Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F1 I2 R1	882	254.4	12957588	98.0%	12698436	93.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,190,907	T→C	S10P (TCC→CCC)	b3051 →	putative membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,190,907	0	T	C	99.5%	772.4 / NA	219	S10P (TCC→CCC)	b3051	putative membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (113/105); minor base A (1/0); total (114/105)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 223 total aligned reads displayed.

TTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGA  >  NC_000913/3190817‑3190995

tttGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGcccccc                                                                                        >  2:1402684/1‑93 (MQ=255)

 ttGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCccccct                                                                                       <  2:2500682/93‑1 (MQ=255)

  tGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTg                                                                                      <  2:5107446/93‑1 (MQ=255)

    gCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGa                                                                                    <  2:1297217/93‑1 (MQ=255)

    gCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGa                                                                                    <  2:3138591/93‑1 (MQ=255)

     cGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGAt                                                                                   >  2:4683947/1‑93 (MQ=255)

       gAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGt                                                                                 >  2:5264773/1‑93 (MQ=255)

       gAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGt                                                                                 >  2:3707186/1‑93 (MQ=255)

         aaaTAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGttt                                                                               >  1:4908807/1‑93 (MQ=255)

          aataatCCCTGGGCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTa                                                                              >  2:6177480/1‑93 (MQ=255)

          aataatCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTa                                                                              >  1:1243064/1‑93 (MQ=255)

            taatCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTAcc                                                                            >  1:2010657/1‑93 (MQ=255)

             aatCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCg                                                                           <  2:4115150/93‑1 (MQ=255)

                cccTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCaa                                                                        >  2:3935491/1‑93 (MQ=255)

                 ccTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAat                                                                       <  1:3753224/93‑1 (MQ=255)

                 ccTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAat                                                                       <  1:2331300/93‑1 (MQ=255)

                   tGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAatta                                                                     >  2:5970939/1‑93 (MQ=255)

                    ggCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAattat                                                                    >  1:2507306/1‑93 (MQ=255)

                    ggCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAattat                                                                    <  1:806946/93‑1 (MQ=255)

                     gCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAattatt                                                                   <  1:2643111/93‑1 (MQ=255)

                     gCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAattatt                                                                   <  1:3396576/93‑1 (MQ=255)

                     gCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAattatt                                                                   <  1:1434499/93‑1 (MQ=255)

                      ccccAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTg                                                                  <  1:5786447/93‑1 (MQ=255)

                       cccAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGc                                                                 >  2:2866238/1‑93 (MQ=255)

                        ccAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGcc                                                                >  1:6296821/1‑93 (MQ=255)

                           aaTATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTa                                                             <  1:1592230/93‑1 (MQ=255)

                           aaTATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCACCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTa                                                             >  1:3259771/1‑93 (MQ=255)

                            atatTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTAt                                                            >  2:2449760/1‑93 (MQ=255)

                             tatTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATg                                                           <  2:2093181/93‑1 (MQ=255)

                              atTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGc                                                          >  1:1071950/1‑93 (MQ=255)

                               ttGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCa                                                         <  1:4805816/93‑1 (MQ=255)

                               ttGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCa                                                         >  2:1069373/1‑93 (MQ=255)

                                tGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCAt                                                        >  1:1819327/1‑93 (MQ=255)

                                  tAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTc                                                      >  2:672463/1‑93 (MQ=255)

                                   aaTTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCt                                                     >  1:3493720/1‑93 (MQ=255)

                                   aaTTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCt                                                     >  2:5399783/1‑93 (MQ=255)

                                   aaTTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCt                                                     <  1:4016353/93‑1 (MQ=255)

                                   aaTTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCt                                                     <  2:421747/93‑1 (MQ=255)

                                      ttattaATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGtt                                                  >  2:5991685/1‑93 (MQ=255)

                                       tattaATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGttt                                                 >  1:3535431/1‑93 (MQ=255)

                                       tattaATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGttt                                                 >  2:262783/1‑93 (MQ=255)

                                        attaATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTtta                                                <  1:6479/93‑1 (MQ=255)

                                        attaATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTtta                                                >  1:2937869/1‑93 (MQ=255)

                                          taATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTttatt                                              >  1:4363613/1‑93 (MQ=255)

                                            aTCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTtattat                                            <  1:91748/93‑1 (MQ=255)

                                             tCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTattatt                                           >  1:1023491/1‑93 (MQ=255)

                                              cAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTg                                          >  2:891115/1‑93 (MQ=255)

                                               aaaaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTgg                                         >  1:5065001/1‑93 (MQ=255)

                                               aaaaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTgg                                         <  1:3650137/93‑1 (MQ=255)

                                                aaaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGa                                        <  2:4022144/93‑1 (MQ=255)

                                                aaaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGa                                        >  1:131918/1‑93 (MQ=255)

