Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,481,497 |
(A)8→9 |
intergenic (‑138/‑278) |
emrK ← / → evgA |
multidrug resistance protein K/EvgA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,481,489 | 1 | . | A | 96.0%
| 956.3
/ 23.7
| 252 | intergenic (‑130/‑286) | emrK/evgA | multidrug resistance protein K/EvgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/5); new base A (121/121); total (126/126) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TTGAATGAAAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTT > NC_000913/2481396‑2481577
|
tgaatgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a < 2:9133914/94‑1 (MQ=255)
gaatgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑a > 2:5313321/1‑94 (MQ=255)
gaatgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑a > 1:107614/1‑94 (MQ=255)
aatgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aa < 2:9613672/94‑1 (MQ=255)
aatgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aa > 2:10091373/1‑94 (MQ=255)
tgaaAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa > 2:2468832/1‑94 (MQ=255)
aaaaGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aa < 1:7237336/94‑1 (MQ=255)
aaaaGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aa > 1:7365555/1‑94 (MQ=255)
aaaGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaa < 2:219189/94‑1 (MQ=255)
aaaGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaa > 2:1438479/1‑94 (MQ=255)
agagCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaac < 2:7476287/94‑3 (MQ=255)
agagCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaac > 2:6134993/1‑92 (MQ=255)
agagCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaaa > 2:7256608/1‑92 (MQ=255)
gagCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaaca > 2:432587/1‑91 (MQ=255)
agCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaacaa < 2:5279009/94‑5 (MQ=255)
agCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑a‑aaaa‑aaaacaa > 1:317047/1‑90 (MQ=255)
cattcattCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAacaaca < 2:6165543/94‑1 (MQ=255)
cattcattCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑A‑AAAATAAacaaca > 2:4873263/1‑94 (MQ=255)
ttcattcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACaga > 1:3290243/1‑94 (MQ=255)
tcattcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACagag < 2:5621801/94‑1 (MQ=255)
tcattcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACagag > 1:7176387/1‑94 (MQ=255)
cattcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAgg < 1:8981302/94‑1 (MQ=255)
attcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGa > 1:2689666/1‑94 (MQ=255)
attcTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGa < 1:6586757/94‑1 (MQ=255)
ttcttcATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGAc > 2:5879100/1‑94 (MQ=255)
ttcttcATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGAc > 1:3452327/1‑94 (MQ=255)
tcttcATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATCTAAATGAGGTG‑C‑‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTa > 1:5637397/1‑94 (MQ=255)
cttcATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTa > 1:3705311/1‑94 (MQ=255)
atatCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAAcc < 2:6779778/94‑1 (MQ=255)
tCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTg < 1:2971428/94‑1 (MQ=255)
tCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTg < 2:2716669/94‑1 (MQ=255)
cAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTgg < 1:1272413/94‑1 (MQ=255)
cAAACACAGTGCATGTGTGGCACATTATCGCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTgg < 2:7987376/94‑1 (MQ=255)
acacAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CAAA‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCt < 2:2313/94‑1 (MQ=255)
cacaGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCttt < 1:8834133/94‑1 (MQ=255)
cacaGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCttt > 1:10147521/1‑94 (MQ=255)
acaGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCtttt < 2:1057074/94‑1 (MQ=255)
aGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGc < 1:9824228/94‑1 (MQ=255)
gTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCa < 1:6355397/94‑1 (MQ=255)
gTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCa < 1:5906914/94‑1 (MQ=255)
gCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CAAA‑AAAA‑AAACCACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGcca > 2:6029612/1‑92 (MQ=255)
gCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAAt > 1:7624888/1‑94 (MQ=255)
cATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATa > 2:3409681/1‑94 (MQ=255)
aTGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATAc > 1:227787/1‑94 (MQ=255)
tgtgTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACa < 1:10283174/94‑1 (MQ=255)
tgtTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAAt < 1:6137662/94‑1 (MQ=255)
tgtTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGGG‑C‑‑ACAAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAAt > 2:8305275/1‑94 (MQ=255)
