Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,142,620 |
T→C |
Q179R (CAG→CGG) |
hybA ← |
hydrogenase‑2 small subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,142,620 | 0 | T | C | 83.0%
| 615.7
/ 127.9
| 283 | Q179R (CAG→CGG) | hybA | hydrogenase‑2 small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/19); new base C (127/108); total (156/127) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC > NC_000913/3142529‑3142710
|
ctctTCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTg < 1:1261689/93‑1 (MQ=255)
tctTCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCgg < 1:3579417/93‑1 (MQ=255)
ctTCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGt > 2:62894/1‑93 (MQ=255)
ttCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGtt > 2:3929469/1‑93 (MQ=255)
ttCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGtt < 2:1713038/93‑1 (MQ=255)
cgcgTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGcac > 2:2128847/1‑93 (MQ=255)
cgcgTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGcac < 1:420522/93‑1 (MQ=255)
cgcgTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGcac < 1:2145609/93‑1 (MQ=255)
gcgTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGcaca > 1:5848857/1‑93 (MQ=255)
cgTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAg < 2:1815090/93‑1 (MQ=255)
gAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCa > 1:6934173/1‑93 (MQ=255)
gAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCa > 2:2094929/1‑93 (MQ=255)
gAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCa > 1:2008118/1‑93 (MQ=255)
aaaaTCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCAc < 1:4865512/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGTAc < 1:1734717/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCAc < 2:5459775/93‑1 (MQ=255)
aaaaTCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCAc > 2:1397301/1‑93 (MQ=255)
aaTCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACtt > 2:7375756/1‑93 (MQ=255)
tCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTAt < 1:4506310/93‑1 (MQ=255)
tCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTAt < 1:2577093/93‑1 (MQ=255)
cACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATg > 1:531768/1‑93 (MQ=255)
cACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATg > 1:6547996/1‑93 (MQ=255)
aCCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGc < 2:6920128/93‑1 (MQ=255)
aCCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGc < 2:2576094/93‑1 (MQ=255)
ccGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCa > 2:2250313/1‑93 (MQ=255)
cgcgCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAg > 2:7099385/1‑93 (MQ=255)
cgcgCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAg < 1:6317678/93‑1 (MQ=255)
cccgccGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCa > 1:1063504/1‑93 (MQ=255)
cgccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCAcc > 1:5517497/1‑93 (MQ=255)
gccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCa > 1:431014/1‑93 (MQ=255)
gccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCa > 2:1051876/1‑93 (MQ=255)
gccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCa > 1:1192021/1‑93 (MQ=255)
ccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCaa < 1:4074224/93‑1 (MQ=255)
ccgGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCaa > 1:381983/1‑93 (MQ=255)
gggCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAAc > 1:2433457/1‑93 (MQ=255)
gCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACgg > 1:1642389/1‑93 (MQ=255)
cacaCTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACggg < 2:5482682/93‑1 (MQ=255)
acacTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGgt > 2:7496518/1‑93 (MQ=255)
acTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGgttg < 1:5637407/93‑1 (MQ=255)
cTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGgttgt < 2:1473449/93‑1 (MQ=255)
ttCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGgttgtt > 1:1095607/1‑93 (MQ=255)
tCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGttgttg > 2:4519651/1‑93 (MQ=255)
tCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGttgttg > 1:5059836/1‑93 (MQ=255)
tCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGttgttg < 1:4648587/93‑1 (MQ=255)
cTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTtgttgt < 2:4610400/93‑1 (MQ=255)
tACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTa < 1:7021802/93‑1 (MQ=255)
cGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGt < 2:4326198/93‑1 (MQ=255)
gCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTc < 2:6099100/93‑1 (MQ=255)
cAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCg > 1:2952972/1‑93 (MQ=255)
gCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTa < 1:6087049/93‑1 (MQ=255)
cAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACt > 2:5998494/1‑93 (MQ=255)
cAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACt > 2:6995984/1‑93 (MQ=255)
aGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACtt > 2:3610161/1‑93 (MQ=255)
aGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACtt > 1:1490294/1‑93 (MQ=255)
ggTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTc < 2:4192361/93‑1 (MQ=255)
ggTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTc < 2:911143/93‑1 (MQ=255)
tAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCgg < 1:1368222/93‑1 (MQ=255)
tAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCgg < 1:7399391/93‑1 (MQ=255)
aGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGc > 2:7261556/1‑93 (MQ=255)
gACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCa > 2:3800833/1‑93 (MQ=255)
gACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCa > 2:6762821/1‑93 (MQ=255)
aCCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAc < 2:4732237/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAc < 1:2475836/93‑1 (MQ=255)
aCCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAc > 1:6694000/1‑93 (MQ=255)
gCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGtt < 1:3942288/93‑1 (MQ=255)
ccTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTg > 2:2415308/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTg > 2:349313/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTg > 2:5581735/1‑93 (MQ=255)
cTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGt > 2:2920051/1‑93 (MQ=255)
cTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGt < 1:7498184/93‑1 (MQ=255)
cTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGt > 2:5896871/1‑93 (MQ=255)
ttATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTAc > 1:868404/1‑93 (MQ=255)
cGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGAc < 2:3061990/93‑1 (MQ=255)
gagaCGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACa < 2:4807899/93‑1 (MQ=255)
gagaCGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACa < 1:6605587/93‑1 (MQ=255)
gagaCGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACa < 2:5621761/93‑1 (MQ=255)
gaCGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAgg > 2:1273405/1‑93 (MQ=255)
aCGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGc < 2:327549/93‑1 (MQ=255)
ttCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGAc > 1:5106259/1‑93 (MQ=255)
ccACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCa > 1:3513319/1‑93 (MQ=255)
ccACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCa < 1:4274750/93‑1 (MQ=255)
ccACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCa < 1:6469499/93‑1 (MQ=255)
cacaCCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCAt < 2:5839621/93‑1 (MQ=255)
cacaCCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCAt > 1:982522/1‑93 (MQ=255)
acacCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACATGCGACCATg > 2:4901396/1‑93 (MQ=255)
acacCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATg > 1:3675656/1‑93 (MQ=255)
cacCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGc < 1:6010682/93‑1 (MQ=255)
cacCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGc > 1:716717/1‑93 (MQ=255)
cacCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGc < 2:2948207/93‑1 (MQ=255)
acCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCa < 1:235067/93‑1 (MQ=255)
ccTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAg > 2:176358/1‑93 (MQ=255)
cTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGt > 2:4779337/1‑93 (MQ=255)
cTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGt > 1:6496435/1‑93 (MQ=255)
tttCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa > 2:5271996/1‑93 (MQ=255)
tttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa > 2:6638350/1‑93 (MQ=255)
tttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa < 2:4124509/93‑1 (MQ=255)
tttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa > 2:283915/1‑93 (MQ=255)
tttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa > 2:1180805/1‑93 (MQ=255)
tttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTa > 2:1851480/1‑93 (MQ=255)
ttCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTaa < 1:3079025/93‑1 (MQ=255)
|
CTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGCGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC > NC_000913/3142529‑3142710
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGCTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGGC > NC_000913/3142527‑3142713
|
AGCTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCC > SRR4302542.4272468/1‑94 (MQ=60)
CTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGG < SRR4302542.1272538/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGT < SRR4302542.6351326/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGT < SRR4302542.3612817/94‑1 (MQ=60)
TCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGT > SRR4302542.4082565/1‑94 (MQ=60)
CTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTT < SRR4302542.54774/94‑1 (MQ=60)
CTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTT < SRR4302542.3929506/94‑1 (MQ=60)
ACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCAC > SRR4302542.5611145/1‑94 (MQ=60)
CGCGTACCGAAAATCACCGCGGCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGAAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCAC > SRR4302542.2368244/1‑94 (MQ=60)
CGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACA > SRR4302542.5905580/1‑94 (MQ=60)
CGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACA < SRR4302542.424139/94‑1 (MQ=60)
CGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACA < SRR4302542.2164113/94‑1 (MQ=60)
GTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCT < SRR4302542.7221889/94‑1 (MQ=60)
TACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTC > SRR4302542.4450995/1‑94 (MQ=60)
ACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCG < SRR4302542.71224/94‑1 (MQ=60)
ACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCG < SRR4302542.2785780/94‑1 (MQ=60)
CGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCA > SRR4302542.2025464/1‑94 (MQ=60)
CGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCA < SRR4302542.6604638/94‑1 (MQ=60)
CGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCA > SRR4302542.7002254/1‑94 (MQ=60)
GAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCAC > SRR4302542.655985/1‑94 (MQ=60)
AAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACT < SRR4302542.4912885/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGTACT < SRR4302542.1749768/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACT < SRR4302542.6502001/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACT < SRR4302542.3527722/94‑1 (MQ=60)
AAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACT < SRR4302542.6790976/94‑1 (MQ=60)
AAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTT > SRR4302542.5556243/1‑94 (MQ=60)
AAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTT < SRR4302542.1225346/94‑1 (MQ=60)
ATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTAT < SRR4302542.3926454/94‑1 (MQ=60)
TCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATG > SRR4302542.536360/1‑94 (MQ=60)
TCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATG > SRR4302542.6612562/1‑94 (MQ=60)
TCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATG < SRR4302542.4550481/94‑1 (MQ=60)
TCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATG < SRR4302542.2602079/94‑1 (MQ=60)
ACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCA < SRR4302542.5871702/94‑1 (MQ=60)
CGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGC < SRR4302542.6379947/94‑1 (MQ=60)
GC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCG < SRR4302542.2464439/94‑1 (MQ=60)
C‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGC > SRR4302542.3845407/1‑94 (MQ=60)
GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCA > SRR4302542.1072646/1‑94 (MQ=60)
CCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACC > SRR4302542.5571118/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCA > SRR4302542.434744/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCA > SRR4302542.1202284/1‑94 (MQ=60)
CGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCA > SRR4302542.4269092/1‑94 (MQ=60)
GCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAA > SRR4302542.385307/1‑94 (MQ=60)
CCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAA < SRR4302542.4114392/94‑1 (MQ=60)
CGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAAC > SRR4302542.2457136/1‑94 (MQ=60)
GGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACG > SRR4302542.149756/1‑94 (MQ=60)
GGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGG > SRR4302542.1656580/1‑94 (MQ=60)
GCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGG < SRR4302542.999199/94‑1 (MQ=60)
CACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGT < SRR4302542.1185603/94‑1 (MQ=60)
CACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTGCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGT < SRR4302542.4406721/94‑1 (MQ=60)
ACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTT > SRR4302542.50422/1‑94 (MQ=60)
ACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGT < SRR4302542.5692149/94‑1 (MQ=60)
ACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGT < SRR4302542.5691023/94‑1 (MQ=60)
ACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGT > SRR4302542.6617769/1‑94 (MQ=60)
CTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTT > SRR4302542.1104992/1‑94 (MQ=60)
CTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTT > SRR4302542.1104993/1‑94 (MQ=60)
CTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGGTGTT < SRR4302542.7042960/94‑1 (MQ=60)
TTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTG < SRR4302542.6694920/94‑1 (MQ=60)
TTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTG < SRR4302542.1705359/94‑1 (MQ=60)
TTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTG > SRR4302542.5108963/1‑94 (MQ=60)
TCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGT < SRR4302542.4694036/94‑1 (MQ=60)
CTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTA > SRR4302542.3677292/1‑94 (MQ=60)
CTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGATGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTA > SRR4302542.7373235/1‑94 (MQ=60)
TACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAG < SRR4302542.7090795/94‑1 (MQ=60)
TACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAG < SRR4302542.6714109/94‑1 (MQ=60)
ACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGT > SRR4302542.4567588/1‑94 (MQ=60)
ACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGT < SRR4302542.1699388/94‑1 (MQ=60)
GCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCG > SRR4302542.2981243/1‑94 (MQ=60)
GCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTAC < SRR4302542.6145985/94‑1 (MQ=60)
GCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTAC < SRR4302542.1489557/94‑1 (MQ=60)
CAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTT > SRR4302542.4606107/1‑94 (MQ=60)
CAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTT > SRR4302542.1503181/1‑94 (MQ=60)
CAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTT > SRR4302542.192565/1‑94 (MQ=60)
TAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGC < SRR4302542.7471802/94‑1 (MQ=60)
TAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGC < SRR4302542.1380048/94‑1 (MQ=60)
AGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCA < SRR4302542.4733085/94‑1 (MQ=60)
AGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCA > SRR4302542.4869042/1‑94 (MQ=60)
AGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCA > SRR4302542.940219/1‑94 (MQ=60)
AGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCA > SRR4302542.3737792/1‑94 (MQ=60)
AGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCA > SRR4302542.5135625/1‑94 (MQ=60)
GACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAC > SRR4302542.1124073/1‑94 (MQ=60)
GACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAC > SRR4302542.2200525/1‑94 (MQ=60)
GACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAC < SRR4302542.7383963/94‑1 (MQ=60)
GACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCAC > SRR4302542.6759978/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACG > SRR4302542.6132799/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACG > SRR4302542.6554846/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACG > SRR4302542.5310132/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACG < SRR4302542.2499854/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACG > SRR4302542.3012123/1‑94 (MQ=60)
CCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGT > SRR4302542.3571042/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTT > SRR4302542.7090211/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTT > SRR4302542.2072173/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTT < SRR4302542.3576116/94‑1 (MQ=60)
CGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTT > SRR4302542.7574787/1‑94 (MQ=60)
CGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTT < SRR4302542.6461976/94‑1 (MQ=60)
GCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTG < SRR4302542.3981228/94‑1 (MQ=60)
CCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGT > SRR4302542.5137328/1‑94 (MQ=60)
CCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGT > SRR4302542.4031463/1‑94 (MQ=60)
CCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGT > SRR4302542.3487256/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTA > SRR4302542.4148672/1‑94 (MQ=60)
CTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTA < SRR4302542.7571887/94‑1 (MQ=60)
CTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTA > SRR4302542.1369844/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTAC > SRR4302542.875893/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTAC > SRR4302542.2576116/1‑94 (MQ=60)
TTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTAC < SRR4302542.434726/94‑1 (MQ=60)
TTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTAC > SRR4302542.2857771/1‑94 (MQ=60)
TTATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACG > SRR4302542.6533616/1‑94 (MQ=60)
ATCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGA > SRR4302542.2428688/1‑94 (MQ=60)
TCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGAC < SRR4302542.585696/94‑1 (MQ=60)
TCGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGAC < SRR4302542.806857/94‑1 (MQ=60)
CGAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACA < SRR4302542.6643989/94‑1 (MQ=60)
GAGACGTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAG < SRR4302542.6670665/94‑1 (MQ=60)
AGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGG > SRR4302542.4235970/1‑94 (MQ=60)
GTTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGAC > SRR4302542.5155858/1‑94 (MQ=60)
TTCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACC > SRR4302542.749319/1‑94 (MQ=60)
TCCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCA > SRR4302542.3546162/1‑94 (MQ=60)
CCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCAT < SRR4302542.6533241/94‑1 (MQ=60)
CCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCAT < SRR4302542.4316804/94‑1 (MQ=60)
CCACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCAT > SRR4302542.990981/1‑94 (MQ=60)
CACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATG > SRR4302542.3711311/1‑94 (MQ=60)
ACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGC > SRR4302542.120921/1‑94 (MQ=60)
ACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGC > SRR4302542.722901/1‑94 (MQ=60)
ACACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGC > SRR4302542.7476184/1‑94 (MQ=60)
CACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCA < SRR4302542.6068884/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCA < SRR4302542.609748/94‑1 (MQ=60)
CACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCA > SRR4302542.5937674/1‑94 (MQ=60)
ACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAG < SRR4302542.1779065/94‑1 (MQ=60)
ACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAG < SRR4302542.6033109/94‑1 (MQ=60)
ACCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAG < SRR4302542.237088/94‑1 (MQ=60)
CCTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGT > SRR4302542.6560454/1‑94 (MQ=60)
CTTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTA > SRR4302542.1516686/1‑94 (MQ=60)
TTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAA < SRR4302542.1366389/94‑1 (MQ=60)
TTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAA < SRR4302542.4278226/94‑1 (MQ=60)
TTTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAA < SRR4302542.2418890/94‑1 (MQ=60)
TTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC > SRR4302542.3102380/1‑94 (MQ=60)
TTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC < SRR4302542.2554642/94‑1 (MQ=60)
TTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC > SRR4302542.791812/1‑94 (MQ=60)
TTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC < SRR4302542.502664/94‑1 (MQ=60)
TTCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAAC < SRR4302542.3108355/94‑1 (MQ=60)
TCCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACG < SRR4302542.5249143/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGG < SRR4302542.5892191/94‑1 (MQ=60)
CCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGG > SRR4302542.5891162/1‑94 (MQ=60)
CCGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGG > SRR4302542.577832/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGGC > SRR4302542.6351211/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGGC > SRR4302542.2094951/1‑94 (MQ=60)
CGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGGC < SRR4302542.5294949/94‑1 (MQ=60)
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AGCTCTTCACGCGTACCGAAAATCACCGC‑GCCCGCCGGGCACACTTCTACGCAGCCAGGTAGACCGCCTTTATCGAGACGTTCCACACCTTTCTGGTTGCACAGCTCGCACTTATGCAGCGCACCAAACGGGTTGTTGTAGTCGTACTTCGGCACGTTGTACGGACAGGCGACCATGCAGTAACGGC > NC_000913/3142527‑3142713
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
