Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,242 |
+C |
intergenic (+55/‑342) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,240 | 1 | . | C | 99.4%
| 571.3
/ ‑4.2
| 175 | intergenic (+53/‑344) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (133/41); total (133/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAA > NC_000913/3237148‑3237326
|
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑c < 2:789611/93‑1 (MQ=255)
tGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑c > 2:4340066/1‑93 (MQ=255)
nnggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑c < 2:1453301/91‑1 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑cc < 1:5701240/93‑1 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑cc > 1:3856850/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑cc > 2:5426484/1‑93 (MQ=255)
gggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑cc < 1:6743005/93‑1 (MQ=255)
ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑ccc < 1:2445876/93‑2 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑ccct < 2:224921/93‑3 (MQ=255)
gTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑ccct < 1:6540648/93‑3 (MQ=255)
tGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑tct‑ccctc > 2:3320847/1‑90 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑Tctccctct‑ccc < 2:7109414/93‑2 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑Tctccctct‑cccttc < 1:858043/93‑5 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑Tctccctct‑cccttc < 1:3627186/93‑5 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑Tctccctct‑cccttc < 1:879868/93‑5 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:518318/93‑1 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCa < 1:1317171/93‑1 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCa > 2:2409597/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAg > 1:2773654/1‑93 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAg > 2:5535164/1‑93 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 1:3342992/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:2260637/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:2080082/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGga < 2:1535497/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:1644179/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:4189686/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag < 2:5998046/93‑1 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag > 2:7148821/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:6091968/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:7527732/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:4294926/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 2:532742/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag > 2:2625977/1‑93 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:2170639/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:172081/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTACCAGGGAGAggg < 2:4020563/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAgggg > 1:3710858/1‑92 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt > 1:4598408/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt > 1:3492140/1‑93 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:5886316/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATTATTATTTAATCTGCCTAAGCCGTGTGCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:891109/93‑1 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:4547741/93‑1 (MQ=255)
agcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCg > 2:4849813/1‑93 (MQ=255)
agcGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCg < 1:1065140/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:227987/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:1203330/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg < 1:7185669/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 2:6841388/1‑93 (MQ=255)
tGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg > 1:6938928/1‑93 (MQ=39)
ggATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:7388248/1‑93 (MQ=39)
gATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:190992/1‑93 (MQ=38)
gATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:5570662/1‑93 (MQ=38)
gATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:3801709/1‑93 (MQ=38)
tAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTa > 1:7340932/1‑93 (MQ=38)
aTT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 1:5883334/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 1:205864/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 2:7217685/1‑93 (MQ=38)
ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAttttt > 2:2761663/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 2:3377244/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 1:5202654/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 2:3466670/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 1:1758538/1‑93 (MQ=38)
tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 1:1423006/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:2831320/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 1:6771139/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:608739/1‑93 (MQ=38)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:4074614/1‑93 (MQ=38)
tAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 1:4402664/1‑93 (MQ=38)
ccGTGTCCCCTGTCTTTAACATGGCCCCCTTTTCCCCC‑CCCCC‑CCTCCCGGGGGGGGGGGGGGGGTGGGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTgg < 1:1141904/93‑1 (MQ=255)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 2:2820134/1‑93 (MQ=37)
gtgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGcc > 2:7039445/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:644008/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:5748873/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 1:6064565/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:214884/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 1:5801520/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGt > 1:2019404/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 2:1786484/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGtt > 1:6830096/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTc > 1:942279/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTtccc > 1:237401/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:3697794/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccc > 2:4938308/1‑93 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTGcccc > 2:2694363/1‑93 (MQ=37)
tCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTcccccc > 2:1570404/1‑91 (MQ=25)
cATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCa > 2:6044287/1‑93 (MQ=25)
cATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCa > 1:7040322/1‑93 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAc > 2:6161452/1‑93 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAc > 2:3450810/1‑93 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTccccccccccc > 1:4007070/1‑92 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCt > 2:631127/1‑93 (MQ=21)
aaCATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCAcccc > 2:5112886/1‑92 (MQ=25)
aCATGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCcccccccccc > 1:2555610/1‑91 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:1002071/1‑93 (MQ=21)
gCACCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCaccctcaccctc > 2:307114/1‑93 (MQ=18)
aCCGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc > 1:1099331/1‑93 (MQ=18)
ccGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTcc > 2:3241151/1‑93 (MQ=18)
ccGTTT‑‑TCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCCAACCCTCTcc > 2:1915564/1‑93 (MQ=18)
ttt‑‑tCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCCCCCCCAccccccccccc > 1:5192601/1‑92 (MQ=18)
ttt‑‑tCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCa > 2:4760769/1‑93 (MQ=18)
|
CTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATT‑TTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTT‑‑TCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAA > NC_000913/3237148‑3237326
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGC > NC_000913/3237149‑3237333
|
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CC > SRR4302542.3894948/1‑94 (MQ=60)
TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CC < SRR4302542.6634001/94‑1 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCC < SRR4302542.5756575/94‑1 (MQ=60)
GGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCC < SRR4302542.6809361/94‑1 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCct < SRR4302542.2469673/94‑3 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCct < SRR4302542.2301931/94‑3 (MQ=60)
GGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCct < SRR4302542.5719605/94‑3 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CC‑CT‑C < SRR4302542.2535232/94‑1 (MQ=60)
GTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CC‑CT‑C < SRR4302542.6605136/94‑1 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCT‑C > SRR4302542.3607152/1‑94 (MQ=60)
GAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCT‑C > SRR4302542.5088740/1‑94 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctccc > SRR4302542.1059202/1‑87 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctccc < SRR4302542.586251/94‑8 (MQ=60)
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctccc < SRR4302542.6829870/94‑8 (MQ=60)
TATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctccctt < SRR4302542.171958/94‑10 (MQ=60)
ATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctcccttc < SRR4302542.2671378/94‑11 (MQ=60)
TCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctcccttcc < SRR4302542.3660976/94‑12 (MQ=60)
TCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctcccttcc < SRR4302542.887469/94‑12 (MQ=60)
TCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCctctcccttcc < SRR4302542.865435/94‑12 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCA > SRR4302542.6220789/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCA < SRR4302542.1488754/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG > SRR4302542.2800373/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.1084964/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.3907309/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.1328523/94‑1 (MQ=60)
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GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGG > SRR4302542.3374458/1‑94 (MQ=60)
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ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.2098043/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.4231001/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.2280076/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.5852749/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA < SRR4302542.3708349/94‑1 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.1658387/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAG > SRR4302542.15015/1‑94 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGA > SRR4302542.6105086/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.7601742/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.6150940/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.4337172/94‑1 (MQ=60)
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AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGG < SRR4302542.7526215/94‑1 (MQ=60)
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AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGG > SRR4302542.3747571/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302542.4592256/94‑1 (MQ=60)
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CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG < SRR4302542.1142640/94‑1 (MQ=60)
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GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGT < SRR4302542.7256137/94‑1 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTG < SRR4302542.94204/94‑1 (MQ=60)
GGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGA > SRR4302542.3530320/1‑94 (MQ=60)
GTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAG > SRR4302542.7007098/1‑94 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGG > SRR4302542.7460574/1‑94 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGG > SRR4302542.7460575/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302542.5624793/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302542.192611/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302542.7412834/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGA > SRR4302542.5252101/1‑94 (MQ=60)
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TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTT > SRR4302542.207612/1‑94 (MQ=60)
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AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATAAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302542.2779122/1‑94 (MQ=60)
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ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302542.1435325/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302542.1773799/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302542.2858534/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302542.6837721/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302542.4445894/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302542.4398240/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302542.1296218/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGG > SRR4302542.6753040/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC > SRR4302542.4320956/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.1384031/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.649543/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.1863127/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG > SRR4302542.6123308/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑T > SRR4302542.5857821/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑T > SRR4302542.2036871/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TT > SRR4302542.6897219/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TT > SRR4302542.2217555/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTC > SRR4302542.950384/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGGAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTT > SRR4302542.1784102/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCC > SRR4302542.1999351/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTTCCC > SRR4302542.239442/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCC > SRR4302542.985963/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCC > SRR4302542.2409911/1‑94 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT‑TTCCCC > SRR4302542.6505479/1‑94 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTTCCCC > SRR4302542.1334795/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCA > SRR4302542.2094696/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCA > SRR4302542.7109472/1‑94 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCCC > SRR4302542.4188897/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACC > SRR4302542.6133684/1‑94 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCccccccc > SRR4302542.4046582/1‑87 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCT > SRR4302542.7232275/1‑94 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccc > SRR4302542.2580385/1‑82 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCccccccca > SRR4302542.4189079/1‑86 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccc > SRR4302542.2845226/1‑81 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccca > SRR4302542.80073/1‑80 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAAC > SRR4302542.1010696/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccaac > SRR4302542.1742264/1‑79 (MQ=60)
GCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTttccccccccccccccccc > SRR4302542.2782305/1‑75 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCcccccccccccccccc > SRR4302542.5266719/1‑78 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCccccccaccccctc > SRR4302542.7105440/1‑80 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTC > SRR4302542.1108744/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccaccccccccccc > SRR4302542.5243047/1‑70 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > SRR4302542.4576336/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCA > SRR4302542.3756415/1‑94 (MQ=60)
TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAA > SRR4302542.877946/1‑94 (MQ=60)
CCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccccccccccccccccacacggg > SRR4302542.264650/1‑62 (MQ=60)
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TGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGC > NC_000913/3237149‑3237333
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
