Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
763,246 |
C→T |
A337V (GCA→GTA) |
sucC → |
succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 763,246 | 0 | C | T | 100.0%
| 721.2
/ NA
| 201 | A337V (GCA→GTA) | sucC | succinyl‑CoA synthetase beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (95/106); total (95/106) |
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGA > NC_000913/763156‑763335
|
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ctGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGtagtag < 1:5282898/93‑1 (MQ=255)
ctGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGtagtag < 2:2248405/93‑1 (MQ=255)
ctGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGgaggag > 2:5302661/1‑93 (MQ=255)
tGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGa > 1:5239658/1‑93 (MQ=255)
tGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGa > 1:1978921/1‑93 (MQ=255)
gacgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGaa < 2:5501884/93‑1 (MQ=255)
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acgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAg < 1:2282529/93‑1 (MQ=255)
cgacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGt > 2:1394352/1‑93 (MQ=255)
gacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTg < 1:4475725/93‑1 (MQ=255)
gacAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTg > 1:3025360/1‑93 (MQ=255)
acAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg > 2:1164719/1‑93 (MQ=255)
acAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTgg < 1:867530/93‑1 (MQ=255)
aaaGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGgt > 2:687335/1‑93 (MQ=255)
gTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAGGTGGGTGtt > 2:5993480/1‑93 (MQ=255)
gTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGtt < 1:362538/93‑1 (MQ=255)
gAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCGTCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTaa > 1:2630927/1‑93 (MQ=255)
gAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTaa < 1:1644836/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAAc < 1:2348298/93‑1 (MQ=255)
aaaGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAAc > 1:5707079/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACg > 1:4146653/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACg > 1:5627106/1‑93 (MQ=255)
aaGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACg > 1:3527614/1‑93 (MQ=255)
aGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGGATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGGGGGTGTTAACGt > 1:762045/1‑93 (MQ=255)
cttCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGCGCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCg < 2:3363803/92‑1 (MQ=255)
ttCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCgg < 2:2739138/93‑1 (MQ=255)
ttCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCgg > 2:1668885/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCgg > 2:2637239/1‑93 (MQ=255)
ttCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCgg > 1:109866/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGt < 1:5139122/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGt < 1:2378220/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGt > 2:2819057/1‑93 (MQ=255)
tCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGt > 1:2999643/1‑93 (MQ=255)
cTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGCATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGCGGGTGCTAACATAcccgcg > 2:1911525/1‑89 (MQ=255)
tGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCg > 2:5726180/1‑93 (MQ=255)
ggTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGt > 2:3064400/1‑93 (MQ=255)
ggTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAAAGTACCGGTCGt > 2:6284747/1‑93 (MQ=255)
gTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTg < 1:4050010/93‑1 (MQ=255)
ttAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGGAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTgg > 1:2948176/1‑93 (MQ=255)
tAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGt < 1:5746630/93‑1 (MQ=255)
aaCATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTa < 2:3893537/93‑1 (MQ=255)
tCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTc < 1:4377921/93‑1 (MQ=255)
tCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTc > 1:6049014/1‑93 (MQ=255)
cTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCt < 2:84414/93‑1 (MQ=255)
cTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCt < 1:4310587/93‑1 (MQ=255)
ttCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTg > 2:4214605/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTg > 2:3745665/1‑93 (MQ=255)
ttCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTg > 2:2274839/1‑93 (MQ=255)
ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa < 1:5979578/93‑1 (MQ=255)
ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa < 1:2826449/93‑1 (MQ=255)
ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa < 2:2611192/93‑1 (MQ=255)
ggcggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGaa < 1:839346/93‑1 (MQ=255)
cggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAgg < 2:1079877/93‑1 (MQ=255)
cggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAgg < 1:5163724/93‑1 (MQ=255)
ggTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAggg > 2:1126440/1‑92 (MQ=255)
gTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGGAGGTa > 2:125025/1‑93 (MQ=255)
gTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTa > 1:1694304/1‑93 (MQ=255)
tATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaa < 1:917938/93‑1 (MQ=255)
aTCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaac < 1:5950406/93‑1 (MQ=255)
aTCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaac > 1:2168458/1‑93 (MQ=255)
aTCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaac > 1:335440/1‑93 (MQ=255)
aTCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaaa > 1:2908037/1‑92 (MQ=255)
tcgttcgtTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTaaca < 2:1291266/93‑1 (MQ=255)
ttcgttGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACg > 2:4783065/1‑93 (MQ=255)
tcgttGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGc < 2:5573372/93‑1 (MQ=255)
cgttGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGcc < 2:4655329/93‑1 (MQ=255)
cgttGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGcc > 1:5816346/1‑93 (MQ=255)
gACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTc < 1:3067661/93‑1 (MQ=255)
gACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTc > 2:6080855/1‑93 (MQ=255)
aCCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCg > 1:3150665/1‑93 (MQ=255)
aCCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCg > 2:2129790/1‑93 (MQ=255)
cTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGgc > 1:3663378/1‑93 (MQ=255)
cTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGgc > 2:5686658/1‑93 (MQ=255)
cTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGgc < 2:4054132/93‑1 (MQ=255)
gATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGgcgc < 1:6279593/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCga > 1:3258351/1‑93 (MQ=255)
tCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCga < 2:4885291/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCga < 1:4744488/93‑1 (MQ=255)
cGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCgaa > 2:4712330/1‑93 (MQ=255)
cTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCgaaga > 1:5332696/1‑93 (MQ=255)
tGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGGAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCgaagaa > 2:5863102/1‑93 (MQ=255)
aCGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAAc < 1:3877317/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACt < 2:1485767/93‑1 (MQ=255)
cGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACt < 1:1009190/93‑1 (MQ=255)
ggTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTg < 1:4861234/93‑1 (MQ=255)
ggTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTg > 1:1494817/1‑93 (MQ=255)
gTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTgg > 2:3497174/1‑93 (MQ=255)
tATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTTGc > 1:2534627/1‑93 (MQ=255)
tATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGc < 2:4198441/93‑1 (MQ=255)
gatcatcGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGc < 1:4618229/92‑1 (MQ=255)
tcatcGGCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTg > 2:436013/1‑93 (MQ=255)
ggCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGc < 1:6199590/93‑1 (MQ=255)
ggCGCGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGc < 2:2579393/93‑1 (MQ=255)
gcgcGGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCg < 2:5453184/93‑1 (MQ=255)
cgcgGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCgg < 1:1328106/93‑1 (MQ=255)
cgGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGcc < 2:1573143/93‑1 (MQ=255)
cgGTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGcc < 1:5463304/93‑1 (MQ=255)
ggTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCt > 2:1886375/1‑93 (MQ=255)
ggTAGTAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCt < 2:1604226/93‑1 (MQ=255)
|
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGA > NC_000913/763156‑763335
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCTCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGAATAT > NC_000913/763153‑763339
|
TCTCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGT < SRR4302533.4787675/94‑1 (MQ=60)
TCTCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGT > SRR4302533.2264751/1‑94 (MQ=60)
CTCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTA < SRR4302533.3281004/94‑1 (MQ=60)
TCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAG > SRR4302533.5287779/1‑94 (MQ=60)
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGA > SRR4302533.5271161/1‑94 (MQ=60)
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGA > SRR4302533.1991041/1‑94 (MQ=60)
CTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGA < SRR4302533.5314545/94‑1 (MQ=60)
GACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAG > SRR4302533.2665041/1‑94 (MQ=60)
ACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCTGTATTAGAAGT < SRR4302533.1854170/94‑1 (MQ=60)
ACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGTAGAAGT < SRR4302533.2296659/94‑1 (MQ=60)
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TCTCTGACGACAAAGTGAAAGCCGTTCTGGTTAACATCTTCGGCGGTATCGTTCGTTGCGACCTGATCGCTGACGGTATCATCGGCGCGGTAGCAGAAGTGGGTGTTAACGTACCGGTCGTGGTACGTCTGGAAGGTAACAACGCCGAACTCGGCGCGAAGAAACTGGCTGACAGCGGCCTGAATAT > NC_000913/763153‑763339
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
