Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
647 |
270.1 |
21258240 |
98.4% |
20918108 |
94.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,072,439 |
A→G |
Q960R (CAG→CGG) |
b2000 → |
outer membrane fluffing protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,072,439 | 0 | A | G | 99.4%
| 604.7
/ NA
| 178 | Q960R (CAG→CGG) | b2000 | outer membrane fluffing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (77/100); minor base C (0/1); total (77/101) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
TGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TG‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACA > NC_000913/2072349‑2072529
|
tGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTTC‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGc < 2:2850124/94‑1 (MQ=255)
tGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGc > 1:7336171/1‑94 (MQ=255)
aCCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCt > 2:260437/1‑94 (MQ=255)
ccTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCtt < 1:5489588/94‑1 (MQ=255)
ccTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCtt < 1:304303/94‑1 (MQ=255)
tttGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCt < 2:6861182/94‑1 (MQ=255)
tttGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCt < 2:3867271/94‑1 (MQ=255)
tttGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGGGCAAAACACAGGGGGAGGGAATTACCGGGGAACTGGGGGGTAGGGCCTTCt > 2:2322190/1‑94 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTg < 2:8998507/94‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTg > 2:5095873/1‑94 (MQ=255)
ttGGCGAAGGCACCCCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTg < 1:9898490/94‑1 (MQ=255)
ggCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGtt < 1:367107/94‑1 (MQ=255)
gCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGCCCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGt < 1:6924828/94‑1 (MQ=255)
gCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTa < 2:9848844/94‑1 (MQ=255)
gCGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTa < 1:3638529/94‑1 (MQ=255)
cGAAGGCACCTCATCCCG‑TGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTa > 1:126102/1‑94 (MQ=255)
cGAAGGCACCTCATCCCG‑TGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTa < 1:10062358/94‑1 (MQ=255)
cGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAt < 2:1331948/94‑1 (MQ=255)
cGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAt < 2:1467667/94‑1 (MQ=255)
cGAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAt > 2:7940449/1‑94 (MQ=255)
gAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATc > 2:3840643/1‑94 (MQ=255)
gAAGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATc < 2:262108/94‑1 (MQ=255)
aaGGCACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATcc < 2:7610249/94‑1 (MQ=255)
cACCTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAc > 1:6988568/1‑94 (MQ=255)
ccTCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCt < 1:1969544/94‑1 (MQ=255)
tCATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc < 2:5762022/94‑1 (MQ=255)
cATCCCG‑TGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCCCCTTc > 2:6332930/1‑94 (MQ=255)
cATCCCG‑TGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTc < 2:6291867/94‑1 (MQ=255)
cATCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCa < 1:6835916/94‑1 (MQ=255)
aTCCCG‑TGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAg > 2:5066101/1‑94 (MQ=255)
gtgcccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTccc < 1:10028592/90‑1 (MQ=255)
gcccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgg > 1:10418700/3‑94 (MQ=255)
gcccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgg > 2:10085735/3‑94 (MQ=255)
gcccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgg < 1:913493/92‑1 (MQ=255)
gcccccccTGCGTGACAGGGCAAAACACAGGGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCCCACCTTCAGCTccccg > 1:4412678/3‑92 (MQ=255)
cccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCggg < 1:6992192/93‑1 (MQ=255)
cccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCggg < 2:178940/93‑1 (MQ=255)
cccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCggg < 1:7966681/93‑1 (MQ=255)
ccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg < 2:91634/94‑1 (MQ=255)
ccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg > 2:7537874/1‑94 (MQ=255)
ccccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCgggg < 1:3281850/94‑1 (MQ=255)
cccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCCGCTCCCgggaa > 1:3603767/1‑92 (MQ=255)
cccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGga < 2:8111045/94‑1 (MQ=255)
cccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGga < 2:5771632/94‑1 (MQ=255)
cccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGga > 2:189126/1‑94 (MQ=255)
cccccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGGGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCCGACCTTCAGCTCCCggggg > 1:9302285/1‑93 (MQ=255)
cccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGgaga > 1:2593745/1‑94 (MQ=255)
ccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGat > 1:6153974/1‑94 (MQ=255)
ccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGat < 2:6888615/94‑1 (MQ=255)
ccTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGCGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGat > 1:3998771/1‑94 (MQ=255)
tGCGTGACAGTGCAAACCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGatat < 1:5930195/94‑1 (MQ=255)
tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGatat > 2:9884284/1‑94 (MQ=255)
tGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGatat < 1:5930192/94‑1 (MQ=255)
gCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg < 1:5563190/94‑1 (MQ=255)
gCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGATATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATg < 1:81522/94‑1 (MQ=255)
cGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGc > 2:6640654/1‑94 (MQ=255)
tGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgt < 2:1144234/94‑1 (MQ=255)
tGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgt < 2:9566434/94‑1 (MQ=255)
tGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgt < 1:4615976/94‑1 (MQ=255)
tGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgt < 2:6613007/94‑1 (MQ=255)
gACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgtg < 1:7013468/94‑1 (MQ=255)
gACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAGTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgtg < 1:2169938/94‑1 (MQ=255)
aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgtgt < 1:6393992/94‑1 (MQ=255)
aCAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCgtgg > 1:2821601/1‑93 (MQ=255)
cAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTGCCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGtgtg < 2:8267005/94‑1 (MQ=255)
aGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGACCTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTgg < 2:395259/94‑1 (MQ=255)
gCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGa > 2:6085906/1‑94 (MQ=255)
cAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGAc < 2:2870676/94‑1 (MQ=255)
cAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGAc > 2:6446843/1‑94 (MQ=255)
aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACt > 1:1187909/1‑94 (MQ=255)
aaaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACt > 2:8822474/1‑94 (MQ=255)
aaaCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACtt < 1:4177553/94‑1 (MQ=255)
acaGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCTAc > 1:6475104/1‑94 (MQ=255)
caGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACt < 1:8330471/94‑1 (MQ=255)
caGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACt > 2:3153364/1‑94 (MQ=255)
aGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTg > 2:1497177/1‑94 (MQ=255)
gtgtGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgc < 2:7578548/94‑1 (MQ=255)
tgtgAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgca < 2:7402799/94‑1 (MQ=255)
gtgagtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcag > 1:4484979/1‑94 (MQ=255)
tgagtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcagg < 2:4072922/94‑1 (MQ=255)
agtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggca < 2:1188345/94‑1 (MQ=255)
agtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggca < 2:4823912/94‑1 (MQ=255)
agtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggca < 1:3133665/94‑1 (MQ=255)
gtgaATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTgcaggcag > 1:7746718/1‑94 (MQ=255)
aaTTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCgg < 2:3491396/94‑1 (MQ=255)
ttACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGa > 1:3914608/1‑94 (MQ=255)
ttACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCATCAGCTCTCGTGGAGAAATTTGATTGGGGACCTCCACTGCAGGCAGTGGGa > 1:9379249/1‑94 (MQ=255)
aCCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATg > 2:5727866/1‑94 (MQ=255)
aCCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATg > 2:785036/1‑94 (MQ=255)
cGGTGATCTGGTGGGTACGACCTTCTGTTATCCGCAGCTTCAGCTCCCGGGGATATATGCGTGTGGGTACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGAc < 2:3665695/94‑1 (MQ=255)
gAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGGTGACGTtc > 1:9297240/1‑94 (MQ=255)
gAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTtc > 1:7817494/1‑94 (MQ=255)
gAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTtc > 2:9544807/1‑94 (MQ=255)
cTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTtctct < 2:6334661/94‑1 (MQ=255)
tggtggGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTtctctc > 1:6776886/1‑94 (MQ=255)
ggtggGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTcc < 2:8729301/94‑1 (MQ=255)
tggGTACGGCCTTCTGTTCTCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCt < 1:8184781/94‑1 (MQ=255)
tggGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCt < 1:1060907/94‑1 (MQ=255)
gggTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTc < 1:7585724/94‑1 (MQ=255)
gTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTcac < 1:537587/94‑1 (MQ=255)
|
TGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCG‑TG‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACA > NC_000913/2072349‑2072529
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAA > NC_000913/2072347‑2072532
|
TATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACG > SRR4302545.537419/1‑94 (MQ=60)
ATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGG < SRR4302545.3171760/94‑1 (MQ=60)
ATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGG > SRR4302545.8146204/1‑94 (MQ=60)
TGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGC < SRR4302545.10495604/94‑1 (MQ=60)
TGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGC > SRR4302545.7542021/1‑94 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT > SRR4302545.7164196/1‑94 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT < SRR4302545.5633913/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT < SRR4302545.5633912/94‑1 (MQ=60)
CCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT < SRR4302545.310729/94‑1 (MQ=60)
TTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTT < SRR4302545.2727577/94‑1 (MQ=60)
TTGGCGAAGGCACCCCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTG < SRR4302545.10192574/94‑1 (MQ=60)
TGGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGGACGGGCTTCTGT > SRR4302545.1990350/1‑94 (MQ=60)
GGCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTT < SRR4302545.375133/94‑1 (MQ=60)
GCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGT < SRR4302545.7115616/94‑1 (MQ=60)
GCGAAGGCACCTCATCCCGTGCCCCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGT < SRR4302545.7115615/94‑1 (MQ=60)
GCGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTA < SRR4302545.3727346/94‑1 (MQ=60)
CGAAGGCACCTCATCCCGTGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTA > SRR4302545.128953/1‑94 (MQ=60)
CGAAGGCACCTCATCCCGTGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTA < SRR4302545.10360145/94‑1 (MQ=60)
CGAAGGCACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTAT > SRR4302545.1214812/1‑94 (MQ=60)
CACCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCAC > SRR4302545.7181334/1‑94 (MQ=60)
CCTCATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCT < SRR4302545.2018361/94‑1 (MQ=60)
CATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA < SRR4302545.7023733/94‑1 (MQ=60)
CATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCATGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA < SRR4302545.3500839/94‑1 (MQ=60)
ATCCCGTGCC‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCA > SRR4302545.6771106/1‑94 (MQ=60)
ATCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAG < SRR4302545.6483640/94‑1 (MQ=60)
TCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGC > SRR4302545.5526021/1‑94 (MQ=60)
TCCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGCGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTTAGC > SRR4302545.4120442/1‑94 (MQ=60)
CCCGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCT < SRR4302545.5225536/94‑1 (MQ=60)
CGTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCC > SRR4302545.6778762/1‑94 (MQ=60)
GTGC‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCC < SRR4302545.10325737/94‑1 (MQ=60)
C‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCCGCTCCCGGG > SRR4302545.4044418/1‑94 (MQ=60)
C‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGG < SRR4302545.8193142/94‑1 (MQ=60)
C‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGG < SRR4302545.7185061/94‑1 (MQ=60)
gcCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGG > SRR4302545.10725773/3‑94 (MQ=60)
gcCCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGG < SRR4302545.933985/92‑1 (MQ=60)
gcCCCCCCTGCGTGACAGGGCAAAACACAGGGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCCCACCTTCAGCTCCCCG > SRR4302545.4524770/3‑94 (MQ=60)
CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGG < SRR4302545.3362261/94‑1 (MQ=60)
CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCCGCTCCCGGGAA > SRR4302545.3691638/1‑94 (MQ=60)
CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGA > SRR4302545.654846/1‑94 (MQ=60)
CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGGGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCCGACCTTCAGCTCCCGGGGG > SRR4302545.9575003/1‑94 (MQ=60)
CCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGCGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGA > SRR4302545.9574999/1‑94 (MQ=60)
CCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGA > SRR4302545.2656177/1‑94 (MQ=60)
CCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGAT > SRR4302545.6321434/1‑94 (MQ=60)
CCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGCGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGAT > SRR4302545.4098775/1‑94 (MQ=60)
CTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATA > SRR4302545.3317581/1‑94 (MQ=60)
TGCGTGACAGTGCAAACCACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTGCGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATAT < SRR4302545.6090186/94‑1 (MQ=60)
TGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATAT > SRR4302545.8447321/1‑94 (MQ=60)
TGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATAT < SRR4302545.6090183/94‑1 (MQ=60)
TGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATAT < SRR4302545.6090185/94‑1 (MQ=60)
GCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGTTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATG < SRR4302545.947605/94‑1 (MQ=60)
GCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATG < SRR4302545.5710405/94‑1 (MQ=60)
GCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGATATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATG < SRR4302545.83379/94‑1 (MQ=60)
