTG > SRR4302535.1459094/1‑94 (MQ=60)
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTG < SRR4302535.1150327/94‑1 (MQ=60)
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTG > SRR4302535.2369067/1‑94 (MQ=60)
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTG < SRR4302535.4416854/94‑1 (MQ=60)
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTG < SRR4302535.4108315/94‑1 (MQ=60)
GTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGT < SRR4302535.3457268/94‑1 (MQ=60)
TTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTT < SRR4302535.4635839/94‑1 (MQ=60)
TTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTT < SRR4302535.2071161/94‑1 (MQ=60)
TTGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTT < SRR4302535.1044359/94‑1 (MQ=60)
TGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTT < SRR4302535.931715/94‑1 (MQ=60)
TGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTT > SRR4302535.2661510/1‑94 (MQ=60)
TGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTT < SRR4302535.2198808/94‑1 (MQ=60)
GGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCATTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCA > SRR4302535.1058622/1‑94 (MQ=60)
GATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCAC < SRR4302535.3498165/94‑1 (MQ=60)
ATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTC > SRR4302535.3687859/1‑94 (MQ=60)
TTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCG < SRR4302535.422462/94‑1 (MQ=60)
TACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGG > SRR4302535.2441271/1‑94 (MQ=60)
ACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGG < SRR4302535.2512770/94‑1 (MQ=60)
CGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGT > SRR4302535.4599587/1‑94 (MQ=60)
GGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTA > SRR4302535.2803928/1‑94 (MQ=60)
GCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAA > SRR4302535.4094988/1‑94 (MQ=60)
CATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAAT > SRR4302535.1334307/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATA > SRR4302535.1626979/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATA > SRR4302535.2442476/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATA > SRR4302535.2747376/1‑94 (MQ=60)
AGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACA < SRR4302535.3453447/94‑1 (MQ=60)
AGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACA < SRR4302535.830778/94‑1 (MQ=60)
GTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACAT < SRR4302535.3746092/94‑1 (MQ=60)
GTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACAT < SRR4302535.3938035/94‑1 (MQ=60)
TTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATC < SRR4302535.1811819/94‑1 (MQ=60)
TTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATC < SRR4302535.4122021/94‑1 (MQ=60)
TGCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGAAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATC < SRR4302535.4122022/94‑1 (MQ=60)
TCTTCCCCCTCCCTTCACTTCCCCCGCTTAAATGGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302535.1648766/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302535.3566835/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302535.3850694/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302535.2076335/94‑1 (MQ=60)
TCGTCACGCTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCTCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302535.3116345/94‑1 (MQ=60)
CTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAC > SRR4302535.2659059/1‑94 (MQ=60)
CTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAC > SRR4302535.3097911/1‑94 (MQ=60)
CTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAC > SRR4302535.4076720/1‑94 (MQ=60)
CTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAC > SRR4302535.1463785/1‑94 (MQ=60)
TTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACG > SRR4302535.2824797/1‑94 (MQ=60)
TCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGG > SRR4302535.2724312/1‑94 (MQ=60)
ACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGAC < SRR4302535.3857851/94‑1 (MQ=60)
CACTCCCTTCACTTTCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT < SRR4302535.330226/94‑1 (MQ=60)
CACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT < SRR4302535.1104363/94‑1 (MQ=60)
CCTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTT < SRR4302535.4289654/94‑1 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTGCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT < SRR4302535.1519737/94‑1 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT > SRR4302535.1587872/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTA > SRR4302535.4629928/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTA < SRR4302535.401688/94‑1 (MQ=60)
CCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAT < SRR4302535.4681963/94‑1 (MQ=60)
CCTTCACTTCCCCCGCATAAAGTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATT < SRR4302535.3524058/94‑1 (MQ=60)
CCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATT < SRR4302535.3302412/94‑1 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302535.78043/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302535.744590/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302535.536071/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT < SRR4302535.4486946/94‑1 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT < SRR4302535.3441597/94‑1 (MQ=60)
TTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTT < SRR4302535.296548/94‑1 (MQ=60)
TTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTT < SRR4302535.2266107/94‑1 (MQ=60)
TTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTT > SRR4302535.3998673/1‑94 (MQ=60)
TTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTT > SRR4302535.1356311/1‑94 (MQ=60)
TCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGCGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTG > SRR4302535.2532979/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGC > SRR4302535.866533/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGC < SRR4302535.4216842/94‑1 (MQ=60)
ACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCA > SRR4302535.3299930/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302535.3301306/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGT < SRR4302535.678060/94‑1 (MQ=60)
TACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTT < SRR4302535.3580940/94‑1 (MQ=60)
TACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTT < SRR4302535.476788/94‑1 (MQ=60)
ACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTT < SRR4302535.4002404/94‑1 (MQ=60)
ACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTT < SRR4302535.912612/94‑1 (MQ=60)
CCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTT > SRR4302535.1201525/1‑94 (MQ=60)
CCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTT > SRR4302535.3936363/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTA > SRR4302535.4245784/1‑94 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302535.1944689/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG > SRR4302535.354495/1‑94 (MQ=60)
CCGCTTAAATGGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302535.459232/94‑1 (MQ=60)
CGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGG < SRR4302535.3668550/94‑1 (MQ=60)
CGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGG > SRR4302535.807549/1‑94 (MQ=60)
CGCTTAAATTCGCACTCAAAGGTAAGTAAAGCGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGG < SRR4302535.4219089/94‑1 (MQ=60)
GCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTGTTTTGCAGTTTTAGGA > SRR4302535.656906/1‑94 (MQ=60)
GCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGA < SRR4302535.834442/94‑1 (MQ=60)
CTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAC > SRR4302535.178075/1‑94 (MQ=60)
CTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAC < SRR4302535.3571563/94‑1 (MQ=60)
CTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAC > SRR4302535.1263998/1‑94 (MQ=60)
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACC > SRR4302535.2302521/1‑94 (MQ=60)
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACC < SRR4302535.464366/94‑1 (MQ=60)
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACC < SRR4302535.3037721/94‑1 (MQ=60)
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACC < SRR4302535.2093603/94‑1 (MQ=60)
TAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCG < SRR4302535.3888261/94‑1 (MQ=60)
TAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCG > SRR4302535.4660982/1‑94 (MQ=60)
AAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGT > SRR4302535.2138664/1‑94 (MQ=60)
AATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTT > SRR4302535.1980191/1‑94 (MQ=60)
AATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTT > SRR4302535.3473553/1‑94 (MQ=60)
TTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAA > SRR4302535.4319441/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATT < SRR4302535.1334147/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG < SRR4302535.1224399/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG < SRR4302535.591592/94‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGG < SRR4302535.373862/94‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGGTAAGTAAAGAGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGG < SRR4302535.686355/94‑1 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT < SRR4302535.1259703/94‑1 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT < SRR4302535.1169482/94‑1 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT < SRR4302535.405236/94‑1 (MQ=60)
TAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT < SRR4302535.3686821/94‑1 (MQ=60)
CAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT > SRR4302535.623332/1‑94 (MQ=60)
CAAAGGTAAATAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT < SRR4302535.2157846/94‑1 (MQ=60)
AAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTC > SRR4302535.934343/1‑94 (MQ=60)
AAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTC > SRR4302535.2798800/1‑94 (MQ=60)
AAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCT < SRR4302535.301841/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTG > SRR4302535.3804917/1‑94 (MQ=60)
GGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGT > SRR4302535.2798320/1‑94 (MQ=60)
GGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGT > SRR4302535.4115629/1‑94 (MQ=60)
GGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGT < SRR4302535.3160865/94‑1 (MQ=60)
GGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGT > SRR4302535.3589173/1‑94 (MQ=60)
GGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGT < SRR4302535.18510/94‑1 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT < SRR4302535.110433/94‑1 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT > SRR4302535.1948481/1‑94 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT < SRR4302535.1981953/94‑1 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT > SRR4302535.2686877/1‑94 (MQ=60)
TAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTGTGTTT > SRR4302535.16154/1‑94 (MQ=60)
TAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTT < SRR4302535.1495728/94‑1 (MQ=60)
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AGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCT < SRR4302535.3168013/94‑1 (MQ=60)
AGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCT > SRR4302535.3756011/1‑94 (MQ=60)
AGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGGAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCT > SRR4302535.3269526/1‑94 (MQ=60)
GTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTT < SRR4302535.4495856/94‑1 (MQ=60)
GTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTT > SRR4302535.209269/1‑94 (MQ=60)
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TAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTG < SRR4302535.2644695/94‑1 (MQ=60)
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AGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCC < SRR4302535.4568430/94‑1 (MQ=60)
AGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCC > SRR4302535.4560627/1‑94 (MQ=60)
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GGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCT < SRR4302535.1538682/94‑1 (MQ=60)
GGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCT < SRR4302535.1990637/94‑1 (MQ=60)
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GAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCT > SRR4302535.1954539/1‑94 (MQ=60)
AGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTA > SRR4302535.2810368/1‑94 (MQ=60)
AGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTA > SRR4302535.4135819/1‑94 (MQ=60)
TTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACA < SRR4302535.2143687/94‑1 (MQ=60)
TTTGATATGCCTGTTTCACGTCGAGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACA < SRR4302535.2189002/94‑1 (MQ=60)
TTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACAT > SRR4302535.3658821/1‑94 (MQ=60)
TTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACAT < SRR4302535.1285294/94‑1 (MQ=60)
TGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATA > SRR4302535.227360/1‑94 (MQ=60)
GATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAT < SRR4302535.3548148/94‑1 (MQ=60)
GATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAT < SRR4302535.2476565/94‑1 (MQ=60)
ATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATT > SRR4302535.4681818/1‑94 (MQ=60)
ATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATT < SRR4302535.3708441/94‑1 (MQ=60)
ATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATT < SRR4302535.1381962/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTC < SRR4302535.1217216/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGCTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCT > SRR4302535.2354231/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTT > SRR4302535.4436981/1‑94 (MQ=60)
TGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTT > SRR4302535.1539781/1‑94 (MQ=60)
GCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC < SRR4302535.1854495/94‑1 (MQ=60)
GCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC > SRR4302535.1584361/1‑94 (MQ=60)
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TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC > NC_000913/3895047‑3895230
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
