Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
129,639 |
A→G |
V541A (GTG→GCG) |
yacH ← |
putative membrane protein |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 129,639 | 0 | A | G | 99.6%
| 1533.0
/ ‑3.7
| 450 | V541A (GTG→GCG) | yacH | putative membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (205/242); total (207/243) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 |
Only 100 of 461 total aligned reads displayed.
ACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACACCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGC > NC_000913/129548‑129729
|
gttgttCAGGTTATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTg < 1:10171943/94‑1 (MQ=255)
gttgttCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTg < 1:6495628/94‑1 (MQ=255)
ttgttCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTgg < 2:2719871/94‑1 (MQ=255)
tgttCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGgc < 1:1222971/94‑1 (MQ=255)
tgttCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGgc < 2:8166391/94‑1 (MQ=255)
tgttCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGgc < 2:5352112/94‑1 (MQ=255)
tCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTTAACGCCTGGCgct > 1:6707801/1‑94 (MQ=255)
aGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCgctgc > 1:8144146/1‑94 (MQ=255)
ggATGCCGATTGATCACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGctct < 1:2119203/93‑1 (MQ=255)
gATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTg < 2:1511968/94‑1 (MQ=255)
aTGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTgg > 1:7909332/1‑94 (MQ=255)
aTGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTgg < 1:8591798/94‑1 (MQ=255)
gCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTg < 2:4811438/94‑1 (MQ=255)
ccGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGa < 2:7338931/94‑1 (MQ=255)
ccGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGa > 2:9121026/1‑94 (MQ=255)
cGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGAt > 1:2735045/1‑94 (MQ=255)
cGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGAt > 2:5030184/1‑94 (MQ=255)
cGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGAt < 2:5929203/94‑1 (MQ=255)
cGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGAt > 1:7234245/1‑94 (MQ=255)
cGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGAt > 1:6397828/1‑94 (MQ=255)
gATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATg < 2:760820/94‑1 (MQ=255)
gATTGAACACGCTGGCGGGAGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTTAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATg > 2:9317109/1‑94 (MQ=255)
ttGACCACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCg < 1:251560/94‑1 (MQ=255)
gAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGa < 1:1078276/94‑1 (MQ=255)
cacGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGGACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGGGGACTg > 2:2078419/1‑94 (MQ=255)
gCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAAt < 1:7694517/94‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATa < 2:9704362/94‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATa < 2:1258546/94‑1 (MQ=255)
cTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATa < 1:829190/94‑1 (MQ=255)
ggcgggcgTTATCACGTTGCTGGTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACg < 2:6649864/94‑1 (MQ=255)
cgggcgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCt < 1:3209137/94‑1 (MQ=255)
cgggcgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCt < 2:6277156/94‑1 (MQ=255)
cgggcgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCt > 1:7531406/1‑94 (MQ=255)
cgggcgGTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGTACTGAATACGCt > 1:5174223/1‑94 (MQ=255)
gggcgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTc > 1:4640036/1‑94 (MQ=255)
cgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCTGACTGAATACGCTCAcg > 1:1689107/1‑94 (MQ=255)
cgTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCAcg > 2:3950969/1‑94 (MQ=255)
gTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGTCTGAATACGCTCAcgc < 2:568628/94‑1 (MQ=255)
tATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACgcgc > 1:586528/1‑94 (MQ=255)
tATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACgcgc > 1:3872092/1‑94 (MQ=255)
aTCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCt > 2:1969355/1‑94 (MQ=255)
cACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGc < 2:3082298/94‑1 (MQ=255)
cACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGc > 1:1805547/1‑94 (MQ=255)
cGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGt < 1:6620925/94‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGtct < 1:60058/94‑1 (MQ=255)
ttGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGtct > 1:1438466/1‑94 (MQ=255)
ttGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGtct < 1:684887/94‑1 (MQ=255)
tGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGtctc < 2:9557481/94‑1 (MQ=255)
gCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTctct < 1:4041373/94‑1 (MQ=255)
tGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTc < 1:4915602/94‑1 (MQ=255)
tGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTc < 1:10326966/94‑1 (MQ=255)
gTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCg < 2:4322696/94‑1 (MQ=255)
gTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCg < 1:8685016/94‑1 (MQ=255)
tttaTTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgc < 2:725518/91‑1 (MQ=255)
ttGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgc < 1:2672392/94‑1 (MQ=255)
tGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgct < 2:8520026/94‑1 (MQ=255)
tGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgct > 2:10050485/1‑94 (MQ=255)
aTTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgctgc < 1:204512/94‑1 (MQ=255)
ttCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCgctgct < 2:2258367/94‑1 (MQ=255)
tCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGctgctg < 1:3417106/94‑1 (MQ=255)
cAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTTATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTgg < 2:4478288/94‑1 (MQ=255)
aGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGt > 2:340905/1‑94 (MQ=255)
gTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGtt > 2:10092227/1‑94 (MQ=255)
gTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCCGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTGCGCTGCTGGtt > 1:9422083/1‑94 (MQ=255)
tGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTc < 2:2371169/94‑1 (MQ=255)
gggCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCt < 1:2384124/94‑1 (MQ=255)
ggCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTg > 1:1493226/1‑94 (MQ=255)
gcgcTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGc < 1:5500825/94‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCg < 1:10069791/94‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCg < 1:3011056/94‑1 (MQ=255)
cgcTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCg > 2:10420814/1‑94 (MQ=255)
gctgctGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTTGTTCTGCgg > 2:6451330/1‑94 (MQ=255)
tctgTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGtt < 1:9779780/93‑1 (MQ=255)
ctgTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTa < 1:436802/94‑1 (MQ=255)
ctgTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTa < 2:7715859/94‑1 (MQ=255)
tgTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAg > 1:6182363/1‑94 (MQ=255)
tgTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGCTAg > 2:698512/1‑94 (MQ=255)
gTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGt < 1:506645/94‑1 (MQ=255)
gTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGt > 1:9712247/1‑94 (MQ=255)
tACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTc > 2:3773956/1‑94 (MQ=255)
aCTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCt > 2:4588260/1‑94 (MQ=255)
cTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTg > 2:8787705/1‑94 (MQ=255)
tttttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGc > 1:9197123/1‑94 (MQ=255)
ttttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCa < 1:8958091/94‑1 (MQ=255)
ttttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCa < 1:9076900/94‑1 (MQ=255)
ttttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCa < 2:6717119/94‑1 (MQ=255)
tttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCAt < 1:9956866/94‑1 (MQ=255)
tttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCAt > 2:1818902/1‑94 (MQ=255)
ttCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCAtt < 1:5228803/94‑1 (MQ=255)
cTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtc > 1:3646224/1‑94 (MQ=255)
cTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtc > 2:8606627/1‑94 (MQ=255)
cTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtc > 1:3111969/1‑94 (MQ=255)
cTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtc > 1:2828873/1‑94 (MQ=255)
ttAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCTCGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtct < 1:3480884/94‑1 (MQ=255)
ttAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtct > 2:5541783/1‑94 (MQ=255)
tAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTtctc < 1:9557610/94‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTcg < 2:6178735/94‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTcg < 1:1915265/94‑1 (MQ=255)
aaaCGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTcg > 2:2957246/1‑94 (MQ=255)
aaCGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTcgc > 2:2568545/1‑94 (MQ=255)
|
ACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACACCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGC > NC_000913/129548‑129729
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 279 total aligned reads displayed.
TGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACACCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGCGA > NC_000913/129546‑129731
|
TGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACG < SRR4302545.10556632/94‑1 (MQ=60)
TGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACG < SRR4302545.4938191/94‑1 (MQ=60)
TGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACG < SRR4302545.2194189/94‑1 (MQ=60)
GACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGC > SRR4302545.5751279/1‑94 (MQ=60)
GACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGC > SRR4302545.3718701/1‑94 (MQ=60)
GACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGC > SRR4302545.1499826/1‑94 (MQ=60)
GACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGC < SRR4302545.5276048/94‑1 (MQ=60)
GACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGGACTTTTTCCTTCAACGC > SRR4302545.1499827/1‑94 (MQ=60)
ACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCC < SRR4302545.5793939/94‑1 (MQ=60)
CGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCT < SRR4302545.1903850/94‑1 (MQ=60)
CGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCT < SRR4302545.6125858/94‑1 (MQ=60)
CGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCT < SRR4302545.2517646/94‑1 (MQ=60)
GTTGTTCAGGTTATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTG < SRR4302545.10472639/94‑1 (MQ=60)
GTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTG < SRR4302545.6673238/94‑1 (MQ=60)
GTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTG < SRR4302545.6887773/94‑1 (MQ=60)
GTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGCCGCTTCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTG < SRR4302545.4084722/94‑1 (MQ=60)
TGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGC > SRR4302545.1883491/1‑94 (MQ=60)
TGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGC > SRR4302545.4521602/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCG > SRR4302545.940141/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCG < SRR4302545.3275956/94‑1 (MQ=60)
GTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCG > SRR4302545.10913191/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGC > SRR4302545.9762199/1‑94 (MQ=60)
CAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTG > SRR4302545.6804449/1‑94 (MQ=60)
GTTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCT < SRR4302545.10471731/94‑1 (MQ=60)
GGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCCCGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCCGCT > SRR4302545.2947174/1‑94 (MQ=60)
GTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTTATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTTAACGCCTGGCGCTGCTC > SRR4302545.9585670/1‑94 (MQ=60)
GTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTC < SRR4302545.5186733/94‑1 (MQ=60)
TGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTTATTTAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAAAGCCTGGCGCTGCTCT > SRR4302545.8764518/1‑94 (MQ=60)
TGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCT < SRR4302545.673412/94‑1 (MQ=60)
TGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCT > SRR4302545.10294178/1‑94 (MQ=60)
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GATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTG < SRR4302545.10195947/94‑1 (MQ=60)
GATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTG > SRR4302545.5136115/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGG > SRR4302545.8133866/1‑94 (MQ=60)
ATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGG < SRR4302545.8840385/94‑1 (MQ=60)
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cttgctttgGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTC < SRR4302545.8931222/85‑1 (MQ=60)
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ATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGC < SRR4302545.208773/94‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGC < SRR4302545.6635886/94‑1 (MQ=60)
ATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACCCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGCCTCTTCGCTGC > SRR4302545.8444067/1‑94 (MQ=60)
TCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTG < SRR4302545.3500570/94‑1 (MQ=60)
TAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGCGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGG > SRR4302545.10131470/1‑94 (MQ=60)
CAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGG < SRR4302545.4057902/94‑1 (MQ=60)
AGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGT > SRR4302545.5071270/1‑94 (MQ=60)
AGTGGGCGCTGCTGTACTTTTCCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACTCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGT < SRR4302545.10625032/94‑1 (MQ=60)
GTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTT < SRR4302545.5345984/94‑1 (MQ=60)
TGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTC > SRR4302545.3070043/1‑94 (MQ=60)
TGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTC < SRR4302545.884569/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCT < SRR4302545.8951745/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCT < SRR4302545.2441975/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCT < SRR4302545.8031384/94‑1 (MQ=60)
GGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCT < SRR4302545.3424576/94‑1 (MQ=60)
GGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTG > SRR4302545.1527740/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTG > SRR4302545.5329024/1‑94 (MQ=60)
GGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTG < SRR4302545.9721737/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGC < SRR4302545.5645731/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGC < SRR4302545.5645732/94‑1 (MQ=60)
GCGCTGCTGTAATTTTTCCTTATACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGC < SRR4302545.2306159/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG < SRR4302545.4883475/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG < SRR4302545.3084592/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG < SRR4302545.3084591/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG > SRR4302545.7581035/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG > SRR4302545.9317243/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG < SRR4302545.2177544/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCG < SRR4302545.10367758/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGG > SRR4302545.1725562/1‑94 (MQ=60)
CTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGG > SRR4302545.5633953/1‑94 (MQ=60)
CTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGG > SRR4302545.10620923/1‑94 (MQ=60)
CTGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGG > SRR4302545.3752970/1‑94 (MQ=60)
TGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGT > SRR4302545.183366/1‑94 (MQ=60)
TGCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGT < SRR4302545.1800243/94‑1 (MQ=60)
TCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTT < SRR4302545.10070572/94‑1 (MQ=60)
GCTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTT < SRR4302545.8185830/94‑1 (MQ=60)
CTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTA < SRR4302545.5289078/94‑1 (MQ=60)
CTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTA > SRR4302545.264223/1‑94 (MQ=60)
CTGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTA < SRR4302545.446513/94‑1 (MQ=60)
TGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAG > SRR4302545.2148129/1‑94 (MQ=60)
TGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAG > SRR4302545.6350623/1‑94 (MQ=60)
TGTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAG > SRR4302545.6350625/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGT > SRR4302545.9417951/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGT > SRR4302545.10001481/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGT > SRR4302545.8037350/1‑94 (MQ=60)
GTACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGT < SRR4302545.518016/94‑1 (MQ=60)
TACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTC < SRR4302545.7490189/94‑1 (MQ=60)
TACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTC > SRR4302545.2003284/1‑94 (MQ=60)
TACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTC < SRR4302545.5819986/94‑1 (MQ=60)
ACTTTTTCCTTAAGCGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCT < SRR4302545.4245877/94‑1 (MQ=60)
ACTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCT < SRR4302545.4244871/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTG < SRR4302545.6749947/94‑1 (MQ=60)
CTTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTG > SRR4302545.158782/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGC > SRR4302545.1723873/1‑94 (MQ=60)
TTTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGC > SRR4302545.9466724/1‑94 (MQ=60)
TTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCA < SRR4302545.4919920/94‑1 (MQ=60)
TTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCA < SRR4302545.9218599/94‑1 (MQ=60)
TTTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCA > SRR4302545.3519452/1‑94 (MQ=60)
TTTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCAT < SRR4302545.10252312/94‑1 (MQ=60)
TTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATT < SRR4302545.5363595/94‑1 (MQ=60)
TTCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATT < SRR4302545.8556058/94‑1 (MQ=60)
TCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTT < SRR4302545.2490893/94‑1 (MQ=60)
TCCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTT < SRR4302545.10621111/94‑1 (MQ=60)
CCTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTT > SRR4302545.9652176/1‑94 (MQ=60)
CTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTC > SRR4302545.3188676/1‑94 (MQ=60)
CTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTC > SRR4302545.3735282/1‑94 (MQ=60)
CTTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTC < SRR4302545.6126157/94‑1 (MQ=60)
TTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCTCGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCT < SRR4302545.3566215/94‑1 (MQ=60)
TTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCT > SRR4302545.6373415/1‑94 (MQ=60)
TTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCT < SRR4302545.3566217/94‑1 (MQ=60)
TTAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCT < SRR4302545.3119903/94‑1 (MQ=60)
TAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTC > SRR4302545.3246395/1‑94 (MQ=60)
TAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTC > SRR4302545.1269388/1‑94 (MQ=60)
TAAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTC < SRR4302545.9839293/94‑1 (MQ=60)
AAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCG > SRR4302545.9378004/1‑94 (MQ=60)
AAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCG < SRR4302545.2787783/94‑1 (MQ=60)
AAACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCG < SRR4302545.1962609/94‑1 (MQ=60)
AACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGC > SRR4302545.2804062/1‑94 (MQ=60)
AACGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGC > SRR4302545.7352517/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGCGA > SRR4302545.7013751/1‑94 (MQ=60)
|
TGACGTTGTTCAGGTGATGCCGATTGAACACGCTGGCGGGCGTTATCACGTTGCTGTTGATTCAGTGGGCGCTGCTGTACTTTTTCCTTAAACACCTGGCGCTGCTCTGGTGATGCGGACTGAATACGCTCACGCGCTGCGTCTCTTCGCTGCTGGTTCTGCGGGTTAGTCTGCATTTTCTCGCGA > NC_000913/129546‑129731
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |