Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
671,382 |
A→G |
S10P (TCT→CCT) |
rlpB ← |
RlpB |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 671,382 | 0 | A | G | 96.5%
| 754.4
/ 11.3
| 232 | S10P (TCT→CCT) | rlpB | RlpB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/5); new base G (93/131); total (96/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.85e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
TGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACG > NC_000913/671290‑671474
|
aGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGACCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTa < 2:5854010/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTaa > 1:5382701/1‑93 (MQ=255)
cAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTaacaa < 2:1210098/93‑1 (MQ=255)
aGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTaacaac < 1:1520309/93‑1 (MQ=255)
aGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTaacaac > 1:3560290/1‑93 (MQ=255)
aTCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGGGATTAACACCCCCAGAGGGAAcaacaaa > 2:3415826/1‑92 (MQ=255)
tCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGAGTAACCACGCCAGAGGTAAaaacaact > 1:1187334/1‑91 (MQ=255)
cATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGt < 2:3037626/93‑1 (MQ=255)
cATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGGAACAACAATGt > 2:2383845/1‑93 (MQ=255)
aTGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGtt < 2:4588622/93‑1 (MQ=255)
tGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTg > 1:2964010/1‑93 (MQ=255)
gACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGc > 2:2967471/1‑93 (MQ=255)
ttCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGa < 2:4083595/93‑1 (MQ=255)
tCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGat > 2:2945081/1‑93 (MQ=255)
cATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGata < 1:3992633/93‑1 (MQ=255)
cATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGata < 1:5469441/93‑1 (MQ=255)
aTAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGGAACAAAAATGTTGCCAGatat > 2:1462848/1‑93 (MQ=255)
tAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATc < 2:136620/93‑1 (MQ=255)
tAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATc > 1:5141018/1‑93 (MQ=255)
aGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCg > 1:1668331/1‑93 (MQ=255)
gTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGGCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACGGCCAGAGGTAACAAAAATGTTGCCAGATATTGc > 2:3851041/1‑93 (MQ=255)
ggaaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCAc < 2:5030969/93‑1 (MQ=255)
gaaggaaCCTGCGTGTTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACg < 1:5513836/93‑1 (MQ=255)
aaggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGc < 2:6032393/93‑1 (MQ=255)
aggagCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt < 2:1911837/93‑1 (MQ=255)
aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt < 1:3040022/93‑1 (MQ=255)
aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt > 1:4725288/1‑93 (MQ=255)
aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt < 1:5810689/93‑1 (MQ=255)
aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt > 2:2117269/1‑93 (MQ=255)
aggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCt < 2:2213458/93‑1 (MQ=255)
ggaaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCtt < 2:4215573/93‑1 (MQ=255)
aaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTtcc > 1:3609934/1‑93 (MQ=255)
aaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTtcc > 1:2087153/1‑93 (MQ=255)
aaCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTtcc < 1:2685813/93‑1 (MQ=255)
ccTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTtcctc > 1:3536260/1‑93 (MQ=255)
tGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTccc > 1:4381276/1‑93 (MQ=255)
gCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCcg < 1:4582309/93‑1 (MQ=255)
cGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCcgc < 2:3905970/93‑1 (MQ=255)
gTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCcgcg > 2:6000928/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCgcgc > 1:5649205/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCgcgc > 1:6342271/1‑93 (MQ=255)
tGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCgcgc < 1:1721938/93‑1 (MQ=255)
tGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCgcgc < 1:2439413/93‑1 (MQ=255)
ggTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGCAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCt > 2:1741765/1‑93 (MQ=255)
gTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAAAACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCtt > 2:2627484/1‑93 (MQ=255)
tATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTa < 1:2339350/93‑1 (MQ=255)
tATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTa < 2:2571123/93‑1 (MQ=255)
tATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTa < 2:1534516/93‑1 (MQ=255)
gCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAAc > 2:3709328/1‑93 (MQ=255)
gATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGAc > 2:6442277/1‑93 (MQ=255)
gATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGAc < 1:3335633/93‑1 (MQ=255)
aTGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCCACGAcc > 2:60864/1‑93 (MQ=255)
aTGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGAcc < 1:89590/93‑1 (MQ=255)
tGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCa < 1:5914664/93‑1 (MQ=255)
ccagccaCACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGa < 1:1591752/93‑1 (MQ=255)
ccagccaCACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGa < 2:415665/93‑1 (MQ=255)
agccaCACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGAtt > 1:746947/1‑93 (MQ=255)
gccaCACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTg > 2:3801660/1‑93 (MQ=255)
ccaCACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTga > 1:729485/1‑93 (MQ=255)
cacaCCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgag < 2:3268999/93‑1 (MQ=255)
cacCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga < 2:5833284/93‑1 (MQ=255)
cacCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga < 1:3443887/93‑1 (MQ=255)
cacCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga < 2:359912/93‑1 (MQ=255)
cacCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgagga < 2:2864883/93‑1 (MQ=255)
ccccGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTgaggag < 1:3944778/92‑1 (MQ=255)
cccGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGt < 2:5723123/93‑1 (MQ=255)
ggcggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTa > 1:1878048/1‑93 (MQ=255)
ggcggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTa < 1:2529318/93‑1 (MQ=255)
cggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTAcc > 2:4928728/1‑93 (MQ=255)
ggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCt < 1:4533212/93‑1 (MQ=255)
ggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCt < 1:1452224/93‑1 (MQ=255)
ggTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCt < 1:920804/93‑1 (MQ=255)
gTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTg > 2:807573/1‑93 (MQ=255)
gTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTg < 1:1251610/93‑1 (MQ=255)
tGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg < 2:5455785/93‑1 (MQ=255)
tGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg > 2:4746382/1‑93 (MQ=255)
tGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg < 1:4377295/93‑1 (MQ=255)
tGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg < 1:2300282/93‑1 (MQ=255)
tGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTgg < 1:3294915/93‑1 (MQ=255)
gATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGt > 1:1750994/1‑93 (MQ=255)
gATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGt > 1:5277925/1‑93 (MQ=255)
aTTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTa > 1:1086922/1‑93 (MQ=255)
ttAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTAc < 2:5218080/93‑1 (MQ=255)
ttAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTAc < 1:4102319/93‑1 (MQ=255)
ttAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTAc > 1:3753217/1‑93 (MQ=255)
aaCACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCTCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGt < 1:4240914/93‑1 (MQ=255)
aaCACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGt < 1:5011582/93‑1 (MQ=255)
acacCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTa > 1:3838855/1‑93 (MQ=255)
acCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGATTACCTGGTACGTaaa > 2:6269547/1‑93 (MQ=255)
ccGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGATTACCTGGTACGTAAAt > 1:4315529/1‑93 (MQ=255)
ccGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATAGCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAAt < 1:2832677/93‑1 (MQ=255)
cGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATc < 1:1937027/93‑1 (MQ=255)
gCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCa < 1:6400792/93‑1 (MQ=255)
cAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACt < 2:732551/93‑1 (MQ=255)
agagGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACtt < 2:1677943/93‑1 (MQ=255)
gaggTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACttt < 2:355628/93‑1 (MQ=255)
gaggTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACttt > 2:1288702/1‑93 (MQ=255)
gaggTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACttt < 1:5968157/93‑1 (MQ=255)
gagaTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACttt < 1:1386998/93‑1 (MQ=255)
aTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACg > 1:6262305/1‑93 (MQ=255)
|
TGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACG > NC_000913/671290‑671474
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT > NC_000913/671289‑671475
|
CTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGG > SRR4302537.3466498/1‑94 (MQ=60)
CTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGG < SRR4302537.5934559/94‑1 (MQ=60)
TGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGAT < SRR4302537.44127/94‑1 (MQ=60)
AGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAA > SRR4302537.5419507/1‑94 (MQ=60)
GTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAAC < SRR4302537.2397007/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAAC > SRR4302537.6427589/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGTAGCCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACA < SRR4302537.3992681/94‑1 (MQ=60)
TCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACA > SRR4302537.622697/1‑94 (MQ=60)
TCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACA > SRR4302537.3853873/1‑94 (MQ=60)
CCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAA > SRR4302537.6077801/1‑94 (MQ=60)
CCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAA > SRR4302537.5387973/1‑94 (MQ=60)
CAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAAC > SRR4302537.5893294/1‑94 (MQ=60)
CAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAAC < SRR4302537.4193596/94‑1 (MQ=60)
CAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAAC < SRR4302537.4685588/94‑1 (MQ=60)
CAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAAC > SRR4302537.3585406/1‑94 (MQ=60)
AGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACA < SRR4302537.1530931/94‑1 (MQ=60)
AGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACA > SRR4302537.2831069/1‑94 (MQ=60)
ATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATG < SRR4302537.35760/94‑1 (MQ=60)
ATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATG < SRR4302537.2472416/94‑1 (MQ=60)
TCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGT < SRR4302537.1427388/94‑1 (MQ=60)
CATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTT > SRR4302537.1758638/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTG > SRR4302537.2984813/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGGGATTAACACCGCCCGAGGGAACAACAATGTTG > SRR4302537.3426934/1‑94 (MQ=60)
TGACCTTCATAGTGGAAGCAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGC < SRR4302537.5751430/94‑1 (MQ=60)
GACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCC > SRR4302537.2882429/1‑94 (MQ=60)
GACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCC > SRR4302537.2691748/1‑94 (MQ=60)
GACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCC < SRR4302537.1665426/94‑1 (MQ=60)
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CATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATAT < SRR4302537.5506748/94‑1 (MQ=60)
CATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATAT < SRR4302537.122503/94‑1 (MQ=60)
ATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATC > SRR4302537.5176443/1‑94 (MQ=60)
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TGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCAC > SRR4302537.1854763/1‑94 (MQ=60)
TGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCAC < SRR4302537.1184863/94‑1 (MQ=60)
TGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCAC > SRR4302537.5619073/1‑94 (MQ=60)
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TTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACG < SRR4302537.4130964/94‑1 (MQ=60)
TTAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCACGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACG < SRR4302537.457294/94‑1 (MQ=60)
TAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGT < SRR4302537.4398850/94‑1 (MQ=60)
TAACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGT > SRR4302537.6502749/1‑94 (MQ=60)
AACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCTCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTA < SRR4302537.4270400/94‑1 (MQ=60)
AACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTA > SRR4302537.3865748/1‑94 (MQ=60)
AACACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTA < SRR4302537.5046107/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAA < SRR4302537.2194469/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGATTACCTGGTACGTAAAT > SRR4302537.4345528/1‑94 (MQ=60)
CCGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATAGCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATC < SRR4302537.2852467/94‑1 (MQ=60)
CGCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCA < SRR4302537.1950496/94‑1 (MQ=60)
GCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCAC < SRR4302537.6444367/94‑1 (MQ=60)
GCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCAC < SRR4302537.3147012/94‑1 (MQ=60)
GCCAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCAC > SRR4302537.3383175/1‑94 (MQ=60)
CAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTT > SRR4302537.3863335/1‑94 (MQ=60)
CAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTT < SRR4302537.35804/94‑1 (MQ=60)
CAGAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTT < SRR4302537.1682164/94‑1 (MQ=60)
GAGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTA < SRR4302537.6009120/94‑1 (MQ=60)
GAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTA < SRR4302537.1396668/94‑1 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC < SRR4302537.1002700/94‑1 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC > SRR4302537.1669286/1‑94 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC > SRR4302537.1075093/1‑94 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC < SRR4302537.5823076/94‑1 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC > SRR4302537.3140756/1‑94 (MQ=60)
AGGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTAC < SRR4302537.3906965/94‑1 (MQ=60)
GGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACG < SRR4302537.6310495/94‑1 (MQ=60)
GGTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACG > SRR4302537.593719/1‑94 (MQ=60)
GATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACG > SRR4302537.6305295/1‑94 (MQ=60)
GTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT < SRR4302537.6412060/94‑1 (MQ=60)
GTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT > SRR4302537.1787070/1‑94 (MQ=60)
GTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT < SRR4302537.4566741/94‑1 (MQ=60)
GTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT > SRR4302537.1035996/1‑94 (MQ=60)
GTAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT > SRR4302537.5583925/1‑94 (MQ=60)
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CTGAGTCCAGGATCATGACCTTCATAGTGGAAGGAACCTGCGTGGTATCACGCAGATGCCAGCCACACCCGGCGGTGATTAACACCGCCAGAGATAACAACAATGTTGCCAGATATCGCACGCTTCCTCCCGCGCTTAGCCAACGACCAGATTGAGGAGTTTACCTGGTACGTAAATCACTTTACGT > NC_000913/671289‑671475
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
