Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,810,132 |
C→T |
R229C (CGC→TGC) |
emrA → |
EmrA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,810,132 | 0 | C | T | 86.3%
| 710.6
/ 68.8
| 263 | R229C (CGC→TGC) | emrA | EmrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/20); new base T (120/107); total (136/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.80e-02 |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
CCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAA > NC_000913/2810040‑2810223
|
gTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑Ccgctgc > 1:7452444/1‑93 (MQ=255)
gTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑Ccgctgc < 1:5259442/93‑1 (MQ=255)
gTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑Ccgccgc > 2:1475564/1‑93 (MQ=255)
gTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑Ccgccgc > 1:831890/1‑93 (MQ=255)
gTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑Ccgccgc > 2:6001145/1‑93 (MQ=255)
gCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCtgcgc < 1:6103043/93‑1 (MQ=255)
gCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCtgcgc > 2:3116664/1‑93 (MQ=255)
aaCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCgg > 1:2737118/1‑93 (MQ=255)
aaCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCgg > 1:4073525/1‑93 (MQ=255)
aaCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCgg < 1:5702136/93‑1 (MQ=255)
aaCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCgg > 1:189788/1‑93 (MQ=255)
aCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGt > 1:7066289/1‑93 (MQ=255)
aCAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGt > 2:4413250/1‑93 (MQ=255)
cAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTa > 1:2538349/1‑93 (MQ=255)
aGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTAc < 2:3793932/93‑1 (MQ=255)
ggCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACa > 1:4894277/1‑93 (MQ=255)
ggCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACa < 2:5275679/93‑1 (MQ=255)
gCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAg < 1:5023039/93‑1 (MQ=255)
gCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAg > 2:6923401/1‑93 (MQ=255)
tGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTTCTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGcc < 1:6144918/93‑1 (MQ=255)
tGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGcc > 1:584135/1‑93 (MQ=255)
ccACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTTGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCCCTGCGCGGTACAGCCTg > 1:7420545/1‑93 (MQ=255)
ccACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTg < 2:1600173/93‑1 (MQ=255)
ccACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTg < 2:6976685/93‑1 (MQ=255)
aCCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTggg < 1:4481055/93‑1 (MQ=255)
aCCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTggg < 1:4716212/93‑1 (MQ=255)
aCCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTggg > 1:2560167/1‑93 (MQ=255)
aCCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGCACAGCCTggg > 1:4362046/1‑93 (MQ=255)
cGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGgc < 2:2794902/93‑1 (MQ=255)
aaGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGgcgc > 1:2837329/1‑93 (MQ=255)
aGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCa > 2:4763456/1‑93 (MQ=255)
tACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCaaa < 2:1908441/93‑1 (MQ=255)
gTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTa > 2:784946/1‑93 (MQ=255)
tAACGCCTGGGTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAg < 1:1018390/93‑1 (MQ=255)
tAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAg > 2:1068370/1‑93 (MQ=255)
tAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAg > 2:5369545/1‑93 (MQ=255)
aaCGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGc > 2:1193457/1‑93 (MQ=255)
aCGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGcc > 2:2199982/1‑93 (MQ=255)
cGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGccc > 1:7410152/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCa > 1:2172367/1‑93 (MQ=255)
gCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCa < 2:5664809/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCaa < 2:7458347/93‑1 (MQ=255)
ccTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCaa > 2:5107688/1‑93 (MQ=255)
ctggctggCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAac < 2:2318982/93‑1 (MQ=255)
ctggctggCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAac < 1:5384175/93‑1 (MQ=255)
ctggctggCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAac > 2:294626/1‑93 (MQ=255)
tggctggcGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAacg > 1:205313/1‑93 (MQ=255)
tggctggcGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAacg > 1:6497577/1‑93 (MQ=255)
ggctggcGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAacga < 2:1775655/93‑1 (MQ=255)
ctggcGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAacgacg > 1:4253365/1‑93 (MQ=255)
gcgcTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGAcgccg > 2:350958/1‑93 (MQ=255)
cTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTg > 1:7204479/1‑93 (MQ=255)
tGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGa > 1:3982116/1‑93 (MQ=255)
gAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATg > 1:3332321/1‑93 (MQ=255)
gAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATg > 2:573576/1‑93 (MQ=255)
aGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATgg < 2:3313983/93‑1 (MQ=255)
gCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGc < 1:6592500/93‑1 (MQ=255)
gCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGc > 2:5870394/1‑93 (MQ=255)
gCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGc > 2:7156602/1‑93 (MQ=255)
cGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCg < 1:5066165/93‑1 (MQ=255)
gTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCgg > 2:3152206/1‑93 (MQ=255)
gTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCgg < 2:6510351/93‑1 (MQ=255)
tACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGt < 1:4884273/93‑1 (MQ=255)
tACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGt > 1:684789/1‑93 (MQ=255)
tACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGt < 2:6290495/93‑1 (MQ=255)
aCTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTc > 2:2061227/1‑93 (MQ=255)
tattatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTcc < 2:1409478/93‑1 (MQ=255)
attatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCa > 2:2043875/1‑93 (MQ=255)
attatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCa > 2:859307/1‑93 (MQ=255)
attatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCa < 1:5284944/93‑1 (MQ=255)
ttatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAg > 1:496007/1‑93 (MQ=255)
tatCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGc > 2:6605910/1‑93 (MQ=255)
aGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGccacc < 2:18431/93‑1 (MQ=255)
tCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCaa < 1:2627121/93‑1 (MQ=255)
tCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCaa < 2:6830850/93‑1 (MQ=255)
ccGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAat < 1:6410499/93‑1 (MQ=255)
cGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAata > 1:6927154/1‑93 (MQ=255)
gATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAatat > 1:2509656/1‑93 (MQ=255)
tGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgt < 2:414611/93‑1 (MQ=255)
tGACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgt > 1:170838/1‑93 (MQ=255)
gACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgtg < 1:2908218/93‑1 (MQ=255)
gACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgtg < 1:3724943/93‑1 (MQ=255)
gACCGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgtg < 2:4536469/93‑1 (MQ=255)
aCCGGTTATGTCTCGCCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAtgtg < 1:1189802/93‑1 (MQ=255)
ccGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGGACAGCCTGGGGAGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATgtggg > 1:5185524/1‑93 (MQ=255)
ccGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGGCGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATgtggg < 1:6214533/93‑1 (MQ=255)
cGGTTATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATgtgggt > 1:3520871/1‑93 (MQ=255)
ggTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATgtgggtg > 1:3132716/1‑93 (MQ=255)
gTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATgtgggtgg > 2:985645/1‑93 (MQ=255)
ttATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGa > 2:3001919/1‑93 (MQ=255)
tATGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGAt < 1:3594710/93‑1 (MQ=255)
tGTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGc > 2:7371264/1‑93 (MQ=255)
tGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGc > 1:1372796/1‑93 (MQ=255)
gTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGcc > 2:4946377/1‑93 (MQ=255)
gTCTC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGcc < 1:5885892/93‑1 (MQ=255)
tc‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAAc > 2:6421740/1‑93 (MQ=255)
tc‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAAc > 1:3112868/1‑93 (MQ=255)
c‑ccGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACt < 1:5508806/93‑1 (MQ=255)
cgctgcGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACttt < 2:5549535/93‑1 (MQ=255)
cgctgcGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACttt > 1:412271/1‑93 (MQ=255)
|
CCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCTC‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAA > NC_000913/2810040‑2810223
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GCCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAAAG > NC_000913/2810039‑2810225
|
GCCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCT > SRR4302542.4566684/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCT > SRR4302542.6638652/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGCTATGTCT‑C‑CCGCC > SRR4302542.2899120/1‑94 (MQ=60)
CGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGC > SRR4302542.5070423/1‑94 (MQ=60)
CGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGC > SRR4302542.2757384/1‑94 (MQ=60)
CGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGC > SRR4302542.7525416/1‑94 (MQ=60)
CGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGC > SRR4302542.839080/1‑94 (MQ=60)
GTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCG < SRR4302542.5310551/94‑1 (MQ=60)
GCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCG < SRR4302542.6162102/94‑1 (MQ=60)
CAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGG > SRR4302542.4113687/1‑94 (MQ=60)
CAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGG > SRR4302542.6828760/1‑94 (MQ=60)
CAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGG > SRR4302542.2763515/1‑94 (MQ=60)
CAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGG > SRR4302542.7499764/1‑94 (MQ=60)
CAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGG > SRR4302542.191397/1‑94 (MQ=60)
AACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGT < SRR4302542.5757480/94‑1 (MQ=60)
AACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGT > SRR4302542.7135648/1‑94 (MQ=60)
ACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTA > SRR4302542.841735/1‑94 (MQ=60)
ACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTA > SRR4302542.2562961/1‑94 (MQ=60)
CAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTAC < SRR4302542.5242022/94‑1 (MQ=60)
AGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACA > SRR4302542.4941864/1‑94 (MQ=60)
AGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACA > SRR4302542.2534211/1‑94 (MQ=60)
AGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACA < SRR4302542.6481549/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAG < SRR4302542.2352197/94‑1 (MQ=60)
GGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAG < SRR4302542.2161849/94‑1 (MQ=60)
GCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGC < SRR4302542.5071804/94‑1 (MQ=60)
CTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCC > SRR4302542.589176/1‑94 (MQ=60)
CTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCC < SRR4302542.1752134/94‑1 (MQ=60)
TGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTTCTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCT < SRR4302542.6204372/94‑1 (MQ=60)
TGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCT > SRR4302542.134542/1‑94 (MQ=60)
GCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTTGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCCCTGCGCGGTACAGCCTG > SRR4302542.7493150/1‑94 (MQ=60)
GCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTG > SRR4302542.5210653/1‑94 (MQ=60)
CCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGG > SRR4302542.479028/1‑94 (MQ=60)
CACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGGGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGG > SRR4302542.7176896/1‑94 (MQ=60)
CACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGG > SRR4302542.2584979/1‑94 (MQ=60)
CACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGCACAGCCTGGG > SRR4302542.4404876/1‑94 (MQ=60)
ACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGG < SRR4302542.4525045/94‑1 (MQ=60)
ACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGG < SRR4302542.5101367/94‑1 (MQ=60)
ACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGG < SRR4302542.4762186/94‑1 (MQ=60)
CGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCG > SRR4302542.5322771/1‑94 (MQ=60)
CGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCG > SRR4302542.3056912/1‑94 (MQ=60)
GAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGC > SRR4302542.2864598/1‑94 (MQ=60)
GAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGC > SRR4302542.2036449/1‑94 (MQ=60)
AAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCA < SRR4302542.5795041/94‑1 (MQ=60)
AGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAA < SRR4302542.7505212/94‑1 (MQ=60)
GTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAA > SRR4302542.3299039/1‑94 (MQ=60)
GTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAA > SRR4302542.2677948/1‑94 (MQ=60)
TACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAAT < SRR4302542.6287403/94‑1 (MQ=60)
ACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATT > SRR4302542.2155530/1‑94 (MQ=60)
ACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATT > SRR4302542.895586/1‑94 (MQ=60)
CGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTA < SRR4302542.703906/94‑1 (MQ=60)
TAACGCCTGGGTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGC < SRR4302542.1027164/94‑1 (MQ=60)
TAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGC > SRR4302542.5061012/1‑94 (MQ=60)
ACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCC < SRR4302542.7180987/94‑1 (MQ=60)
ACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCC > SRR4302542.7482678/1‑94 (MQ=60)
ACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCC < SRR4302542.6195063/94‑1 (MQ=60)
ACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CAGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCC < SRR4302542.5678628/94‑1 (MQ=60)
CGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCA > SRR4302542.2191066/1‑94 (MQ=60)
CGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCA > SRR4302542.463047/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACG > SRR4302542.2277546/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACG > SRR4302542.6561613/1‑94 (MQ=60)
CTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACG < SRR4302542.2618879/94‑1 (MQ=60)
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GGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGAC > SRR4302542.4162424/1‑94 (MQ=60)
GGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGAC < SRR4302542.5399725/94‑1 (MQ=60)
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GCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACG < SRR4302542.2956956/94‑1 (MQ=60)
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GGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCG < SRR4302542.3563979/94‑1 (MQ=60)
GCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTG > SRR4302542.7545961/1‑94 (MQ=60)
GCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTG > SRR4302542.7275187/1‑94 (MQ=60)
CTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGA > SRR4302542.5920439/1‑94 (MQ=60)
CTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGA > SRR4302542.5920128/1‑94 (MQ=60)
CTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGA > SRR4302542.4021395/1‑94 (MQ=60)
TGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGAT < SRR4302542.7003204/94‑1 (MQ=60)
TGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGAT < SRR4302542.7344070/94‑1 (MQ=60)
GGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATG < SRR4302542.1189657/94‑1 (MQ=60)
GGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATG > SRR4302542.3363682/1‑94 (MQ=60)
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GCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCG > SRR4302542.6800701/1‑94 (MQ=60)
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CGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGG < SRR4302542.4406412/94‑1 (MQ=60)
CGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGG < SRR4302542.5115398/94‑1 (MQ=60)
GTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGT > SRR4302542.690704/1‑94 (MQ=60)
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TACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTC < SRR4302542.1967817/94‑1 (MQ=60)
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ATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAG > SRR4302542.500279/1‑94 (MQ=60)
ATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAG < SRR4302542.5336326/94‑1 (MQ=60)
ATTATCAGGCCGATGACCGATTATGTCG‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAG < SRR4302542.5655264/94‑1 (MQ=60)
TTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGC > SRR4302542.5320765/1‑94 (MQ=60)
TTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGC > SRR4302542.4937579/1‑94 (MQ=60)
TTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGC > SRR4302542.4169448/1‑94 (MQ=60)
TCAGCCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCAC < SRR4302542.6028399/94‑1 (MQ=60)
CAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACC > SRR4302542.5349584/1‑94 (MQ=60)
TCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAAT < SRR4302542.4316210/94‑1 (MQ=60)
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TCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAAT < SRR4302542.2652502/94‑1 (MQ=60)
TCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAAT < SRR4302542.6027976/94‑1 (MQ=60)
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CCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATA < SRR4302542.5296410/94‑1 (MQ=60)
CGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAT > SRR4302542.2534005/1‑94 (MQ=60)
CGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAT > SRR4302542.6596786/1‑94 (MQ=60)
CGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAT < SRR4302542.6930842/94‑1 (MQ=60)
CGATGACCGGTAATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATAT < SRR4302542.4038875/94‑1 (MQ=60)
GATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATG < SRR4302542.5832888/94‑1 (MQ=60)
ATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGT < SRR4302542.6254315/94‑1 (MQ=60)
ATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGT > SRR4302542.353597/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGT > SRR4302542.172279/1‑94 (MQ=60)
ATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGT < SRR4302542.4379700/94‑1 (MQ=60)
TGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTG > SRR4302542.3144366/1‑94 (MQ=60)
GACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGG < SRR4302542.3761832/94‑1 (MQ=60)
GACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGG < SRR4302542.2936109/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTTATGTCTCC‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGG < SRR4302542.3746402/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTTATGTCT‑CGCCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGG < SRR4302542.1200049/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGG < SRR4302542.7486705/94‑1 (MQ=60)
ACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGGACAGCCTGGGGAGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGG > SRR4302542.5235903/1‑94 (MQ=60)
ACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGG < SRR4302542.7474214/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGT < SRR4302542.3980607/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGT > SRR4302542.3604694/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGT > SRR4302542.3553777/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGGCGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGT < SRR4302542.6275756/94‑1 (MQ=60)
CGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTG > SRR4302542.3162504/1‑94 (MQ=60)
GGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGG < SRR4302542.2607203/94‑1 (MQ=60)
GGTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGG < SRR4302542.51053/94‑1 (MQ=60)
GTTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGAGGA > SRR4302542.256392/1‑94 (MQ=60)
TTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAGCGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGAT < SRR4302542.6176378/94‑1 (MQ=60)
TTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGAT < SRR4302542.2856563/94‑1 (MQ=60)
TTATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGGGGAT > SRR4302542.5550177/1‑94 (MQ=60)
TATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATG < SRR4302542.3628235/94‑1 (MQ=60)
TATGTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATG < SRR4302542.4537415/94‑1 (MQ=60)
ATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGC > SRR4302542.1384657/1‑94 (MQ=60)
GTCT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCA < SRR4302542.5942937/94‑1 (MQ=60)
GTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCA < SRR4302542.658335/94‑1 (MQ=60)
CT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAAC > SRR4302542.3142445/1‑94 (MQ=60)
CT‑C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAAC > SRR4302542.1417452/1‑94 (MQ=60)
T‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACT > SRR4302542.3447206/1‑94 (MQ=60)
C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTT < SRR4302542.5562340/94‑1 (MQ=60)
C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTT > SRR4302542.4976987/1‑94 (MQ=60)
C‑CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTT > SRR4302542.1894852/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTT > SRR4302542.1504980/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTT > SRR4302542.415819/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTT < SRR4302542.1266456/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTA > SRR4302542.2446276/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTA < SRR4302542.2793919/94‑1 (MQ=60)
CGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTA > SRR4302542.5814809/1‑94 (MQ=60)
CGCTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAAATTTA > SRR4302542.1849541/1‑94 (MQ=60)
GCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAA > SRR4302542.4489254/1‑94 (MQ=60)
CTGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAAA > SRR4302542.5773537/1‑94 (MQ=60)
TGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAAAG > SRR4302542.4190224/1‑94 (MQ=60)
TGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAAAG > SRR4302542.899304/1‑94 (MQ=60)
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GCCGTGCAACAGGCTGCCACCGAAGTACGTAACGCCTGGCTGGCGCTGGAGCGTACTCGTATTATCAGTCCGATGACCGGTTATGTCT‑C‑CCGCCGCGCGGTACAGCCTGGGGCGCAAATTAGCCCAACGACGCCGCTGATGGCGGTCGTTCCAGCCACCAATATGTGGGTGGATGCCAACTTTAAAG > NC_000913/2810039‑2810225
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
