Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,032,390 |
C→T |
A65V (GCG→GTG) |
hemG → |
protoporphyrin oxidase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,032,390 | 0 | C | T | 99.5%
| 1511.0
/ ‑4.7
| 419 | A65V (GCG→GTG) | hemG | protoporphyrin oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (193/223); total (195/224) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.46e-01 |
Only 100 of 432 total aligned reads displayed.
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGG > NC_000913/4032300‑4032479
|
ccAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGt < 1:383690/93‑1 (MQ=255)
aTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTcc > 1:5259733/1‑93 (MQ=255)
tgtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCa > 2:7264670/1‑93 (MQ=255)
tgtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATGGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCa < 2:7577363/93‑1 (MQ=255)
gtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAg < 1:1497745/93‑1 (MQ=255)
gCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGa < 1:5815692/93‑1 (MQ=255)
cACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGaa < 2:1924134/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAGAACCGCGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTTCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc < 2:2098700/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTc < 2:4975090/93‑1 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 1:5589776/1‑93 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 2:621109/1‑93 (MQ=255)
aagaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaa > 2:5499797/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa > 1:3727730/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa < 1:4239793/93‑1 (MQ=255)
gaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaaa < 1:4732407/93‑1 (MQ=255)
aaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAAc > 1:5076434/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACTGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa < 1:2136161/93‑1 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa < 1:4288332/93‑1 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa > 2:1500529/1‑93 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa < 1:1956625/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt < 1:7719610/93‑1 (MQ=255)
cacgGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATg > 2:1557404/1‑93 (MQ=255)
acggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGc > 2:2677246/4‑93 (MQ=255)
cggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCg > 2:4239911/3‑93 (MQ=255)
ggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGa < 2:1387530/92‑1 (MQ=255)
ggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGa < 1:573043/92‑1 (MQ=255)
ggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGa < 1:1663282/92‑1 (MQ=255)
ggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGa < 2:4440451/92‑1 (MQ=255)
gTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAc > 1:6949790/1‑93 (MQ=255)
ggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAcgcg < 2:6345090/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGc < 2:2198795/93‑1 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCt > 1:882614/1‑93 (MQ=255)
cTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGaa < 1:6193669/93‑1 (MQ=255)
tATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAt < 2:2564452/93‑1 (MQ=255)
aTGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAtt < 2:5183011/93‑1 (MQ=255)
aTGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAtt < 2:1091274/93‑1 (MQ=255)
aTGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAtt < 1:7394321/93‑1 (MQ=255)
tGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTc < 1:6702154/93‑1 (MQ=255)
gACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCg > 1:1046423/1‑93 (MQ=255)
aCCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGa > 2:4047122/1‑93 (MQ=255)
aCCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGa < 1:4101288/93‑1 (MQ=255)
ccGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGAt < 2:278664/93‑1 (MQ=255)
ccGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGAt < 1:7180313/93‑1 (MQ=255)
ccGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGAt < 1:5171702/93‑1 (MQ=255)
cGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATg < 2:6451518/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc > 2:896850/1‑93 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc < 2:7857932/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc < 1:3343693/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc > 1:1000403/1‑93 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa < 2:2913711/93‑1 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa > 1:2201084/1‑93 (MQ=255)
gTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAgc < 2:3424149/93‑1 (MQ=255)
tCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAgcg > 1:1258527/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 1:1747913/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 2:4893175/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt < 1:6363458/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGAGCCt > 1:2655077/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCtt < 2:3930885/93‑1 (MQ=255)
ggTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCttt < 1:933867/93‑1 (MQ=255)
tGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTa > 2:7765017/1‑93 (MQ=255)
tGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTa < 2:2283382/93‑1 (MQ=255)
gCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTAc < 2:5900594/93‑1 (MQ=255)
gCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTAc < 2:572793/93‑1 (MQ=255)
cTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACt < 2:7675560/93‑1 (MQ=255)
cTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACt > 1:6794112/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc > 2:4155093/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc > 2:3549304/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc < 2:2414269/93‑1 (MQ=255)
tCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTcc > 1:7592900/1‑93 (MQ=255)
tATTCGCTATGGTCACTCCAATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAACAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTCACCCCGt > 1:6536613/1‑93 (MQ=255)
tATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGt > 2:3702504/1‑93 (MQ=255)
tATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGt < 1:2039809/93‑1 (MQ=255)
aTTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTg < 1:2776510/93‑1 (MQ=255)
aTTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTg > 1:452333/1‑93 (MQ=255)
ttCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGa < 1:3184442/93‑1 (MQ=255)
tgcGCTATGGTAACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTCCTCCGTGa < 1:2305245/91‑1 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa < 2:5864147/93‑1 (MQ=255)
cGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAAt < 2:4647879/93‑1 (MQ=255)
gCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATc > 1:111324/1‑93 (MQ=255)
cTATGGTCGCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCt > 1:4929105/1‑93 (MQ=255)
cTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCt < 1:3674087/93‑1 (MQ=255)
cTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCt < 1:2473970/93‑1 (MQ=255)
tATGGTCTCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGTGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtg < 1:235824/93‑1 (MQ=255)
tATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtg > 2:5274437/1‑93 (MQ=255)
tATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtg < 2:1110330/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtgg < 2:7094943/93‑1 (MQ=255)
tgctCACTACCATTCATTGTTCCAGGATTTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt < 2:4783520/90‑1 (MQ=255)
tGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt > 1:6090909/1‑93 (MQ=255)
tGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt < 2:180286/93‑1 (MQ=255)
tGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt > 1:2957878/1‑93 (MQ=255)
ggTCCCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggtg < 1:6825385/93‑1 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgc < 2:4710513/93‑1 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgc > 2:6609784/1‑93 (MQ=255)
tACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgcgc > 2:3225599/1‑93 (MQ=255)
ccATTCAGGGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCAGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGCGgcgcgcta > 2:4256534/1‑91 (MQ=255)
cATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaaa < 1:605196/93‑1 (MQ=255)
aTTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAc > 1:4625775/1‑93 (MQ=255)
aTTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAc > 2:4537225/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAcc < 1:6591655/93‑1 (MQ=255)
tCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCg < 1:7855110/93‑1 (MQ=255)
|
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGG > NC_000913/4032300‑4032479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 234 total aligned reads displayed.
