Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,393,753 |
G→A |
A37A (GCG→GCA) |
amiB → |
N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,393,753 | 0 | G | A | 100.0%
| 862.7
/ NA
| 239 | A37A (GCG→GCA) | amiB | N‑acetylmuramoyl‑l‑alanine amidase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (108/131); total (108/131) |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGG > NC_000913/4393663‑4393842
|
ttggttggTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGcacg < 1:455668/93‑1 (MQ=255)
gttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGAt < 2:746849/93‑1 (MQ=255)
ttggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATa < 1:1218839/93‑1 (MQ=255)
tggtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGCAATCAACAGGCACGGATaa > 1:3357916/1‑93 (MQ=255)
ggtAGCGACGCTGCTGCCGCTGTGCACGCCGGTGGGCGCCGCCACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACCGGCACTGATAAc > 2:2837293/1‑93 (MQ=255)
gtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACg > 2:1363895/1‑93 (MQ=255)
gtAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCAAGGATAACg > 1:3428269/1‑93 (MQ=255)
aGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGtt < 1:3723233/93‑1 (MQ=255)
cGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGa < 2:459981/93‑1 (MQ=255)
gACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAg < 2:4111229/93‑1 (MQ=255)
aCGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGt > 2:3620815/1‑93 (MQ=255)
aCGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGt > 1:1252345/1‑93 (MQ=255)
gctgctgctgctGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGttt > 1:783009/1‑93 (MQ=255)
gctgctgctgctGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGttt < 1:3662883/93‑1 (MQ=255)
tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa > 2:5329/1‑93 (MQ=255)
tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa > 2:399749/1‑93 (MQ=255)
tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa > 2:115187/1‑93 (MQ=255)
tgctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTa < 1:1605939/93‑1 (MQ=255)
tctgctgctgTGCACGCCTGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAt < 1:490081/92‑1 (MQ=255)
gctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAt < 2:3316894/93‑1 (MQ=255)
ctgctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAtt < 1:1023290/93‑1 (MQ=255)
tgctgcggTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTg < 2:2971623/93‑1 (MQ=255)
gctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTCTTgg > 2:197792/1‑93 (MQ=255)
gctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTgg < 1:2759176/93‑1 (MQ=255)
gctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTgg > 1:1798496/1‑93 (MQ=255)
ctgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGc > 2:3661608/1‑93 (MQ=255)
tgctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCg < 2:3263666/93‑1 (MQ=255)
gctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGa > 1:3555220/1‑93 (MQ=255)
gctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGa < 2:4674932/93‑1 (MQ=255)
gctgTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGa < 1:3824107/93‑1 (MQ=255)
tgtgCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATc > 2:712760/1‑93 (MQ=255)
tgtgCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATc > 2:3872624/1‑93 (MQ=255)
cACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGa < 2:15786/93‑1 (MQ=255)
aCGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAt < 2:1972433/93‑1 (MQ=255)
cGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAtt < 1:2832371/93‑1 (MQ=255)
cGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAtt < 2:2232269/93‑1 (MQ=255)
cGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAtt < 2:2282311/93‑1 (MQ=255)
gCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTa < 1:621925/93‑1 (MQ=255)
cgcGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATGCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTa < 1:1126225/91‑1 (MQ=255)
ccGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAt < 2:277702/93‑1 (MQ=255)
gtgggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCg > 2:2036489/1‑93 (MQ=255)
tgggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGt > 2:4402507/1‑93 (MQ=255)
gggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGtt < 1:754299/93‑1 (MQ=255)
ggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGttt < 1:3344306/93‑1 (MQ=255)
ggtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGttt < 2:811066/93‑1 (MQ=255)
gtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTa > 1:3001689/1‑93 (MQ=255)
gtgCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTa < 2:3083423/93‑1 (MQ=255)
gCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGc < 1:458328/93‑1 (MQ=255)
cgcgACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCa < 1:3416947/93‑1 (MQ=255)
aCGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaa > 2:1441042/1‑93 (MQ=255)
aCGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaa > 2:2437110/1‑93 (MQ=255)
cGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaaa < 2:4480687/93‑1 (MQ=255)
cGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaaa > 1:176160/1‑93 (MQ=255)
cGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCaaa > 1:389201/1‑93 (MQ=255)
cGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGGTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCAGCaaa > 2:407924/1‑93 (MQ=255)
gCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCGGATTATGGGTTTAGCCATCaaaa > 2:3133667/1‑92 (MQ=255)
ctctctGATATTGAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGc < 2:826703/93‑1 (MQ=255)
ctctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGc < 2:426851/93‑1 (MQ=255)
ctctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGc < 2:97445/93‑1 (MQ=255)
tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa > 2:2555911/1‑93 (MQ=255)
tctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCa < 1:2441440/93‑1 (MQ=255)
ctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaa > 2:913022/1‑93 (MQ=255)
ctctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaa > 1:3081993/1‑93 (MQ=255)
tctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaaa < 2:4566044/93‑1 (MQ=255)
tctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaaa < 1:2686652/93‑1 (MQ=255)
tctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCaaa < 1:4060965/93‑1 (MQ=255)
ctGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAAc > 1:3186646/1‑93 (MQ=255)
gATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGc > 2:2475311/1‑93 (MQ=255)
tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc > 2:2629663/1‑93 (MQ=255)
tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc < 1:184573/93‑1 (MQ=255)
tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc < 2:4282097/93‑1 (MQ=255)
tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc < 2:3743865/93‑1 (MQ=255)
tatTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAc > 2:104864/1‑93 (MQ=255)
atTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAcc < 2:2859937/93‑1 (MQ=255)
atTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCAcc > 2:3046916/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGt > 2:1947390/1‑93 (MQ=255)
aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGTATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 2:394789/93‑1 (MQ=255)
aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 2:3557937/93‑1 (MQ=255)
aGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTgg < 2:2713137/93‑1 (MQ=255)
aGGTTTCTAACGGCAATCAACAGACACGGATAACGTTGAGTTTTAATGTGGATCCTGATTATTCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCTCCGTgg > 2:3734980/1‑93 (MQ=255)
ggTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGgc < 1:555675/93‑1 (MQ=255)
ggTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGgc < 1:1879609/93‑1 (MQ=255)
gTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGgcg > 1:1633426/1‑93 (MQ=255)
aCGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGata < 1:3618202/93‑1 (MQ=255)
aCGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGata < 2:1755858/93‑1 (MQ=255)
aCGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGata < 2:4197818/93‑1 (MQ=255)
aCGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGata > 1:1417465/1‑93 (MQ=255)
cGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGatat < 2:2977492/93‑1 (MQ=255)
gTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATca > 1:2034170/1‑93 (MQ=255)
tAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaa < 1:464071/93‑1 (MQ=255)
aaTCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaa < 2:2086350/93‑1 (MQ=255)
aaTAAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGAGCTCGATATcaaa > 2:3467220/1‑93 (MQ=255)
aTCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaac < 2:1688072/93‑1 (MQ=255)
aTCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaac > 2:122477/1‑93 (MQ=255)
tCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaaca < 1:1288974/93‑1 (MQ=255)
cAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaacaa > 1:1982794/1‑93 (MQ=255)
cAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATcaaacaa > 1:243341/1‑93 (MQ=255)
aCAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCaaacaaac > 2:316007/1‑93 (MQ=255)
aCAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCaaacaaac > 2:3408128/1‑93 (MQ=255)
cAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACg < 1:149887/93‑1 (MQ=255)
|
TTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGG > NC_000913/4393663‑4393842
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTG > NC_000913/4393660‑4393846
|
AAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCA < SRR4302535.2368825/94‑1 (MQ=60)
AAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCA > SRR4302535.2670433/1‑94 (MQ=60)
AATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCAC < SRR4302535.2567072/94‑1 (MQ=60)
ATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACG < SRR4302535.3091237/94‑1 (MQ=60)
TTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGG < SRR4302535.458855/94‑1 (MQ=60)
TTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAA < SRR4302535.1227581/94‑1 (MQ=60)
TTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGCAATCAACAGGCACGGATAA > SRR4302535.3381293/1‑94 (MQ=60)
TGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAAC < SRR4302535.3418164/94‑1 (MQ=60)
GGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACG < SRR4302535.1839649/94‑1 (MQ=60)
GGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCAAGGATAACG > SRR4302535.3452098/1‑94 (MQ=60)
AGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTG < SRR4302535.143508/94‑1 (MQ=60)
AGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTG < SRR4302535.3749024/94‑1 (MQ=60)
GACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTATTCAAAAGGAAGGGATAAAGTTGAGT > SRR4302535.1550708/1‑94 (MQ=60)
GACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGT > SRR4302535.1261301/1‑94 (MQ=60)
GACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGT > SRR4302535.474407/1‑94 (MQ=60)
GACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGT < SRR4302535.1350709/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTT > SRR4302535.788504/1‑94 (MQ=60)
GCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTT < SRR4302535.3688244/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTA < SRR4302535.1060892/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCTGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAT < SRR4302535.1649790/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTAT < SRR4302535.1617527/94‑1 (MQ=60)
TCTGCTGCTGTGCACGCCTGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATT < SRR4302535.493522/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTG < SRR4302535.1267853/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTG < SRR4302535.269204/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTG < SRR4302535.1030559/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGG < SRR4302535.38653/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGG > SRR4302535.1811500/1‑94 (MQ=60)
GCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGC < SRR4302535.1829006/94‑1 (MQ=60)
GCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGC < SRR4302535.1984749/94‑1 (MQ=60)
GCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGC < SRR4302535.2778837/94‑1 (MQ=60)
TGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGA > SRR4302535.3579882/1‑94 (MQ=60)
GCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGAT < SRR4302535.3850484/94‑1 (MQ=60)
CACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGAT < SRR4302535.282615/94‑1 (MQ=60)
ACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATT > SRR4302535.704653/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTA < SRR4302535.2852477/94‑1 (MQ=60)
cgCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATGCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAT < SRR4302535.1134267/92‑1 (MQ=60)
GCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAT < SRR4302535.3422451/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTAT < SRR4302535.626245/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATG < SRR4302535.3048423/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATG < SRR4302535.1627151/94‑1 (MQ=60)
CCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATG < SRR4302535.1261228/94‑1 (MQ=60)
CGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGC < SRR4302535.3675211/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCG < SRR4302535.2707464/94‑1 (MQ=60)
GGTGGGTGCCGCGACGCGCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCG < SRR4302535.1983333/94‑1 (MQ=60)
TGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTT > SRR4302535.3222862/1‑94 (MQ=60)
GGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTT < SRR4302535.946808/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTT < SRR4302535.759610/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTA > SRR4302535.1733897/1‑94 (MQ=60)
GGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTA < SRR4302535.3367603/94‑1 (MQ=60)
GGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTA > SRR4302535.3022730/1‑94 (MQ=60)
GTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAG < SRR4302535.180154/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCC < SRR4302535.461535/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCC < SRR4302535.3743205/94‑1 (MQ=60)
GCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCC < SRR4302535.2793908/94‑1 (MQ=60)
CGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCAT < SRR4302535.3440717/94‑1 (MQ=60)
CGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCAT > SRR4302535.371055/1‑94 (MQ=60)
GCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATA > SRR4302535.691704/1‑94 (MQ=60)
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GACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAA > SRR4302535.1184211/1‑94 (MQ=60)
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CACGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGG > SRR4302535.878411/1‑94 (MQ=60)
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|
AAATTGGTTGGTAGCGACGCTGCTGCTGCTGTGCACGCCGGTGGGTGCCGCGACGCTCTCTGATATTCAGGTTTCTAACGGTAATCAACAGGCGCGGATAACGTTGAGTTTTATTGGCGATCCTGATTATGCGTTTAGCCATCAAAGCAAACGCACCGTGGCGCTCGATATCAAACAAACGGGCGTG > NC_000913/4393660‑4393846
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
