Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,556,088 |
G→A |
R204R (CGC→CGT) |
b2441 ← |
ethanolamine ammonia‑lyase, heavy chain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,556,088 | 0 | G | A | 100.0%
| 730.3
/ NA
| 199 | R204R (CGC→CGT) | b2441 | ethanolamine ammonia‑lyase, heavy chain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (97/102); total (97/102) |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACGCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCGC > NC_000913/2555998‑2556177
|
cGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACAcacg < 1:5471415/93‑1 (MQ=255)
cGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACAcacg < 2:1990152/93‑1 (MQ=255)
cTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGc > 2:835758/1‑93 (MQ=255)
cTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGc > 2:686221/1‑93 (MQ=255)
ttCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCt < 2:1512091/93‑1 (MQ=255)
cGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTa < 2:1311257/93‑1 (MQ=255)
gATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTaa < 1:5860175/93‑1 (MQ=255)
aTCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAg > 2:172989/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAg > 1:114664/1‑93 (MQ=255)
aTCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAg < 2:3028770/93‑1 (MQ=255)
tCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTTGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAGCACACGGCTTAAGt > 2:5102940/1‑93 (MQ=255)
tCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGt > 1:1984206/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGttt < 1:3817114/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGttt > 2:1145747/1‑93 (MQ=255)
tGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGttt > 2:741547/1‑93 (MQ=255)
gggTGTTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGtttt < 2:3834989/93‑1 (MQ=255)
gggTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGtttt > 1:537240/1‑93 (MQ=255)
tggtgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCa < 2:2095207/93‑1 (MQ=255)
ggtgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAc < 2:4883388/93‑1 (MQ=255)
ggtgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAc < 2:3271230/93‑1 (MQ=255)
gtgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAcg > 1:2377033/1‑93 (MQ=255)
tgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAcgt < 1:2668219/93‑1 (MQ=255)
tgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAcgt > 1:4893719/1‑93 (MQ=255)
tgACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAcgt < 1:820953/93‑1 (MQ=255)
gACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAcgtc > 2:1050613/1‑93 (MQ=255)
gACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAAAACACGGCCTAAGTTTTCCAcgtc > 2:5134358/1‑93 (MQ=255)
gTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACgtcgtc < 1:6023496/93‑1 (MQ=255)
gTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACgtcgtc < 1:4844976/93‑1 (MQ=255)
ggcgcCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtca < 1:4083494/92‑1 (MQ=255)
gcgcCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcag > 1:1011845/1‑93 (MQ=255)
gcCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcagtc > 2:2779685/1‑93 (MQ=255)
gcCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcagtc > 2:5697787/1‑93 (MQ=255)
gcCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcagtc < 2:4570524/93‑1 (MQ=255)
gcCAGTACACAGCCCTGAGGTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcagtc > 2:5298008/1‑93 (MQ=255)
ccAGTACACAGCCCTGAGTTGGCATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCgtcagtca > 2:350909/1‑93 (MQ=255)
cAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCAc < 1:5680513/93‑1 (MQ=255)
cAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCAc > 1:570069/1‑93 (MQ=255)
gTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCg < 1:2160277/93‑1 (MQ=255)
gTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCg < 2:5725908/93‑1 (MQ=255)
gTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCg > 1:4217051/1‑93 (MQ=255)
tACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCgg > 2:5809994/1‑93 (MQ=255)
gCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAAc > 1:321482/1‑93 (MQ=255)
gCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAAc < 1:3782343/93‑1 (MQ=255)
cccTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACg > 1:5582171/1‑93 (MQ=255)
tGAGTTGGGATGTGGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCg < 2:5603722/93‑1 (MQ=255)
aGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGAt < 1:5293289/93‑1 (MQ=255)
ttGGGATTTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCa < 2:1093733/93‑1 (MQ=255)
ttGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCa > 2:5342716/1‑93 (MQ=255)
ttGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCa < 1:1102648/93‑1 (MQ=255)
gtGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCa < 1:2644671/92‑1 (MQ=255)
gtGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCa < 2:2176696/92‑1 (MQ=255)
gggATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCAcc > 1:116145/1‑93 (MQ=255)
gggATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCAcc > 2:4247218/1‑93 (MQ=255)
ggATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCg > 1:490324/1‑93 (MQ=255)
gATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGc < 2:1336658/93‑1 (MQ=255)
gATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGc < 1:5927238/93‑1 (MQ=255)
aTGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCa > 1:1472696/1‑93 (MQ=255)
tGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCAt > 1:1258078/1‑93 (MQ=255)
gTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATc > 1:1239083/1‑93 (MQ=255)
gTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATc > 2:2955683/1‑93 (MQ=255)
gTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATc < 1:2968884/93‑1 (MQ=255)
ttGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCg > 1:4700155/1‑93 (MQ=255)
gAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGcc < 1:6267044/93‑1 (MQ=255)
ttGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCAcc > 2:1040009/1‑93 (MQ=255)
gTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCAcccc < 1:5495084/93‑1 (MQ=255)
gTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCAcccc < 1:500331/93‑1 (MQ=255)
gATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGaa > 2:6125438/1‑93 (MQ=255)
gATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGaa > 1:3677611/1‑93 (MQ=255)
gATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGaa < 2:4345448/93‑1 (MQ=255)
gATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGaa < 2:2498021/93‑1 (MQ=255)
tCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAgg > 2:3760141/1‑93 (MQ=255)
aCGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGaa < 2:1795490/93‑1 (MQ=255)
cGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGaaa < 2:6250670/93‑1 (MQ=255)
ccATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGc < 1:518302/93‑1 (MQ=255)
cATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGcc < 1:364689/93‑1 (MQ=255)
aTAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGccc > 1:3439752/1‑93 (MQ=255)
tAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCt < 1:4343236/93‑1 (MQ=255)
aGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCtt < 1:659267/93‑1 (MQ=255)
gATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTc > 2:5261536/1‑93 (MQ=255)
gATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACAGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTc > 1:2886736/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGt > 2:4202688/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGt > 1:751367/1‑93 (MQ=255)
ggTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTa < 2:668282/93‑1 (MQ=255)
gTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAg < 1:4577131/93‑1 (MQ=255)
tATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGa < 1:3595280/93‑1 (MQ=255)
tATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGa > 2:151818/1‑93 (MQ=255)
tATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGa > 1:1731379/1‑93 (MQ=255)
aTCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAt < 1:4452665/93‑1 (MQ=255)
aTCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAt > 1:5041029/1‑93 (MQ=255)
tCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAtt < 2:939687/93‑1 (MQ=255)
tCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAtt < 2:2560553/93‑1 (MQ=255)
ccAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAttt < 1:1546303/93‑1 (MQ=255)
ccAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAttt > 2:2796390/1‑93 (MQ=255)
ccAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGAttt < 2:3369098/93‑1 (MQ=255)
cAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTg > 2:2368725/1‑93 (MQ=255)
cAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTg > 1:3484677/1‑93 (MQ=255)
cAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGATTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTg > 1:4550136/1‑93 (MQ=255)
aaCACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTgc > 2:1693334/1‑93 (MQ=255)
cacaCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTgcgc > 2:5858184/1‑93 (MQ=255)
cacaCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTgcgc > 2:4716502/1‑93 (MQ=255)
|
CGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACGCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCGC > NC_000913/2555998‑2556177
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GATCGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACGCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCGCGGC > NC_000913/2555995‑2556180
|
GATCGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACA < SRR4302533.2637405/94‑1 (MQ=60)
GANCNCNTNGATCNGGGTGGTGACGTGCGCNAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACA < SRR4302533.827059/94‑1 (MQ=60)
ATCGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACAC < SRR4302533.1865045/94‑1 (MQ=60)
TCGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACG < SRR4302533.974642/94‑1 (MQ=60)
CGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGG < SRR4302533.488844/94‑1 (MQ=60)
CGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGG < SRR4302533.5504387/94‑1 (MQ=60)
CTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCT > SRR4302533.3837564/1‑94 (MQ=60)
TTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTT < SRR4302533.5757109/94‑1 (MQ=60)
TCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTA < SRR4302533.6153680/94‑1 (MQ=60)
GATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAG > SRR4302533.115392/1‑94 (MQ=60)
GATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAG > SRR4302533.4648926/1‑94 (MQ=60)
GATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAG < SRR4302533.5895602/94‑1 (MQ=60)
ATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGT > SRR4302533.1996346/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTT > SRR4302533.540436/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTT < SRR4302533.3840452/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCC < SRR4302533.5383029/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCC < SRR4302533.2849/94‑1 (MQ=60)
GGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCC < SRR4302533.4970423/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCA < SRR4302533.5720037/94‑1 (MQ=60)
GTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCA < SRR4302533.1347591/94‑1 (MQ=60)
TGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCAC < SRR4302533.5054936/94‑1 (MQ=60)
GGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACG > SRR4302533.2391741/1‑94 (MQ=60)
GTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGT > SRR4302533.4923379/1‑94 (MQ=60)
TGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTC < SRR4302533.825768/94‑1 (MQ=60)
TGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTC < SRR4302533.2684590/94‑1 (MQ=60)
ACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGT < SRR4302533.3540930/94‑1 (MQ=60)
CGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTC > SRR4302533.266145/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCA < SRR4302533.4874340/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCA < SRR4302533.6059999/94‑1 (MQ=60)
GTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCA > SRR4302533.5455901/1‑94 (MQ=60)
GTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTATTCCACGTCGTCA > SRR4302533.3622445/1‑94 (MQ=60)
TGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAG > SRR4302533.1017766/1‑94 (MQ=60)
TGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAG > SRR4302533.3045135/1‑94 (MQ=60)
GGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAG < SRR4302533.4108351/94‑1 (MQ=60)
GCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCC > SRR4302533.6043226/1‑94 (MQ=60)
CCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCAC > SRR4302533.573437/1‑94 (MQ=60)
CAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACC < SRR4302533.2092758/94‑1 (MQ=60)
CAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACC < SRR4302533.3922485/94‑1 (MQ=60)
CAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACC < SRR4302533.5714823/94‑1 (MQ=60)
AGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCG < SRR4302533.4598751/94‑1 (MQ=60)
AGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCG > SRR4302533.4242561/1‑94 (MQ=60)
GTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGG > SRR4302533.117730/1‑94 (MQ=60)
GTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGG < SRR4302533.2173576/94‑1 (MQ=60)
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ACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGT > SRR4302533.5544906/1‑94 (MQ=60)
CACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTT < SRR4302533.2936428/94‑1 (MQ=60)
ACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTA < SRR4302533.3771012/94‑1 (MQ=60)
ACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTA < SRR4302533.678255/94‑1 (MQ=60)
AGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAAC > SRR4302533.323447/1‑94 (MQ=60)
GCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACG > SRR4302533.4844290/1‑94 (MQ=60)
GCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACG > SRR4302533.5615899/1‑94 (MQ=60)
GCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACG < SRR4302533.3805508/94‑1 (MQ=60)
AGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATC < SRR4302533.5324975/94‑1 (MQ=60)
AGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATC < SRR4302533.1248637/94‑1 (MQ=60)
GTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCA > SRR4302533.772834/1‑94 (MQ=60)
TTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCAC < SRR4302533.5282763/94‑1 (MQ=60)
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CATAGATGGTATCCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCCAAGGAAAGCCT > SRR4302533.2366383/1‑94 (MQ=60)
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CCAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGATTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTG > SRR4302533.4577728/1‑94 (MQ=60)
CAACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGC > SRR4302533.1118312/1‑94 (MQ=60)
AACACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCG > SRR4302533.5900957/1‑94 (MQ=60)
CACACGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCGCG > SRR4302533.5931495/1‑94 (MQ=60)
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GATCGCTTCGATCTGGGTGGTGACGTGCGCCAGTACACAGCCCTGAGTTGGGATGTTGAATTTGTCGATCACGCCATAGATGGTATCCAACACGCGGCTTAAGTTTTCCACGTCGTCAGTCACCGGGTTAACGCCGATCACCGCATCGCCCACCCCGAAGGAAAGCCCTTCGTAGATTTGCGCGGC > NC_000913/2555995‑2556180
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