                                                 aaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGaa                                       >  1:1495440/1‑93 (MQ=255)

                                                 aaGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTAATATTGGaa                                       >  1:3027045/1‑93 (MQ=255)

                                                  aGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAat                                      >  1:5662631/1‑93 (MQ=255)

                                                  aGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAat                                      >  2:6333167/1‑93 (MQ=255)

                                                   ggAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatt                                     >  1:6082007/1‑93 (MQ=255)

                                                   ggAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatt                                     >  1:3967567/1‑93 (MQ=255)

                                                   ggAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatt                                     <  1:4763137/93‑1 (MQ=255)

                                                    gAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatta                                    <  2:4485466/93‑1 (MQ=255)

                                                    gAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatta                                    <  1:3021343/93‑1 (MQ=255)

                                                    gAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAatta                                    <  1:4270451/93‑1 (MQ=255)

                                                     aaaTTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAattat                                   >  1:4841396/1‑93 (MQ=255)

                                                     aaaTTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAattat                                   <  1:6285807/93‑1 (MQ=255)

                                                      aaTTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAattatt                                  >  1:2566177/1‑93 (MQ=255)

                                                       aTTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAttt                                 <  1:531580/93‑1 (MQ=255)

                                                        tttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAtttt                                >  2:3637131/1‑93 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               >  2:1728619/1‑93 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               <  2:567812/93‑1 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               >  2:5296136/1‑93 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               <  1:4949067/93‑1 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               <  1:4580574/93‑1 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               <  1:5481800/93‑1 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               <  1:5577971/93‑1 (MQ=255)

                                                         ttAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTc                               >  2:2228812/1‑93 (MQ=255)

                                                          taataaTGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCg                              <  1:2172100/93‑1 (MQ=255)

                                                          taataaTGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCg                              >  2:2564229/1‑93 (MQ=255)

                                                           aataatGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGc                             <  1:5129633/93‑1 (MQ=255)

                                                            ataatGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGcc                            >  2:1977822/1‑93 (MQ=255)

                                                            ataatGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGcc                            <  1:6017609/93‑1 (MQ=255)

                                                             taatGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCa                           >  1:5434249/1‑93 (MQ=255)

                                                              aatGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAg                          >  2:3897525/1‑93 (MQ=255)

                                                               atGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAgg                         <  2:3251729/93‑1 (MQ=255)

                                                                  gatgatATTGTTAAGTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTTCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGctc                      <  1:3526464/93‑1 (MQ=255)

                                                                   atgatATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGctct                     >  1:4111561/1‑93 (MQ=255)

                                                                    tgatATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTa                    >  2:4261058/1‑93 (MQ=255)

                                                                    tgatATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTa                    <  1:1779409/93‑1 (MQ=255)

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                                                                        atTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTAtcgt                >  1:1600084/1‑93 (MQ=255)

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                                                                            ttAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTcgcg            >  1:4446631/1‑93 (MQ=255)

                                                                              aaTTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCt          <  2:3847874/93‑1 (MQ=255)

                                                                               aTTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCtt         <  2:3322546/93‑1 (MQ=255)

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                                                                                   tgtgCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGc     >  1:4180617/1‑93 (MQ=255)

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TTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGA  >  NC_000913/3190817‑3190995

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 31 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

BRESEQ :: bam2aln output

ATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  >  NC_000913/3190814‑3191000

ATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCC                                                                                               >  SRR4302537.3386097/1‑94 (MQ=60)

 TATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCC                                                                                              <  SRR4302537.1545488/94‑1 (MQ=60)

  ATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCC                                                                                             >  SRR4302537.5499713/1‑94 (MQ=60)

     TGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGG                                                                                          <  SRR4302537.1255220/94‑1 (MQ=60)

     TGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGG                                                                                          >  SRR4302537.397577/1‑94 (MQ=60)

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      GGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGA                                                                                         <  SRR4302537.94825/94‑1 (MQ=60)

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          GAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTT                                                                                     <  SRR4302537.4181930/94‑1 (MQ=60)

           AAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTT                                                                                    >  SRR4302537.4942687/1‑94 (MQ=60)

            AAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTA                                                                                   >  SRR4302537.1251725/1‑94 (MQ=60)

              ATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACC                                                                                 >  SRR4302537.2024671/1‑94 (MQ=60)

                 ATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCA                                                                              <  SRR4302537.5806632/94‑1 (MQ=60)

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                    CCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATT                                                                           <  SRR4302537.3779583/94‑1 (MQ=60)

                    CCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATT                                                                           <  SRR4302537.2347735/94‑1 (MQ=60)

                     CTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTA                                                                          >  SRR4302537.5625332/1‑94 (MQ=60)

                      TGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTAT                                                                         >  SRR4302537.2524946/1‑94 (MQ=60)

                      TGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTAT                                                                         <  SRR4302537.4910830/94‑1 (MQ=60)

