Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,314,196 |
A→G |
intergenic (‑137/+244) |
yciG ← / ← trpA |
hypothetical protein/tryptophan synthase alpha |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,314,196 | 0 | A | G | 99.4%
| 529.8
/ ‑3.9
| 164 | intergenic (‑137/+244) | yciG/trpA | hypothetical protein/tryptophan synthase alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (58/105); minor base C (0/1); total (58/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
GTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACATTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTT > NC_000913/1314107‑1314285
|
gtgtCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTc > 2:6284015/1‑93 (MQ=255)
tgtCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCt < 2:2291233/93‑1 (MQ=255)
tgtCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCt < 2:5952265/93‑1 (MQ=255)
tCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTgg > 1:2354744/1‑93 (MQ=255)
cGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGa < 1:1510639/93‑1 (MQ=255)
cGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGa < 1:2286850/93‑1 (MQ=255)
gACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGat > 2:1807781/1‑93 (MQ=255)
acacTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGata < 2:34140/93‑1 (MQ=255)
acacTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGata < 2:365704/93‑1 (MQ=255)
cacTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatat > 2:4668962/1‑93 (MQ=255)
acTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatata > 2:4977262/1‑93 (MQ=255)
acTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatata > 2:5037615/1‑93 (MQ=255)
acTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatata < 1:5267023/93‑1 (MQ=255)
cTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatatat < 1:40822/93‑1 (MQ=255)
cTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGatatat > 2:6026145/1‑93 (MQ=255)
tCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATAtt > 2:1320471/1‑93 (MQ=255)
aTTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTaa < 2:3059070/93‑1 (MQ=255)
aTTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTaa > 2:5561635/1‑93 (MQ=255)
ttAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAAc < 1:3470511/93‑1 (MQ=255)
ttAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAAc < 1:2431302/93‑1 (MQ=255)
aaaaTTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACaa < 2:5104871/93‑1 (MQ=255)
aaaTTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAAt > 2:4433694/1‑93 (MQ=255)
aaaTTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAAt < 2:4275234/93‑1 (MQ=255)
ttAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTAc < 1:5298358/93‑1 (MQ=255)
aGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCt < 1:3794268/93‑1 (MQ=255)
gTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTg > 1:6259222/1‑93 (MQ=255)
gTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTg < 1:4536997/93‑1 (MQ=255)
tCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGa > 2:2064363/1‑93 (MQ=255)
cGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAg < 1:2872055/93‑1 (MQ=255)
cGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAg < 2:4118412/93‑1 (MQ=255)
cGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAg < 1:2278293/93‑1 (MQ=255)
gCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAgg > 1:4182896/1‑93 (MQ=255)
gCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGCAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACACGTTCCTGAgg < 2:5023195/93‑1 (MQ=255)
cTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGa < 1:4019495/93‑1 (MQ=255)
tAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGaa < 2:4271829/93‑1 (MQ=255)
aaTGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAAt < 1:1474323/93‑1 (MQ=255)
aaTGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTGCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAAt < 2:4710754/93‑1 (MQ=255)
aTGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGAAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATa < 1:1219347/93‑1 (MQ=255)
tGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATaa > 1:4499193/1‑93 (MQ=255)
tGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATaa < 2:3221192/93‑1 (MQ=255)
gagaATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAg < 2:4516329/93‑1 (MQ=255)
gaATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTg > 1:827901/1‑93 (MQ=255)
gaATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTg > 2:4963191/1‑93 (MQ=255)
aaTTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGa < 2:1124639/93‑1 (MQ=255)
aTTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGAc < 2:1652215/93‑1 (MQ=255)
aTTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGAc < 2:4207577/93‑1 (MQ=255)
ttAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGGGGAATAAGTGACt > 1:3603180/1‑93 (MQ=255)
tAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACtt > 1:4226157/1‑93 (MQ=255)
aGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTa < 1:6086186/93‑1 (MQ=255)
gTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTag > 2:4421999/1‑93 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGACTAAGTGACTTaga < 2:6191233/93‑1 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTaga > 1:5893769/1‑93 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTaga < 1:2228137/93‑1 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTaga < 1:2454629/93‑1 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTaga > 2:3300231/1‑93 (MQ=255)
tCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTaga < 2:3262117/93‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTagag < 1:4366298/93‑1 (MQ=255)
cAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTagag > 2:5294269/1‑93 (MQ=255)
aaTTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGaa < 2:5361914/93‑1 (MQ=255)
aaTTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGaa > 1:4645231/1‑93 (MQ=255)
ttAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGaaaa > 1:5381867/1‑93 (MQ=255)
tAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAat > 1:4752221/1‑93 (MQ=255)
gcAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTg < 2:2824864/93‑1 (MQ=255)
gcAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTg < 2:4499480/93‑1 (MQ=255)
gcAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTg > 2:669727/1‑93 (MQ=255)
cAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGa < 2:5036228/93‑1 (MQ=255)
cAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGa < 2:335245/93‑1 (MQ=255)
aaCGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAt > 1:5292531/1‑93 (MQ=255)
aCGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAtt < 1:3051887/93‑1 (MQ=255)
aCGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAtt > 1:1667894/1‑93 (MQ=255)
aCGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAtt < 2:6293615/93‑1 (MQ=255)
aCGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAtt > 2:117870/1‑93 (MQ=255)
gagaAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAtttt < 1:1278608/93‑1 (MQ=255)
gaagaTAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTAc < 2:915146/93‑1 (MQ=255)
tAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGgtg < 2:5168605/93‑1 (MQ=255)
agagGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGgtgt < 2:4767446/93‑1 (MQ=255)
agagGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGgtgt < 1:1947267/93‑1 (MQ=255)
agagGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGgtgt > 2:5404774/1‑93 (MQ=255)
gagGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGtt > 1:986513/1‑93 (MQ=255)
gagGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGtt < 1:4776660/93‑1 (MQ=255)
agGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTa < 2:2974925/93‑1 (MQ=255)
gAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGt < 2:4124714/93‑1 (MQ=255)
gAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGt > 2:4317840/1‑93 (MQ=255)
gAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGt < 2:5442402/93‑1 (MQ=255)
aaaaTATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGtt < 1:3011159/93‑1 (MQ=255)
aaaaTATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGtt < 1:3224330/93‑1 (MQ=255)
aaaaTATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGtt > 1:3267384/1‑93 (MQ=255)
aaaTATATTTTGAGGAACCTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTg < 1:2014874/93‑1 (MQ=255)
aaTATATTTTGAGGACCGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGc < 2:166987/93‑1 (MQ=255)
aaTATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGc < 1:5870218/93‑1 (MQ=255)
tatatTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCgg < 2:4585607/93‑1 (MQ=255)
tatatTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCgg < 1:5000957/93‑1 (MQ=255)
atatTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCggg > 1:5051881/1‑93 (MQ=255)
atTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGAt < 1:3013350/93‑1 (MQ=255)
ttttGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGAtt < 1:2943863/93‑1 (MQ=255)
ttGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTaa < 1:6217997/93‑1 (MQ=255)
gAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAAtt < 2:6178102/93‑1 (MQ=255)
gAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAAtt < 2:1167137/93‑1 (MQ=255)
ggAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAAtttg > 1:3746721/1‑93 (MQ=255)
gAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAAtttgt < 1:2838983/93‑1 (MQ=255)
|
GTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACATTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTT > NC_000913/1314107‑1314285
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTGTGTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACATTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTGAT > NC_000913/1314103‑1314289
|
TTGTGTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACG < SRR4302533.3647931/94‑1 (MQ=60)
TTGTGTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACG < SRR4302533.791256/94‑1 (MQ=60)
GTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCT < SRR4302533.2935800/94‑1 (MQ=60)
GTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCT < SRR4302533.1371562/94‑1 (MQ=60)
GTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCT < SRR4302533.4166469/94‑1 (MQ=60)
TGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTG < SRR4302533.4397798/94‑1 (MQ=60)
GTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGG > SRR4302533.2369306/1‑94 (MQ=60)
CGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGAT < SRR4302533.1519743/94‑1 (MQ=60)
CGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGAT < SRR4302533.605951/94‑1 (MQ=60)
CGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGAT < SRR4302533.2301004/94‑1 (MQ=60)
CACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATA > SRR4302533.5845205/1‑94 (MQ=60)
ACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATAT < SRR4302533.5298625/94‑1 (MQ=60)
CTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATT < SRR4302533.41100/94‑1 (MQ=60)
TTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACA < SRR4302533.2446329/94‑1 (MQ=60)
TTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACA < SRR4302533.3491935/94‑1 (MQ=60)
AAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAAT < SRR4302533.4665355/94‑1 (MQ=60)
AAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAAG > SRR4302533.5065055/1‑94 (MQ=60)
AATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTA < SRR4302533.5303981/94‑1 (MQ=60)
TTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACC < SRR4302533.5330098/94‑1 (MQ=60)
AGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTG > SRR4302533.6296647/1‑94 (MQ=60)
AGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTG < SRR4302533.3817490/94‑1 (MQ=60)
GTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGA > SRR4302533.941986/1‑94 (MQ=60)
GTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGA < SRR4302533.4564465/94‑1 (MQ=60)
CGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGG < SRR4302533.2292402/94‑1 (MQ=60)
CGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGG > SRR4302533.4208227/1‑94 (MQ=60)
CGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGG < SRR4302533.2889727/94‑1 (MQ=60)
GCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGA > SRR4302533.3950267/1‑94 (MQ=60)
CTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAA < SRR4302533.4043972/94‑1 (MQ=60)
AATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATA < SRR4302533.3775277/94‑1 (MQ=60)
AATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATA < SRR4302533.1483232/94‑1 (MQ=60)
ATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAA > SRR4302533.4526439/1‑94 (MQ=60)
ATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGAAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAA < SRR4302533.1226667/94‑1 (MQ=60)
GAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGT < SRR4302533.2089875/94‑1 (MQ=60)
AGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTG > SRR4302533.832757/1‑94 (MQ=60)
ATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGGGGAATAAGTGACT > SRR4302533.3625357/1‑94 (MQ=60)
TTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTT > SRR4302533.4251715/1‑94 (MQ=60)
AGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAG < SRR4302533.6122981/94‑1 (MQ=60)
GTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGA > SRR4302533.5929367/1‑94 (MQ=60)
TCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAG < SRR4302533.1558197/94‑1 (MQ=60)
TCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAG < SRR4302533.2241887/94‑1 (MQ=60)
TCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAG < SRR4302533.2469778/94‑1 (MQ=60)
CAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGA > SRR4302533.3137005/1‑94 (MQ=60)
CAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGA < SRR4302533.4392655/94‑1 (MQ=60)
CAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGA > SRR4302533.6235916/1‑94 (MQ=60)
AAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAA > SRR4302533.4673381/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAA > SRR4302533.5414201/1‑94 (MQ=60)
ATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAA > SRR4302533.5409751/1‑94 (MQ=60)
TTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAAT > SRR4302533.4781033/1‑94 (MQ=60)
CAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGTTATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAT < SRR4302533.4902544/94‑1 (MQ=60)
CAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAT < SRR4302533.3537395/94‑1 (MQ=60)
CAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGAT > SRR4302533.5324213/1‑94 (MQ=60)
AACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATT > SRR4302533.1677970/1‑94 (MQ=60)
ACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTT < SRR4302533.2256604/94‑1 (MQ=60)
ACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTT < SRR4302533.3070578/94‑1 (MQ=60)
GAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTA < SRR4302533.1286293/94‑1 (MQ=60)
AAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTG < SRR4302533.1832743/94‑1 (MQ=60)
TAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGT < SRR4302533.4291519/94‑1 (MQ=60)
AGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTT > SRR4302533.992288/1‑94 (MQ=60)
AGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTT < SRR4302533.1959139/94‑1 (MQ=60)
AGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTT < SRR4302533.3057889/94‑1 (MQ=60)
GAGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTA < SRR4302533.4805597/94‑1 (MQ=60)
AGGGAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTAT < SRR4302533.3008318/94‑1 (MQ=60)
GAAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTT > SRR4302533.3287548/1‑94 (MQ=60)
AAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTG < SRR4302533.3244211/94‑1 (MQ=60)
AAAATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTG < SRR4302533.3029581/94‑1 (MQ=60)
AAATATATTTTGAGGAACCTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGC < SRR4302533.2027286/94‑1 (MQ=60)
AATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCG < SRR4302533.5905698/94‑1 (MQ=60)
ATATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGG > SRR4302533.646815/1‑94 (MQ=60)
TATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGG > SRR4302533.5082428/1‑94 (MQ=60)
TATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGG < SRR4302533.5031271/94‑1 (MQ=60)
TATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGG < SRR4302533.3351397/94‑1 (MQ=60)
TATATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGG < SRR4302533.2353685/94‑1 (MQ=60)
ATTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATT < SRR4302533.3031784/94‑1 (MQ=60)
TTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTA < SRR4302533.2961831/94‑1 (MQ=60)
TTTTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTA > SRR4302533.469217/1‑94 (MQ=60)
TTGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAAT < SRR4302533.6255281/94‑1 (MQ=60)
TGAGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATT < SRR4302533.2445403/94‑1 (MQ=60)
AGGAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTG > SRR4302533.3769692/1‑94 (MQ=60)
GAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTT > SRR4302533.2556682/1‑94 (MQ=60)
GAACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTT < SRR4302533.2856454/94‑1 (MQ=60)
AACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTT > SRR4302533.2766497/1‑94 (MQ=60)
ACGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTG < SRR4302533.588631/94‑1 (MQ=60)
CGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGGTTAATTTGTTTGA > SRR4302533.2457676/1‑94 (MQ=60)
CGTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTGA > SRR4302533.3633660/1‑94 (MQ=60)
GTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTGAT < SRR4302533.6036545/94‑1 (MQ=60)
GTTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTGAT > SRR4302533.2289384/1‑94 (MQ=60)
|
TTGTGTGTCGACACTCATTAAAATTAGTCGCTAATGAGAATTAGTCAAATTAAGCGCAACGAGAAGATAGAGGGAAAATATATTTTGAGGAACATTCTGGATATATTAACAATTACCTGAGGAATAAGTGACTTAGAGAAAATTATTGATTTTACTGGTGTTATGTTGCGGGATTAATTTGTTTGAT > NC_000913/1314103‑1314289
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
