Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,072,384 |
(C)6→8 |
coding (2824/3120 nt) |
b2000 → |
outer membrane fluffing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,072,378 | 1 | . | C | 97.9%
| 484.7
/ 1.5
| 145 | coding (2818/3120 nt) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (65/77); total (67/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | NC_000913 | 2,072,378 | 2 | . | C | 97.9%
| 486.3
/ 1.5
| 145 | coding (2818/3120 nt) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base C (65/77); total (67/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑CCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTC > NC_000913/2072286‑2072461
||
aGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGTAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTg < 1:6081983/93‑1 (MQ=255)
gTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑c < 1:4496697/93‑1 (MQ=255)
ggCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑c > 2:6433428/1‑93 (MQ=255)
ggCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑c > 2:6433427/1‑93 (MQ=255)
cATGGCAGTGCACAACATGGGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑ccc < 1:3278545/93‑3 (MQ=255)
aTGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑ccct > 2:5440650/1‑90 (MQ=255)
tGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑ccctg < 1:5458957/93‑5 (MQ=255)
tGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑ccctg < 1:5007681/93‑5 (MQ=255)
tGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑ccc‑‑cc‑‑ccctg > 2:4617900/1‑89 (MQ=255)
tGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGAc > 2:3579786/1‑93 (MQ=255)
gCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACa > 1:1925583/1‑93 (MQ=255)
gCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACa > 2:3820974/1‑93 (MQ=255)
gCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACa < 2:2462013/93‑1 (MQ=255)
ccaacaTTGGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGt < 1:4160090/92‑1 (MQ=255)
caacaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTg < 2:2374332/93‑1 (MQ=255)
aacaTGTGCGTGCCGGTTTCGGTCTGGGCAGCCACAACGATATGCCCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGc < 2:5151234/93‑1 (MQ=255)
acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCa > 1:2065304/1‑93 (MQ=255)
acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCa < 1:2614517/93‑1 (MQ=255)
acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCa > 1:4203638/1‑93 (MQ=255)
acaTGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCa > 1:2881786/1‑93 (MQ=255)
tgtgCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACGTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCaaaa > 1:4553100/1‑93 (MQ=255)
gtgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAac < 1:3585098/93‑1 (MQ=255)
gtgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAac < 1:1636949/93‑1 (MQ=255)
gtgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAac < 1:1754217/93‑1 (MQ=255)
tgcgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAaca < 1:804263/93‑1 (MQ=255)
cgtgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAAcaca < 1:380999/93‑1 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgt > 2:4793949/1‑93 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgt > 2:252427/1‑93 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgt < 2:3991067/93‑1 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgt < 1:2693553/93‑1 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgt < 1:792466/93‑1 (MQ=255)
tgcCGGTTTCCGTCTGGGCAGACACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGAACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAga > 2:4265429/1‑92 (MQ=255)
gcCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtg > 2:5791821/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt < 2:5607778/93‑1 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt > 1:4997415/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAgtgt < 1:562754/93‑1 (MQ=255)
ggTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtga > 1:5286923/1‑93 (MQ=255)
gTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgag > 2:3603260/1‑93 (MQ=255)
tttCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagt > 1:2482480/1‑93 (MQ=255)
tttCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagt < 1:940294/93‑1 (MQ=255)
tttCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagg > 1:1265157/1‑92 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgcgtga > 2:73653/1‑93 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga > 1:3378265/1‑93 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga > 2:4549035/1‑93 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga > 2:5532048/1‑93 (MQ=255)
tCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTgtgagtga < 1:3053677/93‑1 (MQ=255)
ccGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGaa < 1:5527996/93‑1 (MQ=255)
ccGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGaa > 2:5193247/1‑93 (MQ=255)
cGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAt < 1:4673993/93‑1 (MQ=255)
gTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAtt > 2:6307100/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAtt > 2:5815101/1‑93 (MQ=255)
gTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAtt > 2:1413823/1‑93 (MQ=255)
tCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTa > 1:3742600/1‑93 (MQ=255)
cTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc < 1:52655/93‑1 (MQ=255)
cTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAc < 1:59574/93‑1 (MQ=255)
tGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTAcc < 1:5223088/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGt < 1:4769078/93‑1 (MQ=255)
gCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa > 1:2188/1‑93 (MQ=255)
gCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGaa > 1:1983387/1‑93 (MQ=255)
ccACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAc < 2:1932658/93‑1 (MQ=255)
cacaACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACt > 2:1843283/1‑93 (MQ=255)
cacaACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACt < 2:2232098/93‑1 (MQ=255)
acaACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtg < 2:4430405/93‑1 (MQ=255)
aaCGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggt > 1:2359302/1‑93 (MQ=255)
aCGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACtggtg < 2:2876820/93‑1 (MQ=255)
gATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTggg < 1:1078467/93‑1 (MQ=255)
gATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTggg < 1:5140700/93‑1 (MQ=255)
gATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTggg < 1:913107/93‑1 (MQ=255)
tatGACCTTTGTCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTa < 2:2102880/93‑1 (MQ=255)
tatGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTa > 1:2390819/1‑93 (MQ=255)
atGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTAc < 2:300076/93‑1 (MQ=255)
tGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTAcg > 1:4225402/1‑92 (MQ=255)
tGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑CCC‑‑CCCACTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTAcg > 2:4139076/1‑92 (MQ=255)
ccTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGcc < 1:3135293/93‑1 (MQ=255)
cTTTGGCGAAGGCACCCCATCCCGTG‑‑CCCCGCC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCt < 2:3878814/93‑1 (MQ=255)
tttGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCtt > 1:2776007/1‑93 (MQ=255)
tttGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCtt > 2:4797647/1‑93 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTc < 2:2054766/93‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTc < 2:1783988/93‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTc < 2:4386607/93‑1 (MQ=255)
tGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCt < 1:1224940/93‑1 (MQ=255)
ggCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTg < 2:1244484/93‑1 (MQ=255)
gAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTa > 2:2236629/1‑93 (MQ=255)
aaGGCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAt > 1:3234610/1‑93 (MQ=255)
ggCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATcc < 1:4842387/93‑1 (MQ=255)
ggCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATcc > 1:3943431/1‑93 (MQ=255)
gCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTTAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCg < 2:3234887/93‑1 (MQ=255)
gCACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATccc > 1:4289146/1‑92 (MQ=255)
cACCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGc < 2:5719254/93‑1 (MQ=255)
aCCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCa < 2:2714728/93‑1 (MQ=255)
aCCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCa < 1:5542371/93‑1 (MQ=255)
aCCTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCa > 1:6007972/1‑93 (MQ=255)
cTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAcc > 1:6343393/1‑93 (MQ=255)
cTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAcc > 2:3416304/1‑93 (MQ=255)
cTCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAcc > 1:181137/1‑93 (MQ=255)
tCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCt > 2:5326153/1‑93 (MQ=255)
tCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCt > 2:3384571/1‑93 (MQ=255)
tCATCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCt > 1:1073543/1‑93 (MQ=255)
aTCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc < 1:3832972/93‑1 (MQ=255)
aTCCCGTGCCCCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc > 2:3643576/1‑93 (MQ=255)
||
AGTTCGGGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑CCC‑‑CC‑‑CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTC > NC_000913/2072286‑2072461
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATA > NC_000913/2072292‑2072477
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GGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCC < SRR4302537.5318067/94‑1 (MQ=60)
CATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCcct < SRR4302537.1960391/94‑4 (MQ=60)
CATGGCAGTGCACAACATGGGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCcct < SRR4302537.3301688/94‑4 (MQ=60)
TGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCcctgc > SRR4302537.5331663/1‑89 (MQ=60)
TGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCcctgc < SRR4302537.5496194/94‑6 (MQ=60)
TGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCcctgc < SRR4302537.5042173/94‑6 (MQ=60)
GGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCG < SRR4302537.5124009/94‑1 (MQ=60)
AGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGA > SRR4302537.2574248/1‑94 (MQ=60)
TGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACA > SRR4302537.1938947/1‑94 (MQ=60)
ccaacattgGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTG < SRR4302537.4189144/85‑1 (MQ=60)
ACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTG < SRR4302537.3166040/94‑1 (MQ=60)
AACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCA > SRR4302537.4232983/1‑94 (MQ=60)
AACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCA > SRR4302537.2902014/1‑94 (MQ=60)
AACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCA > SRR4302537.2079807/1‑94 (MQ=60)
AACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCA < SRR4302537.937527/94‑1 (MQ=60)
ACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAA < SRR4302537.2632805/94‑1 (MQ=60)
ATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACGTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAA > SRR4302537.4584606/1‑94 (MQ=60)
GTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACA < SRR4302537.1766445/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACA < SRR4302537.3610372/94‑1 (MQ=60)
GTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACA < SRR4302537.1648419/94‑1 (MQ=60)
TGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACAC < SRR4302537.809783/94‑1 (MQ=60)
CGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAG < SRR4302537.383641/94‑1 (MQ=60)
CGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAG > SRR4302537.2262092/1‑94 (MQ=60)
GTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGT < SRR4302537.5177596/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTG < SRR4302537.797906/94‑1 (MQ=60)
TGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTG < SRR4302537.2712377/94‑1 (MQ=60)
GCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGT > SRR4302537.5031852/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTG < SRR4302537.566627/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTG > SRR4302537.6505355/1‑94 (MQ=60)
CGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGA > SRR4302537.5323271/1‑94 (MQ=60)
GGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAG < SRR4302537.5520578/94‑1 (MQ=60)
GGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAG < SRR4302537.6245710/94‑1 (MQ=60)
GTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGT > SRR4302537.2499934/1‑94 (MQ=60)
GTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGG > SRR4302537.1273956/1‑94 (MQ=60)
TTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTG < SRR4302537.946779/94‑1 (MQ=60)
TTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCCCCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAAACCAGTGTGAGTA > SRR4302537.3678655/1‑94 (MQ=60)
TTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGA < SRR4302537.3078365/94‑1 (MQ=60)
TTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGA > SRR4302537.3402205/1‑94 (MQ=60)
TCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAA > SRR4302537.1716938/1‑94 (MQ=60)
TCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAA < SRR4302537.3074959/94‑1 (MQ=60)
CCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAT < SRR4302537.5565731/94‑1 (MQ=60)
CGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATT > SRR4302537.1520864/1‑94 (MQ=60)
CGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATT < SRR4302537.4706327/94‑1 (MQ=60)
GTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTA > SRR4302537.3768883/1‑94 (MQ=60)
GTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTA > SRR4302537.4582556/1‑94 (MQ=60)
CTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACC < SRR4302537.53043/94‑1 (MQ=60)
CTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACC < SRR4302537.60013/94‑1 (MQ=60)
CTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCCCGCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACC < SRR4302537.6012259/94‑1 (MQ=60)
TGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCG < SRR4302537.5259007/94‑1 (MQ=60)
GCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTG < SRR4302537.4802006/94‑1 (MQ=60)
GCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTG < SRR4302537.1937770/94‑1 (MQ=60)
AGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAA > SRR4302537.2203/1‑94 (MQ=60)
AGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAA > SRR4302537.5573645/1‑94 (MQ=60)
AGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAA > SRR4302537.1997170/1‑94 (MQ=60)
GCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAAC < SRR4302537.427715/94‑1 (MQ=60)
ACAACGATATGGCCTTTGGCGAAGGCGCCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGG < SRR4302537.3796041/94‑1 (MQ=60)
CAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGT > SRR4302537.2375944/1‑94 (MQ=60)
AACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTG < SRR4302537.5119051/94‑1 (MQ=60)
