Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,895,138 |
T→C |
S2P (TCT→CCT) |
yieI → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,895,138 | 0 | T | C | 99.8%
| 1454.4
/ ‑5.3
| 457 | S2P (TCT→CCT) | yieI | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (212/244); total (213/244) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.05e-01 |
Only 100 of 464 total aligned reads displayed.
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTT > NC_000913/3895048‑3895229
|
ggTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCt > 2:2697190/1‑93 (MQ=255)
gTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTg < 1:2620563/93‑1 (MQ=255)
ttGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGt < 1:4045653/93‑1 (MQ=255)
ttGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGt > 1:5312066/1‑93 (MQ=255)
gggATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGttt > 2:679820/1‑93 (MQ=255)
atatTACGGCATAGTTCTTCACCCTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCAc < 2:1802199/93‑1 (MQ=255)
tatTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACg < 2:7145636/93‑1 (MQ=255)
atTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGt > 2:5296426/1‑93 (MQ=255)
ttACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCATTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTc > 1:1975826/1‑93 (MQ=255)
ttACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTc > 1:4264088/1‑93 (MQ=255)
tACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCg < 2:485437/93‑1 (MQ=255)
tACGGCAGAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCg < 2:2916737/93‑1 (MQ=255)
cGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCggg > 2:667382/1‑93 (MQ=255)
ggCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGt < 1:1779847/93‑1 (MQ=255)
ggCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGt < 1:1611431/93‑1 (MQ=255)
tAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATa > 2:2241164/1‑93 (MQ=255)
tAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATa > 2:7453269/1‑93 (MQ=255)
aGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATAc < 1:885447/93‑1 (MQ=255)
aGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATAc < 1:3314897/93‑1 (MQ=255)
gTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACa > 1:3474294/1‑93 (MQ=255)
tcttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATc > 1:6301821/1‑93 (MQ=255)
cttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCa < 2:4225120/93‑1 (MQ=255)
ttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATcgc < 1:4718601/93‑3 (MQ=255)
ttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAc < 1:6835555/93‑1 (MQ=255)
ttcACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCAc < 1:6193379/93‑1 (MQ=255)
acacTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGa > 1:7593806/1‑93 (MQ=255)
cacTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGAc > 2:718630/1‑93 (MQ=255)
cTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACtt < 2:3841731/93‑1 (MQ=255)
tCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACttt > 1:4835813/1‑93 (MQ=255)
tCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACttt > 1:2160423/1‑93 (MQ=255)
ccTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAt < 1:5069509/93‑1 (MQ=255)
ccTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAt < 1:5672160/93‑1 (MQ=255)
cTTCACGTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtt > 2:7678444/1‑93 (MQ=255)
ttCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAttt > 2:1075559/1‑93 (MQ=255)
ttCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAttt < 2:3491588/93‑1 (MQ=255)
tcactcacCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtttt < 1:35158/93‑1 (MQ=255)
tCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAtttt < 2:5688944/93‑1 (MQ=255)
aCTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGc > 2:825142/1‑93 (MQ=255)
aCTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGc < 2:5129349/93‑1 (MQ=255)
aCTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATAAATCCCGGACTTTATTTTGc > 1:6532870/1‑93 (MQ=255)
cTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCa < 1:2043551/93‑1 (MQ=255)
ttACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAg < 1:5156873/93‑1 (MQ=255)
aCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGtt < 2:4465243/93‑1 (MQ=255)
aCCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGtt > 2:907210/1‑93 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 1:169288/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa > 1:2442853/1‑93 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 2:6608068/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 1:3142043/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 2:7869764/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 1:1046287/93‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTa < 1:7929115/93‑1 (MQ=255)
cTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGa < 1:4449177/93‑1 (MQ=255)
ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAc > 2:4976448/1‑93 (MQ=255)
ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAc > 2:1932154/1‑93 (MQ=255)
ctAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAGATAGAGTTTGACATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACAACCCGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAc < 2:3164628/92‑1 (MQ=255)
tAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAcc > 2:2052723/1‑93 (MQ=255)
aaaTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCg < 1:5415787/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGtt < 2:1202279/93‑1 (MQ=255)
aTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGtt > 1:4910504/1‑93 (MQ=255)
ttGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTa > 1:1886886/1‑93 (MQ=255)
tGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTaa < 1:1322554/93‑1 (MQ=255)
cgcTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTg < 1:6453583/93‑1 (MQ=255)
cgcTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTg < 1:1490594/93‑1 (MQ=255)
gcTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTgg > 1:7145845/1‑93 (MQ=255)
gcTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTgg > 2:2486120/1‑93 (MQ=255)
tCAAGGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtg < 2:7624158/93‑1 (MQ=255)
tCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtg > 1:4537122/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtg > 2:952025/1‑93 (MQ=255)
tCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtg < 1:5546006/93‑1 (MQ=255)
cAAAGGTAAGTAAAGGGATTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGgtgt > 1:779743/1‑93 (MQ=255)
aaaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGtt > 1:2243909/1‑93 (MQ=255)
aaaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGtt > 2:1290738/1‑93 (MQ=255)
aaGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTc < 2:5910291/93‑1 (MQ=255)
aGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCt < 1:6751726/93‑1 (MQ=255)
ggTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTg > 1:7415722/1‑93 (MQ=255)
ggTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGCTAATTGGTGTTCTg > 2:6332438/1‑93 (MQ=255)
gtaagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGt > 2:1605903/1‑93 (MQ=255)
taagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGtt > 1:3762644/1‑93 (MQ=255)
taagtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGtt > 2:336292/1‑93 (MQ=255)
agtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTc < 1:1188443/93‑1 (MQ=255)
gtaaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCt < 2:4060248/93‑1 (MQ=255)
taaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCtt > 2:6136670/1‑93 (MQ=255)
taaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCtt > 1:7326725/1‑93 (MQ=255)
taaAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCtt > 2:2396426/1‑93 (MQ=255)
aaaGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTg > 1:2864291/1‑93 (MQ=255)
aaaGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTg < 2:6395567/93‑1 (MQ=255)
aaaGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTg < 1:5980982/93‑1 (MQ=255)
aGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTc < 2:4794517/93‑1 (MQ=255)
aGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGGGTTCTGTTTTTTGTc > 2:5066387/1‑93 (MQ=255)
aGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCctct < 1:3380429/93‑1 (MQ=255)
tttGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTAc < 2:5424074/93‑1 (MQ=255)
tttGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTAc > 2:2978367/1‑93 (MQ=255)
ttGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACa < 1:5837559/93‑1 (MQ=255)
ttGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACa < 2:1471079/93‑1 (MQ=255)
tatatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACata < 2:2209586/92‑1 (MQ=255)
gATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACata < 1:3054447/93‑1 (MQ=255)
gATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGCCCTCTACata < 2:4751062/93‑1 (MQ=255)
atatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACatat > 1:5499921/1‑93 (MQ=255)
atatGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTGCGTGTCCTCTACatat > 1:7028772/1‑93 (MQ=255)
atGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAttc < 1:6936113/93‑1 (MQ=255)
|
GGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTT > NC_000913/3895048‑3895229
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 262 total aligned reads displayed.
CGTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCG > NC_000913/3895045‑3895231
|
CGTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGC > SRR4302543.4845108/1‑94 (MQ=60)
CGTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGC < SRR4302543.7631797/94‑1 (MQ=60)
GTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCC < SRR4302543.1449712/94‑1 (MQ=60)
GTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCC > SRR4302543.2953033/1‑94 (MQ=60)
GTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCC < SRR4302543.6483708/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT < SRR4302543.2009687/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT < SRR4302543.4498424/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCT < SRR4302543.7359837/94‑1 (MQ=60)
GTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGT < SRR4302543.3555579/94‑1 (MQ=60)
GTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGT < SRR4302543.2644306/94‑1 (MQ=60)
TTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTT < SRR4302543.5515987/94‑1 (MQ=60)
TTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTT < SRR4302543.4081858/94‑1 (MQ=60)
TTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTT > SRR4302543.2917226/1‑94 (MQ=60)
GGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTC > SRR4302543.6073157/1‑94 (MQ=60)
GGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTC < SRR4302543.4626158/94‑1 (MQ=60)
GGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTATCCCGCGTAAATTGGCGCTCAAAGTTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCA > SRR4302543.4504272/1‑94 (MQ=60)
GGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCA < SRR4302543.6864257/94‑1 (MQ=60)
GGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCA > SRR4302543.2745282/1‑94 (MQ=60)
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ATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACT > SRR4302543.6487916/1‑94 (MQ=60)
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ATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTC > SRR4302543.2413564/1‑94 (MQ=60)
ATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTC > SRR4302543.4302818/1‑94 (MQ=60)
ATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTC < SRR4302543.197389/94‑1 (MQ=60)
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TACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGG < SRR4302543.3560242/94‑1 (MQ=60)
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GGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTA < SRR4302543.1625806/94‑1 (MQ=60)
GGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTA < SRR4302543.1477712/94‑1 (MQ=60)
GGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTA < SRR4302543.7169435/94‑1 (MQ=60)
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CATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAAT > SRR4302543.5964257/1‑94 (MQ=60)
ATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATA > SRR4302543.2398459/1‑94 (MQ=60)
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ATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGGTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATA > SRR4302543.4934601/1‑94 (MQ=60)
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AGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACA < SRR4302543.893292/94‑1 (MQ=60)
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GTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACAT > SRR4302543.5493622/1‑94 (MQ=60)
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TTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATC < SRR4302543.5416112/94‑1 (MQ=60)
TTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATC > SRR4302543.6361116/1‑94 (MQ=60)
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TCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCA < SRR4302543.7130514/94‑1 (MQ=60)
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TTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACG < SRR4302543.6900080/94‑1 (MQ=60)
TTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACG < SRR4302543.7030382/94‑1 (MQ=60)
TTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACG > SRR4302543.2544340/1‑94 (MQ=60)
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ACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGAC < SRR4302543.6029811/94‑1 (MQ=60)
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CACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT < SRR4302543.6524290/94‑1 (MQ=60)
CACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT > SRR4302543.5132382/1‑94 (MQ=60)
CACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT < SRR4302543.6524291/94‑1 (MQ=60)
CACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACT > SRR4302543.7832699/1‑94 (MQ=60)
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ACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTT > SRR4302543.8011111/1‑94 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT > SRR4302543.5232361/1‑94 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT > SRR4302543.2179775/1‑94 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT > SRR4302543.3685018/1‑94 (MQ=60)
CTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTT > SRR4302543.4879918/1‑94 (MQ=60)
TCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTA < SRR4302543.2143761/94‑1 (MQ=60)
CCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAT < SRR4302543.4512766/94‑1 (MQ=60)
CCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAT > SRR4302543.6964489/1‑94 (MQ=60)
CCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTAT < SRR4302543.5827622/94‑1 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302543.7921642/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302543.831448/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGGAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302543.5581820/1‑94 (MQ=60)
CTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGCAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCATGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTT > SRR4302543.5581823/1‑94 (MQ=60)
TTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTT > SRR4302543.6574022/1‑94 (MQ=60)
TCACTCACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTG < SRR4302543.35480/94‑1 (MQ=60)
CACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGC > SRR4302543.1949071/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGC > SRR4302543.6594374/1‑94 (MQ=60)
CACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATAAATCCCGGACTTTATTTTGC > SRR4302543.6594373/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAT > SRR4302543.2042354/1‑94 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302543.5696070/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302543.4772120/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302543.2061875/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302543.434969/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG < SRR4302543.1576319/94‑1 (MQ=60)
CTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAG > SRR4302543.1775191/1‑94 (MQ=60)
TTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGT < SRR4302543.1188649/94‑1 (MQ=60)
TTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGT < SRR4302543.5203476/94‑1 (MQ=60)
ACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATACGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTT > SRR4302543.3852275/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTA > SRR4302543.6468171/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTA < SRR4302543.4481489/94‑1 (MQ=60)
CCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTA > SRR4302543.2250746/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTA < SRR4302543.7171297/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302543.3170304/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG > SRR4302543.3089816/1‑94 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302543.1055653/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302543.2563406/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302543.8003561/94‑1 (MQ=60)
CCGCGTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAG < SRR4302543.3343094/94‑1 (MQ=60)
CGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGG > SRR4302543.936448/1‑94 (MQ=60)
CGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGG < SRR4302543.5644071/94‑1 (MQ=60)
CGCTTAAATTGGCGCTCAAAAGTAAGTAAAGGGAGCTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATGACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAAG > SRR4302543.3394496/1‑94 (MQ=60)
CTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAC < SRR4302543.2239959/94‑1 (MQ=60)
CTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGAC < SRR4302543.4489475/94‑1 (MQ=60)
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACC < SRR4302543.7598289/94‑1 (MQ=60)
TAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCG < SRR4302543.1939332/94‑1 (MQ=60)
AAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGT < SRR4302543.5751318/94‑1 (MQ=60)
AAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGT < SRR4302543.5465058/94‑1 (MQ=60)
AAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGT < SRR4302543.5465056/94‑1 (MQ=60)
AAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGT > SRR4302543.6871564/1‑94 (MQ=60)
AATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTT > SRR4302543.429305/1‑94 (MQ=60)
AATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTT < SRR4302543.7480363/94‑1 (MQ=60)
AATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTT > SRR4302543.4955257/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTA > SRR4302543.1903843/1‑94 (MQ=60)
ATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTA > SRR4302543.506622/1‑94 (MQ=60)
TTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGCTAA > SRR4302543.5311577/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAA < SRR4302543.6977944/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAAT < SRR4302543.122687/94‑1 (MQ=60)
TGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAAT < SRR4302543.1334302/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATT < SRR4302543.4675355/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG > SRR4302543.541059/1‑94 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG < SRR4302543.1744975/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG < SRR4302543.5445192/94‑1 (MQ=60)
GCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTG < SRR4302543.3945755/94‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGG < SRR4302543.6633678/94‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGG < SRR4302543.1504005/94‑1 (MQ=60)
CGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGG < SRR4302543.2518297/94‑1 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGGGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT > SRR4302543.5056448/1‑94 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT < SRR4302543.2431351/94‑1 (MQ=60)
GCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGT > SRR4302543.555056/1‑94 (MQ=60)
CTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTG > SRR4302543.4578423/1‑94 (MQ=60)
CTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTG < SRR4302543.6412159/94‑1 (MQ=60)
CTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTG < SRR4302543.7479896/94‑1 (MQ=60)
TCAAAGGTAAGTAAAGGGATTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGT > SRR4302543.786595/1‑94 (MQ=60)
TCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGT < SRR4302543.5051160/94‑1 (MQ=60)
TCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGT < SRR4302543.5596439/94‑1 (MQ=60)
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CAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT > SRR4302543.2264263/1‑94 (MQ=60)
CAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT < SRR4302543.3126378/94‑1 (MQ=60)
CAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTT > SRR4302543.1698771/1‑94 (MQ=60)
AAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCT < SRR4302543.1560934/94‑1 (MQ=60)
AAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCT < SRR4302543.1700080/94‑1 (MQ=60)
AAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCT < SRR4302543.7651566/94‑1 (MQ=60)
AGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTG > SRR4302543.7486864/1‑94 (MQ=60)
AGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTG > SRR4302543.6811479/1‑94 (MQ=60)
AGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTG < SRR4302543.6815488/94‑1 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT > SRR4302543.6969704/1‑94 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT > SRR4302543.3795761/1‑94 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT < SRR4302543.5302240/94‑1 (MQ=60)
GTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTT > SRR4302543.6857786/1‑94 (MQ=60)
AAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTC > SRR4302543.3484107/1‑94 (MQ=60)
AAGTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTC < SRR4302543.448856/94‑1 (MQ=60)
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GTAAAGGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTT < SRR4302543.7250351/94‑1 (MQ=60)
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GGGAGTTTGATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCT > SRR4302543.3319059/1‑94 (MQ=60)
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GATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAT < SRR4302543.3081954/94‑1 (MQ=60)
GATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATAT > SRR4302543.5549826/1‑94 (MQ=60)
ATATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATT > SRR4302543.3542553/1‑94 (MQ=60)
TATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTC < SRR4302543.3974222/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCT < SRR4302543.4291013/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCT > SRR4302543.127965/1‑94 (MQ=60)
TGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTT > SRR4302543.182596/1‑94 (MQ=60)
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GCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC > SRR4302543.5548153/1‑94 (MQ=60)
GCCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTC < SRR4302543.4659906/94‑1 (MQ=60)
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CCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCG > SRR4302543.2234922/1‑94 (MQ=60)
|
CGTGGTTGGGATATTACGGCATAGTTCTTCACACTCCCTTCACTTACCCCGCTTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCG > NC_000913/3895045‑3895231
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
