Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,315,907 |
+A |
coding (436/759 nt) |
phnK ← |
ATP‑binding component of phosphonate transport |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,315,903 | 1 | . | A | 99.0%
| 699.3
/ ‑1.1
| 193 | coding (440/759 nt) | phnK | ATP‑binding component of phosphonate transport |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base A (90/101); total (91/102) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 |
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑AAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCG > NC_000913/4315812‑4315989
|
ccAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGATTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAGACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaa > 1:1905061/1‑93 (MQ=255)
aGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaa < 1:111138/93‑2 (MQ=255)
aGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaa < 1:2918571/93‑2 (MQ=255)
aGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGAGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑caaaa > 1:499474/1‑92 (MQ=255)
gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag < 1:4538357/93‑3 (MQ=255)
gCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag < 1:3594398/93‑3 (MQ=255)
ccccGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaag < 2:1206355/92‑3 (MQ=255)
cccGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaagg > 1:1026779/1‑90 (MQ=255)
cccGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGGTGCCGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaagg > 2:4653886/1‑90 (MQ=255)
ccgccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑aaaaaggt < 1:3050787/93‑5 (MQ=255)
gccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑ggtgg < 1:4045095/93‑1 (MQ=255)
gccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑ggtgg < 1:3761193/93‑1 (MQ=255)
ccgGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑ggtggt < 1:2480866/93‑1 (MQ=255)
cggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTc > 1:2697973/1‑93 (MQ=255)
ggtcggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCg < 2:2021420/93‑1 (MQ=255)
cggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCa < 2:271329/93‑1 (MQ=255)
ggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAg < 1:718932/93‑1 (MQ=255)
ggtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAg < 2:727054/93‑1 (MQ=255)
gtTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGTCAgg > 1:1694721/1‑93 (MQ=255)
ttCATCCATAAACAACAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgt > 1:3796137/1‑93 (MQ=255)
cATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcg > 2:2196495/1‑93 (MQ=255)
cATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcg < 1:3286988/93‑1 (MQ=255)
aTCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgt < 2:236229/93‑1 (MQ=255)
tCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgtc > 2:3126863/1‑93 (MQ=255)
tCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGgtcgtc < 1:4014066/93‑1 (MQ=255)
cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCCCCAGGTTGCGGGCAAGCTGCAAACGGTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGGGGACGGCAGGccgtcgc > 1:3316666/1‑92 (MQ=255)
cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa < 1:2582794/93‑1 (MQ=255)
cATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGa > 1:3137967/1‑93 (MQ=255)
tAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATc > 1:1177543/1‑93 (MQ=255)
tAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATc < 1:2381312/93‑1 (MQ=255)
aaaCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATcc < 1:2343749/93‑1 (MQ=255)
aaaCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATcc < 1:88620/93‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCg < 1:4572727/93‑1 (MQ=255)
aaCACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCg < 2:1457414/93‑1 (MQ=255)
cacCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGt < 2:4386507/93‑1 (MQ=255)
acCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGtt < 2:2310736/93‑1 (MQ=255)
acAGATTCGGAAGCGTCACCAGGTTGCGGCCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGCCAGGTCGTCGATCCGGTTg < 2:692937/92‑1 (MQ=255)
cAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTgg < 1:4311974/93‑1 (MQ=255)
aGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGc > 1:1350676/1‑93 (MQ=255)
gCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCg > 2:3806151/1‑93 (MQ=255)
cTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCgg < 1:2800690/93‑1 (MQ=255)
ttCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGTggg > 1:1374318/1‑93 (MQ=255)
ttCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCggg < 2:2010451/93‑1 (MQ=255)
ttCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCggg > 2:3459523/1‑93 (MQ=255)
ggATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGCCGTCGATCCGGCTTGCGGGAAt > 2:4081497/1‑93 (MQ=255)
gATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtc < 2:1531/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtc < 2:315430/93‑1 (MQ=255)
gATGCGTCACCAGGTGGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtc < 2:619171/93‑1 (MQ=255)
tGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtctc < 2:2579097/93‑1 (MQ=255)
tGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtctc > 1:443723/1‑93 (MQ=255)
tGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAAtctc > 1:3158975/1‑93 (MQ=255)
gCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTcc < 2:3716297/93‑1 (MQ=255)
cACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACct > 1:2399519/1‑93 (MQ=255)
aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTTCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc < 2:452077/93‑1 (MQ=255)
aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc > 2:3291083/1‑93 (MQ=255)
aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc < 1:2602210/93‑1 (MQ=255)
aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc > 1:3551566/1‑93 (MQ=255)
aCCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctc < 1:544110/93‑1 (MQ=255)
ccAGGTTGCGGGCAATCTGCAAGCGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctct < 2:1653988/93‑1 (MQ=255)
ccAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACctct > 1:2106832/1‑93 (MQ=255)
cAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCtt > 2:1409828/1‑93 (MQ=255)
aGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCCCCACCTCTTc > 1:4168238/1‑93 (MQ=255)
tGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGc < 1:3538985/93‑1 (MQ=255)
cGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGccc > 1:2617055/1‑92 (MQ=255)
gggCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCAc < 2:1266689/93‑1 (MQ=255)
gggCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCAc > 2:654083/1‑93 (MQ=255)
gggCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCAc < 1:2029119/93‑1 (MQ=255)
gggCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCCTCCAGGCAc > 2:2399448/1‑93 (MQ=255)
cAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTc < 2:2910907/93‑1 (MQ=255)
cAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTc < 2:2743155/93‑1 (MQ=255)
tGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTgcgc < 1:1602520/93‑1 (MQ=255)
tGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTgcgc < 2:2620840/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGt < 2:3030172/93‑1 (MQ=255)
aaCGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTg < 2:220340/93‑1 (MQ=255)
cGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGc < 2:1062520/93‑1 (MQ=255)
cGCTGCTCCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGc < 1:1528535/93‑1 (MQ=255)
gctgctGCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCa > 2:1357366/1‑93 (MQ=255)
ctgctgCATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCAc < 1:2926222/93‑1 (MQ=255)
tgctgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACg > 1:3833514/1‑93 (MQ=255)
tgctgcATACCGACGA‑AAAACGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCGGTTTGGCGGGAATCTCCCCCTTTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACg < 2:4036439/93‑1 (MQ=255)
ctgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGaa > 1:679899/1‑93 (MQ=255)
ctgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGaa < 1:2755047/93‑1 (MQ=255)
ctgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGaa < 1:753224/93‑1 (MQ=255)
tgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAat < 2:379218/93‑1 (MQ=255)
tgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAat < 2:2477332/93‑1 (MQ=255)
tgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAat > 1:1820500/1‑93 (MQ=255)
tgcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGGTGGCGGGAATGTCCACCTCTTCCAGCCCCTTCTGCGCGGTGGCACGAat > 1:919396/1‑93 (MQ=255)
tgcATACCGCCGG‑AAAACGGAGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCGCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGTat > 2:1762979/1‑93 (MQ=255)
tcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAata < 2:2794333/92‑1 (MQ=255)
gcATCCCGCCGGAAAAA‑GCGGGTCGGCAGGTCGGCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAata < 2:2996870/93‑1 (MQ=255)
gcATACCGCGGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAata < 2:2073333/93‑1 (MQ=255)
gcATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAata < 1:4449186/93‑1 (MQ=255)
cATCCCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAatat < 2:4543058/93‑1 (MQ=255)
cATACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAatat < 1:1443880/93‑1 (MQ=255)
tACCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCg > 2:3527456/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGc > 1:2077939/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCGGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGc < 2:2523720/93‑1 (MQ=255)
ccgccgGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGcc < 1:3730978/93‑1 (MQ=255)
ccgccgGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGcc > 1:3675342/1‑93 (MQ=255)
cgccgGAAAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCg > 1:3906361/1‑93 (MQ=255)
|
ATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGG‑AAAA‑GGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCG > NC_000913/4315812‑4315989
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGC > NC_000913/4315815‑4316000
|
CAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGAGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGCAAAA > SRR4302535.502976/1‑94 (MQ=60)
AGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAAG < SRR4302535.2939167/94‑1 (MQ=60)
AGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAAG < SRR4302535.111921/94‑1 (MQ=60)
AGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAAG > SRR4302535.4600587/1‑94 (MQ=60)
AGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAAG < SRR4302535.766541/94‑1 (MQ=60)
GCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAagg < SRR4302535.3619342/94‑4 (MQ=60)
GCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAagg > SRR4302535.1034070/1‑91 (MQ=60)
GCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAagg < SRR4302535.4569402/94‑4 (MQ=60)
CCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGT < SRR4302535.2633017/94‑1 (MQ=60)
CCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGT < SRR4302535.3573520/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTG > SRR4302535.4488429/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTG < SRR4302535.3072157/94‑1 (MQ=60)
CCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTG < SRR4302535.3444129/94‑1 (MQ=60)
CGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGG < SRR4302535.500736/94‑1 (MQ=60)
CGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGG > SRR4302535.1569568/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGT > SRR4302535.2595049/1‑94 (MQ=60)
GCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGT < SRR4302535.3787186/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGT < SRR4302535.4072789/94‑1 (MQ=60)
CCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTC < SRR4302535.3935005/94‑1 (MQ=60)
CCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTC > SRR4302535.2717255/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTC < SRR4302535.2498754/94‑1 (MQ=60)
GTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGC > SRR4302535.3019961/1‑94 (MQ=60)
GGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGTCAGG > SRR4302535.1706974/1‑94 (MQ=60)
GGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGG < SRR4302535.723985/94‑1 (MQ=60)
GTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGT > SRR4302535.2363338/1‑94 (MQ=60)
GTTCATCCATAAACAACAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGT > SRR4302535.3822305/1‑94 (MQ=60)
TTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTC < SRR4302535.4409613/94‑1 (MQ=60)
TCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCG < SRR4302535.1988989/94‑1 (MQ=60)
TCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCG < SRR4302535.404860/94‑1 (MQ=60)
CATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGT < SRR4302535.3309839/94‑1 (MQ=60)
CATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGT > SRR4302535.3776324/1‑94 (MQ=60)
ATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTC > SRR4302535.2506161/1‑94 (MQ=60)
TCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCG < SRR4302535.4041521/94‑1 (MQ=60)
CCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCCCCAGGTTGCGGGCAAGCTGCAAACGGTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAagggggacggcaggccgtcgc > SRR4302535.3339744/1‑73 (MQ=60)
CCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGA > SRR4302535.3159805/1‑94 (MQ=60)
CATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT < SRR4302535.2601352/94‑1 (MQ=60)
CATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT > SRR4302535.2939909/1‑94 (MQ=60)
CATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT < SRR4302535.2814417/94‑1 (MQ=60)
CATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGAT > SRR4302535.1715198/1‑94 (MQ=60)
ATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATC > SRR4302535.3734212/1‑94 (MQ=60)
ATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATC > SRR4302535.1185946/1‑94 (MQ=60)
TAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCC < SRR4302535.2398412/94‑1 (MQ=60)
AAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCG < SRR4302535.2360520/94‑1 (MQ=60)
AAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCG < SRR4302535.1209222/94‑1 (MQ=60)
AAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCG < SRR4302535.89246/94‑1 (MQ=60)
AACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGG < SRR4302535.4603900/94‑1 (MQ=60)
CACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTT < SRR4302535.1182286/94‑1 (MQ=60)
CACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTT < SRR4302535.1676265/94‑1 (MQ=60)
ACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTG > SRR4302535.3847893/1‑94 (MQ=60)
CCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGG > SRR4302535.2756224/1‑94 (MQ=60)
CAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGC > SRR4302535.1360322/1‑94 (MQ=60)
CAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGC < SRR4302535.4341472/94‑1 (MQ=60)
CAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGC < SRR4302535.4640082/94‑1 (MQ=60)
AGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCG > SRR4302535.910475/1‑94 (MQ=60)
GCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGGTGGCGG > SRR4302535.1441022/1‑94 (MQ=60)
CTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGTGGG > SRR4302535.1384137/1‑94 (MQ=60)
CTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGG < SRR4302535.361503/94‑1 (MQ=60)
CTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGG < SRR4302535.2820612/94‑1 (MQ=60)
CTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGG > SRR4302535.2893083/1‑94 (MQ=60)
GGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATC > SRR4302535.447625/1‑94 (MQ=60)
ATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTC > SRR4302535.3180896/1‑94 (MQ=60)
ATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTC > SRR4302535.446830/1‑94 (MQ=60)
ATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTC > SRR4302535.4655392/1‑94 (MQ=60)
TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCC > SRR4302535.811499/1‑94 (MQ=60)
TGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCC < SRR4302535.2686011/94‑1 (MQ=60)
GCGGCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCA < SRR4302535.1830533/94‑1 (MQ=60)
CGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCAC > SRR4302535.2232764/1‑94 (MQ=60)
GTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACC > SRR4302535.4403330/1‑94 (MQ=60)
GTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACC > SRR4302535.720399/1‑94 (MQ=60)
GTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACC > SRR4302535.1369435/1‑94 (MQ=60)
TCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCT > SRR4302535.2416775/1‑94 (MQ=60)
CACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTC > SRR4302535.3576212/1‑94 (MQ=60)
ACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCT > SRR4302535.2122028/1‑94 (MQ=60)
ACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCT < SRR4302535.547914/94‑1 (MQ=60)
ACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCT < SRR4302535.2620892/94‑1 (MQ=60)
ACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCT < SRR4302535.4195855/94‑1 (MQ=60)
CAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTC < SRR4302535.1046348/94‑1 (MQ=60)
CAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTC > SRR4302535.74783/1‑94 (MQ=60)
CAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCCCCACCTCTTC > SRR4302535.4196778/1‑94 (MQ=60)
AGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCC > SRR4302535.544338/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCA < SRR4302535.1875524/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAG < SRR4302535.3173293/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAG < SRR4302535.1432233/94‑1 (MQ=60)
TGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCC < SRR4302535.3563553/94‑1 (MQ=60)
TGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCC < SRR4302535.4264351/94‑1 (MQ=60)
GCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCC > SRR4302535.2635815/1‑94 (MQ=60)
GCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCA < SRR4302535.3157072/94‑1 (MQ=60)
GCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCA < SRR4302535.637589/94‑1 (MQ=60)
CGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCAC < SRR4302535.401628/94‑1 (MQ=60)
GGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACT < SRR4302535.31420/94‑1 (MQ=60)
GGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACT < SRR4302535.2043746/94‑1 (MQ=60)
GGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTT > SRR4302535.1471760/1‑94 (MQ=60)
CAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCT > SRR4302535.3347489/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCATCCACTTCTG > SRR4302535.3289013/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTG > SRR4302535.2291518/1‑94 (MQ=60)
CTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGC < SRR4302535.2617558/94‑1 (MQ=60)
TGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCG > SRR4302535.3316410/1‑94 (MQ=60)
TGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCG < SRR4302535.1614082/94‑1 (MQ=60)
CAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGT > SRR4302535.2770499/1‑94 (MQ=60)
AAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTG < SRR4302535.3787460/94‑1 (MQ=60)
AAACGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTG < SRR4302535.4533694/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCA < SRR4302535.3678603/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTCCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCA < SRR4302535.1539548/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACG < SRR4302535.2946850/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACG > SRR4302535.3859950/1‑94 (MQ=60)
GCTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAA > SRR4302535.684659/1‑94 (MQ=60)
CTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAAT < SRR4302535.2774686/94‑1 (MQ=60)
CTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAAT > SRR4302535.1833652/1‑94 (MQ=60)
CTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAAT < SRR4302535.758526/94‑1 (MQ=60)
CTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAAT > SRR4302535.2464497/1‑94 (MQ=60)
CTGCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGGTGGCGGGAATGTCCACCTCTTCCAGCCCCTTCTGCGCGGTGGCACGAAT > SRR4302535.925916/1‑94 (MQ=60)
TGCATACCGCCTGA‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCCCCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATA < SRR4302535.2406770/94‑1 (MQ=60)
GCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATAT < SRR4302535.4479703/94‑1 (MQ=60)
GCATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATAT > SRR4302535.2061173/1‑94 (MQ=60)
CATACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATC < SRR4302535.1454204/94‑1 (MQ=60)
TACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGC > SRR4302535.2092907/1‑94 (MQ=60)
ACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCC > SRR4302535.3700788/1‑94 (MQ=60)
ACCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCC < SRR4302535.3709368/94‑1 (MQ=60)
CCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCG < SRR4302535.3756814/94‑1 (MQ=60)
CCGCC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCG > SRR4302535.3933125/1‑94 (MQ=60)
CC‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAA > SRR4302535.4039691/1‑94 (MQ=60)
C‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAAT > SRR4302535.3832517/1‑94 (MQ=60)
C‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAAT > SRR4302535.2162767/1‑94 (MQ=60)
C‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAAT < SRR4302535.3477976/94‑1 (MQ=60)
C‑GGAAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAAT < SRR4302535.4581078/94‑1 (MQ=60)
ggaAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATG > SRR4302535.19318/4‑94 (MQ=60)
GA‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGA < SRR4302535.3761199/94‑1 (MQ=60)
GA‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGA > SRR4302535.2696514/1‑94 (MQ=60)
A‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGAC > SRR4302535.1905718/1‑94 (MQ=60)
A‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGAC > SRR4302535.1169451/1‑94 (MQ=60)
AAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGT < SRR4302535.1556413/94‑1 (MQ=60)
AAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGT > SRR4302535.498386/1‑94 (MQ=60)
AAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTG < SRR4302535.3910152/94‑1 (MQ=60)
AAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTG > SRR4302535.1473157/1‑94 (MQ=60)
AAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTG > SRR4302535.2735511/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCTCCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGC > SRR4302535.1080747/1‑94 (MQ=60)
AGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGC < SRR4302535.3941400/94‑1 (MQ=60)
|
CAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCC‑GG‑AAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGC > NC_000913/4315815‑4316000
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
