Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,058,966 |
T→C |
intergenic (‑30/+72) |
cbl ← / ← nac |
Cbl/nitrogen assimilation control protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,058,966 | 0 | T | C | 95.6%
| 736.8
/ 16.0
| 229 | intergenic (‑30/+72) | cbl/nac | Cbl/nitrogen assimilation control protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/6); new base C (80/139); total (84/145) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCA > NC_000913/2058876‑2059055
|
ctGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTa < 1:2472088/93‑1 (MQ=255)
gTCAGTTTGTAATCCTGTCGTGCATCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATGCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTAtt < 2:2046119/93‑1 (MQ=255)
gTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTAtt < 2:5410803/93‑1 (MQ=255)
cAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGt > 2:5438059/1‑93 (MQ=255)
aGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGtt < 1:585782/93‑1 (MQ=255)
ggTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTa < 1:4586151/93‑1 (MQ=255)
ggTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTa < 1:5393847/93‑1 (MQ=255)
ttGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTaaa < 1:1591875/93‑1 (MQ=255)
ttGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTaaa > 1:1892431/1‑93 (MQ=255)
ttGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTaaa > 1:2704652/1‑93 (MQ=255)
gTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGt < 1:3621048/93‑1 (MQ=255)
tAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTc < 1:3939806/93‑1 (MQ=255)
tAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTc > 1:5594471/1‑93 (MQ=255)
tAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTc < 1:5201035/93‑1 (MQ=255)
aaTCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCt < 1:6337014/93‑1 (MQ=255)
tCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTaa < 1:3812966/93‑1 (MQ=255)
ccTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAAt > 1:614152/1‑93 (MQ=255)
cTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATg < 2:1420475/93‑1 (MQ=255)
cTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATg > 1:4141038/1‑93 (MQ=255)
gACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAGCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGcc < 1:2165533/93‑1 (MQ=255)
gACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGcc < 1:867894/93‑1 (MQ=255)
gACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGcc > 2:819671/1‑93 (MQ=255)
gcGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGccc < 2:1908473/92‑1 (MQ=255)
aCGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGccc < 1:3603917/93‑1 (MQ=255)
cGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCg < 1:2136365/93‑1 (MQ=255)
tGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGc > 1:2828118/1‑93 (MQ=255)
gCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCa < 1:4643662/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCa > 1:1736635/1‑93 (MQ=255)
cAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCAt < 1:4864642/93‑1 (MQ=255)
aGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATa > 2:1340099/1‑93 (MQ=255)
aGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATa > 1:5379352/1‑93 (MQ=255)
gCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCGGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATaa > 2:3698327/1‑93 (MQ=255)
ccTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAAc < 1:511116/93‑1 (MQ=255)
ccTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAAc < 1:1436705/93‑1 (MQ=255)
ccTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAAc < 2:3249848/93‑1 (MQ=255)
ccTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCAGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAAc < 1:944392/93‑1 (MQ=255)
cTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATaaga > 2:3448705/1‑91 (MQ=255)
gcgGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAaat < 2:4982327/93‑1 (MQ=255)
cgGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAaata < 2:6240606/93‑1 (MQ=255)
ggATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAaataa > 1:1808119/1‑93 (MQ=255)
ggATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAaataa < 2:5758029/93‑1 (MQ=255)
gATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAaataat > 1:4705713/1‑93 (MQ=255)
aTTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAataata < 2:5891388/93‑1 (MQ=255)
aTTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAataata < 2:766578/93‑1 (MQ=255)
ttATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAAtaataa < 1:5222369/93‑1 (MQ=255)
ttATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAAtaataa < 2:2072428/93‑1 (MQ=255)
aTCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATaaaa < 1:3433856/93‑1 (MQ=255)
tCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATaaaaa < 1:690084/93‑1 (MQ=255)
tCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATaaaaa > 1:1000828/1‑93 (MQ=255)
cTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAc < 2:119454/93‑1 (MQ=255)
cTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAc < 2:3083899/93‑1 (MQ=255)
tttAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAcc > 2:2780331/1‑93 (MQ=255)
ttAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAccc < 1:6272373/93‑1 (MQ=255)
ttAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAccc < 1:375781/93‑1 (MQ=255)
tAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCg < 2:5358657/93‑1 (MQ=255)
gttgttGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAACAACCCGCa < 2:6279622/93‑1 (MQ=255)
gttgGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCt > 1:2233080/1‑93 (MQ=255)
ttgGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCtt > 1:2787599/1‑93 (MQ=255)
ggAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTAt < 1:6455860/93‑1 (MQ=255)
ggAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTAt < 2:4316210/93‑1 (MQ=255)
aaaTTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTc < 2:1643210/93‑1 (MQ=255)
aTTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCa < 2:4026990/93‑1 (MQ=255)
ttCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCAt < 2:6122684/93‑1 (MQ=255)
tCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATc < 2:1136291/93‑1 (MQ=255)
tCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATc < 2:4433531/93‑1 (MQ=255)
cACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATcc < 2:2457484/93‑1 (MQ=255)
aCGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATccc < 1:4292267/93‑1 (MQ=255)
aCGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGCCTAATGCCCGCCATACCAAATATTAAAAACCCCCATCTTATTCCATccc > 1:4208187/1‑93 (MQ=255)
ggTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGa > 2:292406/1‑93 (MQ=255)
aaaCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGatat < 1:3092337/93‑1 (MQ=255)
aaaCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGatat < 2:1696498/93‑1 (MQ=255)
aaCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGAtata < 2:2278688/93‑1 (MQ=255)
aaCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGAtata < 1:5985122/93‑1 (MQ=255)
aCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATaa > 2:6394042/1‑93 (MQ=255)
aCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATaa > 1:2614087/1‑93 (MQ=255)
cTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATaaa > 1:1107559/1‑92 (MQ=255)
tCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAaca < 1:4318266/93‑1 (MQ=255)
tCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAaca < 2:4819460/93‑1 (MQ=255)
ccGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAacac > 2:5164664/1‑93 (MQ=255)
ccGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAacac < 1:3319985/93‑1 (MQ=255)
cGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACt > 2:5102953/1‑93 (MQ=255)
cGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACt < 1:6212225/93‑1 (MQ=255)
cGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACt > 1:3025900/1‑93 (MQ=255)
gggCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAGATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACtt < 1:3465669/93‑1 (MQ=255)
ggCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTa < 2:3835771/93‑1 (MQ=255)
ggCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTa < 1:5259123/93‑1 (MQ=255)
aGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCt > 1:4819226/1‑93 (MQ=255)
gTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCta > 2:4911974/1‑92 (MQ=255)
ttCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCa < 2:3688156/93‑1 (MQ=255)
ttCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCa > 1:4748832/1‑93 (MQ=255)
tCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCAc < 1:4096552/93‑1 (MQ=255)
cAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCAcc > 2:894277/1‑93 (MQ=255)
cAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCAcc > 1:433545/1‑93 (MQ=255)
cAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCAcc < 2:5834014/93‑1 (MQ=255)
aGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCa < 2:5747537/93‑1 (MQ=255)
gATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCaa > 1:1998448/1‑93 (MQ=255)
aTTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAAt < 2:3375886/93‑1 (MQ=255)
aTTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAAt < 2:5666449/93‑1 (MQ=255)
ttCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTg > 1:2331360/1‑93 (MQ=255)
ccGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCa > 1:327439/1‑93 (MQ=255)
|
CTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCA > NC_000913/2058876‑2059055
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGC > NC_000913/2058873‑2059059
|
CCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGC > SRR4302537.2474768/1‑94 (MQ=60)
TCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTA < SRR4302537.1876901/94‑1 (MQ=60)
TCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTA > SRR4302537.1657017/1‑94 (MQ=60)
CTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTAT < SRR4302537.3806548/94‑1 (MQ=60)
CTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTAT < SRR4302537.2489464/94‑1 (MQ=60)
GTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTG > SRR4302537.2108705/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGT < SRR4302537.5446960/94‑1 (MQ=60)
CAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTT < SRR4302537.4774766/94‑1 (MQ=60)
AGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCTGATTATATTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTCCGCGCTATTGTTA > SRR4302537.4131608/1‑94 (MQ=60)
AGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTA < SRR4302537.3842871/94‑1 (MQ=60)
AGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTA < SRR4302537.589782/94‑1 (MQ=60)
GGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAA < SRR4302537.5430684/94‑1 (MQ=60)
GGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAA > SRR4302537.2753009/1‑94 (MQ=60)
GGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAA < SRR4302537.4617875/94‑1 (MQ=60)
GTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAA > SRR4302537.2723533/1‑94 (MQ=60)
GTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAA > SRR4302537.1905584/1‑94 (MQ=60)
TTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAG < SRR4302537.1603001/94‑1 (MQ=60)
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GTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTC > SRR4302537.2808011/1‑94 (MQ=60)
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TAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCT > SRR4302537.5243116/1‑94 (MQ=60)
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AATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTA < SRR4302537.6380327/94‑1 (MQ=60)
AATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGCGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTA > SRR4302537.5700767/1‑94 (MQ=60)
TCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAAT > SRR4302537.618340/1‑94 (MQ=60)
TCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAAT < SRR4302537.3839703/94‑1 (MQ=60)
CCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATG > SRR4302537.4169924/1‑94 (MQ=60)
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TGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCC > SRR4302537.2845957/1‑94 (MQ=60)
GACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAGCTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCC < SRR4302537.2180789/94‑1 (MQ=60)
GACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCC < SRR4302537.873851/94‑1 (MQ=60)
ACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCG < SRR4302537.3629317/94‑1 (MQ=60)
CGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGG < SRR4302537.2151407/94‑1 (MQ=60)
GTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGC > SRR4302537.2847879/1‑94 (MQ=60)
TGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCA > SRR4302537.1748747/1‑94 (MQ=60)
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CAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATA < SRR4302537.644495/94‑1 (MQ=60)
CAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATA > SRR4302537.5416143/1‑94 (MQ=60)
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TCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAAC < SRR4302537.694810/94‑1 (MQ=60)
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TTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCG < SRR4302537.378391/94‑1 (MQ=60)
TTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCACGGCATAACAAATAATAAAAACCCG > SRR4302537.1735981/1‑94 (MQ=60)
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GTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTT < SRR4302537.2337960/94‑1 (MQ=60)
GTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTT < SRR4302537.2156632/94‑1 (MQ=60)
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TGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTAT < SRR4302537.2209108/94‑1 (MQ=60)
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ATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCAT < SRR4302537.3639134/94‑1 (MQ=60)
ATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCAT < SRR4302537.148082/94‑1 (MQ=60)
CACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCC < SRR4302537.6198543/94‑1 (MQ=60)
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GGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGAT < SRR4302537.4524862/94‑1 (MQ=60)
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GTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCA > SRR4302537.4781635/1‑94 (MQ=60)
GTTCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCA > SRR4302537.4881390/1‑94 (MQ=60)
TCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACC > SRR4302537.436566/1‑94 (MQ=60)
TCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACC < SRR4302537.3070866/94‑1 (MQ=60)
TCAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACC < SRR4302537.4125158/94‑1 (MQ=60)
CAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCA > SRR4302537.6095531/1‑94 (MQ=60)
CAGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCA < SRR4302537.4025548/94‑1 (MQ=60)
AGATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAA > SRR4302537.2012346/1‑94 (MQ=60)
GATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAAT < SRR4302537.669261/94‑1 (MQ=60)
ATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATT < SRR4302537.3241395/94‑1 (MQ=60)
ATTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATT > SRR4302537.330942/1‑94 (MQ=60)
TTTCCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTG > SRR4302537.2347796/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCA > SRR4302537.329714/1‑94 (MQ=60)
CCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCAC > SRR4302537.5309764/1‑94 (MQ=60)
CCGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCAC > SRR4302537.2752328/1‑94 (MQ=60)
CGCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACT > SRR4302537.3827755/1‑94 (MQ=60)
GCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTG < SRR4302537.1592929/94‑1 (MQ=60)
GCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTG > SRR4302537.1550531/1‑94 (MQ=60)
GCTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTG > SRR4302537.5248200/1‑94 (MQ=60)
CTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGC > SRR4302537.4748782/1‑94 (MQ=60)
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CCTCTGTCAGGTTGTAATCCTGACGTGCAGCCTCGCGGATTATCTTTAGTTGTTGGAAATTCACGGTAAACTCCGGGCAGTTCAGATTTCCCGTTATTGTTAAAGTCTAATGCCCGGCATAACAAATAATAAAAACCCGCATCTTATTCCATCCCGATATAACACTTAGCTCACCAATTGCCACTGC > NC_000913/2058873‑2059059
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