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGT < SRR4302543.1701573/94‑1 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG < SRR4302543.1636852/94‑1 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG < SRR4302543.4529063/94‑1 (MQ=60)
GCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGT > SRR4302543.499893/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT > SRR4302543.1041085/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT < SRR4302543.6889590/94‑1 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTT < SRR4302543.387237/94‑1 (MQ=60)
AATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCC > SRR4302543.7710530/1‑94 (MQ=60)
AATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCC > SRR4302543.5307173/1‑94 (MQ=60)
AATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCC < SRR4302543.600417/94‑1 (MQ=60)
ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302543.5432876/1‑94 (MQ=60)
ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302543.6954373/1‑94 (MQ=60)
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ATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCA > SRR4302543.2306030/1‑94 (MQ=60)
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GCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAA < SRR4302543.777587/94‑1 (MQ=60)
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CATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTTCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACTCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCC > SRR4302543.3782681/1‑94 (MQ=60)
CATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCC > SRR4302543.3782680/1‑94 (MQ=60)
CATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTAAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCC > SRR4302543.2025891/1‑94 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCT > SRR4302543.2358842/1‑94 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCT > SRR4302543.1763522/1‑94 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCT < SRR4302543.4076804/94‑1 (MQ=60)
ATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGAGCCT > SRR4302543.2679148/1‑94 (MQ=60)
TTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTT < SRR4302543.6423296/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTT > SRR4302543.5821973/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTT < SRR4302543.942031/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTT < SRR4302543.7239919/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTA < SRR4302543.6635270/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTA < SRR4302543.5027482/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAGGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTA < SRR4302543.6635031/94‑1 (MQ=60)
TGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAACCATGCGCCGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTAC < SRR4302543.1834835/94‑1 (MQ=60)
TGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTAC > SRR4302543.6084316/1‑94 (MQ=60)
GCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGACTTCGATGCCGAGCGCCTTTTACT > SRR4302543.6869889/1‑94 (MQ=60)
GCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACT > SRR4302543.6858268/1‑94 (MQ=60)
TTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCC > SRR4302543.7665039/1‑94 (MQ=60)
TCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTTCTCCG < SRR4302543.7910201/94‑1 (MQ=60)
TCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCG < SRR4302543.669275/94‑1 (MQ=60)
CTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGT > SRR4302543.823644/1‑94 (MQ=60)
CTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGT > SRR4302543.1583634/1‑94 (MQ=60)
TATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTG > SRR4302543.7473953/1‑94 (MQ=60)
TATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTG > SRR4302543.2051009/1‑94 (MQ=60)
TATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTG < SRR4302543.2058110/94‑1 (MQ=60)
TATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTG > SRR4302543.456551/1‑94 (MQ=60)
ATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGA < SRR4302543.2108389/94‑1 (MQ=60)
ATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGA > SRR4302543.1785205/1‑94 (MQ=60)
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TTCGCTATGGCCAGTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAA < SRR4302543.4309006/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTATGGTAACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTCCTCCGTGAA < SRR4302543.2326245/94‑1 (MQ=60)
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GCTATGGTCGCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCT > SRR4302543.4974009/1‑94 (MQ=60)
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CTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTG < SRR4302543.2496324/94‑1 (MQ=60)
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ATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGT > SRR4302543.5618197/1‑94 (MQ=60)
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CACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGC > SRR4302543.6666293/1‑94 (MQ=60)
CACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGC > SRR4302543.5697886/1‑94 (MQ=60)
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ACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCG < SRR4302543.6588217/94‑1 (MQ=60)
CCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAA > SRR4302543.1996856/1‑94 (MQ=60)
CATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAC > SRR4302543.1778015/1‑94 (MQ=60)
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TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |