Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I2 R1
|
882 |
254.4 |
12957588 |
98.0% |
12698436 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,980,297 |
(C)8→9 |
noncoding (79/87 nt) |
leuT → |
tRNA‑Leu |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,980,289 | 1 | . | C | 91.4%
| 527.8
/ 40.4
| 174 | noncoding (71/87 nt) | leuT | tRNA‑Leu |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/12); new base C (65/94); total (68/106) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 214 total aligned reads displayed.
CATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAAC > NC_000913/3980197‑3980376
|
attattAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑c < 1:5819150/93‑1 (MQ=255)
ttattaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc > 1:5023715/1‑93 (MQ=255)
ttattaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑T‑cc > 2:2795890/1‑93 (MQ=255)
tattaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c > 1:2737271/1‑93 (MQ=255)
tattaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c < 1:1992445/93‑1 (MQ=255)
tattaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c > 2:2948249/1‑93 (MQ=255)
attaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑T‑cc‑c‑c > 2:235770/1‑93 (MQ=255)
agtaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTAAA‑G‑T‑cc‑c‑c < 2:4982847/91‑1 (MQ=255)
ttaGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑cc < 1:3115054/93‑1 (MQ=255)
aGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑c < 2:3088394/93‑1 (MQ=255)
aGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGCTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑c > 2:6248722/1‑93 (MQ=255)
aaGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑ccc > 2:679997/1‑92 (MQ=255)
aaGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑ccc < 2:3772542/93‑2 (MQ=255)
aGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑ccct < 2:4254759/93‑3 (MQ=255)
aGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑ccct > 1:5401966/1‑91 (MQ=255)
aGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑T‑tc‑c‑ccc‑ccct > 2:5695191/1‑91 (MQ=255)
gTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑cc‑c‑ccc‑ccctc > 1:774818/1‑90 (MQ=255)
aCAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGcacca > 1:2071794/1‑93 (MQ=16)
aCAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGcacca < 2:3648089/93‑1 (MQ=16)
cAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGcaccac > 1:4290850/1‑93 (MQ=16)
aTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGa < 1:2585942/93‑1 (MQ=16)
aTGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGa > 2:1801869/1‑93 (MQ=16)
tGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGAc < 1:2827560/93‑1 (MQ=255)
tGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGAc < 1:13543/93‑1 (MQ=255)
tGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCC‑CCCCGccccacatat > 2:111406/1‑89 (MQ=11)
cGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACtt < 1:4437628/93‑1 (MQ=255)
gAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACttt < 2:900055/93‑1 (MQ=255)
aaGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACTACTTTa < 2:529245/93‑1 (MQ=255)
aGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTaa < 2:3951222/93‑1 (MQ=255)
gggggCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCGGGTTTTAGTGTCCTTACGGCCGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTaaa < 2:1510368/90‑1 (MQ=14)
gTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAg < 2:1287259/93‑1 (MQ=255)
tGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGa < 2:4928279/93‑1 (MQ=255)
cGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAAtt < 2:6123411/93‑1 (MQ=255)
cGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAAtt < 1:5532979/93‑1 (MQ=255)
cGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑CGCCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAAtt < 1:3753423/93‑1 (MQ=255)
ggAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTg < 1:2808730/93‑1 (MQ=255)
aaTTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCCCGACTTTAAAGAATTGaa > 1:5571416/1‑93 (MQ=255)
ttGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAAAAATTAACt > 1:4589616/1‑93 (MQ=14)
ggTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaa < 1:5656276/93‑1 (MQ=255)
ggTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaa < 1:1316223/93‑1 (MQ=255)
gTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa < 1:2693278/93‑1 (MQ=255)
tAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa > 2:3042360/1‑93 (MQ=255)
tAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa < 1:3541275/93‑1 (MQ=255)
tAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACAGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTaaaa < 1:3917830/93‑1 (MQ=255)
aGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAt < 1:142092/93‑1 (MQ=255)
gACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAt > 2:6468117/1‑93 (MQ=255)
cgcgCTCGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTCACGGACGTGGGGGTGCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAGTc < 2:5151278/93‑1 (MQ=18)
cgcTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCaa > 2:5869277/1‑93 (MQ=255)
gcTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGCACTAAAAATTCaaa > 1:2930039/1‑93 (MQ=255)
gcTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTTaaa > 1:1646136/1‑93 (MQ=255)
cTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCaaaa > 1:1955398/1‑93 (MQ=255)
cTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCaaaa > 2:5080352/1‑93 (MQ=255)
aGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTGGCCCCACGACTTGAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAg < 1:3176991/93‑1 (MQ=21)
aGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAg > 1:3086133/1‑93 (MQ=255)
gCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGCTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGAACTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGc > 2:1728130/1‑93 (MQ=21)
cTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCa < 1:5875327/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑GCC‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAg < 2:3826917/93‑1 (MQ=255)
ttCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAg > 2:702942/1‑93 (MQ=255)
ttCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCCCGCACCACGACTTTAAAAAAATGAACTAAAAAATCaaaaaaaag > 2:1351622/1‑89 (MQ=18)
tCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGG‑C‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt < 2:4730341/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt < 2:197559/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt > 1:1087448/1‑93 (MQ=255)
tCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt < 1:6352970/93‑1 (MQ=255)
tCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGt > 1:6272369/1‑93 (MQ=255)
cAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTa < 2:2716440/93‑1 (MQ=255)
aGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAt < 1:4050833/93‑1 (MQ=255)
aGGTGTTAGTGTACTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAt < 2:4434347/93‑1 (MQ=255)
ggTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAtt < 1:4880623/93‑1 (MQ=255)
ggTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAtt > 1:6212510/1‑93 (MQ=255)
gtgtTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAttt > 1:1019228/1‑93 (MQ=255)
gtgtTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTAttt < 2:2224007/93‑1 (MQ=255)
tgtTAGTGTCCTTACGGAGGTGGGGGTTCAA‑GCG‑CC‑C‑CCG‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc < 2:4199185/93‑1 (MQ=37)
tgtTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc > 2:3902922/1‑93 (MQ=255)
tgtTAGGGTCCTTACGGACGTGGGGGTTAAA‑GCC‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc < 2:593695/93‑1 (MQ=37)
gtttAGTGTCCTTACGGGCGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTc < 2:3459029/91‑1 (MQ=37)
gtTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGTTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg < 1:6107213/93‑1 (MQ=255)
gtTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑GCC‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCg < 2:4537675/93‑1 (MQ=255)
ttAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCgg < 1:1078193/93‑1 (MQ=255)
tAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGc < 1:95312/93‑1 (MQ=255)
gtgtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCgg > 2:5241881/1‑92 (MQ=255)
gtgtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGa < 1:1011227/93‑1 (MQ=255)
gtgtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGa > 2:2068606/1‑93 (MQ=255)
gtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGt < 2:5218624/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGt < 1:2992757/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCCGCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGt < 2:4288378/93‑1 (MQ=255)
tCCTTACGGACGTGGGGGGTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCCCGCACCACGACTTTAAAAAATTGAACTAAAAAATCAAAAAACAGTATTTTGGCGAGTa > 2:5793950/1‑93 (MQ=25)
ccTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAg < 2:3210886/93‑1 (MQ=255)
cTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAgc < 2:4046654/93‑1 (MQ=255)
cTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAgc < 1:862199/93‑1 (MQ=255)
tACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAgcgc < 1:4487712/93‑1 (MQ=255)
tACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAACAGTATTTTGGCGAGGAacgc > 1:5762299/1‑93 (MQ=37)
aCGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCa > 2:820479/1‑93 (MQ=255)
cGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑A‑CCAC‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAg < 1:2294228/93‑1 (MQ=255)
tGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGTCGAGTAGCGCAGCTTGGt > 1:3913515/1‑93 (MQ=255)
tGGGGGTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGt < 1:5176471/93‑1 (MQ=255)
gTTCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAgcgc > 1:4729889/1‑93 (MQ=255)
ttCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGAAGTATTTCTGCGAGTAGCGCAGCTTGGTGGCGCa > 2:2258784/1‑93 (MQ=255)
tCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa > 2:556868/1‑93 (MQ=255)
tCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa < 1:33810/93‑1 (MQ=255)
tCAA‑G‑TCCC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCaa > 2:860135/1‑93 (MQ=255)
|
CATTATTAGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAA‑G‑T‑CC‑C‑CCC‑CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAAC > NC_000913/3980197‑3980376
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCA > NC_000913/3980204‑3980389
|
AGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCC > SRR4302537.3299863/1‑94 (MQ=34)
AAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCct > SRR4302537.5438831/1‑92 (MQ=29)
AGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCctc > SRR4302537.780127/1‑91 (MQ=27)
TTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGC > SRR4302537.1840742/1‑94 (MQ=20)
GACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCA > SRR4302537.2086387/1‑94 (MQ=5)
GACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCAC > SRR4302537.818724/1‑94 (MQ=8)
ACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCAC < SRR4302537.1999240/94‑1 (MQ=5)
ACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCAC > SRR4302537.4320671/1‑94 (MQ=5)
ACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCcccccaccac > SRR4302537.4753569/1‑84 (MQ=3)
AATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTCCGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑CGA‑C‑CCCCCTCGCACCACGC > SRR4302537.3279940/1‑94 (MQ=2)
AATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGA < SRR4302537.3169354/94‑1 (MQ=5)
AATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCcccccccccacc > SRR4302537.1321700/1‑82 (MQ=0)
ATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGAC < SRR4302537.2604035/94‑1 (MQ=5)
TGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACT < SRR4302537.2847320/94‑1 (MQ=7)
TGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACT < SRR4302537.5266805/94‑1 (MQ=7)
TGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACT < SRR4302537.13647/94‑1 (MQ=7)
CGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTT < SRR4302537.4468266/94‑1 (MQ=12)
GAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCCCCACGACTTTA < SRR4302537.4489880/94‑1 (MQ=4)
GAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTA < SRR4302537.3057750/94‑1 (MQ=20)
AAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACCACTTTAA > SRR4302537.4848490/1‑94 (MQ=4)
AGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAA < SRR4302537.2599987/94‑1 (MQ=25)
GTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGA < SRR4302537.561229/94‑1 (MQ=29)
GTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGA < SRR4302537.54989/94‑1 (MQ=29)
TGGCGAAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGTTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAA < SRR4302537.6260203/94‑1 (MQ=29)
GGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAAT < SRR4302537.2934388/94‑1 (MQ=34)
GCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATT < SRR4302537.1934675/94‑1 (MQ=37)
GCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATT < SRR4302537.2783533/94‑1 (MQ=37)
CGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTG < SRR4302537.5570746/94‑1 (MQ=39)
CGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑CGCCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTG < SRR4302537.3779784/94‑1 (MQ=39)
GGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGA < SRR4302537.2828365/94‑1 (MQ=42)
GGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTTAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCccccactattttttctttcttt > SRR4302537.2279737/1‑72 (MQ=0)
GAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCCCGACTTTAAAGAATTGAA > SRR4302537.5609497/1‑94 (MQ=33)
ATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAaaaattaact > SRR4302537.4621357/1‑84 (MQ=26)
TGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAA > SRR4302537.6187389/1‑94 (MQ=54)
TGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAA > SRR4302537.777887/1‑94 (MQ=54)
GGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAA < SRR4302537.5694981/94‑1 (MQ=56)
GGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAA < SRR4302537.1325395/94‑1 (MQ=56)
GGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAA < SRR4302537.402205/94‑1 (MQ=56)
GTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAA < SRR4302537.2712102/94‑1 (MQ=60)
TAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAA < SRR4302537.3566291/94‑1 (MQ=60)
TAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAA < SRR4302537.2977229/94‑1 (MQ=60)
TAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAA > SRR4302537.1047479/1‑94 (MQ=60)
TAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACAGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAA < SRR4302537.3945215/94‑1 (MQ=59)
AGACGCTCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAT < SRR4302537.1434500/94‑1 (MQ=60)
AGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATT < SRR4302537.143101/94‑1 (MQ=60)
GACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATT > SRR4302537.277715/1‑94 (MQ=60)
GACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATT < SRR4302537.1085688/94‑1 (MQ=60)
CGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCA < SRR4302537.2291687/94‑1 (MQ=60)
CGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACAGCTTTAAAGAATTTGACTAAAAATTTA > SRR4302537.5884865/1‑94 (MQ=9)
GCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAA < SRR4302537.921558/94‑1 (MQ=60)
CGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGCACTAAAAATTCAAA > SRR4302537.2950614/1‑94 (MQ=60)
CGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTTAAA > SRR4302537.1657669/1‑94 (MQ=60)
CGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACCTTAAAAAATTGAACTAAAAATTCAAA > SRR4302537.3743862/1‑94 (MQ=47)
CGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACCACTTTAAAGAATTGAAATAAAAAATCAAA > SRR4302537.5782883/1‑94 (MQ=33)
GCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAA > SRR4302537.1968997/1‑94 (MQ=60)
GCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAA < SRR4302537.524464/94‑1 (MQ=60)
CTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAA > SRR4302537.1021759/1‑94 (MQ=60)
CTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAA < SRR4302537.493105/94‑1 (MQ=60)
CTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAA > SRR4302537.5153062/1‑94 (MQ=60)
TAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAG > SRR4302537.3107637/1‑94 (MQ=60)
TAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACGTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAA > SRR4302537.3822053/1‑94 (MQ=60)
TAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGCGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAG < SRR4302537.3444110/94‑1 (MQ=60)
AGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTGGCCCCACGACTTGAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGC < SRR4302537.3199319/94‑1 (MQ=45)
GCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCA > SRR4302537.444693/1‑94 (MQ=60)
CTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAG < SRR4302537.5915635/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGT < SRR4302537.5605976/94‑1 (MQ=60)
TTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGT > SRR4302537.1094954/1‑94 (MQ=60)
TTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGT > SRR4302537.6315412/1‑94 (MQ=60)
TCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTA < SRR4302537.6396341/94‑1 (MQ=60)
AGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATT < SRR4302537.4079157/94‑1 (MQ=60)
AGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATT > SRR4302537.6255303/1‑94 (MQ=60)
AGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACcacctttaaaaatttaaataaaaaataaaaaaacaatatt > SRR4302537.4628081/1‑54 (MQ=0)
GGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTT < SRR4302537.4378259/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTT > SRR4302537.1026252/1‑94 (MQ=60)
GGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTT < SRR4302537.4914340/94‑1 (MQ=60)
GTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTC < SRR4302537.137835/94‑1 (MQ=60)
TGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGCGTTTTAAGAATTGAACTAAAAATTCACAAAGCAGTATTTTG > SRR4302537.2666663/1‑94 (MQ=44)
TGTTAGTGCCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCG < SRR4302537.1344174/94‑1 (MQ=60)
GTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGTTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGG < SRR4302537.6149173/94‑1 (MQ=60)
TTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGC < SRR4302537.1085630/94‑1 (MQ=60)
TAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCG < SRR4302537.96009/94‑1 (MQ=60)
TAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCG < SRR4302537.204648/94‑1 (MQ=60)
TAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGAAGTATTTCGGCG > SRR4302537.2832973/1‑94 (MQ=60)
tgtggccttacgggtggGGGGGTTCAAG‑TCCC‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCG < SRR4302537.169921/77‑1 (MQ=60)
GTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAG < SRR4302537.1018196/94‑1 (MQ=60)
GTGTCCTTACGGACGTGGGGGGTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCCCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAATCAAAAAACAGCATTTCGGCGAG > SRR4302537.261083/1‑94 (MQ=59)
TGTCCTTACGGACGTGGGGGGTTAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCCCGCACCACGACCTTTAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAACAGTATTTTGGCGAGA > SRR4302537.1304251/1‑94 (MQ=44)
GTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTA < SRR4302537.3362486/94‑1 (MQ=60)
GTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTA < SRR4302537.3013640/94‑1 (MQ=60)
TCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAGCC‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCTCCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAG < SRR4302537.4562548/94‑1 (MQ=60)
CTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCG < SRR4302537.868111/94‑1 (MQ=60)
TTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAACAGTATTTTGGCGAGGAACGC > SRR4302537.5801774/1‑94 (MQ=60)
TACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCA < SRR4302537.4518754/94‑1 (MQ=60)
ACGGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAG < SRR4302537.6146720/94‑1 (MQ=60)
CGGACGTGGGGGTTCAAG‑A‑‑C‑CAC‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGC < SRR4302537.2310424/94‑1 (MQ=60)
GGACGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCT > SRR4302537.3129543/1‑94 (MQ=60)
CGTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGG < SRR4302537.1311092/94‑1 (MQ=60)
GTGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGTCGAGTAGCGCAGCTTGGT > SRR4302537.3940874/1‑94 (MQ=60)
TGGGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTA < SRR4302537.5212097/94‑1 (MQ=60)
GGGGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGC < SRR4302537.4226463/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGC < SRR4302537.6334080/94‑1 (MQ=60)
GGTTCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGC > SRR4302537.4762574/1‑94 (MQ=60)
TCAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAAC < SRR4302537.34079/94‑1 (MQ=60)
CAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACT < SRR4302537.6054741/94‑1 (MQ=60)
CAAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCACGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAAGTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACT < SRR4302537.5853605/94‑1 (MQ=60)
AAG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTG < SRR4302537.2191741/94‑1 (MQ=60)
AG‑TC‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCCAAAAGCAGTATTTCGGCGAGAAGCGCCGCTTGGGAGCGCCACTGG > SRR4302537.1339892/1‑94 (MQ=60)
G‑C‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTT < SRR4302537.5347902/94‑1 (MQ=60)
C‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTT > SRR4302537.6167043/1‑94 (MQ=60)
tcC‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTT > SRR4302537.1018979/3‑94 (MQ=60)
C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGG > SRR4302537.3552860/1‑94 (MQ=60)
CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGA > SRR4302537.3002924/1‑94 (MQ=60)
CCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGAC < SRR4302537.1576303/94‑1 (MQ=60)
CCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGAC > SRR4302537.5613683/1‑94 (MQ=60)
CCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGAC > SRR4302537.1196968/1‑94 (MQ=60)
CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCA < SRR4302537.3932849/94‑1 (MQ=60)
CCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCA > SRR4302537.4180704/1‑94 (MQ=60)
|
AGAAGTTGTGACAATGCGAAGGTGGCGGAATTGGTAGACGCGCTAGCTTCAGGTGTTAGTGTCCTTACGGACGTGGGGGTTCAAG‑T‑‑C‑C‑C‑CCCCCTCGCACCACGACTTTAAAGAATTGAACTAAAAATTCAAAAAGCAGTATTTCGGCGAGTAGCGCAGCTTGGTAGCGCAACTGGTTTGGGACCA > NC_000913/3980204‑3980389
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 2 ≤ ATCG/ATCG < 7 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
