Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,032,390 |
C→T |
A65V (GCG→GTG) |
hemG → |
protoporphyrin oxidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,032,390 | 0 | C | T | 100.0%
| 902.1
/ NA
| 240 | A65V (GCG→GTG) | hemG | protoporphyrin oxidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (124/116); total (124/116) |
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGG > NC_000913/4032300‑4032479
|
cAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGtt > 1:4012019/1‑93 (MQ=255)
aaTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTc > 1:724692/1‑93 (MQ=255)
aaTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTc > 1:633491/1‑93 (MQ=255)
aaTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTc < 1:82023/93‑1 (MQ=255)
aTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTcc > 2:3779473/1‑93 (MQ=255)
aTGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTcc > 2:5980378/1‑93 (MQ=255)
gtgCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAg > 1:1142720/1‑93 (MQ=255)
gCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGa < 1:206371/93‑1 (MQ=255)
cACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGaa < 2:2938700/93‑1 (MQ=255)
aCCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAt < 1:2152260/93‑1 (MQ=255)
aCCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAt > 1:6159837/1‑93 (MQ=255)
aCCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAt > 2:4229558/1‑93 (MQ=255)
cGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAAttt > 1:4689132/1‑93 (MQ=255)
gCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTg > 1:1361528/1‑93 (MQ=255)
gCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTg > 1:6195518/1‑93 (MQ=255)
gCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTg < 2:3531373/93‑1 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 2:3210624/1‑93 (MQ=255)
ttGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCa > 1:2880909/1‑93 (MQ=255)
gaagaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaa > 1:1577528/1‑93 (MQ=255)
aagaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaa > 1:5282461/1‑93 (MQ=255)
agaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaa < 2:4714705/93‑1 (MQ=255)
gaaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCaaaaaa < 2:3110727/93‑1 (MQ=255)
aaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTTCCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAAc < 1:608895/93‑1 (MQ=255)
aaCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAAc < 2:4041270/93‑1 (MQ=255)
aCCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACa < 1:4864396/93‑1 (MQ=255)
ccACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACAt < 2:366172/93‑1 (MQ=255)
cacgGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATg < 1:3449765/93‑1 (MQ=255)
cacgGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATg > 1:1998480/1‑93 (MQ=255)
cggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCg < 1:3656039/91‑1 (MQ=255)
ggTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGa < 2:2128317/92‑1 (MQ=255)
gTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAc < 1:762798/93‑1 (MQ=255)
gTGAGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAc < 1:4572455/93‑1 (MQ=255)
tGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAcg < 1:22233/93‑1 (MQ=255)
gggAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGAcgc < 1:4488424/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGc < 2:4398901/93‑1 (MQ=255)
aaaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGc < 2:795524/93‑1 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCt < 1:1519166/93‑1 (MQ=255)
aaaCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCt < 1:5828162/93‑1 (MQ=255)
aCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGa > 1:3298176/1‑93 (MQ=255)
aCTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGa > 1:3365377/1‑93 (MQ=255)
cTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGaa < 2:5935210/93‑1 (MQ=255)
cTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGaa > 1:4061513/1‑93 (MQ=255)
cTATGACCGGGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGGTGaa > 2:4523405/1‑93 (MQ=255)
tATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAt > 1:3852618/1‑93 (MQ=255)
aTGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAtt < 1:1418640/93‑1 (MQ=255)
aTGACCGTGTGGTCATTGGGGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAAtt < 2:5664875/93‑1 (MQ=255)
tGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTc < 1:3773913/93‑1 (MQ=255)
gACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCg > 2:5449238/1‑93 (MQ=255)
gACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCg > 1:862695/1‑93 (MQ=255)
aCCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGa > 2:2679935/1‑93 (MQ=255)
cGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATg > 1:1947096/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc < 2:3460114/93‑1 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc > 1:2303278/1‑93 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc < 1:5320043/93‑1 (MQ=255)
gtgtGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGc < 2:1261749/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc < 2:5271116/93‑1 (MQ=255)
tgtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGcc < 1:488406/93‑1 (MQ=255)
gtgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCg < 2:5809976/93‑1 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa > 1:1677663/1‑93 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa < 1:5708879/93‑1 (MQ=255)
tgGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGa > 1:4369300/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 2:24576/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 1:4972732/1‑93 (MQ=255)
aTTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGcc > 2:5160822/1‑93 (MQ=255)
ttGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCt > 2:4825847/1‑93 (MQ=255)
tGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCtt < 1:3039474/93‑1 (MQ=255)
gTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTAGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCtttt < 1:3714298/93‑1 (MQ=255)
gCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTAc > 2:3185738/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc > 2:4366496/1‑93 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc < 1:1278821/93‑1 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc < 1:1631103/93‑1 (MQ=255)
ttCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTc < 1:179459/93‑1 (MQ=255)
tCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTcc > 2:1582029/1‑93 (MQ=255)
cTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCg < 2:1754732/93‑1 (MQ=255)
tATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGt > 2:4328411/1‑93 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa > 1:2716650/1‑93 (MQ=255)
tCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGaa > 1:6064995/1‑93 (MQ=255)
tgCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAAGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAAt < 1:1885634/92‑1 (MQ=255)
gCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATc > 2:4667012/1‑93 (MQ=255)
tATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtg < 1:5057964/93‑1 (MQ=255)
aTGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtgg > 2:2965664/1‑93 (MQ=255)
aTGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtgg < 2:5841965/93‑1 (MQ=255)
tGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggt < 2:2051752/93‑1 (MQ=255)
gTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggtgg < 2:1364513/93‑1 (MQ=255)
gTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCtggtgg < 1:2698548/93‑1 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGCGCGCCTTTTACTCCGTGCATCTGGTGgcgc > 2:5291123/1‑93 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgc > 2:1102022/1‑93 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAACGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgc < 1:2541558/93‑1 (MQ=255)
aCTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGACGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgc > 2:2751826/1‑93 (MQ=255)
tACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGGATCTGGTGgcgcgc > 2:2229796/1‑93 (MQ=255)
tACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgcgc > 2:5064109/1‑93 (MQ=255)
tACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGACAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGgcgcgc > 1:4960249/1‑93 (MQ=255)
aCCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCa > 2:950793/1‑93 (MQ=255)
aCCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCa > 1:988048/1‑93 (MQ=255)
ccATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaa < 2:391593/93‑1 (MQ=255)
ccATTCAGTGTTCCAGGAACTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaa > 2:6125873/1‑93 (MQ=255)
cATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaaa > 2:2519064/1‑93 (MQ=255)
cATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCaaa > 1:3081936/1‑93 (MQ=255)
aTTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAc > 2:5497785/1‑93 (MQ=255)
ttCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAcc < 2:3012653/93‑1 (MQ=255)
|
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGG > NC_000913/4032300‑4032479
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGT < SRR4302533.3466457/94‑1 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG > SRR4302533.4407949/1‑94 (MQ=60)
CGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTG < SRR4302533.1357606/94‑1 (MQ=60)
GCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGT > SRR4302533.1003926/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT > SRR4302533.4179226/1‑94 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT < SRR4302533.4921540/94‑1 (MQ=60)
CCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTT > SRR4302533.4036450/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTC > SRR4302533.728978/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTC > SRR4302533.1932378/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTC > SRR4302533.637217/1‑94 (MQ=60)
CAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTC > SRR4302533.637218/1‑94 (MQ=60)
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AATGTGCACCGCATTGAAGAACCACGGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGTGTTCC > SRR4302533.4883347/1‑94 (MQ=60)
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ATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGCCGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGT < SRR4302533.1476596/94‑1 (MQ=60)
ATGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGT > SRR4302533.2712495/1‑94 (MQ=60)
TGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTG < SRR4302533.2442551/94‑1 (MQ=60)
TGGTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTG > SRR4302533.3756118/1‑94 (MQ=60)
GTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGC < SRR4302533.119766/94‑1 (MQ=60)
GTCACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGC < SRR4302533.2715099/94‑1 (MQ=60)
ACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCG > SRR4302533.839482/1‑94 (MQ=60)
ACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCG < SRR4302533.337650/94‑1 (MQ=60)
ACTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAACGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCG < SRR4302533.2557204/94‑1 (MQ=60)
CTACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGACAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGC > SRR4302533.4990297/1‑94 (MQ=60)
TACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCA > SRR4302533.993829/1‑94 (MQ=60)
TACCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCA > SRR4302533.4908898/1‑94 (MQ=60)
CCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAA > SRR4302533.3100843/1‑94 (MQ=60)
CCATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAA > SRR4302533.733822/1‑94 (MQ=60)
CATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAC > SRR4302533.4507997/1‑94 (MQ=60)
CATTCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAAC < SRR4302533.2321963/94‑1 (MQ=60)
TCAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGG < SRR4302533.4950538/94‑1 (MQ=60)
CAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGA > SRR4302533.599279/1‑94 (MQ=60)
CAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGA < SRR4302533.755842/94‑1 (MQ=60)
CAGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCAATGCCGAGCGACTTTTACTCCGTGAATCTGGGGGCGCGCAAACCAGA > SRR4302533.4900272/1‑94 (MQ=60)
AGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAG < SRR4302533.5195302/94‑1 (MQ=60)
AGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAG < SRR4302533.5773991/94‑1 (MQ=60)
AGTGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAG > SRR4302533.2074866/1‑94 (MQ=60)
TGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA < SRR4302533.1493106/94‑1 (MQ=60)
TGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA < SRR4302533.3832515/94‑1 (MQ=60)
TGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCCAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCACACCGGAGAA > SRR4302533.884427/1‑94 (MQ=60)
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TCGCCAATGTGCACCGCATTGAAGAACCACAGTGGGAAAACTATGACCGTGTGGTCATTGGTGCTTCTATTCGCTATGGTCACTACCATTCAGCGTTCCAGGAATTTGTCAAAAAACATGCGACGCGGCTGAATTCGATGCCGAGCGCCTTTTACTCCGTGAATCTGGTGGCGCGCAAACCGGAGAA > NC_000913/4032297‑4032483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
