Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,032,390 |
C→T |
A65V (GCG→GTG) |
hemG → |
protoporphyrin oxidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,032,390 | 0 | C | T | 99.5%
| 755.1
/ NA
| 208 | A65V (GCG→GTG) | hemG | protoporphyrin oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (114/93); total (115/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCG > NC_000913/4032300‑4032478
|
ccAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGCGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAgtgt > 2:3757521/1‑93 (MQ=255)
cAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGtt > 1:1231674/1‑93 (MQ=255)
aTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTcc > 1:2632452/1‑93 (MQ=255)
tgtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCa < 2:387491/93‑1 (MQ=255)
tgtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCa > 1:1412247/1‑93 (MQ=255)
gtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAg < 1:724092/93‑1 (MQ=255)
cATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGt > 2:3791050/1‑93 (MQ=255)
cATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGt > 2:1560394/1‑93 (MQ=255)
aTTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc < 2:321622/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc > 2:3575441/1‑93 (MQ=255)
aTTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc < 2:4157664/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc > 1:2455216/1‑93 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 2:4285174/1‑93 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 1:2558929/1‑93 (MQ=255)
tGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaa > 2:3849250/1‑93 (MQ=255)
gaagaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaa > 1:3257770/1‑93 (MQ=255)
gaagaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaa > 1:915292/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa > 2:4625607/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa > 1:62072/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa > 1:2150193/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa > 1:2999478/1‑93 (MQ=255)
gaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGTTCATTGGTGCTTCTATTCTCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaaa < 2:1632386/93‑1 (MQ=255)
gaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGTATTTGTCaaaaaa > 2:709948/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa > 1:2907933/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa > 2:2139182/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa < 2:1099917/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt < 2:91909/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt < 2:1384443/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt < 2:2519791/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt > 1:4332890/1‑93 (MQ=255)
cacgGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATg < 2:4325710/93‑1 (MQ=255)
cacgGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATg < 1:4507473/93‑1 (MQ=255)
acggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGc < 2:1415915/90‑1 (MQ=255)
acggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGc < 1:1478598/90‑1 (MQ=255)
cggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCg < 1:2794400/91‑1 (MQ=255)
cggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCg < 1:2067786/91‑1 (MQ=255)
gTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAc < 1:3757191/93‑1 (MQ=255)
tGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAcg > 1:1693809/1‑93 (MQ=255)
ggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAcgcg < 1:1749311/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGc > 2:4366645/1‑93 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACgctgct < 2:3509563/93‑1 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCt > 2:1447058/1‑93 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCt > 1:3635200/1‑93 (MQ=255)
aCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGa > 1:4262729/1‑93 (MQ=255)
cTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGaa < 2:1208216/93‑1 (MQ=255)
tATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAt > 1:2608854/1‑93 (MQ=255)
tATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAt > 2:2636203/1‑93 (MQ=255)
tATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACCACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAt > 1:2519929/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc > 1:1213455/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc > 2:1314579/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc > 1:1772934/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCTATGcc < 2:3054586/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc > 2:1908233/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc < 1:3068698/93‑1 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa > 2:284311/1‑93 (MQ=255)
ggTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAg > 1:3979415/1‑93 (MQ=255)
gTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAgc > 1:1070398/1‑93 (MQ=255)
gTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAgc < 1:3374900/93‑1 (MQ=255)
cATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAgcgc > 2:2043848/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 2:467651/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 1:2413248/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 1:3629273/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 2:3067154/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 1:102466/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 1:1595714/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 2:1989818/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCtt < 2:1805009/93‑1 (MQ=255)
tgTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCttt < 1:2216085/92‑1 (MQ=255)
ggTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCAttt > 2:2445878/1‑93 (MQ=255)
gTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCtttt < 2:4469091/93‑1 (MQ=255)
tGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTa < 2:2558904/93‑1 (MQ=255)
tGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTa < 1:3507546/93‑1 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGTCTGAATTCGATGCCGAGCGCGTTTTACTc > 1:806027/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGAGCCTTTTACTc > 2:1689571/1‑93 (MQ=255)
tCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTcc > 2:2406615/1‑93 (MQ=255)
tCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTcc > 2:854716/1‑93 (MQ=255)
cTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCg > 2:3633983/1‑93 (MQ=255)
ttCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGa > 2:3987571/1‑93 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa < 2:4059402/93‑1 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa < 2:2612047/93‑1 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa < 1:775270/93‑1 (MQ=255)
gcaaTGATCACAACCAGTCATTGTACCAGGAATTTGTCAAAAAACACGCGACGCGGCTGAATGCTAAGCCTAGCGCCTTTTTCGCCGTGAATc < 2:3734032/90‑1 (MQ=255)
gCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATc > 2:3167646/1‑93 (MQ=255)
gCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATc < 1:2712819/93‑1 (MQ=255)
gCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATc < 2:4229430/93‑1 (MQ=255)
caTGGCCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCAACGCGGCTGAATCCGAGGCCGAGCGCCTTTTACTCCCTGAATCtg < 2:2928153/92‑1 (MQ=255)
tGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt < 2:1123118/93‑1 (MQ=255)
gTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTTAATCtggtgg > 1:233950/1‑93 (MQ=255)
tCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgc > 1:4287675/1‑93 (MQ=255)
cACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcg > 1:1248542/1‑93 (MQ=255)
cTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgcg > 2:127239/1‑93 (MQ=255)
cTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgcg < 1:1951154/93‑1 (MQ=255)
ccATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaa > 1:4639832/1‑93 (MQ=255)
cATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaac > 2:476561/1‑92 (MQ=255)
cATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCCAGAGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaaa > 1:578999/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCACAcc > 1:3920452/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAcc > 2:3927313/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAcc > 1:3389499/1‑93 (MQ=255)
tCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCg < 2:2237176/93‑1 (MQ=255)
tCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCg > 2:1707790/1‑93 (MQ=255)
|
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCG > NC_000913/4032300‑4032478
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGT < SRR4302535.1724784/94‑1 (MQ=60)
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGT < SRR4302535.4362093/94‑1 (MQ=60)
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGT > SRR4302535.4210316/1‑94 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG < SRR4302535.3729202/94‑1 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG > SRR4302535.2871543/1‑94 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG < SRR4302535.2120576/94‑1 (MQ=60)
GCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGT < SRR4302535.1610168/94‑1 (MQ=60)
GCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGT > SRR4302535.1774357/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT > SRR4302535.1240481/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT > SRR4302535.1816942/1‑94 (MQ=60)
AATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCC > SRR4302535.2651316/1‑94 (MQ=60)
ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302535.2487975/1‑94 (MQ=60)
ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302535.1422330/1‑94 (MQ=60)
ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302535.4639905/1‑94 (MQ=60)
GTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGG < SRR4302535.2574191/94‑1 (MQ=60)
GTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGG < SRR4302535.1074896/94‑1 (MQ=60)
GTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGG < SRR4302535.729174/94‑1 (MQ=60)
GCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAA < SRR4302535.1997864/94‑1 (MQ=60)
CACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAT > SRR4302535.2298220/1‑94 (MQ=60)
CACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAT > SRR4302535.3073317/1‑94 (MQ=60)
ACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATT < SRR4302535.1222473/94‑1 (MQ=60)
CATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTC < SRR4302535.246317/94‑1 (MQ=60)
CATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTC > SRR4302535.2472918/1‑94 (MQ=60)
ATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCA > SRR4302535.2577349/1‑94 (MQ=60)
ATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCA > SRR4302535.1552920/1‑94 (MQ=60)
ATTGAAGAAACACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCA > SRR4302535.2599950/1‑94 (MQ=60)
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TTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAA > SRR4302535.1664838/1‑94 (MQ=60)
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TGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAA > SRR4302535.3280407/1‑94 (MQ=60)
GAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAA > SRR4302535.3005003/1‑94 (MQ=60)
AAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAA > SRR4302535.62536/1‑94 (MQ=60)
AAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAA > SRR4302535.2165655/1‑94 (MQ=60)
AAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAA > SRR4302535.3020507/1‑94 (MQ=60)
AAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAA < SRR4302535.2773195/94‑1 (MQ=60)
AACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACA > SRR4302535.2928486/1‑94 (MQ=60)
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CCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATG > SRR4302535.2230993/1‑94 (MQ=60)
CACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGC > SRR4302535.2176072/1‑94 (MQ=60)
CACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGC < SRR4302535.4538408/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCG < SRR4302535.3867096/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCG < SRR4302535.1489179/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGA < SRR4302535.2814280/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGA < SRR4302535.2082690/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAC < SRR4302535.2631011/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAATTGTCAAAAAACATGCGAC > SRR4302535.25964/1‑94 (MQ=60)
GTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACG > SRR4302535.1706059/1‑94 (MQ=60)
GTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACG < SRR4302535.3783173/94‑1 (MQ=60)
GTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACG > SRR4302535.3915550/1‑94 (MQ=60)
GTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACG < SRR4302535.4415632/94‑1 (MQ=60)
GGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGG < SRR4302535.1761964/94‑1 (MQ=60)
GAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGC > SRR4302535.4177035/1‑94 (MQ=60)
GAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGC < SRR4302535.1713597/94‑1 (MQ=60)
AAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCT > SRR4302535.3660391/1‑94 (MQ=60)
AAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTG > SRR4302535.2655897/1‑94 (MQ=60)
AAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTG < SRR4302535.1427382/94‑1 (MQ=60)
AACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGA > SRR4302535.4291919/1‑94 (MQ=60)
AACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGA > SRR4302535.95420/1‑94 (MQ=60)
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CTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAT > SRR4302535.2627575/1‑94 (MQ=60)
CTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACCACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAT > SRR4302535.2538090/1‑94 (MQ=60)
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CATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCC > SRR4302535.2430622/1‑94 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCT > SRR4302535.1607221/1‑94 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCT > SRR4302535.103190/1‑94 (MQ=60)
TGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTT < SRR4302535.2231864/94‑1 (MQ=60)
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CATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAC > SRR4302535.3627396/1‑94 (MQ=60)
ATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCACACC > SRR4302535.3947259/1‑94 (MQ=60)
ATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACC > SRR4302535.3413079/1‑94 (MQ=60)
AGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAG > SRR4302535.2916436/1‑94 (MQ=60)
AGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAG > SRR4302535.1794109/1‑94 (MQ=60)
GTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGA > SRR4302535.948185/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGGGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCACACCGGAGAG > SRR4302535.3837093/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA < SRR4302535.2504007/94‑1 (MQ=60)
|
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
