Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1696 |
279.3 |
15874187 |
97.8% |
15524954 |
93.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
|
CGAGGCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G < SRR4302543.4654213/94‑1 (MQ=60)
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGGCGTG‑‑G > SRR4302543.5174345/1‑94 (MQ=60)
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGCGCGCCGTG‑‑G > SRR4302543.5335551/1‑94 (MQ=60)
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑C < SRR4302543.4805256/94‑1 (MQ=60)
AGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcg < SRR4302543.4462833/94‑3 (MQ=60)
AGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCCTTCGCTGTG‑‑Gcg > SRR4302543.3291869/1‑92 (MQ=60)
ACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcg < SRR4302543.6008384/94‑5 (MQ=60)
ACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccac < SRR4302543.1898834/94‑9 (MQ=60)
CACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccacc < SRR4302543.3405414/94‑10 (MQ=60)
TGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGA < SRR4302543.6547012/94‑1 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgcccccggaa < SRR4302543.7025867/94‑14 (MQ=60)
GGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAA < SRR4302543.4102587/94‑1 (MQ=60)
GGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAAT < SRR4302543.5186102/94‑1 (MQ=60)
GAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GT‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATG < SRR4302543.7266127/94‑1 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGGGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgcccccgggaaga > SRR4302543.1294985/1‑79 (MQ=60)
AGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGA < SRR4302543.2540258/94‑1 (MQ=60)
GTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgccccccggatgac > SRR4302543.259420/1‑78 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccacgccgaagacc > SRR4302543.5596030/1‑76 (MQ=60)
TAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACC < SRR4302543.1548979/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGAC < SRR4302543.990579/94‑1 (MQ=60)
ATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCGGTG‑‑G‑‑‑Ggcggcccccggatgaccgac > SRR4302543.689771/1‑74 (MQ=60)
AAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCC < SRR4302543.1328491/94‑1 (MQ=60)
AGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCG < SRR4302543.2766052/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302543.5139912/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAT < SRR4302543.3381126/94‑1 (MQ=60)
TATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgccccccgactagacgcccacgat > SRR4302543.2040863/1‑68 (MQ=60)
TGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑GGCG‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTT > SRR4302543.844250/1‑94 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GCTCG‑‑‑‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302543.3253379/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302543.3253149/94‑1 (MQ=60)
GCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTC < SRR4302543.7887038/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTGCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302543.5138723/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATTGCGGGTGCTCCTGCGGTGTG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑‑‑Cgcgaccggagtgacccgcgcctctttgg > SRR4302543.6876200/1‑66 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302543.1848140/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302543.3066125/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCG < SRR4302543.6745295/94‑1 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGTG‑‑Gcgggccccccgaataaacgacccccatttcg > SRR4302543.6877707/1‑63 (MQ=60)
CCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccccccgaaagaccgaccgcggttttg > SRR4302543.6884369/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302543.1179420/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302543.6524388/94‑1 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCCGAATGACCGACGCCCATTTCGG > SRR4302543.5935302/1‑94 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgcgccccggaagacccaccccgatttcgg > SRR4302543.7073326/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTG‑‑G‑‑‑Ggggccccccggacgacacacccccccttcgt > SRR4302543.1546775/1‑63 (MQ=60)
CTAAGTACCGTTCAGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGG < SRR4302543.3386108/94‑1 (MQ=60)
TAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCCGTG‑‑G‑‑‑Ggcggcccccgcaggaacgacgcccgattcggg > SRR4302543.7281725/1‑62 (MQ=60)
AAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTA < SRR4302543.5248445/94‑1 (MQ=60)
AGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggcgccccccggatgacccacgccgagttctgtga > SRR4302543.126215/1‑60 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACTCCGATTTCGGTAAG < SRR4302543.717912/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAG < SRR4302543.415647/94‑1 (MQ=60)
GTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCGTGGGCTGTG‑‑Gcgcgccacccgaatgacccacccgcgctttggtaaa > SRR4302543.2145256/1‑58 (MQ=60)
TACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑GCGCG‑‑C‑‑‑C‑‑ACCCGGAA‑GACCGACGCCGACTTCGGTAAGC > SRR4302543.3486013/1‑94 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302543.538597/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCC < SRR4302543.24371/94‑1 (MQ=60)
ACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑Gcggggcacccgcatgagcgcccccgatttcggtcagcc > SRR4302543.2615493/1‑56 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302543.4482853/94‑1 (MQ=60)
CCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCG < SRR4302543.4030807/94‑1 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccaaccgaaagaccgacccccgtttcggtaagccca > SRR4302543.1405611/1‑54 (MQ=60)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGGCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑G‑‑G‑‑‑CGGCACCGGGATGACCCACGCCGATTTTGGTGAGCCGG > SRR4302543.1201759/1‑94 (MQ=40)
CGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCCTGCGCCGTG‑‑G‑‑‑GGCG‑‑‑C‑‑CACCGGAAAGACCGACGCCGCCTTTGGTAAGCCGA > SRR4302543.675099/1‑94 (MQ=32)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccaccgggatgaacgccccccaattcggtaaaccggt > SRR4302543.6045618/1‑53 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302543.6147023/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302543.6181617/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302543.3426854/94‑1 (MQ=60)
GTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAT < SRR4302543.2612812/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302543.7912645/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302543.3498269/94‑1 (MQ=60)
CCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAT < SRR4302543.2576738/94‑1 (MQ=60)
CGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATC < SRR4302543.1640759/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302543.228729/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302543.4005822/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCG < SRR4302543.6624644/94‑1 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCGCTGTG‑‑Gcgggccaccggcaagaacgaagccgattttggtaaacccaatattc > SRR4302543.3335669/1‑48 (MQ=60)
GCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCCTGCGCCGTG‑‑GGGCG‑‑C‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCGACGCCCCTTTCTGTAAGCCGATTATCC > SRR4302543.4325349/1‑94 (MQ=32)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302543.1236652/94‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGC < SRR4302543.7962773/94‑1 (MQ=60)
CCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcggcacccgaaagaacggcgcccgttttgggtagccgattatctc > SRR4302543.7123523/1‑47 (MQ=60)
CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCG < SRR4302543.1167956/94‑1 (MQ=60)
CCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGT < SRR4302543.1332626/94‑1 (MQ=60)
CACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTT < SRR4302543.7244423/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGT < SRR4302543.5094053/94‑1 (MQ=60)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGGCG‑‑‑G‑‑G‑‑‑C‑‑CACCGGGATGACCGACCCCCGTTTCGGTAAGCCGgtttttgcggttgg > SRR4302543.6488860/1‑80 (MQ=28)
CCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGGATGACCGCCGCCGCCTTCTGTAAGCCGATTATtgccggttt > SRR4302543.7282586/1‑85 (MQ=25)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302543.671700/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTG < SRR4302543.1481566/94‑1 (MQ=60)
CACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTG‑‑GCGCG‑‑C‑‑‑C‑‑CCCCGG‑ATGACCGACGCCGAGTTTGGTAAGCCGATTTTTGCGGGTGTG > SRR4302543.3705120/1‑94 (MQ=30)
ACTCATGGTCGTAATATGGGGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑Ggggccacccggatgaacgacgccggttttcgtgagcagattattgcgggtggga > SRR4302543.6213849/1‑40 (MQ=54)
ACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTAGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGA > SRR4302543.7721744/1‑94 (MQ=60)
TCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAC < SRR4302543.5430027/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302543.3383789/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACT < SRR4302543.5939758/94‑1 (MQ=60)
CATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccaccgggatgaccgaagccggctttgggaagcccaatatcgcggttgtggacc > SRR4302543.1586624/1‑36 (MQ=60)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGGAAGACCGACACCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAAATC > SRR4302543.2578398/1‑94 (MQ=25)
ATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑Gcgcgccacccggaagacccacaccgatttttgtgagccgcttatcctcggtgtttactc > SRR4302543.4356507/1‑35 (MQ=59)
ATGGTCGTAATATGGCGGATGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑C‑‑G‑‑‑CGACACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTC < SRR4302543.5087427/94‑1 (MQ=60)
TGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCG < SRR4302543.4353883/94‑1 (MQ=60)
GTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GGGCG‑‑C‑‑‑C‑‑C‑CCGGGATGACCGACGCCGACTTCGGTAtgtcgcttattgcgggtgtcaactcgct > SRR4302543.4811393/1‑66 (MQ=38)
TCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTC < SRR4302543.7124979/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302543.7398906/94‑1 (MQ=60)
CGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCA < SRR4302543.7735651/94‑1 (MQ=60)
TAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACC < SRR4302543.4468814/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACTCCGATTTCGGTAAGCCGGTTATCGCGGTTGTGAATTCGTTCACCCA > SRR4302543.1364486/1‑94 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCA < SRR4302543.7755172/94‑1 (MQ=60)
ATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTG‑G‑‑G‑‑‑G‑‑CGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAACCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCACCCA > SRR4302543.3894583/1‑94 (MQ=60)
ATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAT > SRR4302543.1492189/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATT > SRR4302543.2646124/1‑94 (MQ=60)
TGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATT > SRR4302543.6746731/1‑94 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT < SRR4302543.5107244/94‑1 (MQ=60)
GGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTT > SRR4302543.5604747/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302543.7245611/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302543.1756969/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302543.4767519/94‑1 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG > SRR4302543.528625/1‑94 (MQ=60)
GCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATCACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTG < SRR4302543.3840792/94‑1 (MQ=60)
GGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTAC > SRR4302543.1661057/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGGCGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302543.4057806/1‑94 (MQ=60)
GTGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACC > SRR4302543.4905149/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CGCCAGAATGACCGACGCAGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302543.740034/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302543.2605080/1‑94 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG < SRR4302543.4245339/94‑1 (MQ=60)
TGCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCG > SRR4302543.2228496/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCCATTTGTACCGG > SRR4302543.412295/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302543.1174741/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302543.6940287/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302543.778349/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG > SRR4302543.412296/1‑94 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302543.640663/94‑1 (MQ=60)
GCTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CA‑‑C‑‑CCCCCGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGG < SRR4302543.2064675/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCCCCCAATTTGTACCGGG > SRR4302543.6014188/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302543.4994089/1‑94 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG < SRR4302543.1160638/94‑1 (MQ=60)
CTCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGG > SRR4302543.6646334/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCACTTTGTACCGGGT > SRR4302543.5390595/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT > SRR4302543.5390592/1‑94 (MQ=60)
TCGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGT > SRR4302543.6498608/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGACCTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302543.2294087/1‑94 (MQ=60)
CGTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTC > SRR4302543.2294088/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302543.5479361/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302543.770561/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA > SRR4302543.2471649/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCA < SRR4302543.6310348/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302543.4572743/94‑1 (MQ=60)
TGCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC < SRR4302543.4572744/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > SRR4302543.4362509/1‑94 (MQ=60)
GCGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACG > SRR4302543.2224560/1‑94 (MQ=60)
CGCTGTG‑‑GC‑‑G‑‑CG‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCCCGT > SRR4302543.1296398/1‑94 (MQ=60)
|
CGAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑‑G‑‑‑G‑‑C‑‑‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCACGT > NC_000913/3951073‑3951250
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
