Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
1624 |
250.6 |
12620048 |
98.0% |
12367647 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
4,348,017 |
C→T |
A408A (GCG→GCA) |
yjdH ← |
putative 2‑component sensor protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 4,348,017 | 0 | C | T | 100.0%
| 881.1
/ NA
| 237 | A408A (GCG→GCA) | yjdH | putative 2‑component sensor protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (119/118); total (119/118) |
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATT > NC_000913/4347927‑4348106
|
tGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTtgcgg > 2:4138866/1‑92 (MQ=255)
tGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTtgcgc > 2:724320/1‑93 (MQ=255)
tGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTtgcgc > 1:5653022/1‑93 (MQ=255)
tCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTaa > 1:2070775/1‑93 (MQ=255)
gcgtcgcgtcGAGGTCATCACTGCCGCTGTCTGGCGGCTGGCTTAAACTGCTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAAGCt < 2:1032944/93‑1 (MQ=255)
gCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCt < 1:530649/93‑1 (MQ=255)
tCGCGACCTGGTCCTGACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGc < 2:6133411/93‑1 (MQ=255)
tCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGc < 1:1372623/93‑1 (MQ=255)
gcgACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTg > 1:2961487/1‑93 (MQ=255)
gcgACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTg > 1:3865532/1‑93 (MQ=255)
gcgACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTg < 2:4855409/93‑1 (MQ=255)
gACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGAt > 2:601578/1‑93 (MQ=255)
gACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGAt < 2:1122343/93‑1 (MQ=255)
aCCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGAtt > 1:450829/1‑93 (MQ=255)
cTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaa > 2:5785286/1‑93 (MQ=255)
cTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaa < 2:2349964/93‑1 (MQ=255)
tGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaaa > 2:217008/1‑93 (MQ=255)
tGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaaa > 1:1041403/1‑93 (MQ=255)
ggTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaaaa < 1:693225/93‑1 (MQ=255)
gTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCGCCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGTTTAATCTTGCTGATTaaaaa < 2:4056932/93‑1 (MQ=255)
gTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTaaaaa < 1:2523197/93‑1 (MQ=255)
cTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAAcc < 1:6016294/93‑1 (MQ=255)
cTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAAcc > 1:4828873/1‑93 (MQ=255)
tCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCa < 2:2562453/93‑1 (MQ=255)
tCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCa > 2:3031855/1‑93 (MQ=255)
tCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCa < 2:4367291/93‑1 (MQ=255)
tCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCa < 2:635526/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 2:340728/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg > 2:3771756/1‑93 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 2:4453214/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 1:4975063/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 2:809082/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 1:4279549/93‑1 (MQ=255)
cACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAg < 1:2712349/93‑1 (MQ=255)
aCTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGc < 1:4637645/93‑1 (MQ=255)
aCTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGc < 1:4074086/93‑1 (MQ=255)
aCTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGc < 1:444710/93‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCg > 2:1296412/1‑93 (MQ=255)
cTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCg > 2:4307119/1‑93 (MQ=255)
cTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCg < 1:5526139/93‑1 (MQ=255)
cTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCg > 2:3448558/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGa > 1:5716774/1‑93 (MQ=255)
tGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGa < 1:630930/93‑1 (MQ=255)
tGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGa > 2:4633419/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGAt > 1:1841456/1‑93 (MQ=255)
gCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGAt > 1:3563998/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATa < 1:2406225/93‑1 (MQ=255)
gCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAAc > 2:3110284/1‑93 (MQ=255)
gCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAAc > 2:1315512/1‑93 (MQ=255)
cTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAAcc > 1:6183802/1‑93 (MQ=255)
tGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCg < 1:3993770/93‑1 (MQ=255)
gTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCgg > 2:548994/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCgg > 1:4016404/1‑93 (MQ=255)
tGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGgaga < 1:4653470/93‑1 (MQ=255)
aGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTg > 1:1731778/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGa > 2:5653195/1‑93 (MQ=255)
gCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGa < 1:5233694/93‑1 (MQ=255)
cTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGAt < 1:2574451/93‑1 (MQ=255)
tGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATc < 2:2495939/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCtt < 1:3721037/93‑1 (MQ=255)
tttCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAc < 2:4521920/93‑1 (MQ=255)
tttCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAc < 1:5218248/93‑1 (MQ=255)
tttCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAc < 2:5838161/93‑1 (MQ=255)
ttCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAcc > 2:239932/1‑93 (MQ=255)
tCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAccc > 2:3382958/1‑93 (MQ=255)
aCTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCcag > 2:4252723/1‑93 (MQ=255)
cTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCcagc > 1:2778274/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCcagca > 2:5280615/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCcagca > 1:2014353/1‑93 (MQ=255)
gTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCcagcag > 2:2276202/1‑93 (MQ=255)
tttAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCaga > 1:5804577/1‑93 (MQ=255)
tttAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCaga > 1:327787/1‑93 (MQ=255)
tttAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCaga < 2:173428/93‑1 (MQ=255)
tttAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCaga < 1:1488316/93‑1 (MQ=255)
ttAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCagag < 2:517261/93‑1 (MQ=255)
tAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCagaga < 1:3152449/93‑1 (MQ=255)
tAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCagaga < 1:2227219/93‑1 (MQ=255)
tAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCagaga < 2:1442620/93‑1 (MQ=255)
tAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGAGTTGATCTTACCCAGCagaga < 2:3587666/93‑1 (MQ=255)
agaTCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAACCCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGc < 1:6052277/91‑1 (MQ=255)
aaTCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGcc < 2:3189224/93‑1 (MQ=255)
aTCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCa < 2:4716952/93‑1 (MQ=255)
tCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCaa < 2:5935457/93‑1 (MQ=255)
aGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAAtc > 2:1953478/1‑93 (MQ=255)
gCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGCTAATCTTGCTGATTAAAAAACGAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAAtct > 2:5919093/1‑93 (MQ=255)
gTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATctct > 1:4241394/1‑93 (MQ=255)
gTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATctct < 1:180121/93‑1 (MQ=255)
tATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCtt < 1:115554/93‑1 (MQ=255)
aTGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTc > 2:2846515/1‑93 (MQ=255)
aTGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTc > 2:1412102/1‑93 (MQ=255)
ggCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCt < 1:2872330/93‑1 (MQ=255)
gCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTg > 1:867869/1‑93 (MQ=255)
tAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATa > 1:1269125/1‑93 (MQ=255)
tAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAAACAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATa > 1:2141421/1‑93 (MQ=255)
aaTCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGt > 2:5563982/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGtt > 1:6209428/1‑93 (MQ=255)
aTCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGtt < 1:5782615/93‑1 (MQ=255)
tCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTa > 2:5731556/1‑93 (MQ=255)
tCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTa > 1:3481113/1‑93 (MQ=255)
ggTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTAtt < 1:130638/93‑1 (MQ=255)
|
CGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATT > NC_000913/4347927‑4348106
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGG > NC_000913/4347924‑4348108
|
CAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTT > SRR4302533.1391354/1‑94 (MQ=60)
CAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTT < SRR4302533.1036359/94‑1 (MQ=60)
CAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTT < SRR4302533.4054409/94‑1 (MQ=60)
AACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTG > SRR4302533.2529315/1‑94 (MQ=60)
AACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTG > SRR4302533.5188554/1‑94 (MQ=60)
GTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGC > SRR4302533.4916206/1‑94 (MQ=60)
GTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGC > SRR4302533.5687192/1‑94 (MQ=60)
GTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGC > SRR4302533.5328057/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCG > SRR4302533.1376933/1‑94 (MQ=60)
TGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCG < SRR4302533.4679800/94‑1 (MQ=60)
TGCTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGTCCTAAATCGGTTGCGCG < SRR4302533.423953/94‑1 (MQ=60)
AATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTA < SRR4302533.6032169/94‑1 (MQ=60)
ATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAA > SRR4302533.2454433/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAA > SRR4302533.2083529/1‑94 (MQ=60)
TCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAAT > SRR4302533.3347156/1‑94 (MQ=60)
GCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTT < SRR4302533.533805/94‑1 (MQ=60)
CGTCGGTACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTG < SRR4302533.2233423/94‑1 (MQ=60)
GTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGC < SRR4302533.5458307/94‑1 (MQ=60)
TCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCT < SRR4302533.1380880/94‑1 (MQ=60)
TCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCT < SRR4302533.3855586/94‑1 (MQ=60)
cgctgCCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTG < SRR4302533.536800/89‑1 (MQ=60)
CGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTG > SRR4302533.2979590/1‑94 (MQ=60)
CGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTG > SRR4302533.3889130/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATT > SRR4302533.453528/1‑94 (MQ=60)
GACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATT > SRR4302533.4505100/1‑94 (MQ=60)
ACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTA > SRR4302533.461287/1‑94 (MQ=60)
CCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAA > SRR4302533.4801574/1‑94 (MQ=60)
CTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAA > SRR4302533.1047526/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAA > SRR4302533.578978/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAA < SRR4302533.697320/94‑1 (MQ=60)
GTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAA < SRR4302533.2538742/94‑1 (MQ=60)
GTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAA < SRR4302533.3891013/94‑1 (MQ=60)
CCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACC > SRR4302533.4858137/1‑94 (MQ=60)
CTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCA < SRR4302533.6052750/94‑1 (MQ=60)
TCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAG < SRR4302533.2193524/94‑1 (MQ=60)
TCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAG < SRR4302533.5809252/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.5014345/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.690110/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.4305282/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.2923895/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.2729003/94‑1 (MQ=60)
CACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGC < SRR4302533.5005227/94‑1 (MQ=60)
ACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCG < SRR4302533.4098889/94‑1 (MQ=60)
ACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCG < SRR4302533.447370/94‑1 (MQ=60)
ACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCG < SRR4302533.4665745/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTTAAAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGTTTGCGGGTTTAATCTTGTTGATTAAAAAACaagta > SRR4302533.2015897/1‑89 (MQ=60)
CTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGA > SRR4302533.3831483/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGA > SRR4302533.5751299/1‑94 (MQ=60)
CTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGA < SRR4302533.5559499/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGAT > SRR4302533.1852688/1‑94 (MQ=60)
TGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGAT < SRR4302533.634639/94‑1 (MQ=60)
TGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGAT > SRR4302533.3585958/1‑94 (MQ=60)
GCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATA > SRR4302533.2873608/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAA > SRR4302533.2149638/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAA < SRR4302533.2421088/94‑1 (MQ=60)
CGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAAC < SRR4302533.3743042/94‑1 (MQ=60)
CGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAAC < SRR4302533.6257365/94‑1 (MQ=60)
GCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACC > SRR4302533.3220090/1‑94 (MQ=60)
GCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACC > SRR4302533.6220929/1‑94 (MQ=60)
TGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGG < SRR4302533.4018089/94‑1 (MQ=60)
TGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGG > SRR4302533.4040856/1‑94 (MQ=60)
GTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGA < SRR4302533.5676203/94‑1 (MQ=60)
TCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAG < SRR4302533.4161466/94‑1 (MQ=60)
TGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGAT < SRR4302533.4681667/94‑1 (MQ=60)
GGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATT > SRR4302533.6062333/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTG > SRR4302533.2619675/1‑94 (MQ=60)
CAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTG > SRR4302533.1742278/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGAT < SRR4302533.5265167/94‑1 (MQ=60)
GCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGAT > SRR4302533.953115/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGAT > SRR4302533.205417/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATC > SRR4302533.4021257/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATC > SRR4302533.787443/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATC < SRR4302533.2590288/94‑1 (MQ=60)
CTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACAAGCGATAACCGGAGATTTGATT > SRR4302533.242180/1‑94 (MQ=60)
TGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCT < SRR4302533.2253240/94‑1 (MQ=60)
TGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGAGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCT > SRR4302533.402957/1‑94 (MQ=60)
GGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTT > SRR4302533.2625125/1‑94 (MQ=60)
GCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTA < SRR4302533.3743874/94‑1 (MQ=60)
CTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAC > SRR4302533.1128533/1‑94 (MQ=60)
CTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAC > SRR4302533.1206931/1‑94 (MQ=60)
CTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAC > SRR4302533.5886602/1‑94 (MQ=60)
CTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAC < SRR4302533.5830622/94‑1 (MQ=60)
CTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTAC > SRR4302533.4087544/1‑94 (MQ=60)
TTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACC < SRR4302533.5249658/94‑1 (MQ=60)
TCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCA < SRR4302533.2551690/94‑1 (MQ=60)
ACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGGCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGC > SRR4302533.5226373/1‑94 (MQ=60)
ACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGC > SRR4302533.1667217/1‑94 (MQ=60)
ACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGC > SRR4302533.2795340/1‑94 (MQ=60)
CTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCA > SRR4302533.2026762/1‑94 (MQ=60)
TGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAG < SRR4302533.6340596/94‑1 (MQ=60)
GTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGA > SRR4302533.5839631/1‑94 (MQ=60)
GTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGA < SRR4302533.135513/94‑1 (MQ=60)
GTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGA > SRR4302533.329782/1‑94 (MQ=60)
GTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGA > SRR4302533.53057/1‑94 (MQ=60)
TTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAG < SRR4302533.1497294/94‑1 (MQ=60)
T‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAG < SRR4302533.2240967/94‑1 (MQ=60)
T‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAG < SRR4302533.3171829/94‑1 (MQ=60)
T‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAG > SRR4302533.1438296/1‑94 (MQ=60)
AGATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAACCCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCC < SRR4302533.6088935/94‑1 (MQ=60)
AATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCA > SRR4302533.4848272/1‑94 (MQ=60)
ATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAA > SRR4302533.1837777/1‑94 (MQ=60)
AGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCT < SRR4302533.1304216/94‑1 (MQ=60)
AGCGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCT < SRR4302533.1197983/94‑1 (MQ=60)
CGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCT > SRR4302533.4284110/1‑94 (MQ=60)
CGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCT > SRR4302533.3607126/1‑94 (MQ=60)
CGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCT > SRR4302533.2050406/1‑94 (MQ=60)
CGTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCT > SRR4302533.4267007/1‑94 (MQ=60)
GTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAATACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTT > SRR4302533.3401066/1‑94 (MQ=60)
GTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTT < SRR4302533.3106586/94‑1 (MQ=60)
GTATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTT < SRR4302533.181245/94‑1 (MQ=60)
TATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTC < SRR4302533.116291/94‑1 (MQ=60)
TATGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTC < SRR4302533.621525/94‑1 (MQ=60)
TGGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCT < SRR4302533.6145780/94‑1 (MQ=60)
GGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTG > SRR4302533.872956/1‑94 (MQ=60)
GGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTG > SRR4302533.3134174/1‑94 (MQ=60)
GGCCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTG < SRR4302533.2890002/94‑1 (MQ=60)
CCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGAT > SRR4302533.1837488/1‑94 (MQ=60)
CCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGAT < SRR4302533.6223140/94‑1 (MQ=60)
CCTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGAT < SRR4302533.2819746/94‑1 (MQ=60)
CTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATA > SRR4302533.1276721/1‑94 (MQ=60)
CTAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAAACAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATA > SRR4302533.2154619/1‑94 (MQ=60)
TAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAG > SRR4302533.5732744/1‑94 (MQ=60)
TAAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAG > SRR4302533.1782291/1‑94 (MQ=60)
AAATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGT > SRR4302533.2772318/1‑94 (MQ=60)
AATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTT < SRR4302533.885662/94‑1 (MQ=60)
AATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTT > SRR4302533.690742/1‑94 (MQ=60)
AATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTT > SRR4302533.6246670/1‑94 (MQ=60)
ATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTA < SRR4302533.5817539/94‑1 (MQ=60)
ATCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTA > SRR4302533.3502586/1‑94 (MQ=60)
TCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTAT < SRR4302533.1699771/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTAT < SRR4302533.4562149/94‑1 (MQ=60)
TCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTAT > SRR4302533.4424493/1‑94 (MQ=60)
TCGGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTAT < SRR4302533.5264426/94‑1 (MQ=60)
GGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTG > SRR4302533.6296037/1‑94 (MQ=60)
GGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTG < SRR4302533.3574230/94‑1 (MQ=60)
GGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTG < SRR4302533.131457/94‑1 (MQ=60)
GGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTG < SRR4302533.5651882/94‑1 (MQ=60)
GGTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTG < SRR4302533.4424879/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTCCCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGG < SRR4302533.76789/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGG < SRR4302533.676301/94‑1 (MQ=60)
GTTGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGG > SRR4302533.2242723/1‑94 (MQ=60)
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CAACGTGGTAATCAGCGTCGCGACCTGGTCCTCACTGCCGCTGTCTGGCAGCTGGCTTTCACTGTTT‑AAAATCAGCGTATGGCCTAAATCGGTCGCGCGGTTAATCTTGCTGATTAAAAAACCAGCGATAACCGGAGATTTGATCTTACCCAGCAGAGAGCCAATCTCTTCCTGATAGTTATTGG > NC_000913/4347924‑4348108
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
