Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,186,157 |
C→T |
A1077V (GCA→GTA) |
rpoC → |
RNA polymerase beta prime subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,186,157 | 0 | C | T | 99.6%
| 889.9
/ NA
| 255 | A1077V (GCA→GTA) | rpoC | RNA polymerase beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (123/131); minor base G (1/0); total (124/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTG > NC_000913/4186067‑4186246
|
cgcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTAc < 1:4049704/93‑1 (MQ=255)
cgcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTAc > 2:3137124/1‑93 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTGCGCCGAACGTACCCCCGGGGGTAAAGATCTGTGTCTGGTAcg > 2:3187509/1‑92 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACt < 1:3252912/93‑1 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACt > 1:1195698/1‑93 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACt < 2:1753379/93‑1 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACt < 2:1541579/93‑1 (MQ=255)
gcgTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGGGGTTCTTGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTTCGTCCGGGACt > 2:4115309/1‑93 (MQ=255)
gTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGa > 2:3660148/1‑93 (MQ=255)
aGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGaaaa > 1:1337365/1‑93 (MQ=255)
aGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGaaaa < 1:1728777/93‑1 (MQ=255)
aGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGaaaa < 2:2000678/93‑1 (MQ=255)
aGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGaaaa < 1:3598959/93‑1 (MQ=255)
gACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAt > 1:609307/1‑93 (MQ=255)
cgacgaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGt < 1:3426289/93‑1 (MQ=255)
cgacgaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGt > 1:1989355/1‑93 (MQ=255)
gacgaAGTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGtt < 1:18875/93‑1 (MQ=255)
gacgaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGtt < 2:4414503/93‑1 (MQ=255)
cgaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGa > 2:1919304/1‑93 (MQ=255)
cgaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGa < 1:3413979/93‑1 (MQ=255)
gaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGAt < 2:3850033/93‑1 (MQ=255)
gaACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGAt > 2:192252/1‑93 (MQ=255)
aaCTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATg > 1:2520799/1‑93 (MQ=255)
aaCTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATg < 1:269904/93‑1 (MQ=255)
aaCTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATg > 1:319435/1‑93 (MQ=255)
cTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCt < 1:917925/93‑1 (MQ=255)
tGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTc < 1:1178140/93‑1 (MQ=255)
gACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCa < 2:3251059/93‑1 (MQ=255)
ccGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAgg > 2:3746044/1‑93 (MQ=255)
ccGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAgg > 2:148730/1‑93 (MQ=255)
ggTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGt < 1:1138064/93‑1 (MQ=255)
ggTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGt > 2:2393889/1‑93 (MQ=255)
ggTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGt > 1:53433/1‑93 (MQ=255)
ggTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGt > 2:633939/1‑93 (MQ=255)
gtctgtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTa < 1:3506392/93‑1 (MQ=255)
gtctgtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTa > 1:2435773/1‑93 (MQ=255)
tctgtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTaa > 2:4060856/1‑93 (MQ=255)
ctgtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAac < 2:134644/93‑1 (MQ=255)
gtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAacga > 2:109220/1‑93 (MQ=255)
gtctTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAacga > 1:1968533/1‑93 (MQ=255)
ttCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGt < 2:2495043/93‑1 (MQ=255)
tgctgctGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTc < 2:4212164/92‑1 (MQ=255)
gCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCt > 2:1581165/1‑93 (MQ=255)
tggtggTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGa > 1:3175097/1‑93 (MQ=255)
tggtggTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGa > 1:3272310/1‑93 (MQ=255)
gtggtTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATc < 1:3577447/93‑1 (MQ=255)
gtggtTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATc < 2:206962/93‑1 (MQ=255)
tggtTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATcc > 2:4643221/1‑93 (MQ=255)
ggtTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATccc < 2:4261065/93‑1 (MQ=255)
gtTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCa < 1:3786658/93‑1 (MQ=255)
ttatGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAg < 1:4262696/90‑1 (MQ=255)
ttCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAg > 1:2967872/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAg < 2:2685975/93‑1 (MQ=255)
tCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAgg > 1:4186249/1‑93 (MQ=255)
cTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGt < 2:1405350/93‑1 (MQ=255)
ggATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAc < 1:2770258/93‑1 (MQ=255)
ggATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAc < 1:1477006/93‑1 (MQ=255)
gATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAcc < 2:1686714/93‑1 (MQ=255)
ccGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGata < 2:3638872/93‑1 (MQ=255)
cGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGatat < 1:4676765/93‑1 (MQ=255)
cGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGatat < 1:873273/93‑1 (MQ=255)
cGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGatat < 1:4099212/93‑1 (MQ=255)
gCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATg > 1:1393067/1‑93 (MQ=255)
gAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCa < 2:3545882/93‑1 (MQ=255)
gAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCa < 2:1164046/93‑1 (MQ=255)
aaCGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAg < 2:776463/93‑1 (MQ=255)
aCGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAgc > 2:1110583/1‑93 (MQ=255)
cGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAgcg > 1:1424939/1‑93 (MQ=255)
aCCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAg > 1:2288567/1‑93 (MQ=255)
aCCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAg < 1:3157824/93‑1 (MQ=255)
ccGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGt < 1:2347939/93‑1 (MQ=255)
cGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTa < 1:833312/93‑1 (MQ=255)
gCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTAc > 1:4008379/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACt < 1:456100/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACtt > 2:3299592/1‑93 (MQ=255)
ggtgttAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGGAACGACGTTCTGAGCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTc < 1:2077712/93‑1 (MQ=255)
gtggtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTcc < 1:646256/93‑1 (MQ=255)
gtggtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTcc > 2:185773/1‑93 (MQ=255)
gtggtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTcc < 1:1616808/93‑1 (MQ=255)
tggtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCt < 2:1189466/93‑1 (MQ=255)
gtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGc < 2:180171/93‑1 (MQ=255)
gtAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGc < 2:4507563/93‑1 (MQ=255)
aaaGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCg > 1:3468062/1‑93 (MQ=255)
aaaGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCg > 1:4426877/1‑93 (MQ=255)
aaaGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCg < 2:1033914/93‑1 (MQ=255)
aaGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGAGCAGTACTTCCTGCCgg > 1:3894961/1‑93 (MQ=255)
aGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCACAGTACTTCCTGCCggg > 1:1567714/1‑93 (MQ=255)
gATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGt > 2:2189562/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTa > 2:3028352/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTa > 2:3330721/1‑93 (MQ=255)
aTCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTa > 1:2452612/1‑93 (MQ=255)
tCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTaa > 1:2893027/1‑93 (MQ=255)
gCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGc < 1:1640629/93‑1 (MQ=255)
gCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGc < 1:3738207/93‑1 (MQ=255)
gCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGCTCTGATCCCAGGGACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGAAAAga > 2:2318913/1‑92 (MQ=255)
tCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGAt < 1:2680083/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGAt < 2:695761/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGAAAAGCGAt > 2:1010287/1‑93 (MQ=255)
cGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTg < 1:756939/93‑1 (MQ=255)
cGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTg < 1:1086017/93‑1 (MQ=255)
|
CGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTG > NC_000913/4186067‑4186246
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCA > NC_000913/4186064‑4186250
|
TTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGT > SRR4302535.2412687/1‑94 (MQ=60)
ACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCCTCCGGTAC > SRR4302535.3584110/1‑94 (MQ=60)
CGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACT < SRR4302535.4077430/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACT < SRR4302535.4514080/94‑1 (MQ=60)
CGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACT > SRR4302535.1204264/1‑94 (MQ=60)
GCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTG < SRR4302535.3275513/94‑1 (MQ=60)
GTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAA < SRR4302535.867839/94‑1 (MQ=60)
CAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAA > SRR4302535.1346907/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT < SRR4302535.1414092/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT > SRR4302535.4623109/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT < SRR4302535.1741270/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT > SRR4302535.613555/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT < SRR4302535.3623935/94‑1 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT > SRR4302535.2501534/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGCGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT > SRR4302535.917650/1‑94 (MQ=60)
AGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGGTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAAT > SRR4302535.1640602/1‑94 (MQ=60)
GACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATC > SRR4302535.1290175/1‑94 (MQ=60)
GACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATC < SRR4302535.901718/94‑1 (MQ=60)
GACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATC < SRR4302535.3872748/94‑1 (MQ=60)
ACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCG < SRR4302535.634227/94‑1 (MQ=60)
CCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGT > SRR4302535.2003679/1‑94 (MQ=60)
CGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTT > SRR4302535.169684/1‑94 (MQ=60)
CGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTT < SRR4302535.3450113/94‑1 (MQ=60)
CGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTT > SRR4302535.3713829/1‑94 (MQ=60)
CGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTT < SRR4302535.2025342/94‑1 (MQ=60)
GACGAAGTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTG < SRR4302535.19014/94‑1 (MQ=60)
ACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTCCCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGA < SRR4302535.3584017/94‑1 (MQ=60)
CGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGAT < SRR4302535.3445285/94‑1 (MQ=60)
CGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGAT < SRR4302535.3437730/94‑1 (MQ=60)
GAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATG > SRR4302535.321644/1‑94 (MQ=60)
GAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATG > SRR4302535.2538962/1‑94 (MQ=60)
AACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGC < SRR4302535.271779/94‑1 (MQ=60)
ACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCT > SRR4302535.3261110/1‑94 (MQ=60)
CTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTC > SRR4302535.1330286/1‑94 (MQ=60)
CTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTC < SRR4302535.924436/94‑1 (MQ=60)
TGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCA > SRR4302535.1365040/1‑94 (MQ=60)
TGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCA < SRR4302535.1186545/94‑1 (MQ=60)
GACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAG > SRR4302535.934651/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGG > SRR4302535.3977354/1‑94 (MQ=60)
CGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGT < SRR4302535.481538/94‑1 (MQ=60)
CGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGT > SRR4302535.53826/1‑94 (MQ=60)
CGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGT < SRR4302535.678663/94‑1 (MQ=60)
GGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTA > SRR4302535.3992122/1‑94 (MQ=60)
GGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTA < SRR4302535.4180692/94‑1 (MQ=60)
GGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTA > SRR4302535.789650/1‑94 (MQ=60)
GGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTA < SRR4302535.1146180/94‑1 (MQ=60)
GGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTA > SRR4302535.2453323/1‑94 (MQ=60)
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TCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAAC < SRR4302535.1143259/94‑1 (MQ=60)
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CTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACG > SRR4302535.2961523/1‑94 (MQ=60)
CTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACG < SRR4302535.2600302/94‑1 (MQ=60)
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GTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGAC > SRR4302535.1165394/1‑94 (MQ=60)
TCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACG < SRR4302535.73669/94‑1 (MQ=60)
TCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACG < SRR4302535.4675688/94‑1 (MQ=60)
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TTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTT < SRR4302535.3464092/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCT < SRR4302535.3661325/94‑1 (MQ=60)
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GCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTG < SRR4302535.854154/94‑1 (MQ=60)
CTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGA > SRR4302535.3295043/1‑94 (MQ=60)
CTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGA > SRR4302535.3197069/1‑94 (MQ=60)
TGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGAT > SRR4302535.3245364/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATC < SRR4302535.160614/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATC < SRR4302535.3130324/94‑1 (MQ=60)
GTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCC < SRR4302535.3602249/94‑1 (MQ=60)
TGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCC < SRR4302535.319688/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAG < SRR4302535.3812778/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAG > SRR4302535.2988700/1‑94 (MQ=60)
TTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGG < SRR4302535.2718591/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGG > SRR4302535.4214901/1‑94 (MQ=60)
TTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGG < SRR4302535.3445194/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGG < SRR4302535.3512913/94‑1 (MQ=60)
TTATGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGG < SRR4302535.4291886/94‑1 (MQ=60)
CTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTA < SRR4302535.3160604/94‑1 (MQ=60)
TGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTAC > SRR4302535.1891752/1‑94 (MQ=60)
GGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACC < SRR4302535.2789986/94‑1 (MQ=60)
GGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACC < SRR4302535.1487581/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGAT < SRR4302535.4280776/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGAT < SRR4302535.1577755/94‑1 (MQ=60)
CCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATAT < SRR4302535.2784696/94‑1 (MQ=60)
CCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATAT < SRR4302535.3311330/94‑1 (MQ=60)
CGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATG < SRR4302535.879463/94‑1 (MQ=60)
CGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATG < SRR4302535.4127278/94‑1 (MQ=60)
CGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATG > SRR4302535.1403014/1‑94 (MQ=60)
CGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATG < SRR4302535.4708331/94‑1 (MQ=60)
AGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCA > SRR4302535.3920740/1‑94 (MQ=60)
GAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAG < SRR4302535.2466357/94‑1 (MQ=60)
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AACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGC > SRR4302535.3203424/1‑94 (MQ=60)
AACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGC < SRR4302535.2707661/94‑1 (MQ=60)
ACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCG > SRR4302535.1435112/1‑94 (MQ=60)
CGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGC < SRR4302535.405886/94‑1 (MQ=60)
TACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAG > SRR4302535.4292893/1‑94 (MQ=60)
TACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAG > SRR4302535.1522776/1‑94 (MQ=60)
TACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAG > SRR4302535.2304914/1‑94 (MQ=60)
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CCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTA < SRR4302535.2364772/94‑1 (MQ=60)
CGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTAC > SRR4302535.4035801/1‑94 (MQ=60)
CGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTAC < SRR4302535.839151/94‑1 (MQ=60)
CAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTT > SRR4302535.1652026/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTT < SRR4302535.459290/94‑1 (MQ=60)
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GGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCC < SRR4302535.2092679/94‑1 (MQ=60)
GTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCT < SRR4302535.1628458/94‑1 (MQ=60)
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GTGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCT > SRR4302535.2307393/1‑94 (MQ=60)
TGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTG > SRR4302535.1458087/1‑94 (MQ=60)
TGGTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTG > SRR4302535.635591/1‑94 (MQ=60)
GTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCC > SRR4302535.253626/1‑94 (MQ=60)
GTAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCC > SRR4302535.4319481/1‑94 (MQ=60)
TAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCG > SRR4302535.3492163/1‑94 (MQ=60)
TAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCG > SRR4302535.1996207/1‑94 (MQ=60)
TAAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCG > SRR4302535.4457202/1‑94 (MQ=60)
AAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGG < SRR4302535.3603267/94‑1 (MQ=60)
AAAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGAGCAGTACTTCCTGCCGG > SRR4302535.3921657/1‑94 (MQ=60)
AAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGG > SRR4302535.4200503/1‑94 (MQ=60)
AAGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCACAGTACTTCCTGCCGGG > SRR4302535.1579026/1‑94 (MQ=60)
AGATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGT > SRR4302535.3186547/1‑94 (MQ=60)
GATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTA > SRR4302535.2470288/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAA > SRR4302535.1831246/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAA > SRR4302535.2280964/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAA > SRR4302535.2913490/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAA > SRR4302535.289690/1‑94 (MQ=60)
TCTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAA < SRR4302535.1369353/94‑1 (MQ=60)
CTGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAG < SRR4302535.2281980/94‑1 (MQ=60)
TGCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGC < SRR4302535.1970185/94‑1 (MQ=60)
GCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCG < SRR4302535.3764078/94‑1 (MQ=60)
GCGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCG < SRR4302535.1652488/94‑1 (MQ=60)
CGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGA > SRR4302535.245187/1‑94 (MQ=60)
CGTCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGA > SRR4302535.3280995/1‑94 (MQ=60)
TCCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATT < SRR4302535.2699255/94‑1 (MQ=60)
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CCGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTG < SRR4302535.3801963/94‑1 (MQ=60)
CGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGT < SRR4302535.762267/94‑1 (MQ=60)
CGGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGT < SRR4302535.1093737/94‑1 (MQ=60)
GGTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGGACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTT > SRR4302535.1494223/1‑94 (MQ=60)
GTACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTC > SRR4302535.1643854/1‑94 (MQ=60)
TACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCA < SRR4302535.2728901/94‑1 (MQ=60)
TACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCA > SRR4302535.2337303/1‑94 (MQ=60)
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TTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATATGCCAGCGCAGTACTTCCTGCCGGGTAAAGCGATTGTTCA > NC_000913/4186064‑4186250
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