                      TGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTAT                                                                         <  SRR4302537.870028/94‑1 (MQ=60)

                       GGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATT                                                                        <  SRR4302537.812483/94‑1 (MQ=60)

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                        GCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTG                                                                       <  SRR4302537.2661602/94‑1 (MQ=60)

                        GCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTG                                                                       <  SRR4302537.1444476/94‑1 (MQ=60)

                        GCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTG                                                                       <  SRR4302537.3420634/94‑1 (MQ=60)

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                         CCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGC                                                                      >  SRR4302537.298648/1‑94 (MQ=60)

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                           CCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCG                                                                    <  SRR4302537.3044631/94‑1 (MQ=60)

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                                                     AGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATT                                          >  SRR4302537.3995330/1‑94 (MQ=60)

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                                                       GAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAT                                        >  SRR4302537.5145053/1‑94 (MQ=60)

                                                       GAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAT                                        <  SRR4302537.4300120/94‑1 (MQ=60)

                                                       GAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAT                                        >  SRR4302537.4874811/1‑94 (MQ=60)

                                                       GAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTAT                                        <  SRR4302537.3042405/94‑1 (MQ=60)

                                                        AAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATT                                       <  SRR4302537.6328901/94‑1 (MQ=60)

                                                        AAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATT                                       <  SRR4302537.1723784/94‑1 (MQ=60)

                                                        AAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATT                                       >  SRR4302537.2728590/1‑94 (MQ=60)

                                                        AAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATT                                       >  SRR4302537.2293425/1‑94 (MQ=60)

                                                        AAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATT                                       >  SRR4302537.2584158/1‑94 (MQ=60)

                                                          ATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTT                                     <  SRR4302537.535228/94‑1 (MQ=60)

                                                          ATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTT                                     <  SRR4302537.6300041/94‑1 (MQ=60)

                                                           TTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTC                                    >  SRR4302537.258758/1‑94 (MQ=60)

                                                           TTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTC                                    <  SRR4302537.4776387/94‑1 (MQ=60)

                                                            TTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCG                                   <  SRR4302537.4983183/94‑1 (MQ=60)

                                                            TTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCG                                   <  SRR4302537.5519226/94‑1 (MQ=60)

                                                            TTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCG                                   <  SRR4302537.4612260/94‑1 (MQ=60)

                                                            TTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCG                                   <  SRR4302537.5616096/94‑1 (MQ=60)

                                                            TTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCC                                   >  SRR4302537.1526089/1‑94 (MQ=60)

                                                             TAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGC                                  >  SRR4302537.2532314/1‑94 (MQ=60)

                                                             TAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGC                                  <  SRR4302537.2187412/94‑1 (MQ=60)

                                                              AATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCC                                 <  SRR4302537.5164983/94‑1 (MQ=60)

                                                               ATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCA                                <  SRR4302537.6058949/94‑1 (MQ=60)

                                                               ATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCA                                >  SRR4302537.5471317/1‑94 (MQ=60)

                                                               ATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCA                                >  SRR4302537.4315491/1‑94 (MQ=60)

                                                               ATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCA                                >  SRR4302537.3641097/1‑94 (MQ=60)

                                                                TAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAG                               >  SRR4302537.4681090/1‑94 (MQ=60)

                                                                 AATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGG                              <  SRR4302537.4457577/94‑1 (MQ=60)

                                                                 AATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGG                              <  SRR4302537.3130296/94‑1 (MQ=60)

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                                                                       TGATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTAT                        >  SRR4302537.1611148/1‑94 (MQ=60)

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                                                                        GATATTGTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATC                       <  SRR4302537.1795705/94‑1 (MQ=60)

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                                                                              GTTAATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCG                 >  SRR4302537.4477340/1‑94 (MQ=60)

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                                                                                 AATTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTT              >  SRR4302537.4873184/1‑94 (MQ=60)

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                                                                                   TTCTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCG            <  SRR4302537.902685/94‑1 (MQ=60)

                                                                                     CTGTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGC          >  SRR4302537.4209799/1‑94 (MQ=60)

                                                                                       GTGCCCCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAG        >  SRR4302537.1648519/1‑94 (MQ=60)

                                                                                            CCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAA   >  SRR4302537.523491/1‑94 (MQ=60)

                                                                                            CCCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAA   >  SRR4302537.395556/1‑94 (MQ=60)

                                                                                             CCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  >  SRR4302537.4204107/1‑94 (MQ=60)

                                                                                             CCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  <  SRR4302537.4122510/94‑1 (MQ=60)

                                                                                             CCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  >  SRR4302537.476161/1‑94 (MQ=60)

                                                                                             CCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  >  SRR4302537.5930528/1‑94 (MQ=60)

ATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCTTCGGCAGAGCAAG  >  NC_000913/3190814‑3191000

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 0 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 31 ≤` `ATCG/ATCG` `< 35 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`