Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 F1 I1 R1 | 1548 | 369.5 | 20095359 | 96.9% | 19472402 | 93.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,991,539 | T→C | N45S (AAT→AGT) I26T (ATT→ACT) |
cyaY ← b3808 → |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,991,539 | 0 | T | C | 100.0% | 1391.5 / NA | 419 | N45S (AAT→AGT) I26T (ATT→ACT) | cyaY b3808 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (204/215); total (204/215) | |||||||||||
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
CCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTC > NC_000913/3991449‑3991628 | ccTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACtc < 2:8532357/93‑1 (MQ=255) cAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCaaa < 2:7413783/93‑1 (MQ=255) cAGGTCAAAAGGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCaaa < 1:3758625/93‑1 (MQ=255) aGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAg < 2:2319451/93‑1 (MQ=255) gTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGt > 1:4606915/1‑93 (MQ=255) gTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGt > 2:9275516/1‑93 (MQ=255) aaaaTGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAt < 1:9752772/93‑1 (MQ=255) aaaaTGGTAGCCGCCCTGTTGGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAt < 1:776206/93‑1 (MQ=255) aaaTGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATg > 2:5797774/1‑93 (MQ=255) tGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTc < 2:8985799/93‑1 (MQ=255) tGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTc < 1:4443361/93‑1 (MQ=255) tGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTc > 2:9464219/1‑93 (MQ=255) ggTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCa < 2:8398105/93‑1 (MQ=255) ggTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCAATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCa < 1:5722888/93‑1 (MQ=255) ggTAGCCGCCCTGTATGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCa < 2:8286763/93‑1 (MQ=255) gTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAg > 2:5931563/1‑93 (MQ=255) tAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGt > 2:7138580/1‑93 (MQ=255) tAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGt < 1:3616593/93‑1 (MQ=255) aGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTa < 2:985011/93‑1 (MQ=255) aGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTa > 2:3494802/1‑93 (MQ=255) aGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTa < 2:1787531/93‑1 (MQ=255) cgccCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAcgc < 1:4136882/93‑1 (MQ=255) ccTGTTTGTTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCAGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGGAATGGTCAGTAcgccgc > 1:155849/1‑93 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATCCCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATAGTCAGTACGccgccg > 1:6728519/1‑93 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGccgccg > 2:334876/1‑93 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGccgccg > 1:8707580/1‑93 (MQ=255) tGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGccgccg > 2:1023415/1‑93 (MQ=255) gTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGt > 2:2514409/1‑93 (MQ=255) tGGTTGCCAGCCATACCTGTTGCAGCTGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGa < 1:8665302/93‑1 (MQ=255) tGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGa < 2:8919649/93‑1 (MQ=255) tGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGa > 2:3102100/1‑93 (MQ=255) gTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGAtt < 1:2083380/93‑1 (MQ=255) tGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTc < 2:4399399/93‑1 (MQ=255) cagccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCa < 2:4028107/93‑1 (MQ=255) cagccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCa < 2:1390321/93‑1 (MQ=255) cagccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCa < 2:5059995/93‑1 (MQ=255) agccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAg > 1:6314190/1‑93 (MQ=255) gccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGt < 2:5425233/93‑1 (MQ=255) ccaTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTc < 1:8399822/93‑1 (MQ=255) aTACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGa > 1:10007938/1‑93 (MQ=255) tACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGat < 1:6498986/93‑1 (MQ=255) tACCTGGTGAAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGat < 2:687864/93‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGatat < 1:7111787/93‑1 (MQ=255) ccTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGatat < 1:7369289/93‑1 (MQ=255) cTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTGGATATc > 1:245914/1‑93 (MQ=255) cTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATc > 1:9896881/1‑93 (MQ=255) tGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCg > 1:9119957/1‑93 (MQ=255) ggTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGc < 1:1305526/93‑1 (MQ=255) gccAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTg < 2:7765309/91‑1 (MQ=255) gCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGt < 2:7517369/93‑1 (MQ=255) gCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGt < 2:6710848/93‑1 (MQ=255) cAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTc < 2:2208609/93‑1 (MQ=255) aGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCg > 2:4243198/1‑93 (MQ=255) gCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGc < 1:8952560/93‑1 (MQ=255) gCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGc > 1:75711/1‑93 (MQ=255) gCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGc < 1:7972062/93‑1 (MQ=255) cGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGcc < 1:7300911/93‑1 (MQ=255) ggCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCa > 1:2234337/1‑93 (MQ=255) gCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCAt > 1:1496484/1‑93 (MQ=255) gCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCAt > 1:8237725/1‑93 (MQ=255) cTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCa < 1:257858/93‑1 (MQ=255) cTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCa > 2:5684533/1‑93 (MQ=255) tGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAg > 2:8083402/1‑93 (MQ=255) ggCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgt > 1:399895/1‑93 (MQ=255) ggCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgt < 1:1859293/93‑1 (MQ=255) ggCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgt < 1:5531363/93‑1 (MQ=255) gCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgtc < 1:1707717/93‑1 (MQ=255) ggTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgtcat > 2:3297665/1‑91 (MQ=255) gTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgtcatc > 1:3300268/1‑93 (MQ=255) gTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAgtcatc < 1:3388220/93‑1 (MQ=255) gTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCACAgtcatc > 1:4927646/1‑93 (MQ=255) ttGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATcc > 2:3578564/1‑93 (MQ=255) ttGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATcc > 2:3189008/1‑93 (MQ=255) ttGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATAGCGCTGTCGCCATCCCAGTCATcc > 2:5495704/1‑93 (MQ=255) gtGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATcc < 1:7443522/92‑1 (MQ=255) tGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCa < 2:6974909/93‑1 (MQ=255) tGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCa > 2:384222/1‑93 (MQ=255) tGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCACAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCa < 2:6372006/93‑1 (MQ=255) 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aTAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAgg < 2:198763/93‑1 (MQ=255) tAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGc < 1:8319290/93‑1 (MQ=255) aTGATTTTGCTGCCCCTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGt < 2:1282319/93‑1 (MQ=255) aTGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTACTGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTTGCCATCCCAGTCATCCAGGCGt < 1:286230/93‑1 (MQ=255) gATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGttc < 2:3000088/93‑1 (MQ=255) tttGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGttcttc > 1:8083108/1‑93 (MQ=255) tttGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGttcttc > 1:3161086/1‑93 (MQ=255) tttGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGttcttc < 1:5945456/93‑1 (MQ=255) ttGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCa > 1:9298716/1‑93 (MQ=255) ttGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCa < 1:4688040/93‑1 (MQ=255) tgctgcCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCaa < 2:4683696/93‑1 (MQ=255) ctgcCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATg < 2:4804330/93‑1 (MQ=255) tgcCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATgg > 2:7863376/1‑93 (MQ=255) gcCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGt > 1:3053338/1‑93 (MQ=255) | CCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTC > NC_000913/3991449‑3991628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
TCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCC > NC_000913/3991446‑3991632 | TCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCAC < SRR4302540.3999269/94‑1 (MQ=60)TCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCAC < SRR4302540.8370373/94‑1 (MQ=60)TCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCAC < SRR4302540.7083236/94‑1 (MQ=60) CGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACT < SRR4302540.4467896/94‑1 (MQ=60) CGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACT > SRR4302540.6973453/1‑94 (MQ=60) CCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCT > SRR4302540.8802011/1‑94 (MQ=60) CCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCT < SRR4302540.9676532/94‑1 (MQ=60) CTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTC > SRR4302540.7506975/1‑94 (MQ=60) CTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTC > SRR4302540.7404225/1‑94 (MQ=60) CTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTC > SRR4302540.7649528/1‑94 (MQ=60) CTTCAGGGCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTCATAATGATTTTGCTGCCACTCTCA < SRR4302540.2516835/94‑1 (MQ=60) TTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAA < SRR4302540.575104/94‑1 (MQ=60) TCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAA < SRR4302540.8404536/94‑1 (MQ=60) cagtgCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAG < SRR4302540.1756604/89‑1 (MQ=60) CAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAG < SRR4302540.7631809/94‑1 (MQ=60) CAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAG < SRR4302540.6874450/94‑1 (MQ=60) CAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAG < SRR4302540.6874449/94‑1 (MQ=60) CAGGTCAAAAGGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAG < SRR4302540.3799625/94‑1 (MQ=60) GGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGT > SRR4302540.4656390/1‑94 (MQ=60) GTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGCTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTA > SRR4302540.100914/1‑94 (MQ=60) GTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAACCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTA > SRR4302540.6124965/1‑94 (MQ=60) TCAAAATGGTAGCCGCCTTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAA < SRR4302540.5204286/94‑1 (MQ=60) TCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGTTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAA < SRR4302540.1630907/94‑1 (MQ=60) TCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAA < SRR4302540.4705759/94‑1 (MQ=60) CAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGCTTTTGCTGCCACTCTCAAAGGCAAT > SRR4302540.5425554/1‑94 (MQ=60) CAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAT > SRR4302540.8529873/1‑94 (MQ=60) CAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAAT < SRR4302540.9514931/94‑1 (MQ=60) AAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATG < SRR4302540.9867204/94‑1 (MQ=60) AAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATG < SRR4302540.784451/94‑1 (MQ=60) AAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATG > SRR4302540.6252894/1‑94 (MQ=60) AAAATGGTAGCCGCCCTGTTGGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATG < SRR4302540.784452/94‑1 (MQ=60) aaatgggagcccccctcttgtggTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCCCCTTGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGG < SRR4302540.3661528/71‑1 (MQ=60) AAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGG < SRR4302540.9379770/94‑1 (MQ=60) TGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCA < SRR4302540.4491518/94‑1 (MQ=60) GTTAGCCCCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATTCCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAG < SRR4302540.7978715/94‑1 (MQ=60) GGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAG > SRR4302540.9875828/1‑94 (MQ=60) GGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAG < SRR4302540.5962619/94‑1 (MQ=60) GGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAG < SRR4302540.168192/94‑1 (MQ=60) GGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCAATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAG < SRR4302540.5785884/94‑1 (MQ=60) TAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTA > SRR4302540.3580404/1‑94 (MQ=60) TAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTA < SRR4302540.1962371/94‑1 (MQ=60) AGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAC > SRR4302540.131754/1‑94 (MQ=60) AGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAC > SRR4302540.9205426/1‑94 (MQ=60) AGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGAAATGGTCAGTAC > SRR4302540.3183100/1‑94 (MQ=60) AGCCGCCCTGTTGGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTAC < SRR4302540.6645463/94‑1 (MQ=60) GCCGCCCTGTTTGTTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACG < SRR4302540.747761/94‑1 (MQ=60) GCCGCCCTGTTTGGTTCCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACG < SRR4302540.8785172/94‑1 (MQ=60) CGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCC > SRR4302540.8465981/1‑94 (MQ=60) CGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCC > SRR4302540.8943996/1‑94 (MQ=60) CGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCC < SRR4302540.4181643/94‑1 (MQ=60) CGCCCTGTTGGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCC < SRR4302540.7274093/94‑1 (MQ=60) GCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCG > SRR4302540.9469866/1‑94 (MQ=60) GCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCG > SRR4302540.4672246/1‑94 (MQ=60) GCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCG > SRR4302540.1740145/1‑94 (MQ=60) CCCTGTTTGTTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCAGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGGAATGGTCAGTACGCCGC > SRR4302540.157436/1‑94 (MQ=60) CCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGC > SRR4302540.157435/1‑94 (MQ=60) CCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGC > SRR4302540.2617063/1‑94 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATCCCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATAGTCAGTACGCCGCCG > SRR4302540.6802810/1‑94 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGGTAATGATTTTGCTGACACTCCCAAAGGTAGTGGTCAGTACGCCCCCG > SRR4302540.8808648/1‑94 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCG > SRR4302540.4452200/1‑94 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCG > SRR4302540.8808655/1‑94 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCG < SRR4302540.1818902/94‑1 (MQ=60) CTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCG > SRR4302540.6021415/1‑94 (MQ=60) ttttgttTTGCCAGCCATACCGGGTGCAGGGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGT < SRR4302540.5146074/87‑1 (MQ=60) TGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGT > SRR4302540.6509022/1‑94 (MQ=60) TGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGT > SRR4302540.8475631/1‑94 (MQ=60) TGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGT > SRR4302540.8319683/1‑94 (MQ=60) GTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCCCCGTT > SRR4302540.7986155/1‑94 (MQ=60) TTTGTTTGCCAGCCATCCCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTG < SRR4302540.7307664/94‑1 (MQ=60) TTGGTTGCCAGCCATTCCTGCCGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATAATTTTGCTGCCACTCTAAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGA < SRR4302540.2958720/94‑1 (MQ=60) TTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGA < SRR4302540.3486050/94‑1 (MQ=60) TTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGA > SRR4302540.2463024/1‑94 (MQ=60) TGGTTGCCAGCCATACCTGTTGCAGCTGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGAT < SRR4302540.8765949/94‑1 (MQ=60) TTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTACTTGCGGTTGATAATGATTTCGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTT < SRR4302540.8413398/94‑1 (MQ=60) GTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTT < SRR4302540.2105758/94‑1 (MQ=60) GTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTT < SRR4302540.226445/94‑1 (MQ=60) GTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTT < SRR4302540.4611821/94‑1 (MQ=60) TTGCCAGCCATCACTAATGCAGCGGCACATGGCGGTTAATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACACCGCCGTTGATTTC < SRR4302540.9054759/94‑1 (MQ=60) cgtCCATACCTGTTGCAGCGGCTCCGGGCGGTGAATAAGGATTTTCCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAG < SRR4302540.4974295/91‑1 (MQ=60) CAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAG > SRR4302540.6384507/1‑94 (MQ=60) GCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTC < SRR4302540.5696592/94‑1 (MQ=60) GCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTC < SRR4302540.6122076/94‑1 (MQ=60) GCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTC < SRR4302540.3780720/94‑1 (MQ=60) CCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCG < SRR4302540.4953767/94‑1 (MQ=60) CCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCG < SRR4302540.8497304/94‑1 (MQ=60) CATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGA > SRR4302540.10124489/1‑94 (MQ=60) ATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGAT > SRR4302540.6313750/1‑94 (MQ=60) TACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATA < SRR4302540.6571245/94‑1 (MQ=60) TACCTGGTGCAGCGGCACCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATA < SRR4302540.9082347/94‑1 (MQ=60) ACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATAT < SRR4302540.6367226/94‑1 (MQ=60) ACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATAT < SRR4302540.9486331/94‑1 (MQ=60) ACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATAT < SRR4302540.4531085/94‑1 (MQ=60) ACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTGGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATAT < SRR4302540.4247335/94‑1 (MQ=60) CCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTGGATATC > SRR4302540.248293/1‑94 (MQ=60) CCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATC > SRR4302540.7252971/1‑94 (MQ=60) CCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATC > SRR4302540.80833/1‑94 (MQ=60) 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SRR4302540.9229575/1‑94 (MQ=60) CTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCG > SRR4302540.8727315/1‑94 (MQ=60) TGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGC > SRR4302540.925562/1‑94 (MQ=60) GGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCT > SRR4302540.7789576/1‑94 (MQ=60) GGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCT < SRR4302540.1319070/94‑1 (MQ=60) GTGCAGCGTCTCCTGGCGTTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTG < SRR4302540.3353413/94‑1 (MQ=60) TGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGT > SRR4302540.7272384/1‑94 (MQ=60) TGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGT > SRR4302540.3041981/1‑94 (MQ=60) 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SRR4302540.8387442/1‑94 (MQ=60) CACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATTGTCAC > SRR4302540.1983034/1‑94 (MQ=60) CACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAG < SRR4302540.4018198/94‑1 (MQ=60) CACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAG > SRR4302540.5071145/1‑94 (MQ=60) CACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAG > SRR4302540.580860/1‑94 (MQ=60) ACTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGC > SRR4302540.5683991/1‑94 (MQ=60) CTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCATCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCC > SRR4302540.8544602/1‑94 (MQ=60) | TCGCCTTTCAGGTCAAAATGGTAGCCGCCCTGTTTGGTTGCCAGCCATACCTGGTGCAGCGGCTCCTGGCGGTTGATAATGATTTTGCTGCCATTCTCAAAGGTAATGGTCAGTACGCCGCCGTTGATTTCGCAGTCGATATCGCTGTCGCCATCCCAGTCGTCCAGGCGTTCTTCAATGGTCAGCC > NC_000913/3991446‑3991632 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |