Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,099,309 |
(G)7→10 |
coding (48/993 nt) |
kdgT → |
2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 1 | . | G | 97.1%
| 217.7
/ ‑0.4
| 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (57/11); total (58/12) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 2 | . | G | 97.1%
| 216.2
/ ‑0.4
| 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (57/11); total (58/12) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
| * | NC_000913 | 4,099,302 | 3 | . | G | 87.1%
| 194.9
/ 24.9
| 70 | coding (41/993 nt) | kdgT | 2‑keto‑3‑deoxy‑D‑gluconate transport system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/5); new base G (54/7); total (58/12) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA > NC_000913/4099210‑4099381
|||
acTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATcc‑‑c > 1:2070346/1‑93 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 2:885555/1‑93 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:5968390/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:5968389/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g < 2:3649915/93‑1 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 1:5089207/1‑93 (MQ=255)
cTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTCAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑g > 1:1034867/1‑93 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg > 1:1080066/1‑93 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg < 1:700399/93‑1 (MQ=255)
tGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gg < 1:2769118/93‑1 (MQ=255)
gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑ggg < 1:3266801/93‑1 (MQ=255)
gATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑ggg < 2:3972166/93‑1 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATACAACGCTCGATTGACACACTCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑g > 2:2751251/1‑93 (MQ=255)
tGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑g < 1:3969745/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑gg > 1:5546183/1‑93 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑gg < 1:1582372/93‑1 (MQ=255)
gCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTGAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑gg < 1:5924888/93‑1 (MQ=255)
cTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggg > 2:2110595/1‑93 (MQ=255)
tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑gggg > 2:3675903/1‑92 (MQ=255)
tCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑gggg > 2:4828190/1‑92 (MQ=255)
ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggg > 2:4040814/1‑91 (MQ=255)
ccATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggg > 1:2437961/1‑91 (MQ=255)
aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggggg > 1:577604/1‑89 (MQ=255)
aTTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑gggg‑‑‑ggggggg > 1:4025456/1‑89 (MQ=255)
ggAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGgg‑gatgatg > 1:5957705/1‑90 (MQ=255)
aTTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCg > 2:575995/1‑93 (MQ=255)
tACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGt > 1:3377216/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGc > 2:5237352/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGc > 1:3692287/1‑93 (MQ=255)
aTCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGc > 1:5292736/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:2311675/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:2404844/1‑93 (MQ=255)
tCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCt > 1:163227/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 1:1581798/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 2:3741524/1‑93 (MQ=255)
aGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGCGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTAt > 1:2184500/1‑93 (MQ=255)
gCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTc > 1:748849/1‑93 (MQ=255)
ccTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTcc > 1:5053768/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTACtt > 2:5217484/1‑93 (MQ=255)
ttAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCtt > 1:669827/1‑93 (MQ=255)
tAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTg > 2:3817744/1‑93 (MQ=255)
aaaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTTgc > 1:6191622/1‑93 (MQ=255)
aaaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGGTGGAGGTTCGTCCCCCTATTCCTTgggc > 2:3679801/1‑91 (MQ=255)
aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcgc > 2:4530144/1‑93 (MQ=255)
aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcgc > 1:4371881/1‑93 (MQ=255)
aaTATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGgcgc > 1:1493336/1‑93 (MQ=255)
atatGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTCTTCCTCTgcgcc > 1:4369150/1‑92 (MQ=255)
atGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACt > 2:1556074/1‑93 (MQ=255)
tGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtg > 1:3289364/1‑93 (MQ=255)
ccGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACtgtg > 2:2553865/1‑93 (MQ=255)
gACAGGTGATGAAAATGCAGATAAACCGCTCGATGGAGAAACTCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑cc < 1:2936066/93‑1 (MQ=255)
gACAGGTGAGGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑cc < 2:6229223/93‑1 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 1:2545740/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 1:2271149/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 2:197070/1‑93 (MQ=255)
aCAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Cca > 2:835450/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAACTCC‑‑C‑‑‑‑GGGGGGTGGGGT‑GCTGCTCGTCCCGCCATTACTCGGGGGTCTGTG‑Ccaa > 1:5654440/1‑92 (MQ=255)
cAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Ccac > 1:3559703/1‑93 (MQ=255)
aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCGCGCTATTCCTTTGCGCACAGTG‑Ccacc > 2:1024185/1‑92 (MQ=255)
aGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑Ccaca > 1:1616262/1‑93 (MQ=255)
ggTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCacac > 2:2499572/1‑93 (MQ=255)
ggTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCacac > 1:1840/1‑93 (MQ=255)
gTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACAcc < 1:4169980/93‑1 (MQ=255)
gTGATGAAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACAcc < 2:859923/93‑1 (MQ=255)
tGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCtt > 1:2573672/1‑93 (MQ=255)
gATGGAAATGCAGATAAACCCCTCGATTGAGAAAACCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTtc < 1:3880670/93‑1 (MQ=255)
aTGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTtc > 2:5373530/1‑93 (MQ=255)
tGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTtct > 1:430943/1‑93 (MQ=255)
aaaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCCCACTGTG‑CCACACCTTCTCGc > 2:4974159/1‑93 (MQ=255)
aaTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGcc > 1:2907114/1‑93 (MQ=255)
aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCg > 1:914089/1‑93 (MQ=255)
aTGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCg < 1:880759/93‑1 (MQ=255)
tGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCgg > 2:241184/1‑93 (MQ=255)
gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCggg > 1:1457646/1‑93 (MQ=255)
gCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCggg > 1:1946035/1‑93 (MQ=255)
aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTGCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCggggg > 2:4350220/1‑93 (MQ=255)
aGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCggggg < 1:2110595/93‑1 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 1:2005393/1‑93 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 2:5860240/1‑93 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 1:274609/1‑93 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 2:3594462/1‑93 (MQ=255)
gATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGc > 1:5874601/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaCCGTCGATGGAAAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg < 2:2683780/91‑1 (MQ=255)
aTAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGGT‑TATGCTCGTTCCGCCATTTCTTTGCGCACTTTGCCCACACCTT‑TTGCCGGGGGCgg > 2:5002272/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCCCTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:1536516/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 2:5017679/1‑93 (MQ=255)
tAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgg > 1:5544223/1‑93 (MQ=255)
aaaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg < 2:1919408/92‑1 (MQ=255)
aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGGT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 1:5851627/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGGCCACTGGG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:1180095/1‑93 (MQ=255)
aaaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:5116507/1‑93 (MQ=255)
aaaCGCTGGATGGAGAAAAGCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCgggg < 1:5862734/93‑1 (MQ=255)
aaaCGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCggg > 2:2898055/1‑93 (MQ=255)
agcGCTGGATTGAGAAAATCCGGG‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGaa < 1:2846249/91‑1 (MQ=255)
gCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGTT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAat > 2:4980373/1‑93 (MQ=255)
gCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAat > 1:3402086/1‑93 (MQ=255)
ccTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAata < 2:733159/92‑1 (MQ=255)
tCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAaaat > 2:5299294/1‑93 (MQ=255)
tCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GAGGCGCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACGGTG‑CCACACCTTTTCGCCGGGGGTGGGGAAttat > 2:5815162/1‑93 (MQ=255)
cGATTGAGAAAATCC‑‑CGGG‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAtt > 2:3166942/1‑93 (MQ=255)
|||
ACTGATGCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑‑GGGG‑‑‑GGGAT‑GATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTG‑CCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA > NC_000913/4099210‑4099381
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
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GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGG < SRR4302533.1591906/94‑1 (MQ=60)
GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTGAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGG < SRR4302533.5960707/94‑1 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgg < SRR4302533.1068501/94‑3 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgg > SRR4302533.2453014/1‑92 (MQ=60)
TCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgg > SRR4302533.5263030/1‑92 (MQ=60)
CATTGAGGAATTACGCATCAGCCTTAAAAAATATGCCGACAGGTGATGAAAATGCAAAAAAAACGCTCGATTGAAAAAACCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGggga < SRR4302533.2977492/94‑5 (MQ=60)
CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgggg > SRR4302533.4049962/1‑90 (MQ=60)
CATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgggg > SRR4302533.581009/1‑90 (MQ=60)
ATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgggat > SRR4302533.3225226/1‑89 (MQ=60)
AGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATG > SRR4302533.5993742/1‑94 (MQ=60)
AATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTC > SRR4302533.324894/1‑94 (MQ=60)
TTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGT > SRR4302533.3398067/1‑94 (MQ=60)
CGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGAGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgggctgatgctcgtcac > SRR4302533.435719/1‑77 (MQ=60)
CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGC > SRR4302533.3714973/1‑94 (MQ=60)
CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGC > SRR4302533.5324421/1‑94 (MQ=60)
CATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGggggtggtgcttgtccccc > SRR4302533.1632827/1‑75 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCT > SRR4302533.164267/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCT > SRR4302533.2325996/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCT > SRR4302533.2419694/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302533.1591325/1‑94 (MQ=60)
CAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGCGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTAT > SRR4302533.2197965/1‑94 (MQ=60)
AGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTC > SRR4302533.753261/1‑94 (MQ=60)
CCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCC > SRR4302533.5084322/1‑94 (MQ=60)
CTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT > SRR4302533.673786/1‑94 (MQ=60)
caaaaaaaatcggctggcgttttggaaatgtaaaataaaccgctgtttagagaattccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTT < SRR4302533.4917468/31‑1 (MQ=60)
AAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTTGC > SRR4302533.6228780/1‑94 (MQ=60)
aaaaaaaatgcggagggtagagaaaaatgaaaaaaaaccgctcaatgaaaaaacccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGG < SRR4302533.5836659/33‑1 (MQ=60)
aaaaacaggaaaaagaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaggaaaaaaaaaaacccccggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGC < SRR4302533.143932/34‑1 (MQ=60)
AAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGC > SRR4302533.1502340/1‑94 (MQ=60)
AAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGC > SRR4302533.4398271/1‑94 (MQ=60)
AATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTCTTCCTctgcgcc > SRR4302533.4395523/1‑87 (MQ=60)
attggcggaagggggaggaaaaagaaaaaaaacctcttgatagaaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCAC < SRR4302533.2773402/38‑1 (MQ=60)
ATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTG > SRR4302533.3309671/1‑94 (MQ=60)
aagcggagagggaagaaaaatgcaaaaaaaacgccaataaggaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTG < SRR4302533.4003960/40‑1 (MQ=60)
gccaccgtgtttgtgaaaaccaatagtccgcgtagtatctaacaaccaccgggGGGGGTGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGT < SRR4302533.2664603/41‑1 (MQ=60)
CGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGgggggggatgtgctccccccctctttttttttccctgtgt > SRR4302533.5630319/1‑54 (MQ=60)
gaagaggagaaaaaaagaaaaaagaattgagaaggaaaaagcccccgcgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGC < SRR4302533.162946/43‑1 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA > SRR4302533.2561403/1‑94 (MQ=60)
GACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA > SRR4302533.2285202/1‑94 (MQ=60)
GACAGGTGATGAAAATGCAGATAAACCGCTCGATGGAGAAACTCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCA < SRR4302533.2954016/94‑1 (MQ=60)
ACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC > SRR4302533.3581636/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA > SRR4302533.1626058/1‑94 (MQ=60)
gcagggtattgaaaatcaaaaaaaaccccatattgaaaaaccccccggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCAC < SRR4302533.1298309/46‑1 (MQ=60)
AGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC > SRR4302533.1855/1‑94 (MQ=60)
aggggaatgaaaatacaaaaaaaagtgataagtgaaaaacgcccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACA < SRR4302533.304553/47‑1 (MQ=60)
gagaaaaaaaaaaaaaaaaacagcagaataaaagaacccgggggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACAC < SRR4302533.3337828/48‑1 (MQ=60)
GTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCT < SRR4302533.4195248/94‑1 (MQ=60)
GTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTT > SRR4302533.2589504/1‑94 (MQ=60)
gggagagaaaaaacaaaaaaacccgacgatgaaaaaacccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACC < SRR4302533.3763018/49‑1 (MQ=60)
GATGGAAATGCAGATAAACCCCTCGATTGAGAAAACCC‑‑CGG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302533.3904351/94‑1 (MQ=60)
agaaaaaaaaaaaaaaaacgcgtaaagaaaaaacaccccggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTT < SRR4302533.5590933/51‑1 (MQ=60)
ATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT > SRR4302533.433512/1‑94 (MQ=60)
