Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1548 |
369.5 |
20095359 |
96.9% |
19472402 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,838,044 |
+G |
coding (498/1458 nt) |
ascF → |
PTS system enzyme IIBC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,838,043 | 1 | . | G | 99.6%
| 775.5
/ ‑4.0
| 239 | coding (497/1458 nt) | ascF | PTS system enzyme IIBC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (109/129); total (109/130) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.33e-01 |
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTG > NC_000913/2837951‑2838131
|
gaTGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcg‑c > 2:356498/1‑93 (MQ=255)
tGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcg‑c‑gg > 2:2422372/1‑92 (MQ=255)
tGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcg‑c‑gg > 2:2731838/1‑92 (MQ=255)
gAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTcg‑c‑ggc < 1:974538/93‑3 (MQ=255)
gcgTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTg > 2:6551447/1‑93 (MQ=255)
cgTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGc < 1:6696733/93‑1 (MQ=255)
cgTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGc > 2:6261925/1‑93 (MQ=255)
cgTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGc < 2:6848293/93‑1 (MQ=255)
gTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGcc < 2:3001974/93‑1 (MQ=255)
tGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcg < 2:4003969/93‑1 (MQ=255)
tGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcg > 2:7786884/1‑93 (MQ=255)
gCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGTTGGTCG‑CGGCATCTGCcgc < 2:2710668/93‑1 (MQ=255)
cTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgcc < 1:3546765/93‑2 (MQ=255)
tGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgcca > 1:8770283/1‑91 (MQ=255)
gACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgccat < 1:8745390/93‑4 (MQ=255)
gACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgccat > 1:1871726/1‑90 (MQ=255)
gACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgccat > 2:6059785/1‑90 (MQ=255)
gACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCcgccat > 2:3889843/1‑90 (MQ=255)
aaaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCaa > 1:6342042/1‑93 (MQ=255)
aaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCaaa < 1:4655642/93‑1 (MQ=255)
aaaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCaaa > 1:6155410/1‑93 (MQ=255)
aaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAt > 1:480364/1‑93 (MQ=255)
aaGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAt > 2:8543736/1‑93 (MQ=255)
ggATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAttt > 2:2375680/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTa > 1:5197604/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCC‑CGGCATCTGCCG‑ACATCAAATTTa > 1:2681579/1‑93 (MQ=255)
gATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTCCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTa > 2:155096/1‑93 (MQ=255)
cgccgcCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTaaaa < 2:3698800/93‑1 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat > 2:7236430/1‑93 (MQ=255)
aCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAat > 2:1896140/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata > 1:2568145/1‑93 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata < 2:9659050/93‑1 (MQ=255)
ccTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAata < 2:7908041/93‑1 (MQ=255)
ttAACCCTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg < 1:7723571/93‑1 (MQ=255)
ttAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATg > 2:101607/1‑93 (MQ=255)
aaCCTTTCTGAATGTGATTGGTGACGATGCTTCCTTCTTCCTGCCGCTGATGCTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAGTTTAAACCCAATATGTc < 2:8986392/93‑1 (MQ=255)
ccATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGc < 2:3346935/93‑1 (MQ=255)
ccATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGc < 1:1672128/93‑1 (MQ=255)
ccATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGc < 1:3120618/93‑1 (MQ=255)
cATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCt > 1:273111/1‑93 (MQ=255)
aTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTg < 1:9969494/93‑1 (MQ=255)
ttCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTgg > 1:4847721/1‑93 (MQ=255)
tCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGc < 1:7074893/93‑1 (MQ=255)
tGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGa < 1:2222582/93‑1 (MQ=255)
gAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAt < 2:714845/93‑1 (MQ=255)
aaTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAtt > 1:1127465/1‑93 (MQ=255)
aaTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAtt > 1:6723119/1‑93 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg > 1:9559486/1‑93 (MQ=255)
aTGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTg > 1:247253/1‑93 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGTG‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa < 1:10038838/93‑1 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa > 2:1404241/1‑93 (MQ=255)
tgATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa < 1:7593095/93‑1 (MQ=255)
ggATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCa < 1:3198437/92‑1 (MQ=255)
gATTGGTGACGTTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAt < 2:9831584/93‑1 (MQ=255)
gATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAt < 2:2767501/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATc < 1:5134800/93‑1 (MQ=255)
aTTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATc > 1:59712/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcg < 2:5920524/93‑1 (MQ=255)
ttGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcg > 1:3354348/1‑93 (MQ=255)
tGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgc < 1:398867/93‑1 (MQ=255)
tGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgc < 2:2552007/93‑1 (MQ=255)
tGGTGACGGTGCTTTCTCTTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATcgc < 2:4150528/93‑1 (MQ=255)
gTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCTGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCgg < 2:4913843/93‑1 (MQ=255)
gTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCgg > 1:6521292/1‑93 (MQ=255)
gACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgt < 2:5185054/93‑1 (MQ=255)
aCGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgtg < 2:2150239/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATTGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgtgt < 1:8157917/93‑1 (MQ=255)
cGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGgtgt < 1:8448688/93‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCt > 1:8029483/1‑93 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa > 2:7142863/1‑93 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa < 2:674620/93‑1 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa > 2:4432739/1‑93 (MQ=255)
ttcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTa < 2:1429136/93‑1 (MQ=255)
tcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTAc > 2:9423764/1‑93 (MQ=255)
tcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTAc > 2:998742/1‑93 (MQ=255)
tcttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTAc < 1:7042540/93‑1 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 1:2878046/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 1:5002761/1‑93 (MQ=255)
ttcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACAt > 2:6983862/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 2:1820388/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 1:6904256/1‑93 (MQ=255)
tcttcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATc > 1:5383420/1‑93 (MQ=255)
tcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGa < 1:1690918/93‑1 (MQ=255)
tcCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGa > 2:8245031/1‑93 (MQ=255)
ccTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAg < 1:7256760/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGtt > 2:9208989/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGtt < 2:7538356/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGttttt > 1:7166350/1‑92 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 2:6963284/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:440768/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:1512040/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTa < 1:2558257/93‑1 (MQ=255)
cGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGGGTGCTGGTACATCCGAGttttt > 1:575564/1‑92 (MQ=255)
gCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAt > 2:5865582/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt > 2:7365498/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt < 1:3864981/93‑1 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt > 2:5476730/1‑93 (MQ=255)
cTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAtt < 2:1648642/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGaa < 2:459472/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGACGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGCGTTTTATTgta > 2:4330186/1‑91 (MQ=255)
|
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTG > NC_000913/2837951‑2838131
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCG > NC_000913/2837951‑2838137
|
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑G > SRR4302540.9592952/1‑94 (MQ=60)
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑G < SRR4302540.3371480/94‑1 (MQ=60)
GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑G > SRR4302540.3765860/1‑94 (MQ=60)
TGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑Ggc < SRR4302540.2590595/94‑3 (MQ=60)
GAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑Ggca < SRR4302540.984545/94‑4 (MQ=60)
GAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑Ggca < SRR4302540.1696073/94‑4 (MQ=60)
AGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCAT > SRR4302540.2734657/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT < SRR4302540.6106282/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT > SRR4302540.3566029/1‑94 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT < SRR4302540.3895275/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT < SRR4302540.4245725/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT < SRR4302540.2437289/94‑1 (MQ=60)
CGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCT < SRR4302540.8310487/94‑1 (MQ=60)
CGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCC < SRR4302540.6770655/94‑1 (MQ=60)
CGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCC > SRR4302540.3090803/1‑94 (MQ=60)
CGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCC < SRR4302540.2355117/94‑1 (MQ=60)
CGTGCTGACAAAAGAATCTCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACTGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCC < SRR4302540.8320718/94‑1 (MQ=60)
GTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCG > SRR4302540.6278377/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCG > SRR4302540.2595414/1‑94 (MQ=60)
GTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCG > SRR4302540.2853282/1‑94 (MQ=60)
TGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC > SRR4302540.7567531/1‑94 (MQ=60)
CTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGCca < SRR4302540.3585506/94‑3 (MQ=60)
CTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGCca > SRR4302540.94473/1‑92 (MQ=60)
CTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGCca > SRR4302540.8871921/1‑92 (MQ=60)
TGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CAT > SRR4302540.1892238/1‑94 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.8726505/94‑1 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.7075837/94‑1 (MQ=60)
GACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATC < SRR4302540.8846884/94‑1 (MQ=60)
ACAAAAGGATCGCCGTCCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGTTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCA < SRR4302540.5509038/94‑1 (MQ=60)
ACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCA < SRR4302540.5040490/94‑1 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA > SRR4302540.6412664/1‑94 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA < SRR4302540.4770074/94‑1 (MQ=60)
CAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAA > SRR4302540.10110096/1‑94 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGCcatccaa > SRR4302540.5773031/1‑87 (MQ=60)
AAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAA > SRR4302540.6223989/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT > SRR4302540.2672879/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT > SRR4302540.485511/1‑94 (MQ=60)
AAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302540.4705465/94‑1 (MQ=60)
AAAGGATAGCCGTCCTTACCCATTCTGAATGTGATTGGGGTCGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAAT < SRR4302540.4946284/94‑1 (MQ=60)
AAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATT < SRR4302540.5185592/94‑1 (MQ=60)
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GGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCC‑CGGCATCTGCCG‑ACATCAAATTTA > SRR4302540.2710578/1‑94 (MQ=60)
CGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAAC < SRR4302540.269605/94‑1 (MQ=60)
CCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCA > SRR4302540.1640184/1‑94 (MQ=60)
CGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAA > SRR4302540.447566/1‑94 (MQ=60)
CGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAA > SRR4302540.185342/1‑94 (MQ=60)
GACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCTAATTTAAAACCAAT < SRR4302540.6789276/94‑1 (MQ=60)
GACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTCCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAAT < SRR4302540.8096502/94‑1 (MQ=60)
ACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATA > SRR4302540.2595837/1‑94 (MQ=60)
CCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATAT < SRR4302540.802372/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATAT < SRR4302540.4025785/94‑1 (MQ=60)
CCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATAT > SRR4302540.8146186/1‑94 (MQ=60)
CTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATG > SRR4302540.6604514/1‑94 (MQ=60)
CTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATG < SRR4302540.10020956/94‑1 (MQ=60)
TTAACCCTTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGT < SRR4302540.7813479/94‑1 (MQ=60)
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TTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGT > SRR4302540.772247/1‑94 (MQ=60)
TAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTC < SRR4302540.6259182/94‑1 (MQ=60)
AACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCG < SRR4302540.6919088/94‑1 (MQ=60)
AACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCG < SRR4302540.1328048/94‑1 (MQ=60)
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CCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCT < SRR4302540.1690307/94‑1 (MQ=60)
CCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCT < SRR4302540.8865196/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG > SRR4302540.7642576/1‑94 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG < SRR4302540.10085795/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG < SRR4302540.8193788/94‑1 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG > SRR4302540.4899656/1‑94 (MQ=60)
ATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGG > SRR4302540.4899655/1‑94 (MQ=60)
TTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGC < SRR4302540.2768181/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCG < SRR4302540.7153620/94‑1 (MQ=60)
TCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCG < SRR4302540.3156917/94‑1 (MQ=60)
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TGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAT < SRR4302540.6922500/94‑1 (MQ=60)
TGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGAT < SRR4302540.2246540/94‑1 (MQ=60)
GAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATT < SRR4302540.648148/94‑1 (MQ=60)
GAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATT > SRR4302540.6797324/1‑94 (MQ=60)
GAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATT > SRR4302540.1139197/1‑94 (MQ=60)
AATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTG > SRR4302540.249645/1‑94 (MQ=60)
AATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTG > SRR4302540.9672511/1‑94 (MQ=60)
TGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCGTG‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAT < SRR4302540.10155568/94‑1 (MQ=60)
TGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAT < SRR4302540.7678400/94‑1 (MQ=60)
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GTTGGTGACGGTCCTTGCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCG < SRR4302540.5190702/94‑1 (MQ=60)
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ATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCG < SRR4302540.5190410/94‑1 (MQ=60)
TGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCG > SRR4302540.6015669/1‑94 (MQ=60)
TGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCG < SRR4302540.403011/94‑1 (MQ=60)
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GGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGG > SRR4302540.6593725/1‑94 (MQ=60)
GGTGACGGGCCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGG < SRR4302540.8556510/94‑1 (MQ=60)
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TGACGGTGCTTTCTTATTCCTGCGGCTGCTGGGCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAGTTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGT > SRR4302540.7125199/1‑94 (MQ=60)
GGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGT < SRR4302540.2124053/94‑1 (MQ=60)
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ACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGT < SRR4302540.3581069/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATTGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTG < SRR4302540.8252629/94‑1 (MQ=60)
CGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTG < SRR4302540.8546773/94‑1 (MQ=60)
GTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCT > SRR4302540.8861105/1‑94 (MQ=60)
GTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCT > SRR4302540.8122845/1‑94 (MQ=60)
TGCTTTCTTCTTCCTGCCACTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTG < SRR4302540.5219409/94‑1 (MQ=60)
CTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGT < SRR4302540.7259712/94‑1 (MQ=60)
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TTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTA < SRR4302540.6730568/94‑1 (MQ=60)
TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA < SRR4302540.7109815/94‑1 (MQ=60)
TCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACA < SRR4302540.7120843/94‑1 (MQ=60)
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TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302540.5442636/1‑94 (MQ=60)
TTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATC > SRR4302540.4452395/1‑94 (MQ=60)
TTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCG < SRR4302540.3054879/94‑1 (MQ=60)
TCCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAG < SRR4302540.1709254/94‑1 (MQ=60)
CCTGCCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGT < SRR4302540.7337735/94‑1 (MQ=60)
CCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTT > SRR4302540.7246245/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTA > SRR4302540.2550540/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTA > SRR4302540.6049262/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGGGTGCTGGTACATCCGAGTTTTT > SRR4302540.581804/1‑94 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302540.2585827/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302540.1528746/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302540.445459/94‑1 (MQ=60)
CGCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTAT < SRR4302540.3232114/94‑1 (MQ=60)
GCTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATT < SRR4302540.7275124/94‑1 (MQ=60)
CTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTG < SRR4302540.3906993/94‑1 (MQ=60)
CTGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTG < SRR4302540.6480161/94‑1 (MQ=60)
TGATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGA < SRR4302540.5822672/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAAC < SRR4302540.7198964/94‑1 (MQ=60)
AGGGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAAC < SRR4302540.7198966/94‑1 (MQ=60)
GGTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTG < SRR4302540.9717041/94‑1 (MQ=60)
GTCG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGA < SRR4302540.157413/94‑1 (MQ=60)
CG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATG < SRR4302540.689200/94‑1 (MQ=60)
CG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATG < SRR4302540.5829120/94‑1 (MQ=60)
CG‑CGGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATG < SRR4302540.7636667/94‑1 (MQ=60)
gcgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGG < SRR4302540.7565722/91‑1 (MQ=60)
gcgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCAGCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGG < SRR4302540.3813258/91‑1 (MQ=60)
cgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGC < SRR4302540.9424048/92‑1 (MQ=60)
cgGCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGC > SRR4302540.6660847/3‑94 (MQ=60)
G‑GCATCTGCCGC‑CATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCG > SRR4302540.6939423/1‑94 (MQ=60)
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GATGAGCGGCGTGCTGACAAAAGGATCGCCGACCTTAACCATTCTGAATGTGATTGGTGACGGTGCTTTCTTCTTCCTGCCGCTGATGGTCG‑C‑GCATCTGCCGCGCATCAAATTTAAAACCAATATGTCGCTGGCGATTGCCATCGCGGGTGTGCTGGTACATCCGAGTTTTATTGAACTGATGGCG > NC_000913/2837951‑2838137
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
