Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,108,438 |
C→A |
noncoding (56/76 nt) |
pheV → |
tRNA‑Phe |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,108,438 | 0 | C | A | 99.6%
| 862.0
/ NA
| 231 | noncoding (56/76 nt) | pheV | tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (90/140); minor base T (0/1); total (90/141) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAA > NC_000913/3108348‑3108527
|
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt > 1:1335823/1‑93 (MQ=255)
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt < 1:6131731/93‑1 (MQ=255)
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt > 1:2596731/1‑93 (MQ=255)
gagacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAt > 2:4684701/1‑93 (MQ=255)
agacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAtt > 2:3302341/1‑93 (MQ=255)
agacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAtt > 1:5060258/1‑93 (MQ=255)
gacgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTc > 2:365410/1‑93 (MQ=255)
acgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGGTTcc < 1:2471834/93‑1 (MQ=255)
acgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTcc < 2:3702901/93‑1 (MQ=255)
cgagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCg > 1:1077549/1‑93 (MQ=255)
gagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGa < 2:277472/93‑1 (MQ=255)
gagGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGa < 2:5594443/93‑1 (MQ=255)
agGCGAATCATGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAATCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAg < 2:7251981/93‑1 (MQ=255)
agGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAg > 2:2047567/1‑93 (MQ=255)
ggCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGt < 2:3951250/93‑1 (MQ=255)
gCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTc < 2:1059851/93‑1 (MQ=255)
cGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTcc < 1:5640658/93‑1 (MQ=255)
gAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCg < 1:3142939/93‑1 (MQ=255)
gAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCg < 1:4940443/93‑1 (MQ=255)
aaTCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCgg < 2:1116334/93‑1 (MQ=25)
aGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGcac < 1:1512696/93‑1 (MQ=14)
tAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTa < 2:1766435/93‑1 (MQ=18)
aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa > 2:5647862/1‑93 (MQ=21)
aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa > 1:867041/1‑93 (MQ=21)
aaTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTaa < 1:3685916/93‑1 (MQ=21)
aTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAt < 2:5315706/93‑1 (MQ=25)
aTGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAt < 2:3549346/93‑1 (MQ=25)
cgcCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCt < 2:608628/93‑1 (MQ=255)
gcCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCtt > 2:4152017/1‑93 (MQ=255)
ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTa < 1:698519/93‑1 (MQ=255)
ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTa > 1:6193182/1‑93 (MQ=255)
ccccGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTa > 2:6817527/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa > 2:702081/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa > 1:3798789/1‑93 (MQ=255)
cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa < 2:1563210/93‑1 (MQ=255)
cGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGa > 1:4463794/1‑93 (MQ=255)
gTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGaa < 2:5008867/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAc < 2:4237119/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAc < 2:4612771/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAc < 2:2943854/93‑1 (MQ=255)
ttGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAc < 1:3047113/93‑1 (MQ=255)
tGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAcc < 2:2833429/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAAccc < 2:5367687/93‑1 (MQ=255)
cccGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCg < 2:5803353/93‑1 (MQ=255)
cccGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCg < 2:3431147/93‑1 (MQ=255)
cccGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCg > 1:6577134/1‑93 (MQ=255)
ggATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGccc > 1:7347974/1‑93 (MQ=255)
gATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCca < 2:2137513/93‑1 (MQ=255)
tAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCcaca < 1:6494408/93‑1 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa < 2:3162493/93‑1 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa > 1:1790108/1‑93 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa > 2:672368/1‑93 (MQ=255)
aGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGAACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACaa < 2:4857668/93‑1 (MQ=255)
cTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAgg < 2:5143080/93‑1 (MQ=255)
tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGc < 1:7259438/93‑1 (MQ=255)
tCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGc < 1:5410747/93‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCgg < 2:7490880/93‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCgg < 1:5249190/93‑1 (MQ=255)
aGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCgg < 1:4213849/93‑1 (MQ=255)
gTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCggg > 1:2924296/1‑93 (MQ=255)
tCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGt < 1:2237628/93‑1 (MQ=255)
cGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtt > 2:6201898/1‑93 (MQ=255)
gTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGtttt > 1:4611700/1‑93 (MQ=255)
tAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGttttt < 1:3317206/93‑1 (MQ=255)
gagCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGc < 1:6285140/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCttt < 1:4783798/93‑1 (MQ=255)
cAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCttt < 1:220379/93‑1 (MQ=255)
aGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCtttt > 1:7465698/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg > 1:4983642/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg > 2:5573651/1‑93 (MQ=255)
ggggATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTg < 2:1435951/93‑1 (MQ=255)
gATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGAt < 1:7036090/93‑1 (MQ=255)
gATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGAt < 2:7419050/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 2:193246/93‑1 (MQ=255)
aTTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATc < 1:958876/93‑1 (MQ=255)
tGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTg < 2:6565099/93‑1 (MQ=255)
gAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa < 2:4878928/93‑1 (MQ=255)
gAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGa < 1:4512277/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAc < 1:5034537/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAc > 1:1638546/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAc > 1:3976649/1‑93 (MQ=255)
aaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACaa < 1:529965/93‑1 (MQ=255)
aaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACaa < 2:6370051/93‑1 (MQ=255)
aaTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACaa > 2:1199684/1‑93 (MQ=255)
aTCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAAt < 1:411167/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATa < 2:198507/93‑1 (MQ=255)
tCCCCGTGTCCTTGATTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATa < 1:5605845/93‑1 (MQ=255)
ccccGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATaa < 2:221022/93‑1 (MQ=255)
cccGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAc < 1:3458163/93‑1 (MQ=255)
cGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCt < 2:6244464/93‑1 (MQ=255)
tgtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTc > 2:2413310/1‑93 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa > 1:2115591/1‑93 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa < 2:6931551/93‑1 (MQ=255)
gtCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCa > 2:4552803/1‑93 (MQ=255)
tCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc < 1:1441765/93‑1 (MQ=255)
tCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAc > 1:1247464/1‑93 (MQ=255)
ttGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaa > 1:6797751/1‑93 (MQ=255)
ggTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAACTTCACGaaaa > 1:5223597/1‑93 (MQ=255)
gTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaaaaa > 2:2486669/1‑93 (MQ=255)
gTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGaaaaa < 2:4001599/93‑1 (MQ=255)
|
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAA > NC_000913/3108348‑3108527
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT > NC_000913/3108346‑3108531
|
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAG < SRR4302542.378291/94‑1 (MQ=49)
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAT > SRR4302542.1347324/1‑94 (MQ=43)
CGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGAT > SRR4302542.2621866/1‑94 (MQ=43)
GAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATT < SRR4302542.6191049/94‑1 (MQ=40)
GAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATT > SRR4302542.5109390/1‑94 (MQ=40)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC < SRR4302542.6076929/94‑1 (MQ=38)
AGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTC > SRR4302542.6453603/1‑94 (MQ=38)
ACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGGTTCCG < SRR4302542.2495821/94‑1 (MQ=32)
ACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCG > SRR4302542.1086806/1‑94 (MQ=33)
GAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAG < SRR4302542.2191000/94‑1 (MQ=28)
AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGT < SRR4302542.519322/94‑1 (MQ=25)
AGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGT > SRR4302542.3556550/1‑94 (MQ=25)
GGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTC < SRR4302542.4640046/94‑1 (MQ=23)
CGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCG > SRR4302542.908472/1‑94 (MQ=15)
CGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCG < SRR4302542.5695433/94‑1 (MQ=15)
GAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGG < SRR4302542.4988455/94‑1 (MQ=12)
GAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGG < SRR4302542.3172801/94‑1 (MQ=12)
GAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGG > SRR4302542.6894267/1‑94 (MQ=12)
AATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGG < SRR4302542.1660760/94‑1 (MQ=10)
ATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGC > SRR4302542.5622816/1‑94 (MQ=7)
CAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCAC > SRR4302542.1605619/1‑94 (MQ=2)
CAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCAC < SRR4302542.4460296/94‑1 (MQ=2)
AGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACC < SRR4302542.1525761/94‑1 (MQ=0)
GTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCAC < SRR4302542.21909/94‑1 (MQ=0)
TTAATGCGCCCCGTTGCCCGGGTAGCTCAGTCGGGAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCAACACTA > SRR4302542.3676776/1‑94 (MQ=0)
TAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAA > SRR4302542.874513/1‑94 (MQ=7)
AATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAT < SRR4302542.3722241/94‑1 (MQ=10)
AATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAAT < SRR4302542.5026929/94‑1 (MQ=10)
GCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTA > SRR4302542.6253477/1‑94 (MQ=25)
GCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTA < SRR4302542.5047927/94‑1 (MQ=25)
CCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAA < SRR4302542.704563/94‑1 (MQ=28)
CCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAA < SRR4302542.2253463/94‑1 (MQ=28)
CCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAA > SRR4302542.1977217/1‑94 (MQ=28)
CCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAG > SRR4302542.2413774/1‑94 (MQ=30)
CCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGA > SRR4302542.3836393/1‑94 (MQ=33)
CCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGA < SRR4302542.6784474/94‑1 (MQ=33)
CCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGA > SRR4302542.4507580/1‑94 (MQ=33)
CCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGA > SRR4302542.4730854/1‑94 (MQ=33)
CCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGA < SRR4302542.5234469/94‑1 (MQ=33)
TTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACC < SRR4302542.3076202/94‑1 (MQ=40)
TGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCC < SRR4302542.7077406/94‑1 (MQ=43)
TGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCC < SRR4302542.3068644/94‑1 (MQ=43)
TGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCC < SRR4302542.1422650/94‑1 (MQ=43)
GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCG < SRR4302542.3905859/94‑1 (MQ=45)
GCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCG > SRR4302542.6641944/1‑94 (MQ=45)
CCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCC > SRR4302542.3732236/1‑94 (MQ=50)
CGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCC > SRR4302542.417867/1‑94 (MQ=53)
CGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCC > SRR4302542.7419941/1‑94 (MQ=53)
TAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAA > SRR4302542.1805642/1‑94 (MQ=60)
TAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAA < SRR4302542.6558406/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGG < SRR4302542.3123868/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGG < SRR4302542.5297842/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGG < SRR4302542.5313569/94‑1 (MQ=60)
GCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGG < SRR4302542.7019951/94‑1 (MQ=60)
CTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGC < SRR4302542.4017357/94‑1 (MQ=60)
CTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGC > SRR4302542.1492894/1‑94 (MQ=60)
TCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCG < SRR4302542.5463301/94‑1 (MQ=60)
TCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCG < SRR4302542.7330607/94‑1 (MQ=60)
CAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGG < SRR4302542.5382417/94‑1 (MQ=60)
CAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGG < SRR4302542.4554467/94‑1 (MQ=60)
AGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGG > SRR4302542.2093322/1‑94 (MQ=60)
AGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGG < SRR4302542.5300215/94‑1 (MQ=60)
AGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGG > SRR4302542.2952314/1‑94 (MQ=60)
AGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGG < SRR4302542.4255377/94‑1 (MQ=60)
TCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTT < SRR4302542.2256872/94‑1 (MQ=60)
CGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTT > SRR4302542.6197511/1‑94 (MQ=60)
GGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTT < SRR4302542.49551/94‑1 (MQ=60)
GGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTT > SRR4302542.4656764/1‑94 (MQ=60)
GGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTT < SRR4302542.7346281/94‑1 (MQ=60)
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TAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTG < SRR4302542.5678453/94‑1 (MQ=60)
GAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCT < SRR4302542.6347074/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTT < SRR4302542.2950072/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTT < SRR4302542.4830426/94‑1 (MQ=60)
CAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTT > SRR4302542.7538840/1‑94 (MQ=60)
CAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTT < SRR4302542.222281/94‑1 (MQ=60)
CGGGGATTGAAAATCCCCGTGTTCTTGGGTTGATTCCGAGTTCGGGCACCCCTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTG < SRR4302542.7463048/94‑1 (MQ=60)
AGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTG > SRR4302542.5032004/1‑94 (MQ=60)
GGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGG < SRR4302542.6494492/94‑1 (MQ=60)
GGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGG < SRR4302542.2980776/94‑1 (MQ=60)
GGATTGAAAATTCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGGACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGCTTTTTCTTTTGGAT > SRR4302542.5426631/1‑94 (MQ=60)
GATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGGGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATC > SRR4302542.7328401/1‑94 (MQ=60)
GATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATC < SRR4302542.7105204/94‑1 (MQ=60)
GATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATC < SRR4302542.4554474/94‑1 (MQ=60)
GATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATC < SRR4302542.491318/94‑1 (MQ=60)
ATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTaaagaattagtggt < SRR4302542.2530221/94‑15 (MQ=60)
ATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCT < SRR4302542.967112/94‑1 (MQ=60)
ATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCT > SRR4302542.4145355/1‑94 (MQ=60)
ATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCT < SRR4302542.1505452/94‑1 (MQ=60)
TTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTG < SRR4302542.2512481/94‑1 (MQ=60)
TTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTG < SRR4302542.321350/94‑1 (MQ=60)
GAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAC > SRR4302542.1652705/1‑94 (MQ=60)
GAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAC < SRR4302542.4556496/94‑1 (MQ=60)
GAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGAC > SRR4302542.4015886/1‑94 (MQ=60)
AAAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACA < SRR4302542.5083414/94‑1 (MQ=60)
AAATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAA > SRR4302542.6608727/1‑94 (MQ=60)
AATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAAT < SRR4302542.534544/94‑1 (MQ=60)
ATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATA > SRR4302542.7458482/1‑94 (MQ=60)
ATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATA < SRR4302542.5083570/94‑1 (MQ=60)
ATCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATA < SRR4302542.414711/94‑1 (MQ=60)
TCCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAA < SRR4302542.6280270/94‑1 (MQ=60)
TCCCCGTGTCCTTGATTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAA < SRR4302542.5660304/94‑1 (MQ=60)
CCCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAC > SRR4302542.3374290/1‑94 (MQ=60)
CCCGTGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACC < SRR4302542.7577368/94‑1 (MQ=60)
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TGTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCA > SRR4302542.2133853/1‑94 (MQ=60)
GTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAC > SRR4302542.2283998/1‑94 (MQ=60)
GTCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCAC > SRR4302542.1258187/1‑94 (MQ=60)
TCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACG < SRR4302542.1454215/94‑1 (MQ=60)
TCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACG > SRR4302542.1174878/1‑94 (MQ=60)
TCCTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACG < SRR4302542.6030475/94‑1 (MQ=60)
CTTGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAA > SRR4302542.6864596/1‑94 (MQ=60)
TGGTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGGTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAAACTTCACGAAAA > SRR4302542.5274402/1‑94 (MQ=60)
GTTAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAA > SRR4302542.6514416/1‑94 (MQ=60)
TAGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAAT < SRR4302542.6017512/94‑1 (MQ=60)
AGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT > SRR4302542.3365831/1‑94 (MQ=60)
|
GACGAGACGAGGCGAATCAGGTTTAATGCGCCCCGTTGCCCGGATAGCTCAGTCGGTAGAGCAGGGGATTGAAAATCCCCGTGTCCTTGGTTCGATTCCGAGTCCGGGCACCACTAATTCTTAAGAACCCGCCCACAAGGCGGGTTTTTGCTTTTGGATCTGACAATAACCTTCACGAAAAAAATT > NC_000913/3108346‑3108531
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
