Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,012,638 |
T→C |
V463A (GTG→GCG) |
fliF → |
FliF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,012,638 | 0 | T | C | 98.9%
| 618.7
/ ‑3.3
| 185 | V463A (GTG→GCG) | fliF | FliF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); new base C (97/86); total (99/86) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGTGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCG > NC_000913/2012547‑2012728
|
gACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCtggcgg > 1:1241403/1‑94 (MQ=255)
gACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCtggcgg > 2:8305464/1‑94 (MQ=255)
gcGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTggcggc < 2:2249833/93‑1 (MQ=255)
cGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGgcggcg > 2:7169951/1‑94 (MQ=255)
gAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGgcggcgt < 2:1518718/94‑1 (MQ=255)
gAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGgcggcgt > 2:89214/1‑94 (MQ=255)
aaaGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGgcggcgtg < 2:4588694/94‑1 (MQ=255)
aaaGCGGCGGAGAACTGCCACTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGgcggcgtg > 2:7647484/1‑94 (MQ=255)
gcggcgGAGAACTGCTATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGgct < 1:5390082/94‑1 (MQ=255)
gcggcgGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGgct > 1:9487019/1‑94 (MQ=255)
gcggAGAACTGCCATTCTGGCAAAAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGgctgct < 1:5921440/94‑1 (MQ=255)
cggAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGTTCGCTGGTTGCTGGTGCTGCTGGCGGCGTGGctgctg < 1:3141475/94‑1 (MQ=255)
ggAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCtgt > 2:2898120/1‑94 (MQ=255)
ggAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCtgt > 2:4139201/1‑94 (MQ=255)
aaCTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTgcggcg > 1:4366837/1‑94 (MQ=255)
aaCTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCg < 2:9516298/94‑1 (MQ=255)
cTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGa > 1:4782119/1‑94 (MQ=255)
tGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGaa > 2:3337883/1‑94 (MQ=255)
aTTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCg > 2:1839452/1‑94 (MQ=255)
atCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCgg < 1:2636268/93‑1 (MQ=255)
tCTGGCAACAGCACGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTCGCGGGAAGCgga > 1:5272084/1‑93 (MQ=255)
tCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGt > 1:7493755/1‑94 (MQ=255)
cTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTa > 1:6929480/1‑94 (MQ=255)
cTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTa > 2:4916461/1‑94 (MQ=255)
cTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTa < 1:350119/94‑1 (MQ=255)
tGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAc > 2:6013580/1‑94 (MQ=255)
tGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAc > 1:1759063/1‑94 (MQ=255)
tGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAc > 1:1921575/1‑94 (MQ=255)
tGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAc < 2:814004/94‑1 (MQ=255)
tGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCACTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAc > 1:8308539/1‑94 (MQ=255)
tgCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAGGCGGTACg < 2:5767801/93‑1 (MQ=255)
aaCAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTcc > 1:3711156/1‑94 (MQ=255)
aaCAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTcc > 1:2281479/1‑94 (MQ=255)
aaCAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTcc > 1:2099882/1‑94 (MQ=255)
aGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCa > 2:8757152/1‑94 (MQ=255)
aGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCa > 2:5179864/1‑94 (MQ=255)
aGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTGGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCa < 1:1152503/94‑1 (MQ=255)
aGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTa > 1:8472069/1‑94 (MQ=255)
aGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTa > 2:8228065/1‑94 (MQ=255)
cGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGTCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAac < 1:6038731/94‑1 (MQ=255)
cGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAac > 1:424832/1‑94 (MQ=255)
cGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAac < 2:3934506/94‑1 (MQ=255)
cGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAac > 2:6378579/1‑94 (MQ=255)
gTTTATCTATCAGTTACTTGCTGCCTGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGCCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAaca < 2:6681045/94‑1 (MQ=255)
gTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAaca > 2:1143237/1‑94 (MQ=255)
tATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGt > 1:1042125/1‑94 (MQ=255)
aTCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTc < 1:5391843/94‑1 (MQ=255)
aTCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTc < 1:4108965/94‑1 (MQ=255)
aTCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTc < 1:1167414/94‑1 (MQ=255)
aTCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTCGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGGACGTCCGCAGCTAACACGTc > 2:2622174/1‑94 (MQ=255)
aTCGATCAGTTACTAGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTc < 1:9846971/94‑1 (MQ=255)
cGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTcgc > 1:10137328/1‑94 (MQ=255)
gATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTcgcg > 2:8665655/1‑94 (MQ=255)
gATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTcgcg > 1:2305861/1‑94 (MQ=255)
gATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTcgcg > 1:9023674/1‑94 (MQ=255)
gATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTAGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTCCGTCGGCAGCTAACACGTcggg > 1:2936252/1‑92 (MQ=255)
aTCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCgcgc > 1:698707/1‑94 (MQ=255)
aTCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCgcgc > 2:4358307/1‑94 (MQ=255)
tCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCt < 1:1325650/94‑1 (MQ=255)
cAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGGACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTg > 1:333045/1‑94 (MQ=255)
aGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGa < 2:1003902/94‑1 (MQ=255)
aGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGa > 2:197394/1‑94 (MQ=255)
gTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAg < 2:6218386/94‑1 (MQ=255)
ttACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGGTGAgg < 1:8933057/94‑1 (MQ=255)
ttACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAgg > 2:2744781/1‑94 (MQ=255)
tACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCCGCTAACACGTCGCGCTGCGGc > 1:5868476/1‑94 (MQ=255)
tACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGc > 2:10625256/1‑94 (MQ=255)
tACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGc > 1:9003713/1‑94 (MQ=255)
cTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGa > 2:5670794/1‑94 (MQ=255)
tgctgcCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGAta > 1:2902504/1‑93 (MQ=255)
gctgcCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGTTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGa < 2:1057504/94‑1 (MQ=255)
gcCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAg < 1:10049176/94‑1 (MQ=255)
gcCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAg < 2:5511531/94‑1 (MQ=255)
gcCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAg < 1:8167913/94‑1 (MQ=255)
ccGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGc < 1:9189787/94‑1 (MQ=255)
cGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCt > 2:5032916/1‑94 (MQ=255)
gTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGt > 2:5411232/1‑94 (MQ=255)
cGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTAc < 2:5272363/94‑1 (MQ=255)
cTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAg < 2:679446/94‑1 (MQ=255)
ggTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCa < 2:8555736/94‑1 (MQ=255)
ggTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCa > 2:6156889/1‑94 (MQ=255)
gCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAg < 2:2329238/94‑1 (MQ=255)
gCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAg < 2:405300/94‑1 (MQ=255)
gCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAg < 1:683992/94‑1 (MQ=255)
cTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGCAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTAAAGCAACAgg > 2:6548697/1‑94 (MQ=255)
cTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGCGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAgg > 1:703219/1‑94 (MQ=255)
tGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGgc < 2:7448751/94‑1 (MQ=255)
ggTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGgcg < 2:5931591/94‑1 (MQ=255)
ggTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGgcg < 1:234792/94‑1 (MQ=255)
ggTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGgcg < 2:1095670/94‑1 (MQ=255)
gTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGgcgc > 1:452939/1‑94 (MQ=255)
aCTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAg < 2:1748201/94‑1 (MQ=255)
aCTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAg < 1:1581391/94‑1 (MQ=255)
ctgctgGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAgg < 2:6929481/94‑1 (MQ=255)
ctgctgGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAgg > 1:3966634/1‑94 (MQ=255)
tgctgGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGc > 2:9156789/1‑94 (MQ=255)
gctgGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGcc > 1:6360017/1‑94 (MQ=255)
ctgGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGccc < 1:1160505/94‑1 (MQ=255)
tggcggCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCcg < 2:9041660/94‑1 (MQ=255)
tggcggCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAAGCGCAGCCCcg > 2:8334584/1‑94 (MQ=255)
|
GACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGTGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCG > NC_000913/2012547‑2012728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GTGACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGTGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCGC > NC_000913/2012545‑2012729
|
GTGACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGC < SRR4302545.8218988/94‑1 (MQ=60)
TGACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCG > SRR4302545.7035112/1‑94 (MQ=60)
TGACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCG > SRR4302545.855788/1‑94 (MQ=60)
GACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGG > SRR4302545.1269355/1‑94 (MQ=60)
CGAAAGAGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTCGCTGGTACTGCTGGCGGCG > SRR4302545.2603587/1‑94 (MQ=60)
GCGGCGGAGAACTGCTATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCT < SRR4302545.5530477/94‑1 (MQ=60)
GCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCT > SRR4302545.9766202/1‑94 (MQ=60)
GCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCT < SRR4302545.5530479/94‑1 (MQ=60)
GCGGAGAACTGCCATTCTGGCAAAAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCT < SRR4302545.6081144/94‑1 (MQ=60)
CGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGTTCGCTGGTTGCTGGTGCTGCTGGCGGCGTGGCTGCTG < SRR4302545.3218866/94‑1 (MQ=60)
GGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGT < SRR4302545.4240858/94‑1 (MQ=60)
GGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGT > SRR4302545.1105161/1‑94 (MQ=60)
GAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGC < SRR4302545.8953775/94‑1 (MQ=60)
AACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGCGGCG > SRR4302545.4477238/1‑94 (MQ=60)
CTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGGGGCGTGGCTGCTGTGGCGGA > SRR4302545.9566538/1‑94 (MQ=60)
CTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGA > SRR4302545.4904383/1‑94 (MQ=60)
CTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGA > SRR4302545.4166999/1‑94 (MQ=60)
CTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGA < SRR4302545.8516285/94‑1 (MQ=60)
CATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGG > SRR4302545.6175936/1‑94 (MQ=60)
ATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCG < SRR4302545.10651116/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGG < SRR4302545.7560883/94‑1 (MQ=60)
ATCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGG < SRR4302545.2699707/94‑1 (MQ=60)
TCTGGCAACAGCACGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTCGCGGGAAGCGGA > SRR4302545.5408427/1‑94 (MQ=60)
TCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGT > SRR4302545.5408715/1‑94 (MQ=60)
TCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGT > SRR4302545.7705837/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTA < SRR4302545.357643/94‑1 (MQ=60)
CTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTA > SRR4302545.7120467/1‑94 (MQ=60)
CTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTA > SRR4302545.7120466/1‑94 (MQ=60)
TGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAC < SRR4302545.4448329/94‑1 (MQ=60)
TGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAC > SRR4302545.1969073/1‑94 (MQ=60)
TGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAC > SRR4302545.1801159/1‑94 (MQ=60)
TGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCACTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTAC > SRR4302545.8549301/1‑94 (MQ=60)
AACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCC > SRR4302545.2336987/1‑94 (MQ=60)
AACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCC > SRR4302545.3802228/1‑94 (MQ=60)
AACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCC > SRR4302545.2151497/1‑94 (MQ=60)
ACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCG > SRR4302545.1805250/1‑94 (MQ=60)
CAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGC > SRR4302545.718565/1‑94 (MQ=60)
CAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGC > SRR4302545.1247179/1‑94 (MQ=60)
AGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTGGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCA < SRR4302545.1177789/94‑1 (MQ=60)
CAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGGACGTCCGCAGC > SRR4302545.921333/1‑94 (MQ=60)
AGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTA > SRR4302545.8716902/1‑94 (MQ=60)
GCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAA > SRR4302545.2210601/1‑94 (MQ=60)
CGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGGCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCTCAGCTCAC > SRR4302545.6867387/1‑94 (MQ=60)
CGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGTCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAAC < SRR4302545.6202024/94‑1 (MQ=60)
CGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAAC > SRR4302545.434274/1‑94 (MQ=60)
CGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAAC > SRR4302545.1562872/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACAC < SRR4302545.1033773/94‑1 (MQ=60)
TATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGT > SRR4302545.1064879/1‑94 (MQ=60)
TATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGGTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTTTGGCGGAAAGCGGTACGTCCTCAGCTGACACGT > SRR4302545.9095624/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGGGGCACGTCCGCAGCTAACACGTC > SRR4302545.9422190/1‑94 (MQ=60)
ATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTC < SRR4302545.1193223/94‑1 (MQ=60)
ATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTC < SRR4302545.5532308/94‑1 (MQ=60)
ATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTC < SRR4302545.4211797/94‑1 (MQ=60)
ATCGATCAGTTACTAGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTC < SRR4302545.10139570/94‑1 (MQ=60)
CGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGC > SRR4302545.8222238/1‑94 (MQ=60)
CGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGC > SRR4302545.10437124/1‑94 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG > SRR4302545.8552209/1‑94 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG < SRR4302545.3663226/94‑1 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG > SRR4302545.9286536/1‑94 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG > SRR4302545.2362022/1‑94 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG > SRR4302545.3007655/1‑94 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCG < SRR4302545.336811/94‑1 (MQ=60)
GATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTAGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTCCGTCGGCAGCTAACACGTCGGG > SRR4302545.3007654/1‑94 (MQ=60)
ATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGC > SRR4302545.714372/1‑94 (MQ=60)
ATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGC > SRR4302545.2759972/1‑94 (MQ=60)
tcagttaggtagtcctgttcgcgGGTTGCTAGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTCCGTCTGCAGCTAACACGTCGCGCT < SRR4302545.7062718/71‑1 (MQ=60)
TCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCT < SRR4302545.7062717/94‑1 (MQ=60)
TCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCT < SRR4302545.1355119/94‑1 (MQ=60)
CAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGGACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTG > SRR4302545.340135/1‑94 (MQ=60)
TTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGGTGAGG < SRR4302545.9192809/94‑1 (MQ=60)
TACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCCGCTAACACGTCGCGCTGCGGC > SRR4302545.6026588/1‑94 (MQ=60)
TACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGC > SRR4302545.9265860/1‑94 (MQ=60)
TACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGC > SRR4302545.9840367/1‑94 (MQ=60)
ACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCG < SRR4302545.2352984/94‑1 (MQ=60)
TGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATA > SRR4302545.2972875/1‑94 (MQ=60)
GCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGA < SRR4302545.2683099/94‑1 (MQ=60)
CTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAA > SRR4302545.1346741/1‑94 (MQ=60)
TGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAA < SRR4302545.2052693/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAG < SRR4302545.8404079/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAG < SRR4302545.10346705/94‑1 (MQ=60)
CCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGC < SRR4302545.4044446/94‑1 (MQ=60)
CCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGC > SRR4302545.918066/1‑94 (MQ=60)
CCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGC < SRR4302545.9459223/94‑1 (MQ=60)
GTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTTTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGT > SRR4302545.1010157/1‑94 (MQ=60)
GTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGTCGATGAAAGCTGT < SRR4302545.8889128/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACA > SRR4302545.2390836/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACA < SRR4302545.1774552/94‑1 (MQ=60)
CTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAG > SRR4302545.4899250/1‑94 (MQ=60)
CTGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAG < SRR4302545.5462636/94‑1 (MQ=60)
TGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGA > SRR4302545.1186549/1‑94 (MQ=60)
TGGTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGACGCGATGAAAGCTGTACAGC > SRR4302545.6026850/1‑94 (MQ=60)
GTTGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAA > SRR4302545.4560761/1‑94 (MQ=60)
TGCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACA < SRR4302545.6239585/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAG < SRR4302545.699258/94‑1 (MQ=60)
CTGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGCGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGG > SRR4302545.719000/1‑94 (MQ=60)
CTGGTACTGCGGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGATGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGG < SRR4302545.2984844/94‑1 (MQ=60)
TGGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGC < SRR4302545.341461/94‑1 (MQ=60)
GGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCG < SRR4302545.239640/94‑1 (MQ=60)
GGTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCG < SRR4302545.657881/94‑1 (MQ=60)
GTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGC > SRR4302545.462989/1‑94 (MQ=60)
GTACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGACGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGC > SRR4302545.5538537/1‑94 (MQ=60)
ACTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAG < SRR4302545.1618736/94‑1 (MQ=60)
CTGCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGG > SRR4302545.4065810/1‑94 (MQ=60)
GCTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCC > SRR4302545.6533798/1‑94 (MQ=60)
CTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCC < SRR4302545.5175164/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCC < SRR4302545.1186076/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCC < SRR4302545.1186077/94‑1 (MQ=60)
CTGGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCC < SRR4302545.2574228/94‑1 (MQ=60)
GGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCGC > SRR4302545.3616594/1‑94 (MQ=60)
GGCGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCGC < SRR4302545.6556271/94‑1 (MQ=60)
|
GTGACGAAAGCGGCGGAGAACTGCCATTCTGGCAACAGCAAGCGTTTATCGATCAGTTACTTGCTGCCGGTCGCTGGTTGCTGGTACTGCTGGTGGCGTGGCTGCTGTGGCGGAAAGCGGTACGTCCGCAGCTAACACGTCGCGCTGAGGCGATGAAAGCTGTACAGCAACAGGCGCAGGCCCGC > NC_000913/2012545‑2012729
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
