Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,718,074 |
T→C |
S59P (TCC→CCC) |
slyB → |
putative outer membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,718,074 | 0 | T | C | 99.6%
| 875.1
/ NA
| 270 | S59P (TCC→CCC) | slyB | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (101/168); minor base A (0/1); total (101/169) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACT > NC_000913/1717984‑1718163
|
tataCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATccc < 1:9270322/93‑1 (MQ=255)
tataCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATccc < 2:8244467/93‑1 (MQ=255)
ataCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCa < 2:2654895/93‑1 (MQ=255)
aCCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAAc < 1:4077304/93‑1 (MQ=255)
gCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGtt < 1:1189423/93‑1 (MQ=255)
cTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTa < 1:7694914/93‑1 (MQ=255)
ttCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTAt < 2:6462774/93‑1 (MQ=255)
tCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATc > 2:621556/1‑93 (MQ=255)
tCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATc > 2:2680856/1‑93 (MQ=255)
tGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCgg < 1:968873/93‑1 (MQ=255)
gAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCTCAACGTTATCGGt > 2:6656360/1‑93 (MQ=255)
aaGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTg > 2:9671565/1‑93 (MQ=255)
gCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCa < 1:4318997/93‑1 (MQ=255)
cGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCaa < 2:9871909/93‑1 (MQ=255)
aaaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAAtt < 1:3156745/93‑1 (MQ=255)
aaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTg < 1:5856618/93‑1 (MQ=255)
aaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTg < 2:2560653/93‑1 (MQ=255)
aaCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTg < 1:1726816/93‑1 (MQ=255)
aCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTgg < 1:6837979/93‑1 (MQ=255)
aCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTgg < 2:1389374/93‑1 (MQ=255)
cAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGc < 2:3576261/93‑1 (MQ=255)
cAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGc > 1:8273377/1‑93 (MQ=255)
aGTACAGAATGTCAGCTATTGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCgg < 1:7385630/93‑1 (MQ=255)
gTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCggg > 2:3079367/1‑92 (MQ=255)
aGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTg < 1:3932887/93‑1 (MQ=255)
aGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTg > 1:8054536/1‑93 (MQ=255)
gAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGt < 1:5380167/93‑1 (MQ=255)
gAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGt < 1:2536436/93‑1 (MQ=255)
gAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGt < 2:4833048/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTc < 2:3850837/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTc < 2:3937329/93‑1 (MQ=255)
aTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTc > 2:1048302/1‑93 (MQ=255)
aTGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTc > 1:4971006/1‑93 (MQ=255)
tGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCt < 1:1758799/93‑1 (MQ=255)
tGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCt < 2:1633956/93‑1 (MQ=255)
gTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCtt < 2:5884208/93‑1 (MQ=255)
tCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtg < 2:5716312/93‑1 (MQ=255)
cAGCTATGGCCCCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtgg < 1:6588533/93‑1 (MQ=255)
cAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtgg > 2:5189235/1‑93 (MQ=255)
aGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggt > 2:2341878/1‑93 (MQ=255)
gCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtg < 1:3754964/93‑1 (MQ=255)
gCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtg > 2:705277/1‑93 (MQ=255)
gCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtg > 2:4390051/1‑93 (MQ=255)
cTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTtggtgg < 1:2797430/93‑1 (MQ=255)
tATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGGGCTGTTCTTggtggt > 1:2450558/1‑93 (MQ=255)
aTGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGtt < 1:8949747/93‑1 (MQ=255)
aTGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGtt < 1:1881522/93‑1 (MQ=255)
aTGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGtt > 2:1428520/1‑93 (MQ=255)
tGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGttt > 1:3631219/1‑93 (MQ=255)
ggCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTc > 2:4201144/1‑93 (MQ=255)
ggCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTc < 2:4288097/93‑1 (MQ=255)
gCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTcc < 1:7464821/93‑1 (MQ=255)
gCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTcc < 1:9056661/93‑1 (MQ=255)
aCCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTg < 2:4692189/93‑1 (MQ=255)
aCCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTg > 1:2509418/1‑93 (MQ=255)
ccATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgg > 2:4532941/1‑93 (MQ=255)
ctCGTTAGCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgggg < 1:9406530/92‑1 (MQ=255)
aTCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTgggg > 2:4753226/1‑93 (MQ=255)
tCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGa > 2:4054706/1‑93 (MQ=255)
tCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGa > 2:5517445/1‑93 (MQ=255)
tCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGAGGa > 1:5648717/1‑93 (MQ=255)
ttAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATa < 2:2374958/93‑1 (MQ=255)
ttAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATa < 2:5994380/93‑1 (MQ=255)
tacgtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACt < 2:8615364/92‑1 (MQ=255)
aaCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACt < 2:6108075/93‑1 (MQ=255)
aaCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACt > 2:8319769/1‑93 (MQ=255)
acgtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTg > 2:9378470/1‑93 (MQ=255)
acgtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTg < 1:1448896/93‑1 (MQ=255)
acgtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTg < 1:7233285/93‑1 (MQ=255)
cgtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGt < 1:8699509/93‑1 (MQ=255)
gtacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGtt > 1:4807303/1‑93 (MQ=255)
tacgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtg < 2:2272315/93‑1 (MQ=255)
acgtCCAGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtgg < 2:8446989/93‑1 (MQ=255)
cgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATATTGTtggt > 2:8801178/1‑93 (MQ=255)
cgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggt < 2:7403508/93‑1 (MQ=255)
cgtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggt < 1:8461584/93‑1 (MQ=255)
gtCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtg < 2:9222392/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg < 1:1374633/93‑1 (MQ=255)
tCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg > 1:3485726/1‑93 (MQ=255)
tCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtggtgg > 1:623411/1‑93 (MQ=255)
tCCGGAACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTATTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTtgctgg > 2:2045512/1‑93 (MQ=255)
gTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGa > 2:3434563/1‑93 (MQ=255)
gTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGa > 1:8343853/1‑93 (MQ=255)
aCAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAAc < 1:1964654/93‑1 (MQ=255)
aCAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGCGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAAc < 2:682010/93‑1 (MQ=255)
aTTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCggg < 2:8141576/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGc < 2:5319755/93‑1 (MQ=255)
tCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCg < 1:2925685/93‑1 (MQ=255)
cAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGt < 1:5772829/93‑1 (MQ=255)
aGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGtt > 1:8188235/1‑93 (MQ=255)
gggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtc > 1:7944237/1‑93 (MQ=255)
ggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtct < 1:9931734/93‑1 (MQ=255)
ggCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTtct > 2:2907117/1‑93 (MQ=255)
gCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGCGGCGGCACCGGGCGCtctc > 2:3003783/1‑93 (MQ=255)
cGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTctct < 1:9465643/93‑1 (MQ=255)
gTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTgg > 2:7385112/1‑93 (MQ=255)
gatgatCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCt > 1:8872438/1‑93 (MQ=255)
atgatCTCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTa < 1:5993786/93‑1 (MQ=255)
atgatCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTa > 1:5235519/1‑93 (MQ=255)
tgatCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTAc < 1:7075410/93‑1 (MQ=255)
|
TATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACT > NC_000913/1717984‑1718163
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACTGCA > NC_000913/1717981‑1718166
|
GTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATC > SRR4302540.4896394/1‑94 (MQ=60)
TTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCC < SRR4302540.8093781/94‑1 (MQ=60)
TTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCC < SRR4302540.3166872/94‑1 (MQ=60)
TTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCC < SRR4302540.2215842/94‑1 (MQ=60)
TATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCA < SRR4302540.9381178/94‑1 (MQ=60)
TACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAAC < SRR4302540.9986807/94‑1 (MQ=60)
TACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAAC < SRR4302540.23579/94‑1 (MQ=60)
ACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACG < SRR4302540.4121257/94‑1 (MQ=60)
ACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACG < SRR4302540.4121256/94‑1 (MQ=60)
ACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACATCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACG < SRR4302540.5778391/94‑1 (MQ=60)
CCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGT < SRR4302540.5351908/94‑1 (MQ=60)
CGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTT > SRR4302540.7050656/1‑94 (MQ=60)
CGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTT > SRR4302540.7431062/1‑94 (MQ=60)
GCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACATATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTA < SRR4302540.7294689/94‑1 (MQ=60)
GCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTA < SRR4302540.1201686/94‑1 (MQ=60)
GCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTA > SRR4302540.8416168/1‑94 (MQ=60)
CTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTAT < SRR4302540.1759946/94‑1 (MQ=60)
CTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTAT > SRR4302540.1377354/1‑94 (MQ=60)
CTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTAT < SRR4302540.7782565/94‑1 (MQ=60)
TCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCG < SRR4302540.8249085/94‑1 (MQ=60)
TGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGT < SRR4302540.978854/94‑1 (MQ=60)
AAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATTGGTGC < SRR4302540.4014685/94‑1 (MQ=60)
GCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAA < SRR4302540.4366014/94‑1 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT < SRR4302540.1408358/94‑1 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT > SRR4302540.6137493/1‑94 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT < SRR4302540.6883601/94‑1 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT < SRR4302540.959779/94‑1 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT < SRR4302540.2534421/94‑1 (MQ=60)
GAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGCGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATT < SRR4302540.7830446/94‑1 (MQ=60)
AAGCAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTG < SRR4302540.4872836/94‑1 (MQ=60)
AAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTG < SRR4302540.3191103/94‑1 (MQ=60)
AACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGG < SRR4302540.5921388/94‑1 (MQ=60)
AACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGG < SRR4302540.1745453/94‑1 (MQ=60)
AACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGG < SRR4302540.3468842/94‑1 (MQ=60)
ACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGC > SRR4302540.8369489/1‑94 (MQ=60)
ACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGC > SRR4302540.8369490/1‑94 (MQ=60)
ACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGC < SRR4302540.6913718/94‑1 (MQ=60)
CAAGTACAGAATGTCAGCCATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCG < SRR4302540.1659123/94‑1 (MQ=60)
AAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGG < SRR4302540.1933670/94‑1 (MQ=60)
AGTACAGAATGTCAGCTATTGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGT < SRR4302540.7467916/94‑1 (MQ=60)
GTAGAGAATGTCAGCTATGGCACCCAGCTCAACGGACCTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTG < SRR4302540.3538851/94‑1 (MQ=57)
GTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCGCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTG > SRR4302540.2561314/1‑94 (MQ=60)
GTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTG < SRR4302540.3538852/94‑1 (MQ=60)
ACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGAGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCT < SRR4302540.5236365/94‑1 (MQ=60)
CAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTG < SRR4302540.8531392/94‑1 (MQ=60)
CAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTG > SRR4302540.8148072/1‑94 (MQ=60)
AGAATGTCAGCTGTGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGT < SRR4302540.8977708/94‑1 (MQ=60)
AGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGT < SRR4302540.3975401/94‑1 (MQ=60)
acATGTCAGCTATGGCACCATCGTTACCGTACGTCCGGTACAGATGCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGTAATTGGCGGTGCTGTT < SRR4302540.6288516/92‑1 (MQ=60)
GAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTT < SRR4302540.5439336/94‑1 (MQ=60)
GAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTT < SRR4302540.2563788/94‑1 (MQ=60)
AATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTC < SRR4302540.8277546/94‑1 (MQ=60)
AATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTC > SRR4302540.5024795/1‑94 (MQ=60)
AATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTC < SRR4302540.6908644/94‑1 (MQ=60)
ATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCT > SRR4302540.1451119/1‑94 (MQ=60)
TGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT < SRR4302540.8873889/94‑1 (MQ=60)
TGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT < SRR4302540.7605702/94‑1 (MQ=60)
TGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTT < SRR4302540.1777866/94‑1 (MQ=60)
CAGCTATGGCCCCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGT < SRR4302540.6661510/94‑1 (MQ=60)
GCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGG < SRR4302540.3795929/94‑1 (MQ=60)
CTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGT > SRR4302540.9472897/1‑94 (MQ=60)
CTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGT < SRR4302540.2827634/94‑1 (MQ=60)
CTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGGGCTGTTCTTGGTGGT > SRR4302540.2476946/1‑94 (MQ=60)
TATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTT > SRR4302540.1956768/1‑94 (MQ=60)
ATGTCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT < SRR4302540.9055189/94‑1 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT > SRR4302540.2863563/1‑94 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT > SRR4302540.1836072/1‑94 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT < SRR4302540.9685910/94‑1 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT < SRR4302540.1902123/94‑1 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT < SRR4302540.9055190/94‑1 (MQ=60)
ATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTT > SRR4302540.3670967/1‑94 (MQ=60)
TGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTC < SRR4302540.9155950/94‑1 (MQ=60)
GGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCC < SRR4302540.7261486/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCT < SRR4302540.7548076/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCT < SRR4302540.7548075/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCT < SRR4302540.7494511/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCT < SRR4302540.9165388/94‑1 (MQ=60)
GCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCT < SRR4302540.3850988/94‑1 (MQ=60)
CACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTG > SRR4302540.2536519/1‑94 (MQ=60)
CACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTG > SRR4302540.918567/1‑94 (MQ=60)
CCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGG > SRR4302540.5918568/1‑94 (MQ=60)
CATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGG > SRR4302540.4456501/1‑94 (MQ=60)
CATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGG > SRR4302540.3428151/1‑94 (MQ=60)
CTCGTTAGCGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGA < SRR4302540.9518399/94‑1 (MQ=60)
ATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGAGGA > SRR4302540.5710892/1‑94 (MQ=60)
TCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAT > SRR4302540.2536835/1‑94 (MQ=60)
TCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAA < SRR4302540.9109898/94‑1 (MQ=60)
CGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAAT < SRR4302540.1686291/94‑1 (MQ=60)
TTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATAC < SRR4302540.8094338/94‑1 (MQ=60)
ACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGT < SRR4302540.7313961/94‑1 (MQ=60)
ACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGT < SRR4302540.1464649/94‑1 (MQ=60)
CGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTT < SRR4302540.7852889/94‑1 (MQ=60)
CGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTT < SRR4302540.8800495/94‑1 (MQ=60)
CGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTT > SRR4302540.4858755/1‑94 (MQ=60)
CGCACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGCGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTT < SRR4302540.8800496/94‑1 (MQ=60)
GTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTG > SRR4302540.5531814/1‑94 (MQ=60)
GTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTG > SRR4302540.8062589/1‑94 (MQ=60)
GTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGCTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTG < SRR4302540.1841157/94‑1 (MQ=60)
TCGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTTATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGT < SRR4302540.6430038/94‑1 (MQ=60)
ACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGT < SRR4302540.4208704/94‑1 (MQ=60)
ACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGT < SRR4302540.5946893/94‑1 (MQ=60)
ACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGT > SRR4302540.7367880/1‑94 (MQ=60)
CGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTG < SRR4302540.8559833/94‑1 (MQ=60)
CGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTG < SRR4302540.2884625/94‑1 (MQ=60)
CGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTG > SRR4302540.5747857/1‑94 (MQ=60)
GTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGG > SRR4302540.3523690/1‑94 (MQ=60)
GTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGG > SRR4302540.630046/1‑94 (MQ=60)
TCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGC < SRR4302540.3947502/94‑1 (MQ=60)
TCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGC < SRR4302540.1389217/94‑1 (MQ=60)
CGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGG > SRR4302540.5390362/1‑94 (MQ=60)
GGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGA > SRR4302540.8440699/1‑94 (MQ=60)
GGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGGTTCCTGGGGGATACTGTTGGTGGCGGA > SRR4302540.8440700/1‑94 (MQ=60)
GTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAC > SRR4302540.2725040/1‑94 (MQ=60)
GTACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAA < SRR4302540.9502604/94‑1 (MQ=60)
ACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACC < SRR4302540.1985991/94‑1 (MQ=60)
ACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACC < SRR4302540.489231/94‑1 (MQ=60)
ACAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACC < SRR4302540.512732/94‑1 (MQ=60)
CAGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCG > SRR4302540.2812052/1‑94 (MQ=60)
AGATTCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGG < SRR4302540.4186086/94‑1 (MQ=60)
TCAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGT < SRR4302540.2957755/94‑1 (MQ=60)
CAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTT < SRR4302540.5836599/94‑1 (MQ=60)
CAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTT < SRR4302540.5836598/94‑1 (MQ=60)
CAGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTT > SRR4302540.8283364/1‑94 (MQ=60)
AGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTC < SRR4302540.372685/94‑1 (MQ=60)
AGGGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTC > SRR4302540.8036835/1‑94 (MQ=60)
GGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTC < SRR4302540.8663550/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTC < SRR4302540.10047655/94‑1 (MQ=60)
GGCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTC < SRR4302540.2325562/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCT < SRR4302540.9526423/94‑1 (MQ=60)
GCGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCT < SRR4302540.6465533/94‑1 (MQ=60)
CGGTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTG < SRR4302540.9577937/94‑1 (MQ=60)
GTGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGTGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGC < SRR4302540.9551398/94‑1 (MQ=60)
TGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCT > SRR4302540.8975119/1‑94 (MQ=60)
TGATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCT < SRR4302540.8390946/94‑1 (MQ=60)
GATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTA > SRR4302540.308380/1‑94 (MQ=60)
GATGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTA > SRR4302540.5292631/1‑94 (MQ=60)
ATGATCTCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTAC < SRR4302540.6060189/94‑1 (MQ=60)
TGATCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACT < SRR4302540.7154143/94‑1 (MQ=60)
TCCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACTGCA < SRR4302540.4977699/94‑1 (MQ=60)
|
GTTTATACCGCTTCTGAAGCGAAACAAGTACAGAATGTCAGCTATGGCACCATCGTTAACGTACGTCCGGTACAGATTCAGGGCGGTGATGATTCCAACGTTATCGGTGCAATTGGCGGTGCTGTTCTTGGTGGTTTCCTGGGGAATACTGTTGGTGGCGGAACCGGGCGTTCTCTGGCTACTGCA > NC_000913/1717981‑1718166
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
