Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,983,543 |
(C)5→4 |
coding (609/990 nt) |
araF ← |
L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,983,539 | 0 | C | . | 96.4%
| 932.7
/ 20.9
| 223 | coding (613/990 nt) | araF | L‑arabinose‑binding periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base . (112/102); total (117/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627
|
cccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGc < 1:7394902/92‑1 (MQ=255)
ccgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcc > 1:4125197/1‑93 (MQ=255)
cgccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccc < 1:2632948/93‑1 (MQ=255)
gccCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 1:7681804/93‑1 (MQ=255)
ccccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGcccc < 1:2865147/92‑1 (MQ=255)
ccAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGccccgg > 1:5668077/1‑91 (MQ=255)
gCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt < 2:7162154/93‑1 (MQ=255)
gCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAt > 1:227073/1‑93 (MQ=255)
cACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATg > 2:6566000/1‑93 (MQ=255)
cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc < 2:338232/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc < 2:9239335/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTc > 1:1837569/1‑93 (MQ=255)
ggCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGtt < 2:2469528/92‑1 (MQ=255)
gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 2:7338853/93‑1 (MQ=255)
gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa > 2:2097795/1‑93 (MQ=255)
gCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTa < 1:1125268/93‑1 (MQ=255)
cTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAg > 2:1686926/1‑93 (MQ=255)
cTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAg > 1:5378767/1‑93 (MQ=255)
tGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGa < 2:8247369/93‑1 (MQ=255)
gTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAt < 1:5894818/93‑1 (MQ=255)
tCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAtt < 2:4979948/93‑1 (MQ=255)
tCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAtt < 2:8627763/93‑1 (MQ=255)
gTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTg > 2:89002/1‑93 (MQ=255)
ttCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTgg > 2:4732626/1‑93 (MQ=255)
tCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggt < 1:4375187/93‑1 (MQ=255)
cATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggta < 2:957443/93‑1 (MQ=255)
aTACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtag > 1:594781/1‑93 (MQ=255)
tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg > 2:4307995/1‑93 (MQ=255)
tACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtagg < 2:9286104/93‑1 (MQ=255)
aCCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTggtaggt > 1:9501272/1‑93 (MQ=255)
cgacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAc < 2:2866936/93‑1 (MQ=255)
cgacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAc > 1:1423687/1‑93 (MQ=255)
gacgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAcc < 2:2688798/93‑1 (MQ=255)
acgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGTATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTTAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCt < 2:2778762/93‑1 (MQ=255)
cgaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGCTGGCAGAGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTg > 1:8539460/1‑93 (MQ=255)
gaTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTTCCTGa > 2:1314488/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAt > 1:4545397/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAt > 1:9156231/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAt > 2:3250505/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATa < 1:8393607/93‑1 (MQ=255)
cAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaa > 1:7299085/1‑93 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa < 1:2140497/93‑1 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa < 1:154156/93‑1 (MQ=255)
aGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATaaa < 2:5890591/93‑1 (MQ=255)
cAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAttt > 1:6182389/1‑93 (MQ=255)
gaTGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTg > 2:6629298/2‑93 (MQ=255)
tGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtt > 1:3731142/1‑93 (MQ=255)
ttttAACTTCGGGATGTTGAA‑CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 2:3560826/92‑1 (MQ=255)
gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 1:9700344/93‑1 (MQ=255)
gTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttt < 1:5075985/93‑1 (MQ=255)
tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt < 1:9566450/93‑1 (MQ=255)
tttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGtttt > 1:4673482/1‑93 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 2:8394432/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt < 2:6607647/93‑1 (MQ=255)
ttAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGttttt > 1:5583299/1‑93 (MQ=255)
tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc > 1:2574455/1‑93 (MQ=255)
tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc > 2:8179358/1‑93 (MQ=255)
tAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCATTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTc < 2:254032/93‑1 (MQ=255)
aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc > 2:8046097/1‑93 (MQ=255)
aaCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTcc < 1:6372157/93‑1 (MQ=255)
aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGTTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg > 2:5555552/1‑93 (MQ=255)
aCTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCg > 2:7786734/1‑93 (MQ=255)
cTTCCGGATGTTGAACCAGCAGTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCgg > 2:9886618/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCggg > 2:1075956/1‑93 (MQ=255)
tCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGa > 1:10027094/1‑93 (MQ=255)
ccGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGaa < 1:279970/93‑1 (MQ=255)
cGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAAt < 1:7163873/93‑1 (MQ=255)
tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg > 1:9250251/1‑93 (MQ=255)
tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg < 2:3086155/93‑1 (MQ=255)
tGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCgg > 1:7845052/1‑93 (MQ=255)
gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc < 2:8179839/93‑1 (MQ=255)
gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc < 2:7708484/93‑1 (MQ=255)
gTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGAAGGAACCTGTTAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGc > 2:6723482/1‑93 (MQ=255)
ttGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGcc > 2:5489595/1‑93 (MQ=255)
gAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGc < 2:8998122/93‑1 (MQ=255)
gAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGc > 2:5975285/1‑93 (MQ=255)
aaCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCt > 2:7938087/1‑93 (MQ=255)
aaCCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCt < 2:7595988/93‑1 (MQ=255)
cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc < 1:3436166/93‑1 (MQ=255)
cAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTc > 1:8770955/1‑93 (MQ=255)
aGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa < 2:452122/93‑1 (MQ=255)
aGCATGGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCa < 1:4955057/93‑1 (MQ=255)
gCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAg > 1:6307692/1‑93 (MQ=255)
ccATGGAGTGTGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGACGTCGTTAGATTTCGTAGGCACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAg < 1:8261380/92‑1 (MQ=255)
cATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgc > 1:2216573/1‑93 (MQ=255)
cATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgc > 1:8994068/1‑93 (MQ=255)
cATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgc < 1:8730970/93‑1 (MQ=255)
ttGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAgcgc > 2:3818285/1‑93 (MQ=255)
gAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCAt < 2:1352092/93‑1 (MQ=255)
ttGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCa < 1:6910998/93‑1 (MQ=255)
tGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCAt < 2:9666856/93‑1 (MQ=255)
gCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAg < 2:4789763/93‑1 (MQ=255)
cAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGa < 1:4788218/93‑1 (MQ=255)
aGCGTCAAGTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGAt < 1:5497940/93‑1 (MQ=255)
aGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGAt > 1:1987019/1‑93 (MQ=255)
tCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCg > 2:3783793/1‑93 (MQ=255)
tCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCg < 1:3527666/93‑1 (MQ=255)
tCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCg > 1:1632937/1‑93 (MQ=255)
cAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgt > 1:1248382/1‑93 (MQ=255)
aaaTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCgta < 2:6814572/93‑1 (MQ=255)
|
GCCGCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTA > NC_000913/1983447‑1983627
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCGG > NC_000913/1983450‑1983636
|
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCG < SRR4302540.1228039/94‑1 (MQ=60)
GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCG < SRR4302540.7768798/94‑1 (MQ=60)
CCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCG < SRR4302540.2896235/94‑1 (MQ=60)
CCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGG > SRR4302540.5730489/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGG < SRR4302540.7085742/94‑1 (MQ=60)
CCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGG > SRR4302540.2027842/1‑94 (MQ=60)
CCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGG > SRR4302540.5531618/1‑94 (MQ=60)
CCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGGG > SRR4302540.2473227/1‑94 (MQ=60)
CCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCGGG > SRR4302540.2163744/1‑94 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT > SRR4302540.229266/1‑94 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT > SRR4302540.1209907/1‑94 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT < SRR4302540.9117187/94‑1 (MQ=60)
AGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGAT > SRR4302540.4004716/1‑94 (MQ=60)
CACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGT > SRR4302540.9354554/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTC < SRR4302540.3137804/94‑1 (MQ=60)
ACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTC > SRR4302540.1857693/1‑94 (MQ=60)
CGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCG > SRR4302540.5895030/1‑94 (MQ=60)
TGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTA > SRR4302540.7453184/1‑94 (MQ=60)
GTTGTCGTTCATACCGACGATCATCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGTAGCGTCAAATG‑CCCTGGGTTGTCGTTAG > SRR4302540.9076527/1‑94 (MQ=60)
GCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAG > SRR4302540.5437919/1‑94 (MQ=60)
GCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAG < SRR4302540.1136974/94‑1 (MQ=60)
TGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGAT > SRR4302540.6128173/1‑94 (MQ=60)
GTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATT < SRR4302540.5959922/94‑1 (MQ=60)
CGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTCGATTTG > SRR4302540.4041635/1‑94 (MQ=60)
CGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTG < SRR4302540.2802204/94‑1 (MQ=60)
CGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTG > SRR4302540.9616752/1‑94 (MQ=60)
GTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGG > SRR4302540.1088465/1‑94 (MQ=60)
GTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGG > SRR4302540.9602745/1‑94 (MQ=60)
GTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACAAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGG > SRR4302540.1616193/1‑94 (MQ=60)
CTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGG < SRR4302540.3557643/94‑1 (MQ=60)
TTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGT < SRR4302540.5033086/94‑1 (MQ=60)
TCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTA < SRR4302540.4422701/94‑1 (MQ=60)
TCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTA < SRR4302540.7307227/94‑1 (MQ=60)
CATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAG > SRR4302540.601173/1‑94 (MQ=60)
CATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAG < SRR4302540.2681222/94‑1 (MQ=60)
TACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGT > SRR4302540.9613854/1‑94 (MQ=60)
TACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGT > SRR4302540.1645220/1‑94 (MQ=60)
ACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTA < SRR4302540.6986409/94‑1 (MQ=60)
CCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAC > SRR4302540.1439099/1‑94 (MQ=60)
CCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTAC > SRR4302540.3673927/1‑94 (MQ=60)
CGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACC < SRR4302540.7362353/94‑1 (MQ=60)
CGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACC > SRR4302540.2126301/1‑94 (MQ=60)
GACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCT > SRR4302540.7682549/1‑94 (MQ=60)
GACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCT > SRR4302540.1876026/1‑94 (MQ=60)
CCGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTTGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTG < SRR4302540.4837504/94‑1 (MQ=60)
ACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTG < SRR4302540.3733615/94‑1 (MQ=60)
ACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGCTGGCAGAGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTG > SRR4302540.8638690/1‑94 (MQ=60)
GATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAT > SRR4302540.4594582/1‑94 (MQ=60)
GATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGAT > SRR4302540.9266150/1‑94 (MQ=60)
TCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAA > SRR4302540.7380556/1‑94 (MQ=60)
TCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAA < SRR4302540.8491012/94‑1 (MQ=60)
AGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAT < SRR4302540.2163502/94‑1 (MQ=60)
AGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAT < SRR4302540.155734/94‑1 (MQ=60)
GCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATT > SRR4302540.5858313/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTT > SRR4302540.6251248/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTT > SRR4302540.8600113/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTT > SRR4302540.3771848/1‑94 (MQ=60)
ATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTT > SRR4302540.1415793/1‑94 (MQ=60)
TGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTT < SRR4302540.1712586/94‑1 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT > SRR4302540.4723496/1‑94 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT < SRR4302540.9814389/94‑1 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT < SRR4302540.9814388/94‑1 (MQ=60)
GTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTT < SRR4302540.5130868/94‑1 (MQ=60)
TTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTT > SRR4302540.1506697/1‑94 (MQ=60)
TTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTT < SRR4302540.2265278/94‑1 (MQ=60)
TTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTT < SRR4302540.9679506/94‑1 (MQ=60)
TTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTT > SRR4302540.5644757/1‑94 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGTATGCCGTTCGATTTGGAAGGGACCTGATATATTTGTTTTTC > SRR4302540.2602203/1‑94 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTC < SRR4302540.5266405/94‑1 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTC > SRR4302540.2602204/1‑94 (MQ=60)
TTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTC > SRR4302540.5177750/1‑94 (MQ=60)
TAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCC > SRR4302540.2953952/1‑94 (MQ=60)
AACTTCCGGATGTTGAACCGGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCG > SRR4302540.7506350/1‑94 (MQ=60)
AACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCG < SRR4302540.6443108/94‑1 (MQ=60)
ACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGG > SRR4302540.1533264/1‑94 (MQ=60)
ACTTACGGCTCTTGAACAAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAAT‑TCCCCTGGATGGCGTTATATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGG < SRR4302540.2163757/94‑1 (MQ=57)
TTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGA > SRR4302540.10143760/1‑94 (MQ=60)
CCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAAT < SRR4302540.282721/94‑1 (MQ=60)
CGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAAT > SRR4302540.9870928/1‑94 (MQ=60)
CGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATC < SRR4302540.1723751/94‑1 (MQ=60)
CGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATC < SRR4302540.7243740/94‑1 (MQ=60)
CGGATGTTGAACCACCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATC < SRR4302540.4571864/94‑1 (MQ=60)
GATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCG > SRR4302540.4490832/1‑94 (MQ=60)
ATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGG > SRR4302540.7936721/1‑94 (MQ=60)
ATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGG > SRR4302540.9360986/1‑94 (MQ=60)
ATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGG > SRR4302540.5971013/1‑94 (MQ=60)
TTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCG < SRR4302540.8741269/94‑1 (MQ=60)
AACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTT < SRR4302540.5604120/94‑1 (MQ=60)
CCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTC > SRR4302540.8872593/1‑94 (MQ=60)
CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCA < SRR4302540.4195260/94‑1 (MQ=60)
CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCA < SRR4302540.5562049/94‑1 (MQ=60)
CAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCA < SRR4302540.3473519/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG < SRR4302540.5008599/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG < SRR4302540.2863949/94‑1 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG > SRR4302540.6377933/1‑94 (MQ=60)
AGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATGTGGTAGGCACCTGCTAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCGGCTTTCAG > SRR4302540.6377935/1‑94 (MQ=60)
AGCATGGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAG < SRR4302540.5008598/94‑1 (MQ=60)
ccatggagtgtGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGACGTCGTTAGATTTCGTAGGCACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGC < SRR4302540.8357382/83‑1 (MQ=60)
GCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGC > SRR4302540.9101957/1‑94 (MQ=60)
GCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGC > SRR4302540.2240491/1‑94 (MQ=60)
CATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCG < SRR4302540.8832356/94‑1 (MQ=60)
CATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCG < SRR4302540.8832357/94‑1 (MQ=60)
CATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCG > SRR4302540.9713664/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGC > SRR4302540.6343855/1‑94 (MQ=60)
ATTGAGTTGGCAGCGTCAAACG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAAGTTGTGTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGC > SRR4302540.9060060/1‑94 (MQ=60)
TTGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCA < SRR4302540.8444128/94‑1 (MQ=60)
TGAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCAT > SRR4302540.883052/1‑94 (MQ=60)
GAGTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATC < SRR4302540.6223402/94‑1 (MQ=60)
GAGTGGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTTGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATC < SRR4302540.7775570/94‑1 (MQ=60)
GTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCA > SRR4302540.6953053/1‑94 (MQ=60)
GTTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCA > SRR4302540.6388787/1‑94 (MQ=60)
TTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCAT < SRR4302540.9657557/94‑1 (MQ=60)
TTGGCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCAT < SRR4302540.6987886/94‑1 (MQ=60)
GCAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGA > SRR4302540.9290670/1‑94 (MQ=60)
CAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGAT < SRR4302540.4839411/94‑1 (MQ=60)
CAGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGAT > SRR4302540.2008562/1‑94 (MQ=60)
AGCGTCAAGTG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATC < SRR4302540.5558474/94‑1 (MQ=60)
AGCGTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATC < SRR4302540.8241376/94‑1 (MQ=60)
GTCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCG > SRR4302540.1650803/1‑94 (MQ=60)
TCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGT > SRR4302540.1261128/1‑94 (MQ=60)
TCAAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGT < SRR4302540.3566138/94‑1 (MQ=60)
AAATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAG > SRR4302540.3106728/1‑94 (MQ=60)
AATG‑CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGT > SRR4302540.8469737/1‑94 (MQ=60)
tgCCCCGGGATGGCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTAC < SRR4302540.6105913/92‑1 (MQ=60)
GCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACG < SRR4302540.6801288/94‑1 (MQ=60)
GCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACG < SRR4302540.2618851/94‑1 (MQ=60)
CCCCGGGGTGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGG < SRR4302540.2443236/94‑1 (MQ=60)
CCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGG > SRR4302540.469350/1‑94 (MQ=60)
CCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGC < SRR4302540.2758788/94‑1 (MQ=60)
CCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGC < SRR4302540.2758787/94‑1 (MQ=60)
CCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCG < SRR4302540.3675460/94‑1 (MQ=60)
CGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCGG > SRR4302540.9999696/1‑94 (MQ=60)
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GCCCAGCACGGTGCTGTCGTTCATACCGACGATCAGCCAATGTTTAACTTCCGGATGTTGAACCAGCATTGAGTTGGCAGCGTCAAATGCCCCCGGGATGTCGTTAGATTTGGTAGGTACCTGATAAATTTGTTTTTCCGGGAATCCGGCCGCTTTCAGCGCATCCATAGATCCCGTAGTACGGCGG > NC_000913/1983450‑1983636
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