aggacagtgcaaacaccagggtgagtgactgcCCGGTGAACTGGGGGGTACGGCCTTCTGTTATCCACACCTGCAGCTCCCGGGGAGATATGCG < SRR4302545.9490876/62‑1 (MQ=56)
TGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGT < SRR4302545.4734053/94‑1 (MQ=60)
GACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTG < SRR4302545.7207003/94‑1 (MQ=60)
GACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTG < SRR4302545.1075839/94‑1 (MQ=60)
GACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGGGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGGACCTCAAGCTCCCGGGGGGATATGCGTG > SRR4302545.5292883/1‑94 (MQ=60)
GACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAAGTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTG < SRR4302545.2222996/94‑1 (MQ=60)
ACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGT < SRR4302545.6568821/94‑1 (MQ=60)
ACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGG > SRR4302545.2889893/1‑94 (MQ=60)
AGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGG < SRR4302545.3192336/94‑1 (MQ=60)
GCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGA > SRR4302545.9172151/1‑94 (MQ=60)
AAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACT > SRR4302545.1214367/1‑94 (MQ=60)
AAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTATGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTT > SRR4302545.3734264/1‑94 (MQ=60)
AAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTT > SRR4302545.730771/1‑94 (MQ=60)
AAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTT < SRR4302545.4281839/94‑1 (MQ=60)
CACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCA < SRR4302545.7019820/94‑1 (MQ=60)
ACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCTAC > SRR4302545.6652118/1‑94 (MQ=60)
ACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGCGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCAC > SRR4302545.5911042/1‑94 (MQ=60)
CAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACT < SRR4302545.8571859/94‑1 (MQ=60)
GTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAG > SRR4302545.4599577/1‑94 (MQ=60)
TGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGG < SRR4302545.10074674/94‑1 (MQ=60)
AGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCA < SRR4302545.8166039/94‑1 (MQ=60)
AGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCA < SRR4302545.3210916/94‑1 (MQ=60)
GTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > SRR4302545.7965676/1‑94 (MQ=60)
GTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAG > SRR4302545.7965960/1‑94 (MQ=60)
GAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCG < SRR4302545.1202663/94‑1 (MQ=60)
GAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCG < SRR4302545.7989940/94‑1 (MQ=60)
AATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGG > SRR4302545.7192082/1‑94 (MQ=60)
ATTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGCGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGG > SRR4302545.7556303/1‑94 (MQ=60)
TTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGA > SRR4302545.4012322/1‑94 (MQ=60)
TTACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCATCAGCTCTCGTGGAGAAATTTGATTGGGGACCTCCACTGCAGGCAGTGGGA > SRR4302545.9654489/1‑94 (MQ=34)
TACCGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGAT < SRR4302545.4527858/94‑1 (MQ=60)
CGGTGAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGAC < SRR4302545.2577458/94‑1 (MQ=60)
GAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGGTGACGTTC > SRR4302545.9569803/1‑94 (MQ=60)
GAACTGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTC > SRR4302545.8038888/1‑94 (MQ=60)
TGGTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTC > SRR4302545.6962823/1‑94 (MQ=60)
GTGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCC > SRR4302545.3873481/1‑94 (MQ=60)
TGGGTACGGCCTTCTGTTCTCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCT < SRR4302545.8421594/94‑1 (MQ=60)
TGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCT < SRR4302545.1084016/94‑1 (MQ=60)
TGGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCT < SRR4302545.8421592/94‑1 (MQ=60)
GGGTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTC < SRR4302545.7800220/94‑1 (MQ=60)
GTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCAC > SRR4302545.3060170/1‑94 (MQ=60)
GTACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCAC < SRR4302545.549592/94‑1 (MQ=60)
TACGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACA > SRR4302545.435371/1‑94 (MQ=60)
CGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCCGCTCCCGGGGAGATATGAGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGCCGTTCTCTCCCTCACAGA > SRR4302545.5072038/1‑94 (MQ=60)
CGGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGA > SRR4302545.5384424/1‑94 (MQ=60)
GGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAA < SRR4302545.405384/94‑1 (MQ=60)
GGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAA > SRR4302545.5062346/1‑94 (MQ=60)
|
TATGACCTTTGGCGAAGGCACCTCATCCCGTG‑‑‑CCCCCCTGCGTGACAGTGCAAAACACAGTGTGAGTGAATTACCGGTGAACTGGTGGGTACAGCCTTCTGTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGGGATGACGTTCTCTCCCTCACAGAA > NC_000913/2072347‑2072532
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
