Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
893,065 |
T→C |
V20A (GTC→GCC) |
potF → |
periplasmic putrescine‑binding protein; permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 893,065 | 0 | T | C | 100.0%
| 699.4
/ NA
| 203 | V20A (GTC→GCC) | potF | periplasmic putrescine‑binding protein; permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (93/110); total (93/110) |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTG > NC_000913/892975‑893154
|
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ttGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCctct > 1:6357704/1‑93 (MQ=255)
tGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTg > 1:4462143/1‑93 (MQ=255)
gTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGt < 2:6049037/93‑1 (MQ=255)
gTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGt < 2:1483534/93‑1 (MQ=255)
ttAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTc < 2:1750386/93‑1 (MQ=255)
ttAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTc < 2:4339012/93‑1 (MQ=255)
ttAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTc > 2:4705237/1‑93 (MQ=255)
ttAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTc < 1:4932273/93‑1 (MQ=255)
tAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCg < 2:1293325/93‑1 (MQ=255)
tAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCg < 1:1945716/93‑1 (MQ=255)
aCGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGc < 2:2700416/93‑1 (MQ=255)
aCGAACTTTCAGAAGGAAACAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGc > 2:554642/1‑93 (MQ=255)
cGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCa > 1:1568273/1‑93 (MQ=255)
cGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCa < 2:5234070/93‑1 (MQ=255)
gAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAc > 1:3204023/1‑93 (MQ=255)
gAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAc > 1:2849361/1‑93 (MQ=255)
aaCTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACg > 1:2580706/1‑93 (MQ=255)
cTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCt < 1:1102072/93‑1 (MQ=255)
cTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCt > 2:5109602/1‑93 (MQ=255)
cAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTcgcg < 2:4589197/93‑1 (MQ=255)
aGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCgg > 2:3719607/1‑93 (MQ=255)
gAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGc < 1:5891015/93‑1 (MQ=255)
gAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGc < 1:1119355/93‑1 (MQ=255)
aaGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGTCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCt > 2:2281753/1‑93 (MQ=255)
aaGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCt > 1:5456589/1‑93 (MQ=255)
gAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGaa < 2:1378060/93‑1 (MQ=255)
aaaGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAAc < 1:1685/93‑1 (MQ=255)
aaGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACa > 1:4635551/1‑93 (MQ=255)
agagATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaa > 1:6458343/1‑93 (MQ=255)
agagATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaa < 1:742758/93‑1 (MQ=255)
agaTATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaaaa < 1:3756350/93‑1 (MQ=255)
atatGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACaaaaaa < 1:4834828/93‑1 (MQ=255)
tatGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAac > 2:1532446/1‑93 (MQ=255)
atGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAaca < 1:3965920/93‑1 (MQ=255)
atGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAaca < 1:1641356/93‑1 (MQ=255)
tGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAacac < 1:4337046/93‑1 (MQ=255)
tGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAacac > 1:2337005/1‑93 (MQ=255)
tGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAacac < 2:2769087/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTc < 2:3428810/93‑1 (MQ=255)
ccGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc > 2:1403238/1‑93 (MQ=255)
ccGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:3093233/93‑1 (MQ=255)
ccGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc < 1:469398/93‑1 (MQ=255)
ccGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcc > 1:6189771/1‑93 (MQ=255)
cGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATTGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTcaa > 2:6094740/1‑91 (MQ=255)
ccTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCcaca < 2:325910/93‑1 (MQ=255)
ccTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCcaca > 2:1132118/1‑93 (MQ=255)
ttAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAtt < 1:270109/93‑1 (MQ=255)
taaataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAttt > 1:538216/1‑93 (MQ=255)
taaataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAttt > 2:1705998/1‑93 (MQ=255)
taaataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAttt < 2:5866330/93‑1 (MQ=255)
aaataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTta > 2:5415403/1‑93 (MQ=255)
aaataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTta > 1:1356270/1‑93 (MQ=255)
aataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTtat < 1:1817152/93‑1 (MQ=255)
aataaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTtat < 1:4066357/93‑1 (MQ=255)
taaaAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATaa < 2:1597152/93‑1 (MQ=255)
aaaaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAAc < 2:4205144/93‑1 (MQ=255)
aaaaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAAc > 2:776948/1‑93 (MQ=255)
aaaaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAAc < 2:121474/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCTGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACt < 1:4544134/93‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACt > 2:3485148/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTg > 2:1686357/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTg > 1:1431993/1‑93 (MQ=255)
aaaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTg < 2:4345826/93‑1 (MQ=255)
aaaTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTgg < 1:3879325/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTc < 2:3643033/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTc < 2:514504/93‑1 (MQ=255)
aTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTc > 2:1946316/1‑93 (MQ=255)
aTGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTc > 1:3510457/1‑93 (MQ=255)
tGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCt > 2:5844069/1‑93 (MQ=255)
ggCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTg < 2:298189/93‑1 (MQ=255)
gCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGa < 2:6463603/93‑1 (MQ=255)
cTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACCAAAAACACTCCACATCTATAACTGGTCTGAt > 2:5777786/1‑93 (MQ=255)
cTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGAt < 1:1025173/93‑1 (MQ=255)
cTATCGGGTCTGGCTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGAt > 1:559469/1‑93 (MQ=255)
tATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGAtt > 1:6379060/1‑93 (MQ=255)
aTCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATta > 2:2884017/1‑93 (MQ=255)
aTCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATta < 1:1243922/93‑1 (MQ=255)
tCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtat < 2:254341/93‑1 (MQ=255)
cGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 1:4252542/93‑1 (MQ=255)
cGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 2:3134229/93‑1 (MQ=255)
cGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 2:4647877/93‑1 (MQ=255)
cGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATtata < 1:5233015/93‑1 (MQ=255)
gggTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTatat < 1:1616670/93‑1 (MQ=255)
ggTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATc < 1:6410013/93‑1 (MQ=255)
tCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTGTAACTGGTCTGATTATATCGc < 2:4110882/93‑1 (MQ=255)
tGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGccc < 2:4825404/93‑1 (MQ=255)
ggTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGcccc > 1:2227403/1‑93 (MQ=255)
cGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGaca < 1:3725657/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACgg < 2:6288261/93‑1 (MQ=255)
gTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACgg < 1:2794307/93‑1 (MQ=255)
tGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGt > 2:1848113/1‑93 (MQ=255)
tGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGACACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGt < 2:3323053/93‑1 (MQ=255)
ctGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGcc > 1:2165696/1‑93 (MQ=255)
tGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCa > 1:2630820/1‑93 (MQ=255)
tGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCa > 1:1736239/1‑93 (MQ=255)
gATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCaa > 2:2195464/1‑93 (MQ=255)
gATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCaa > 1:435628/1‑93 (MQ=255)
tGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAAtt < 1:5136456/93‑1 (MQ=255)
gccgccTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAAtttt > 1:857129/1‑93 (MQ=255)
|
GTTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTG > NC_000913/892975‑893154
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAA > NC_000913/892976‑893156
|
TTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCT > SRR4302537.2418726/1‑94 (MQ=60)
TTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCT > SRR4302537.6401092/1‑94 (MQ=60)
TTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTG > SRR4302537.665627/1‑94 (MQ=60)
TTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTG > SRR4302537.4492998/1‑94 (MQ=60)
TGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGT > SRR4302537.4730847/1‑94 (MQ=60)
TGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGT > SRR4302537.646969/1‑94 (MQ=60)
GTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTC < SRR4302537.448836/94‑1 (MQ=60)
TTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCG < SRR4302537.4966268/94‑1 (MQ=60)
TAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGG > SRR4302537.2304124/1‑94 (MQ=60)
TAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGG < SRR4302537.1959244/94‑1 (MQ=60)
AACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGC > SRR4302537.1712753/1‑94 (MQ=60)
ACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCA > SRR4302537.1579217/1‑94 (MQ=60)
CGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAC > SRR4302537.3226546/1‑94 (MQ=60)
CGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAC > SRR4302537.2869314/1‑94 (MQ=60)
CGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAC > SRR4302537.6413544/1‑94 (MQ=60)
CGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCAC < SRR4302537.1184467/94‑1 (MQ=60)
GAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACG > SRR4302537.2598772/1‑94 (MQ=60)
CTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTC < SRR4302537.2636073/94‑1 (MQ=60)
CTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTC < SRR4302537.1109687/94‑1 (MQ=60)
CTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTC < SRR4302537.3856160/94‑1 (MQ=60)
GAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCT < SRR4302537.5931437/94‑1 (MQ=60)
GAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCT > SRR4302537.5493807/1‑94 (MQ=60)
GAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCT < SRR4302537.1127103/94‑1 (MQ=60)
AAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTG < SRR4302537.5498084/94‑1 (MQ=60)
AGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGA > SRR4302537.3770591/1‑94 (MQ=60)
GAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAAC < SRR4302537.4933870/94‑1 (MQ=60)
AAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACA > SRR4302537.4667615/1‑94 (MQ=60)
AAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACA < SRR4302537.1696/94‑1 (MQ=60)
AAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAA > SRR4302537.6502112/1‑94 (MQ=60)
AGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAA < SRR4302537.747823/94‑1 (MQ=60)
GAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAA > SRR4302537.1363142/1‑94 (MQ=60)
AGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAA > SRR4302537.2363578/1‑94 (MQ=60)
AGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAA < SRR4302537.2572703/94‑1 (MQ=60)
AGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAA < SRR4302537.3782723/94‑1 (MQ=60)
ATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTTGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAAC > SRR4302537.5163456/1‑94 (MQ=60)
ATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAAC < SRR4302537.4868212/94‑1 (MQ=60)
ATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACAC > SRR4302537.2353484/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACAC < SRR4302537.3993665/94‑1 (MQ=60)
ATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACAC < SRR4302537.1652855/94‑1 (MQ=60)
TGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACT < SRR4302537.4367154/94‑1 (MQ=60)
TGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACT > SRR4302537.4710625/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCC > SRR4302537.6232415/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA < SRR4302537.2771341/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA > SRR4302537.1655223/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA < SRR4302537.472615/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA < SRR4302537.3114810/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA < SRR4302537.635477/94‑1 (MQ=60)
CCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCA > SRR4302537.140338/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCAC > SRR4302537.4633887/1‑94 (MQ=60)
CCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAT < SRR4302537.3414554/94‑1 (MQ=60)
CCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACAT < SRR4302537.4028019/94‑1 (MQ=60)
CTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATT > SRR4302537.4965942/1‑94 (MQ=60)
TTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTT < SRR4302537.272011/94‑1 (MQ=60)
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TAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTA > SRR4302537.1365720/1‑94 (MQ=60)
AAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTAT < SRR4302537.2828816/94‑1 (MQ=60)
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GGCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTT > SRR4302537.863012/1‑94 (MQ=60)
GCCGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTG < SRR4302537.3628111/94‑1 (MQ=60)
CGCCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAA < SRR4302537.3346530/94‑1 (MQ=60)
|
TTTGTTAACGAACTTTCAGAAGGAAAGAGATATGACCGCCTTAAATAAAAAATGGCTATCGGGTCTGGTTGCGGGTGCTCTGATGGCCGTCTCTGTCGGCACGCTCGCGGCTGAACAAAAAACACTCCACATTTATAACTGGTCTGATTATATCGCCCCGGACACGGTGGCCAATTTTGAA > NC_000913/892976‑893156
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
