Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,913,076 |
(G)6→7 |
intergenic (‑248/+105) |
glmU ← / ← atpC |
N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,913,070 | 1 | . | G | 93.8%
| 720.8
/ 40.0
| 240 | intergenic (‑242/+111) | glmU/atpC | N‑acetyl glucosamine‑1‑phosphate uridyltransferase/membrane‑bound ATP synthase, F1 sector, epsilon‑subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/7); new base G (131/94); total (139/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCT > NC_000913/3912978‑3913159
|
cTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACa > 2:1562243/1‑93 (MQ=255)
ttttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑g < 1:555254/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTATCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg < 2:3069575/93‑1 (MQ=255)
tttGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gg > 2:4315773/1‑93 (MQ=255)
gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gggg‑g < 2:3816399/93‑1 (MQ=255)
gTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑gggg‑g < 1:2018695/93‑1 (MQ=255)
gCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGgtt > 1:476950/1‑93 (MQ=255)
gCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGgtt < 1:1925308/93‑1 (MQ=255)
gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTta < 2:2323375/93‑1 (MQ=255)
gAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGgtttta > 1:2478004/1‑91 (MQ=255)
aaaaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTtat < 1:2710026/93‑1 (MQ=255)
aaaaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTtat < 1:2242310/93‑1 (MQ=255)
aaaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTtata > 1:27660/1‑93 (MQ=255)
aaTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTatat < 1:2486770/93‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGTCCGTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATc < 1:981896/93‑1 (MQ=255)
aTTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATc < 1:1818314/93‑1 (MQ=255)
aaGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATcagc < 2:852936/93‑1 (MQ=255)
aGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATcagca > 1:199683/1‑93 (MQ=255)
ggCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATcagcag < 2:2855755/93‑1 (MQ=255)
ggCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATcagcag > 1:1418013/1‑93 (MQ=255)
gaGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGa < 2:321478/92‑1 (MQ=255)
cAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGa < 2:4150417/93‑1 (MQ=255)
aGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGAt < 1:4079170/93‑1 (MQ=255)
aGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGAt > 2:448926/1‑93 (MQ=255)
gTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATc < 1:1007770/93‑1 (MQ=255)
ttccTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTAATTCGAACAATTAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCt < 1:414534/91‑1 (MQ=255)
tACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCt > 1:2968939/1‑93 (MQ=255)
ccTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAt > 2:1783962/1‑93 (MQ=255)
cTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAtg > 2:1118428/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 1:2558459/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 2:3405766/1‑93 (MQ=255)
ttAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAtgt > 2:4413669/1‑93 (MQ=255)
aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa < 1:2268432/93‑1 (MQ=255)
aaTTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGa > 1:4258586/1‑93 (MQ=255)
tttAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAAc > 1:1689583/1‑93 (MQ=255)
aGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTa > 1:2615930/1‑93 (MQ=255)
gTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTc < 1:2178385/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAg < 1:74625/93‑1 (MQ=255)
cAGGTGGATGTTGTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGGAGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAg < 1:2123314/93‑1 (MQ=255)
ggTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa > 1:3359452/1‑93 (MQ=255)
ggTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa > 1:4511862/1‑93 (MQ=255)
ggTGGATGTTGTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGa < 2:1501812/93‑1 (MQ=255)
gTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGAc < 2:2000299/93‑1 (MQ=255)
tGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACg > 2:3340279/1‑93 (MQ=255)
tGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACg > 1:1507626/1‑93 (MQ=255)
ggATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACgg < 1:2637411/93‑1 (MQ=255)
ggATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACgg > 1:4218915/1‑93 (MQ=255)
ggATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACgg < 1:665203/93‑1 (MQ=255)
gATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACggg < 1:1346445/93‑1 (MQ=255)
aTGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGt < 2:1891083/93‑1 (MQ=255)
tGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTc > 2:941906/1‑93 (MQ=255)
tGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTc < 2:3567849/93‑1 (MQ=255)
gTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTca > 2:555429/1‑93 (MQ=255)
gTTTTTGCTCTTATTTCGATAAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTca > 2:2666575/1‑93 (MQ=255)
tttttGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTcac > 1:4037537/1‑93 (MQ=255)
tttttGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTcac > 1:2938151/1‑93 (MQ=255)
ttGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACAcg > 2:4641219/1‑93 (MQ=255)
ttGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACAcg < 1:381324/93‑1 (MQ=255)
gCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACAcgcg > 2:1253324/1‑93 (MQ=255)
ctctTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACgcgc > 2:2502634/1‑93 (MQ=255)
tctTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGG‑CCCACgcgcca > 1:2807751/1‑91 (MQ=255)
tctTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCa > 1:2069023/1‑93 (MQ=255)
ttATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaa > 1:1305344/1‑93 (MQ=255)
ttATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaa > 2:1718532/1‑93 (MQ=255)
ttATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaa < 1:85352/93‑1 (MQ=255)
tATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaa > 1:1267052/1‑93 (MQ=255)
aTTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCACCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaa > 1:1878805/1‑93 (MQ=255)
tttCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaaa < 1:3017384/93‑1 (MQ=255)
tttCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaaa < 2:1428180/93‑1 (MQ=255)
tCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaaaaa < 2:4218385/93‑1 (MQ=255)
tCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaaaaa > 1:3671984/1‑93 (MQ=255)
tCGATCAATGAAAAAACAGGAAAACA‑GGGGTGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCaaaaaaaa < 2:3413409/93‑1 (MQ=255)
cGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAag > 1:1079189/1‑93 (MQ=255)
gATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc > 2:1467981/1‑93 (MQ=255)
gATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc < 1:1727803/93‑1 (MQ=255)
gATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc > 2:4212920/1‑93 (MQ=255)
gATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagc < 2:3919612/93‑1 (MQ=255)
aTCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCATGACGGGTCACACCCGCaaaaaaacgtc > 2:528528/1‑89 (MQ=255)
tCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagcca > 2:876863/1‑93 (MQ=255)
tCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagcca > 2:662412/1‑93 (MQ=255)
tCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagcca > 2:4017529/1‑93 (MQ=255)
cAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTCATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccag < 2:3740603/93‑1 (MQ=255)
cAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGGTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccag > 1:4554244/1‑93 (MQ=255)
aaTGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagc > 2:2560026/1‑93 (MQ=255)
aaTGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagc < 1:2141140/93‑1 (MQ=255)
aaTGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagc < 2:1157573/93‑1 (MQ=255)
aTGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAagccagcc > 2:1848504/1‑93 (MQ=255)
tGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCt < 2:1587905/93‑1 (MQ=255)
agAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCt < 1:2401202/92‑1 (MQ=255)
gAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTg > 1:1860281/1‑93 (MQ=255)
aTAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGtt < 1:2901704/93‑1 (MQ=255)
aTAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGtt > 2:292333/1‑93 (MQ=255)
aaCAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTcc > 2:2212861/1‑93 (MQ=255)
aCAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCa > 1:2652397/1‑93 (MQ=255)
aCAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCa > 1:3148528/1‑93 (MQ=255)
aCAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCa > 1:3029668/1‑93 (MQ=255)
ggAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAc < 1:4417565/93‑1 (MQ=255)
ggAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAc > 2:3706903/1‑93 (MQ=255)
agAAAACAGGGGG‑GGTTTTATAACAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAc < 1:1621334/92‑1 (MQ=255)
gAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACt < 2:3261578/93‑1 (MQ=255)
|
CTTTTGTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCT > NC_000913/3912978‑3913159
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGC > NC_000913/3912983‑3913166
|
GTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GG < SRR4302535.2492802/94‑1 (MQ=60)
GTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GG < SRR4302535.2033243/94‑1 (MQ=60)
TGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGGTT > SRR4302535.480297/1‑94 (MQ=60)
GCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGGTTT < SRR4302535.1939188/94‑1 (MQ=60)
CAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTT < SRR4302535.829454/94‑1 (MQ=60)
CAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTT < SRR4302535.2049695/94‑1 (MQ=60)
AGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTA > SRR4302535.2187609/1‑94 (MQ=60)
AGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTA > SRR4302535.2495876/1‑94 (MQ=60)
AGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTA > SRR4302535.3081247/1‑94 (MQ=60)
AGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTA < SRR4302535.2639017/94‑1 (MQ=60)
GAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTAT < SRR4302535.1015256/94‑1 (MQ=60)
AAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATA < SRR4302535.2729397/94‑1 (MQ=60)
AAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATA > SRR4302535.27880/1‑94 (MQ=60)
AAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATA > SRR4302535.1633834/1‑94 (MQ=60)
AAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATA < SRR4302535.2258262/94‑1 (MQ=60)
AAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGgctttata > SRR4302535.863313/1‑86 (MQ=60)
AATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATC < SRR4302535.2504701/94‑1 (MQ=60)
AATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATC > SRR4302535.2499503/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGGCAGTCCGTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCA < SRR4302535.988875/94‑1 (MQ=60)
ATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCA > SRR4302535.4207089/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCA < SRR4302535.1831455/94‑1 (MQ=60)
TTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAG < SRR4302535.2728380/94‑1 (MQ=60)
AAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCA > SRR4302535.201051/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCCG > SRR4302535.3187854/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAG > SRR4302535.1428137/1‑94 (MQ=60)
AGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAG < SRR4302535.2236650/94‑1 (MQ=60)
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AGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAG > SRR4302535.2977616/1‑94 (MQ=60)
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AGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATC < SRR4302535.4107076/94‑1 (MQ=60)
AGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATC > SRR4302535.1866980/1‑94 (MQ=60)
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GTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCT > SRR4302535.1915209/1‑94 (MQ=60)
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TACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTA > SRR4302535.2755133/1‑94 (MQ=60)
ACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTAT < SRR4302535.344991/94‑1 (MQ=60)
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CTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGT > SRR4302535.2576875/1‑94 (MQ=60)
TTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTG < SRR4302535.4334168/94‑1 (MQ=60)
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AATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAA > SRR4302535.1867883/1‑94 (MQ=60)
ATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAAC > SRR4302535.1701812/1‑94 (MQ=60)
TTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACG < SRR4302535.2660964/94‑1 (MQ=60)
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GTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCA > SRR4302535.1822669/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAG < SRR4302535.3042608/94‑1 (MQ=60)
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AGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGA > SRR4302535.4542807/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGA > SRR4302535.1697797/1‑94 (MQ=60)
GGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGAC < SRR4302535.133742/94‑1 (MQ=60)
GGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGAC < SRR4302535.2326133/94‑1 (MQ=60)
GTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACG > SRR4302535.1518465/1‑94 (MQ=60)
TGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGG < SRR4302535.3036265/94‑1 (MQ=60)
TGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGG > SRR4302535.4247783/1‑94 (MQ=60)
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GATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGT > SRR4302535.2176684/1‑94 (MQ=60)
GATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGT < SRR4302535.1356058/94‑1 (MQ=60)
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GTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCAC > SRR4302535.2958818/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCAC > SRR4302535.4065175/1‑94 (MQ=60)
GTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCAC < SRR4302535.527799/94‑1 (MQ=60)
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TTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGC < SRR4302535.383961/94‑1 (MQ=60)
TGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCG < SRR4302535.2260112/94‑1 (MQ=60)
GCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC > SRR4302535.3156732/1‑94 (MQ=60)
CTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGcccacgcgcca > SRR4302535.2827708/1‑83 (MQ=60)
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CTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCA > SRR4302535.2029361/1‑94 (MQ=60)
CTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCA > SRR4302535.3016644/1‑94 (MQ=60)
CTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCA > SRR4302535.2083936/1‑94 (MQ=60)
CTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGATTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCA > SRR4302535.1933081/1‑94 (MQ=60)
TCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAA > SRR4302535.1978837/1‑94 (MQ=60)
CTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAA > SRR4302535.2659613/1‑94 (MQ=60)
CTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAA > SRR4302535.1314662/1‑94 (MQ=60)
CTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAA > SRR4302535.594737/1‑94 (MQ=60)
TTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAA < SRR4302535.85952/94‑1 (MQ=60)
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TATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCACCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAA > SRR4302535.1892343/1‑94 (MQ=60)
ATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAA > SRR4302535.4626964/1‑94 (MQ=60)
TTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAA < SRR4302535.3038522/94‑1 (MQ=60)
TTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAA > SRR4302535.3697412/1‑94 (MQ=60)
TCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAACAAAAAG > SRR4302535.2909809/1‑94 (MQ=60)
TCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAG > SRR4302535.2508402/1‑94 (MQ=60)
TCGATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAG > SRR4302535.1086868/1‑94 (MQ=60)
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GATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCC > SRR4302535.41232/1‑94 (MQ=60)
GATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGC‑AAAAAAAGCCA > SRR4302535.4491463/1‑94 (MQ=60)
ATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCA > SRR4302535.3337085/1‑94 (MQ=60)
ATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCA > SRR4302535.1586619/1‑94 (MQ=60)
ATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCA < SRR4302535.1190686/94‑1 (MQ=60)
ATCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCA > SRR4302535.2795915/1‑94 (MQ=60)
TCAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGGTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAG > SRR4302535.4585357/1‑94 (MQ=60)
CAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGC > SRR4302535.2851312/1‑94 (MQ=60)
CAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGC > SRR4302535.2201714/1‑94 (MQ=60)
CAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGC > SRR4302535.2607301/1‑94 (MQ=60)
CAATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGC > SRR4302535.1390160/1‑94 (MQ=60)
AATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCC < SRR4302535.903583/94‑1 (MQ=60)
AATGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCC < SRR4302535.2156551/94‑1 (MQ=60)
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TGAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCCG > SRR4302535.4697222/1‑94 (MQ=60)
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GAATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGT > SRR4302535.2963729/1‑94 (MQ=60)
AATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTT > SRR4302535.2104750/1‑94 (MQ=60)
ATAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTT < SRR4302535.2922215/94‑1 (MQ=60)
TAAACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTC > SRR4302535.3882037/1‑94 (MQ=60)
AACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCA > SRR4302535.1296560/1‑94 (MQ=60)
AACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCA > SRR4302535.2671399/1‑94 (MQ=60)
AACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCA > SRR4302535.3170418/1‑94 (MQ=60)
AACAGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCA < SRR4302535.2680330/94‑1 (MQ=60)
AACAGGAAAACAGGGGG‑GGGTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCA > SRR4302535.3050876/1‑94 (MQ=60)
AGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAC > SRR4302535.1722825/1‑94 (MQ=60)
AGGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGAC < SRR4302535.205275/94‑1 (MQ=60)
GGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACT < SRR4302535.4447809/94‑1 (MQ=60)
GGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACT > SRR4302535.4037904/1‑94 (MQ=60)
AGAAAACAGGGGG‑GGTTTTATAACAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACT < SRR4302535.1633033/94‑1 (MQ=60)
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AAACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGC > SRR4302535.878640/1‑94 (MQ=60)
AACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCT > SRR4302535.2192601/1‑94 (MQ=60)
ACAGGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTT < SRR4302535.712497/94‑1 (MQ=60)
ACA‑GGGGAGGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCCATTCAGGACGCGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTT < SRR4302535.2566685/94‑1 (MQ=60)
cagGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTT > SRR4302535.410188/4‑94 (MQ=60)
agGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTT > SRR4302535.4581598/3‑94 (MQ=60)
agGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTT < SRR4302535.3358492/92‑1 (MQ=60)
agGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTT < SRR4302535.2365753/92‑1 (MQ=60)
agGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTT < SRR4302535.1376586/92‑1 (MQ=60)
agGGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTT > SRR4302535.2736442/3‑94 (MQ=60)
G‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTG > SRR4302535.296638/1‑94 (MQ=60)
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GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGT > SRR4302535.2995523/1‑94 (MQ=60)
GGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTG < SRR4302535.3295614/94‑1 (MQ=60)
GGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTG < SRR4302535.933823/94‑1 (MQ=60)
GGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTG > SRR4302535.3297398/1‑94 (MQ=60)
GG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGC > SRR4302535.3822007/1‑94 (MQ=60)
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GTCTGCAGAAAATTAAGGCAGTACCTTAATTTAAGCGTCAGGTGGATGTTTTTGCTCTTATTTCGATCAATGAATAAACAGGAAAACA‑GGGG‑GGTTTTATATCAGCAGGATCTATGTGAACGCTATTCAGGACGGGTCACACGCGCAAAAAAAAGCCAGCCTGTTTCCAGACTGGCTTTTGTGC > NC_000913/3912983‑3913166
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