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CGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGG < SRR4302537.2833888/94‑1 (MQ=60)
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GATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGT < SRR4302537.2628815/94‑1 (MQ=60)
ATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTA < SRR4302537.2731316/94‑1 (MQ=60)
ATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTA > SRR4302537.2407655/1‑94 (MQ=60)
TATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTAC < SRR4302537.4973205/94‑1 (MQ=60)
ATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACG > SRR4302537.4254833/1‑94 (MQ=60)
TGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGG < SRR4302537.2428147/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCT > SRR4302537.1153776/1‑94 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCT < SRR4302537.333470/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCT < SRR4302537.4635105/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCT < SRR4302537.3157300/94‑1 (MQ=60)
CTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT > SRR4302537.2795415/1‑94 (MQ=60)
CTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT > SRR4302537.217580/1‑94 (MQ=60)
TGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTG < SRR4302537.1233453/94‑1 (MQ=60)
GAAGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAT > SRR4302537.3257409/1‑94 (MQ=60)
AGGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCC > SRR4302537.3971012/1‑94 (MQ=60)
GGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCG < SRR4302537.4875811/94‑1 (MQ=60)
GGCACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCC > SRR4302537.4318960/1‑94 (MQ=60)
CACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCA > SRR4302537.6049254/1‑94 (MQ=60)
ACCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAC < SRR4302537.5580215/94‑1 (MQ=60)
CCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACC > SRR4302537.6386727/1‑94 (MQ=60)
CCTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACC > SRR4302537.182424/1‑94 (MQ=60)
CTCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCT > SRR4302537.1080938/1‑94 (MQ=60)
TCATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTT > SRR4302537.870870/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGTGCG‑‑‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTCCCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA < SRR4302537.6128521/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA > SRR4302537.5149958/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA < SRR4302537.3859837/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA < SRR4302537.5705820/94‑1 (MQ=60)
TCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAG < SRR4302537.4278050/94‑1 (MQ=60)
TCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAG < SRR4302537.3206235/94‑1 (MQ=60)
TCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAG < SRR4302537.5488320/94‑1 (MQ=60)
TCCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAG < SRR4302537.3982633/94‑1 (MQ=60)
CCCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGC > SRR4302537.1326156/1‑94 (MQ=60)
CCGT‑‑GCC‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCT < SRR4302537.4306623/94‑1 (MQ=60)
gtgccCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCC > SRR4302537.3928966/6‑94 (MQ=60)
gtgccCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCC > SRR4302537.3949093/6‑94 (MQ=60)
tgccCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCC > SRR4302537.2157164/5‑94 (MQ=60)
C‑‑‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGG < SRR4302537.4995664/94‑1 (MQ=60)
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C‑‑‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGG < SRR4302537.3418213/94‑1 (MQ=60)
gccCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCG > SRR4302537.3733734/4‑94 (MQ=60)
ccCCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCCG > SRR4302537.5313626/3‑94 (MQ=60)
CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGG < SRR4302537.77345/94‑1 (MQ=60)
CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGG > SRR4302537.4544954/1‑94 (MQ=60)
CC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGA > SRR4302537.6272940/1‑94 (MQ=60)
CC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGA > SRR4302537.4770044/1‑94 (MQ=60)
C‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAG > SRR4302537.2410540/1‑94 (MQ=60)
CCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCTGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGAT < SRR4302537.5092308/94‑1 (MQ=60)
CCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGAT < SRR4302537.6263107/94‑1 (MQ=60)
CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATA < SRR4302537.4146732/94‑1 (MQ=60)
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GGCATGGCAGTGCACAACATGTGCGTGCCGGTTTCCGTCTGGGCAGCCACAACGATATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGT‑‑G‑‑‑CCC‑‑CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATA > NC_000913/2072292‑2072477
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