aaaaaaacaaaaaaaaactgcagaaacaaaaagcccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCT < SRR4302533.317401/53‑1 (MQ=60)
agaaagacaaaaaaaaccgctgattagaaaaccccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTC < SRR4302533.151672/54‑1 (MQ=60)
tgaaaagcgagaaaaagcccggattgaaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCG < SRR4302533.4224490/55‑1 (MQ=60)
AAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCC > SRR4302533.2924962/1‑94 (MQ=60)
AATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCG > SRR4302533.919464/1‑94 (MQ=60)
ATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGG < SRR4302533.885930/94‑1 (MQ=60)
TGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG > SRR4302533.1957901/1‑94 (MQ=60)
TGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG > SRR4302533.265508/1‑94 (MQ=60)
TGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG > SRR4302533.1466436/1‑94 (MQ=60)
acaaaaaaaactggtatagtaaaaaaacccggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG < SRR4302533.5790434/60‑1 (MQ=60)
aaaaaaaactcgcgataaaaaaaaacccccggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGG < SRR4302533.3437027/60‑1 (MQ=60)
aaaaaaaaacacttgaaaaaaaaaacccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGG < SRR4302533.2549842/61‑1 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302533.2017743/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302533.276280/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC > SRR4302533.5910111/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGAGGATGCTCGTCCCGCTATCCCTTGGCGAACTGTGCCACACCTTCTCCCCGGGGGG > SRR4302533.4370542/1‑94 (MQ=60)
AGATAAAACGCGCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC < SRR4302533.2123612/94‑1 (MQ=60)
aaaaaaagcgcccgagtgagaaatccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC < SRR4302533.3941177/63‑1 (MQ=60)
aaaaaaaccagaaaagaaaaaaacccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGC < SRR4302533.3497384/63‑1 (MQ=60)
ATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGG > SRR4302533.5577707/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGG > SRR4302533.5887005/1‑94 (MQ=60)
TAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGggggtgattctcgttcccctctttcttggcgccatgtggccacccttctcgccggggggggg > SRR4302533.1353436/1‑32 (MQ=60)
aaaacgggaataaaaaaagcgccgggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGG < SRR4302533.2254533/66‑1 (MQ=60)
AAACGCTGGATGGAGAAAAGCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGA < SRR4302533.5898180/94‑1 (MQ=60)
aaaacccctggtttgaaaaatcccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGG < SRR4302533.6287881/67‑1 (MQ=60)
AGCGCTGGATTGAGAAAATCCGGG‑‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAA < SRR4302533.2863767/94‑1 (MQ=60)
accgttgagaagaaaacccccggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAA < SRR4302533.381614/69‑1 (MQ=60)
CGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAAT > SRR4302533.3423092/1‑94 (MQ=60)
CTCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGTGGATGCTCGCCCCGCTTTTCCTTGGGCCACTTGGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAA‑ATT > SRR4302533.1677488/1‑94 (MQ=32)
tggagaaaaaacccgccgggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATA < SRR4302533.3318351/72‑1 (MQ=60)
TCGATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTTTTCCTTGGCGCCCTGTGCCCCACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGgaattat > SRR4302533.4855187/1‑87 (MQ=60)
cgcgattgaaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATAT < SRR4302533.684318/73‑1 (MQ=60)
ATTGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAAGATTTTG > SRR4302533.1979346/1‑94 (MQ=60)
gatggaaaaatccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTT < SRR4302533.2661310/76‑1 (MQ=60)
TGAGAAAATCC‑‑CGGGGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA > SRR4302533.3694423/1‑94 (MQ=60)
agaagcgccgcccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGG < SRR4302533.134559/78‑1 (MQ=60)
gaaaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302533.4699186/79‑1 (MQ=60)
agaaaaaaccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302533.3556774/79‑1 (MQ=60)
acaaagcgctgggggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGA < SRR4302533.4530428/79‑1 (MQ=60)
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AAATCC‑‑CGGGGGGGGGGGTGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGGCCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGGAATTTTTTGGTTCCTT > SRR4302533.195502/1‑94 (MQ=60)
ATCC‑‑CGG‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC < SRR4302533.913340/94‑1 (MQ=60)
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tcccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGTTAATTCAC > SRR4302533.4739621/8‑94 (MQ=60)
ccccgggGGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCAC < SRR4302533.4928675/87‑1 (MQ=60)
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GGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATG < SRR4302533.3161236/94‑1 (MQ=60)
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GCTCCATTGAGGAATTACGCATCAGCCCTTAAAAATATGCCGACAGGTGATGGAAATGCAGATAAAACGCTCGATTGAGAAAATCC‑‑C‑‑‑GGGGGGGATGATGCTCGTCCCGCTATTCCTTGGCGCACTGTGCCACACCTTCTCGCCGGGGGCGGGGAAATATTTTGGATCATTCACCAACGGGATGATT > NC_000913/4099216‑4099402
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
