Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate | Predicted Mutations | Mean Coverage | Total Reads | Percent Mapped | Mapped Reads | Average Read Length |
|---|---|---|---|---|---|---|
| A1 F1 I2 R1 | 882 | 254.4 | 12957588 | 98.0% | 12698436 | 93.0 |
Breseq alignment
| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,139,669 | +C | coding (233/330 nt) coding (132/159 nt) |
yijI → b4558 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,139,667 | 1 | . | C | 99.2% | 930.6 / ‑1.3 | 266 | coding (231/330 nt) coding (134/159 nt) | yijI b4558 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (119/144); total (121/145) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
GCTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAT > NC_000913/4139575‑4139754 | cTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑c < 2:2085542/93‑1 (MQ=255) ccTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccct < 1:1501313/93‑3 (MQ=255) cTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccctt > 2:1670080/1‑90 (MQ=255) cTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑ccctt > 2:5885717/1‑90 (MQ=255) tGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑cccttg < 1:4038779/93‑5 (MQ=255) ttCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCg < 1:1068595/93‑1 (MQ=255) tcgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCgg > 1:3672174/1‑93 (MQ=255) tcgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCgg < 2:4886041/93‑1 (MQ=255) cgtcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGt < 2:1304981/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 1:4469933/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa < 2:386488/93‑1 (MQ=255) tcgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCa > 2:2585071/1‑93 (MQ=255) cgGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAg < 1:2400802/93‑1 (MQ=255) gCCCCGGAAATCAGTACCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTg < 2:2678753/93‑1 (MQ=255) gCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTg < 2:3552451/93‑1 (MQ=255) ccGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCAGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTgcgc < 1:4493307/93‑1 (MQ=255) cGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCa < 1:2701127/93‑1 (MQ=255) ggAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAg < 2:6055717/93‑1 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAgg > 1:2449069/1‑93 (MQ=255) gAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAgg < 1:6048014/93‑1 (MQ=255) aaaTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGt < 2:4057363/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 2:3481259/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa < 1:5244617/93‑1 (MQ=255) aTCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTa > 1:554654/1‑93 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt > 2:4479413/1‑93 (MQ=255) tCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAt < 1:4860763/93‑1 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 1:4562441/1‑93 (MQ=255) aGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGc > 1:1750136/1‑93 (MQ=255) gTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGcc > 1:4732467/1‑93 (MQ=255) taccTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCa < 1:1016355/90‑1 (MQ=255) tAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCa > 1:3527410/1‑93 (MQ=255) aaCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc > 2:2276233/1‑93 (MQ=255) aaCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAc > 1:4242225/1‑93 (MQ=255) aCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACt < 2:5205981/93‑1 (MQ=255) aCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACt > 1:3260860/1‑93 (MQ=255) tGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGACCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCa > 1:2809163/1‑93 (MQ=255) gCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAt < 1:2674218/93‑1 (MQ=255) cAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAtt < 2:2243934/93‑1 (MQ=255) cAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAtt < 2:657971/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt < 2:2847846/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt > 1:6174499/1‑93 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAAttt < 2:1394044/93‑1 (MQ=255) aGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGAAGGTTATGCCACTCAAttt > 2:1782540/1‑93 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtg > 2:3123422/1‑93 (MQ=255) gTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTtg > 2:5121647/1‑93 (MQ=255) tCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgat > 1:4210220/1‑93 (MQ=255) cgcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatg < 2:398998/93‑1 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:2952776/93‑1 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:2320465/93‑1 (MQ=255) gcccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGtgatga < 1:207009/93‑1 (MQ=255) ccgccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaa > 2:895961/1‑93 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa < 1:1146997/93‑1 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa > 2:2211855/1‑93 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa < 1:5744943/93‑1 (MQ=255) gccAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGaaaaa > 2:2452431/1‑93 (MQ=255) cAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGt > 2:5044428/1‑93 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTa < 2:4452472/93‑1 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTa < 2:1984372/93‑1 (MQ=255) aGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTa > 1:1634766/1‑93 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:1219361/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:4715288/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 1:3140501/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt < 2:4350940/93‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTAt > 2:759474/1‑93 (MQ=255) gTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTa > 1:5264724/1‑93 