gctacacaTTATCCCAGGAACGTTGGAGCCTTAATATAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAAtt < 2:1743046/90‑1 (MQ=255)
ttGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAAttt > 2:8473885/1‑93 (MQ=255)
ttGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTc > 2:3885310/1‑94 (MQ=255)
cacaTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTa < 2:7059986/94‑1 (MQ=255)
cacaTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTa < 1:348444/94‑1 (MQ=255)
cacaTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTa < 2:10084094/94‑1 (MQ=255)
acaTTATCCCAGGAACTTTGAAGGCTTAATTAAAATGAGGTGAA‑‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGTTTTTGCAATACAATTCTTAc < 2:1163787/94‑1 (MQ=255)
acaTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTAc < 2:3609915/94‑1 (MQ=255)
acaTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTAc > 2:4194308/1‑94 (MQ=255)
acaTTAGCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTAc < 2:8545592/94‑1 (MQ=255)
acaGTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTAc < 1:4067591/94‑1 (MQ=255)
aTTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGc > 1:9509178/1‑94 (MQ=255)
ttATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGcc > 1:997483/1‑94 (MQ=255)
aTCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTg < 1:6269849/94‑1 (MQ=255)
aTCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTg < 2:5447928/94‑1 (MQ=255)
aTCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATAAAATTCTTACCCCtt > 1:6802158/1‑93 (MQ=255)
cccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTa > 1:5998264/1‑94 (MQ=255)
cccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTa < 2:3685882/94‑1 (MQ=255)
cccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTa > 2:4609277/1‑94 (MQ=255)
cccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTa > 1:8082335/1‑94 (MQ=255)
ccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAg < 2:4798129/94‑1 (MQ=255)
ccAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAg > 2:1295512/1‑94 (MQ=255)
ccAGGAACGTTGGAGGCCTAATGTAAAAGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCATACGCCTGCAg > 1:9405997/1‑94 (MQ=255)
agcaaCGTAGGAGGCCTAATTTAAATCAGGGC‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTACGa < 1:10091372/91‑1 (MQ=255)
aGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGa > 2:10338371/1‑94 (MQ=255)
aGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGa > 1:1438484/1‑94 (MQ=255)
gAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGAtt < 2:355012/94‑1 (MQ=255)
gAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGAtt < 1:4257749/94‑1 (MQ=255)
aCGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGTACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAg > 2:3133974/1‑94 (MQ=255)
cGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTGGGATTAga > 1:2226605/1‑93 (MQ=255)
cGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGt < 1:2046592/94‑1 (MQ=255)
cGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGt > 2:6755220/1‑94 (MQ=255)
gTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTa > 1:4399757/1‑94 (MQ=255)
gTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCATGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTa > 1:7035214/1‑94 (MQ=255)
ggAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTaaga > 2:4503929/1‑94 (MQ=255)
gAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTaagaa < 1:10520071/94‑1 (MQ=255)
ggCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAagaaga > 1:1746437/1‑94 (MQ=255)
gCCTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGAc < 2:6581860/94‑1 (MQ=255)
ccTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACt > 2:9261802/1‑94 (MQ=255)
ccTAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACt > 1:8399885/1‑94 (MQ=255)
tAATTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTta > 1:10046946/1‑94 (MQ=255)
aaTTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTtat < 1:3505315/94‑1 (MQ=255)
aaTTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTtat < 1:10450191/94‑1 (MQ=255)
aaTTTAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTtat < 1:9895057/94‑1 (MQ=255)
aTTAAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTtata < 2:8903185/94‑1 (MQ=255)
ttAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGt < 2:9513577/94‑1 (MQ=255)
tAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTg < 1:8661142/94‑1 (MQ=255)
tAAATGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTg > 1:5415264/1‑94 (MQ=255)
aaaTGAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGc < 2:8964810/94‑1 (MQ=255)
gAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAAc < 2:9684836/94‑1 (MQ=255)
gAGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAAc < 2:5506740/94‑1 (MQ=255)
aGGTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACt < 1:5328256/94‑1 (MQ=255)
ggTG‑CA‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACtt < 1:4845609/94‑1 (MQ=255)
|
TTGAATGAAAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑C‑‑A‑AAAA‑AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTT > NC_000913/2481396‑2481577
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑C‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAAATC > NC_000913/2481404‑2481590
|
AAAGAGCATTCATTCTTCATATCACACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATTAGGAG‑‑C‑‑A‑AAAAAAA > SRR4302545.3731716/1‑94 (MQ=60)
AAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑C‑‑A‑AAAAAAA > SRR4302545.2861453/1‑94 (MQ=60)
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AGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAG < SRR4302545.7539523/94‑1 (MQ=60)
GGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGA > SRR4302545.2616460/1‑94 (MQ=60)
GGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGA > SRR4302545.1788225/1‑94 (MQ=60)
GACCTAATTTAAATGAGGTG‑‑C‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGCC < SRR4302545.3492635/94‑1 (MQ=60)
CCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACT > SRR4302545.6351989/1‑94 (MQ=60)
CCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACT > SRR4302545.8642972/1‑94 (MQ=60)
CCTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACT < SRR4302545.4127799/94‑1 (MQ=60)
CTAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTT > SRR4302545.8433805/1‑94 (MQ=60)
TAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTA > SRR4302545.6423388/1‑94 (MQ=60)
TAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTA > SRR4302545.10344449/1‑94 (MQ=60)
TAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTA > SRR4302545.4629959/1‑94 (MQ=60)
TAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTA > SRR4302545.9740717/1‑94 (MQ=60)
TAATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTA > SRR4302545.9740720/1‑94 (MQ=60)
AATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTAT > SRR4302545.10253123/1‑94 (MQ=60)
AATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTAT < SRR4302545.10189040/94‑1 (MQ=60)
AATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTAT < SRR4302545.10189039/94‑1 (MQ=60)
AATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTAT < SRR4302545.10758210/94‑1 (MQ=60)
AATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTAT < SRR4302545.3591282/94‑1 (MQ=60)
ATTTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATA < SRR4302545.1368142/94‑1 (MQ=60)
TTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGT < SRR4302545.545655/94‑1 (MQ=60)
TTAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGT < SRR4302545.8231149/94‑1 (MQ=60)
TAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTG < SRR4302545.8912377/94‑1 (MQ=60)
TAAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTG > SRR4302545.5556710/1‑94 (MQ=60)
AAATGAGGTGAAA‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTG < SRR4302545.4223051/94‑1 (MQ=60)
AAATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGC > SRR4302545.8790857/1‑94 (MQ=60)
ATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCA < SRR4302545.3567271/94‑1 (MQ=60)
ATGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCA < SRR4302545.3567273/94‑1 (MQ=60)
TGAGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAA > SRR4302545.866190/1‑94 (MQ=60)
AGGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACT < SRR4302545.5466555/94‑1 (MQ=60)
GGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTT > SRR4302545.6223675/1‑94 (MQ=60)
GGTG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTT < SRR4302545.4969108/94‑1 (MQ=60)
TG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGA > SRR4302545.5274224/1‑94 (MQ=60)
TG‑‑CA‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGA > SRR4302545.6238994/1‑94 (MQ=60)
gcaA‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAA < SRR4302545.1158716/91‑1 (MQ=60)
A‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAAC > SRR4302545.1074636/1‑94 (MQ=60)
A‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAAC > SRR4302545.244870/1‑94 (MQ=60)
A‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAAC > SRR4302545.3404292/1‑94 (MQ=60)
A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACT > SRR4302545.5319177/1‑94 (MQ=60)
AAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTAT < SRR4302545.10869160/94‑1 (MQ=60)
AAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATA < SRR4302545.1793997/94‑1 (MQ=60)
AAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATA > SRR4302545.2020554/1‑94 (MQ=60)
AAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATA > SRR4302545.782378/1‑94 (MQ=60)
AAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAA < SRR4302545.1368111/94‑1 (MQ=60)
AAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAAA < SRR4302545.1272361/94‑1 (MQ=60)
AACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAAAT < SRR4302545.10261099/94‑1 (MQ=60)
ACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAAATC > SRR4302545.4998898/1‑94 (MQ=60)
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AAAGAGCATTCATTCTTCATATCAAACACAGTGCATGTGTTGCACATTATCCCAGGAACGTTGGAGGCCTAATTTAAATGAGGTG‑‑C‑‑A‑AAAAAAACAACAGAGGACTAAACCGTGGCTTTTGCAATACAATTCTTACGCCTGTAGGATTAGTAAGAAGACTTATAGTGCCAACTTGAAACTATAAATC > NC_000913/2481404‑2481590
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
