Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1873 |
183.1 |
9376148 |
98.2% |
9207377 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGC > NC_000913/3951074‑3951258
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑C < SRR4302535.736499/94‑1 (MQ=60)
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑C < SRR4302535.2628400/94‑1 (MQ=60)
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGGGCGCTGTG‑‑G‑‑‑G > SRR4302535.869099/1‑94 (MQ=60)
ACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgggccac > SRR4302535.2046512/1‑86 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAA < SRR4302535.2600721/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGGGCCGTG‑‑G‑‑‑GG‑CGGCACCGGAAT > SRR4302535.581374/1‑94 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302535.1875848/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAAT < SRR4302535.2031395/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302535.1722377/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATG < SRR4302535.272779/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCTGTG‑‑Gcgcggcaccggagtga > SRR4302535.2367279/1‑78 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTTATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302535.2532554/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302535.1471569/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAC < SRR4302535.4218480/94‑1 (MQ=60)
AAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCG < SRR4302535.2598893/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302535.3800599/94‑1 (MQ=60)
AAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGC < SRR4302535.429539/94‑1 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302535.2615734/94‑1 (MQ=60)
GTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggggccccccgcaagaacgacgccga > SRR4302535.4681576/1‑69 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302535.2977442/94‑1 (MQ=60)
ATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATT < SRR4302535.856971/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302535.4473251/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302535.2093399/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302535.572536/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302535.4612966/94‑1 (MQ=60)
AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTA < SRR4302535.658105/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccccccgaatggcagccaccgcttttcggaa > SRR4302535.3168057/1‑59 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAA < SRR4302535.2393493/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgcccccggaatgacccacccccattttggtta > SRR4302535.1823378/1‑60 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302535.3628845/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302535.1294979/94‑1 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGC < SRR4302535.2269986/94‑1 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGC < SRR4302535.24713/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302535.921237/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302535.4484666/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302535.3028302/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccaccggaaagaaacacgccgattttggtaaaccga > SRR4302535.3453367/1‑54 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302535.1629002/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgccccccgaatgaaccacaccgatttttggaagaacat > SRR4302535.3761757/1‑54 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302535.3402810/94‑1 (MQ=60)
TTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATT < SRR4302535.3385273/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302535.3849056/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCCTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggggccccccgaaagaacgcacccgacttctgggaggcgacttta > SRR4302535.2918581/1‑50 (MQ=44)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302535.2314842/94‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgcccccggcatgaacgacgccggtttctgtaagcccattatttc > SRR4302535.52873/1‑47 (MQ=60)
ACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GCGCGC‑C‑‑C‑CCGGGATGACCGCCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTttcggcg > SRR4302535.3396293/1‑87 (MQ=60)
CCACCACTCATGGCTGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTGGCG‑‑‑CC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCTGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302535.720457/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGT < SRR4302535.2843636/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302535.4395307/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302535.217565/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302535.2321200/94‑1 (MQ=60)
CTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAA < SRR4302535.3897189/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302535.919921/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGGGCCGTG‑‑GGGCGC‑C‑‑C‑CCGGGATGACCGACGCCGCTTTCGGTGAGCCGATTATCGCGGGTGTGGACTC > SRR4302535.49317/1‑94 (MQ=16)
TGGTCGTAATATGGCCGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302535.1297185/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCTC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTT < SRR4302535.3102615/94‑1 (MQ=60)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302535.610223/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302535.4324821/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302535.1685456/94‑1 (MQ=60)
GTAATATGGCGGGTGCGCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAC < SRR4302535.1256379/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302535.477623/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA > SRR4302535.3753151/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT < SRR4302535.2556969/94‑1 (MQ=60)
GGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTA > SRR4302535.3971875/1‑94 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC < SRR4302535.1538605/94‑1 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302535.910034/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC < SRR4302535.2964611/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302535.1817813/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302535.2573797/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302535.471304/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC < SRR4302535.4433993/94‑1 (MQ=60)
CGCTGTG‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > SRR4302535.3326278/1‑94 (MQ=60)
G‑‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGC < SRR4302535.200608/94‑1 (MQ=60)
|
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGTCCATCTGC > NC_000913/3951074‑3951258
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