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 1:5677477/93‑1 (MQ=255) tATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTac < 2:5283070/93‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac < 1:3943131/93‑1 (MQ=255) tCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTacac < 1:2097257/93‑1 (MQ=255) cGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAcaca < 1:3499194/93‑1 (MQ=255) gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGc < 1:1394265/93‑1 (MQ=255) gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGc > 1:6463552/1‑93 (MQ=255) gTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGc < 2:3313494/93‑1 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCg > 2:517286/1‑93 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCg < 1:716074/93‑1 (MQ=255) tGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGACACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCg < 2:2343911/93‑1 (MQ=255) gCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGt < 1:3019494/93‑1 (MQ=255) aaTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTc > 2:4963377/1‑93 (MQ=255) aaTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTc < 2:4752542/93‑1 (MQ=255) aaTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACAAAGCGTTTc < 2:6273425/93‑1 (MQ=255) aTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCa < 1:1827306/93‑1 (MQ=255) aTCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCa > 1:1661950/1‑93 (MQ=255) cAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGACAAAGTATTACACAGCGTTTCAAc > 1:842413/1‑93 (MQ=255) aGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACATCGTTTTAACg > 2:6426598/1‑93 (MQ=255) aGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACg > 1:6265043/1‑93 (MQ=255) aGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACg < 1:509413/93‑1 (MQ=255) gcgcAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGt < 2:5543661/93‑1 (MQ=255) cgcAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTg < 2:425497/93‑1 (MQ=255) cgcAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTg < 2:2937164/93‑1 (MQ=255) gcAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTgg > 1:5965026/1‑93 (MQ=255) cAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGc < 1:4114696/93‑1 (MQ=255) aGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCtt > 1:4983150/1‑93 (MQ=255) gggCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTg > 2:3206888/1‑93 (MQ=255) gggCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTg > 2:3685250/1‑93 (MQ=255) ggCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGc > 1:4929246/1‑93 (MQ=255) ggCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGc > 1:4532516/1‑93 (MQ=255) gcgcTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGcc > 2:1588192/1‑93 (MQ=255) tttGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGAcg > 2:5653330/1‑93 (MQ=255) ggCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACgcgc < 2:232132/93‑1 (MQ=255) cGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAt < 2:3781619/93‑1 (MQ=255) | GCTTCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCAT > NC_000913/4139575‑4139754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
TCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC > NC_000913/4139578‑4139761 | TCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCCT > SRR4302537.681203/1‑94 (MQ=60)TCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCCT > SRR4302537.4061830/1‑94 (MQ=60) CCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCctt < SRR4302537.3190712/94‑4 (MQ=60) CCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCctt < SRR4302537.5300264/94‑4 (MQ=60) CCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCctt > SRR4302537.1618795/1‑91 (MQ=60) CCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCctt < SRR4302537.1511793/94‑4 (MQ=60) CTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTG > SRR4302537.2416505/1‑94 (MQ=60) TGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGC < SRR4302537.4067036/94‑1 (MQ=60) TTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGG < SRR4302537.1075961/94‑1 (MQ=60) TTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGG > SRR4302537.3698012/1‑94 (MQ=60) GTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCA < SRR4302537.6016653/94‑1 (MQ=60) TCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAG < SRR4302537.4500848/94‑1 (MQ=60) TCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAG < SRR4302537.6402635/94‑1 (MQ=60) CGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGT < SRR4302537.4998052/94‑1 (MQ=60) CGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGT < SRR4302537.2417712/94‑1 (MQ=60) GGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTG > SRR4302537.1824953/1‑94 (MQ=60) GCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGC > SRR4302537.1151202/1‑94 (MQ=60) CCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCG < SRR4302537.4933371/94‑1 (MQ=60) CCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCG < SRR4302537.6407072/94‑1 (MQ=60) CCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCG < SRR4302537.2074786/94‑1 (MQ=60) CCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCAGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCA < SRR4302537.4524390/94‑1 (MQ=60) CGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAG < SRR4302537.2719991/94‑1 (MQ=60) GGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGG > SRR4302537.2466297/1‑94 (MQ=60) GGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGG < SRR4302537.5727615/94‑1 (MQ=60) GGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGG < SRR4302537.1662312/94‑1 (MQ=60) GGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGG < SRR4302537.2104484/94‑1 (MQ=60) GAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGT < SRR4302537.6089549/94‑1 (MQ=60) AAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTT > SRR4302537.3873224/1‑94 (MQ=60) AAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTT > SRR4302537.5666207/1‑94 (MQ=60) AAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTT > SRR4302537.303372/1‑94 (MQ=60) AAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTT > SRR4302537.4193399/1‑94 (MQ=60) AATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTA > SRR4302537.558472/1‑94 (MQ=60) AATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTA > SRR4302537.5284176/1‑94 (MQ=60) agtcgtaaacggcagttaaccccccgCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAT < SRR4302537.2523270/68‑1 (MQ=60) ATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAT < SRR4302537.6193613/94‑1 (MQ=60) ATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTAT < SRR4302537.5280707/94‑1 (MQ=60) TCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATG < SRR4302537.4894298/94‑1 (MQ=60) TCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATG < SRR4302537.5659231/94‑1 (MQ=60) TCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATG < SRR4302537.4215976/94‑1 (MQ=60) CAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGC > SRR4302537.4594022/1‑94 (MQ=60) CAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGC > SRR4302537.1762336/1‑94 (MQ=60) CAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGC > SRR4302537.1511535/1‑94 (MQ=60) AGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCC > SRR4302537.4765167/1‑94 (MQ=60) ACTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCC < SRR4302537.1431742/94‑1 (MQ=60) GTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGNNGTCAGTGCGCAGGTNATGNCA > SRR4302537.3297654/1‑94 (MQ=60) GTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCA > SRR4302537.3552358/1‑94 (MQ=60) GTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCA < SRR4302537.2232583/94‑1 (MQ=60) TACCTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAC < SRR4302537.1023354/94‑1 (MQ=60) TAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCAC > SRR4302537.4271718/1‑94 (MQ=60) AACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACT > SRR4302537.3283860/1‑94 (MQ=60) ACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTC > SRR4302537.2575784/1‑94 (MQ=60) ACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTC < SRR4302537.5189040/94‑1 (MQ=60) CTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCA > SRR4302537.5901653/1‑94 (MQ=60) CTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGACCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCA > SRR4302537.2828801/1‑94 (MQ=60) GCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATT < SRR4302537.2692895/94‑1 (MQ=60) CAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTT < SRR4302537.2802827/94‑1 (MQ=60) CAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTT > SRR4302537.6217024/1‑94 (MQ=60) AGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTG < SRR4302537.1275454/94‑1 (MQ=60) AGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTG < SRR4302537.3684706/94‑1 (MQ=60) TTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTG < SRR4302537.1732859/94‑1 (MQ=60) TTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCATTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTG > SRR4302537.3489208/1‑94 (MQ=60) ATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGAT > SRR4302537.4239588/1‑94 (MQ=60) ATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGAT > SRR4302537.5109284/1‑94 (MQ=60) TCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATG < SRR4302537.4242720/94‑1 (MQ=60) TCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATG < SRR4302537.4546263/94‑1 (MQ=60) CGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGA < SRR4302537.3148152/94‑1 (MQ=60) CGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGA > SRR4302537.4931755/1‑94 (MQ=60) CGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGA > SRR4302537.2624903/1‑94 (MQ=60) GCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAA < SRR4302537.2973498/94‑1 (MQ=60) GCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAA < SRR4302537.208496/94‑1 (MQ=60) GCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAA < SRR4302537.2336852/94‑1 (MQ=60) CCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAA < SRR4302537.4728989/94‑1 (MQ=60) CCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAA > SRR4302537.2840241/1‑94 (MQ=60) CCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAA > SRR4302537.2718756/1‑94 (MQ=60) CGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAA < SRR4302537.3548072/94‑1 (MQ=60) CGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAA < SRR4302537.1100484/94‑1 (MQ=60) CGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAA > SRR4302537.4003777/1‑94 (MQ=60) GCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAG < SRR4302537.5784284/94‑1 (MQ=60) GCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAG < SRR4302537.6267817/94‑1 (MQ=60) GCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAG < SRR4302537.1154972/94‑1 (MQ=60) GCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAG < SRR4302537.2433193/94‑1 (MQ=60) CCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGT > SRR4302537.5083920/1‑94 (MQ=60) CCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGT < SRR4302537.1685439/94‑1 (MQ=60) CAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTA > SRR4302537.1646217/1‑94 (MQ=60) CAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTA < SRR4302537.752201/94‑1 (MQ=60) GCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATT < SRR4302537.3162542/94‑1 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA > SRR4302537.4563574/1‑94 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA > SRR4302537.6012163/1‑94 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA < SRR4302537.1030955/94‑1 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA > SRR4302537.704355/1‑94 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA > SRR4302537.5300949/1‑94 (MQ=60) CGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTA < SRR4302537.4727075/94‑1 (MQ=60) GTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAC < SRR4302537.2186450/94‑1 (MQ=60) GTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTAC > SRR4302537.3531565/1‑94 (MQ=60) TATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACA < SRR4302537.5716322/94‑1 (MQ=60) ATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACAC > SRR4302537.2427522/1‑94 (MQ=60) TCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAGAGTATTACACA < SRR4302537.2102979/94‑1 (MQ=60) TCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACA < SRR4302537.3970709/94‑1 (MQ=60) TCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACA < SRR4302537.2112048/94‑1 (MQ=60) CGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAG < SRR4302537.3574259/94‑1 (MQ=60) CGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAG < SRR4302537.3523952/94‑1 (MQ=60) GGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGC < SRR4302537.451904/94‑1 (MQ=60) GGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGC > SRR4302537.3058623/1‑94 (MQ=60) GGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGC > SRR4302537.3208955/1‑94 (MQ=60) GGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGC > SRR4302537.6507339/1‑94 (MQ=60) GTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCG < SRR4302537.1403988/94‑1 (MQ=60) TGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGT < SRR4302537.720967/94‑1 (MQ=60) GCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTT < SRR4302537.1793816/94‑1 (MQ=60) GCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTT < SRR4302537.3040544/94‑1 (MQ=60) CAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTC > SRR4302537.4267255/1‑94 (MQ=60) AATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCA < SRR4302537.538775/94‑1 (MQ=60) AATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCA > SRR4302537.1673595/1‑94 (MQ=60) ATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAA < SRR4302537.1840037/94‑1 (MQ=60) TCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGACAAAGTATTACACAGCGTTTCAAC > SRR4302537.848187/1‑94 (MQ=60) TCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAAC < SRR4302537.4505398/94‑1 (MQ=60) TCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAAC < SRR4302537.4768212/94‑1 (MQ=60) TCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAAC < SRR4302537.4303769/94‑1 (MQ=60) CAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACG > SRR4302537.6308045/1‑94 (MQ=60) CAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACG < SRR4302537.6093690/94‑1 (MQ=60) AGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGT < SRR4302537.458879/94‑1 (MQ=60) AGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGT < SRR4302537.512912/94‑1 (MQ=60) AGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGT < SRR4302537.2708164/94‑1 (MQ=60) AGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGT > SRR4302537.273236/1‑94 (MQ=60) CGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGG > SRR4302537.6005965/1‑94 (MQ=60) CGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGG < SRR4302537.3903815/94‑1 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT < SRR4302537.5337069/94‑1 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT > SRR4302537.443583/1‑94 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT < SRR4302537.4143439/94‑1 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT > SRR4302537.4110839/1‑94 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT > SRR4302537.8179/1‑94 (MQ=60) CAAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACACAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCT < SRR4302537.4589470/94‑1 (MQ=60) AAGGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTT > SRR4302537.5017496/1‑94 (MQ=60) GGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGC > SRR4302537.4563904/1‑94 (MQ=60) GGGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGC > SRR4302537.4963221/1‑94 (MQ=60) GGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTTCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCC < SRR4302537.1174070/94‑1 (MQ=60) GGCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCC < SRR4302537.1600358/94‑1 (MQ=60) GCGCTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCG < SRR4302537.5180074/94‑1 (MQ=60) GTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGAC < SRR4302537.5008597/94‑1 (MQ=60) CTTTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGAC < SRR4302537.5836538/94‑1 (MQ=60) TTTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGC < SRR4302537.6255591/94‑1 (MQ=60) TTGGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCG < SRR4302537.3038237/94‑1 (MQ=60) GGCGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCA > SRR4302537.2360244/1‑94 (MQ=60) CGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATG > SRR4302537.3107315/1‑94 (MQ=60) CGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATG > SRR4302537.1185564/1‑94 (MQ=60) CGTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATG > SRR4302537.3874280/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGT > SRR4302537.2784679/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGT > SRR4302537.3063977/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGT > SRR4302537.6239538/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGT > SRR4302537.1398062/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGT > SRR4302537.1390068/1‑94 (MQ=60) GTTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGCTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGA > SRR4302537.5770273/1‑94 (MQ=60) TTGCCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTA < SRR4302537.5989394/94‑1 (MQ=60) tgcCCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTAC < SRR4302537.1865903/91‑1 (MQ=60) CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC < SRR4302537.4842038/94‑1 (MQ=60) CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC < SRR4302537.907593/94‑1 (MQ=60) CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC < SRR4302537.6239280/94‑1 (MQ=60) CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC < SRR4302537.1928697/94‑1 (MQ=60) CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC < SRR4302537.2238474/94‑1 (MQ=60) | TCCTGTTCGTCGGCCCCGGAAATCAGTAACTGGCAGTTATCGCCCGCCAGCGTATCGGTGCCAATCAGCGCAAGGGCGCTTTTGGCGTTG‑CCTTGCGGTCAGTGCGCAGGTTATGCCACTCAATTTGTGATGAAAAAGTATTACACAGCGTTTCAACGTGGCTTGCCGGACGCGCATGTACGCC > NC_000913/4139578‑4139761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |