Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,237,247 |
+C |
intergenic (+60/‑337) |
ygjT → / → ygjU |
putative transport protein/putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.4%
| 573.6
/ ‑4.2
| 175 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (133/41); total (133/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGG > NC_000913/3237156‑3237332
|
aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cc < 1:6763346/93‑1 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccc > 1:1050165/1‑92 (MQ=255)
ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccc > 2:5111354/1‑92 (MQ=255)
tATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccct < 1:170517/93‑3 (MQ=255)
aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑ccctt > 2:2730303/1‑90 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cccttc < 1:879868/93‑5 (MQ=255)
tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑cccttc < 1:3627186/93‑5 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 1:3869080/93‑1 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa > 2:2409597/1‑93 (MQ=255)
ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 1:1075719/93‑1 (MQ=255)
gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAg < 2:4316010/93‑1 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 2:533217/1‑93 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg < 1:5232006/93‑1 (MQ=255)
cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAgg > 1:3342992/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga < 2:5649552/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:2080082/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 2:5207821/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga < 2:5175108/93‑1 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 2:3245659/1‑93 (MQ=255)
tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGga > 1:4189686/1‑93 (MQ=255)
gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgag > 1:14886/1‑93 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 2:5988868/93‑1 (MQ=255)
aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:6091968/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 1:7220703/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:7101702/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:172081/93‑1 (MQ=255)
tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGagag < 2:2170639/93‑1 (MQ=255)
aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAgg < 1:7453234/93‑1 (MQ=255)
agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTACCAGGGAGAggg < 2:4020563/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAgggg > 1:3710858/1‑92 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:3464001/93‑1 (MQ=255)
gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt > 1:3492140/1‑93 (MQ=255)
cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTc < 1:4547742/93‑1 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:6808604/1‑93 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:6215217/1‑93 (MQ=255)
gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:6035409/1‑93 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:227987/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:6842590/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 2:1203330/93‑1 (MQ=255)
cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:1132943/93‑1 (MQ=255)
ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCgggg < 2:1470457/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 2:4096715/93‑1 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 2:4938054/1‑93 (MQ=255)
gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt > 1:481193/1‑93 (MQ=255)
gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 2:815506/1‑93 (MQ=255)
ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:7388248/1‑93 (MQ=39)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 2:984160/1‑93 (MQ=38)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:190992/1‑93 (MQ=38)
gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAggg > 1:5570662/1‑93 (MQ=38)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgggga > 1:5201555/1‑91 (MQ=38)
tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTa > 2:581385/1‑93 (MQ=38)
aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTaa > 2:3478103/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 2:7276482/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 2:6066739/1‑93 (MQ=38)
aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAt > 1:5883334/1‑93 (MQ=38)
tttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtttt > 1:205864/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 2:6092749/1‑93 (MQ=38)
aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATAAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 1:2752587/1‑93 (MQ=38)
tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:2831320/1‑93 (MQ=38)
gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:7147930/1‑93 (MQ=38)
ccTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:3223450/1‑93 (MQ=37)
ccTAAGCCATGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:3361961/1‑93 (MQ=37)
cTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGAt > 2:4074614/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 1:1285149/1‑93 (MQ=38)
gCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg > 1:4355452/1‑93 (MQ=38)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 1:4278863/1‑93 (MQ=37)
cGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 2:2820134/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:1372171/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 1:644008/1‑93 (MQ=37)
tgtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCt > 2:6940685/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 1:6064565/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:4836199/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:1541432/1‑93 (MQ=37)
gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg > 2:214884/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑t > 1:5801520/1‑93 (MQ=37)
tACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑t > 1:2019404/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑tt > 2:1786484/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑tt > 1:2198624/1‑93 (MQ=37)
aCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑tt > 2:375415/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑c > 1:942279/1‑93 (MQ=37)
cccTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGGAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑ttt > 1:1768767/1‑92 (MQ=37)
tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑tccc > 1:237401/1‑93 (MQ=37)
tCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑cccccc > 2:1570404/1‑91 (MQ=25)
aTTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTccc > 1:4148034/1‑91 (MQ=37)
aTTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCAc > 2:5526253/1‑93 (MQ=25)
aaCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCt > 2:7166847/1‑93 (MQ=21)
aaCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCt > 1:7162021/1‑93 (MQ=25)
aCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑TCcccccccccc > 1:2555610/1‑91 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑TCccccccccccca > 1:79411/1‑89 (MQ=25)
aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAAc > 2:3401665/1‑93 (MQ=21)
aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAAc > 1:1002071/1‑93 (MQ=21)
gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCCCCCCCAccc > 2:6765478/1‑93 (MQ=21)
aCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCCCCCCCACCCcctc > 1:7036323/1‑93 (MQ=21)
ccGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCCAACCCTCTcc > 2:1915564/1‑93 (MQ=18)
ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCa > 1:4531947/1‑93 (MQ=18)
ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCCCCCCCCCACCCCCTccccc > 2:2674875/1‑92 (MQ=18)
tttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCaa > 1:870442/1‑93 (MQ=17)
ccctctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTT‑CCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCAAACgg > 1:2802275/2‑93 (MQ=18)
ccctctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCCAACggg > 1:734941/2‑93 (MQ=18)
cctctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCCCCAAACcgg > 1:6581341/1‑93 (MQ=18)
|
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TT‑CCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGG > NC_000913/3237156‑3237332
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AAACGGGGCGAGGGGA > NC_000913/3237161‑3237340
|
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCA > SRR4302542.6220789/1‑94 (MQ=60)
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCA < SRR4302542.1488754/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG > SRR4302542.2800373/1‑94 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.1084964/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.1328523/94‑1 (MQ=60)
GGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAG < SRR4302542.3907309/94‑1 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGG > SRR4302542.3374458/1‑94 (MQ=60)
GCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGG < SRR4302542.7453607/94‑1 (MQ=60)
CATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGG < SRR4302542.5282882/94‑1 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.2098043/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.4231001/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.5852749/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.1658387/1‑94 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA < SRR4302542.3708349/94‑1 (MQ=60)
ATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGA > SRR4302542.2280076/1‑94 (MQ=60)
TGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAG > SRR4302542.15015/1‑94 (MQ=60)
GATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGA > SRR4302542.6105086/1‑94 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.7601742/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.4337172/94‑1 (MQ=60)
ATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAG < SRR4302542.6150940/94‑1 (MQ=60)
TAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGG < SRR4302542.7291535/94‑1 (MQ=60)
AAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGG < SRR4302542.7526215/94‑1 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302542.4643365/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGT > SRR4302542.3524794/1‑94 (MQ=60)
AGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGG > SRR4302542.3747571/1‑94 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302542.4592255/94‑1 (MQ=60)
CAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCG < SRR4302542.4592256/94‑1 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302542.5430871/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302542.6875539/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG > SRR4302542.3443470/1‑94 (MQ=60)
AGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGG < SRR4302542.1074297/94‑1 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG < SRR4302542.1142640/94‑1 (MQ=60)
CGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGG < SRR4302542.6909807/94‑1 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGT < SRR4302542.7256137/94‑1 (MQ=60)
GGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGT > SRR4302542.485361/1‑94 (MQ=60)
GGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTG < SRR4302542.94204/94‑1 (MQ=60)
GGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGA > SRR4302542.3530320/1‑94 (MQ=60)
GTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAG > SRR4302542.7007098/1‑94 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGG > SRR4302542.7460575/1‑94 (MQ=60)
TGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGG > SRR4302542.7460574/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302542.5624793/1‑94 (MQ=60)
GGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGG > SRR4302542.192611/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTA > SRR4302542.7412834/1‑94 (MQ=60)
ATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGA > SRR4302542.5252101/1‑94 (MQ=60)
AATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAT > SRR4302542.5940364/1‑94 (MQ=60)
TTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTT > SRR4302542.207612/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302542.5253212/1‑94 (MQ=60)
AATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATAAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGC > SRR4302542.2779122/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302542.1773799/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302542.1435325/1‑94 (MQ=60)
ATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCA > SRR4302542.2071648/1‑94 (MQ=60)
CTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACC > SRR4302542.2858534/1‑94 (MQ=60)
TGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCG > SRR4302542.6837721/1‑94 (MQ=60)
CTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATG > SRR4302542.4445894/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302542.4398240/1‑94 (MQ=60)
AGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTG > SRR4302542.1296218/1‑94 (MQ=60)
GCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGG > SRR4302542.6753040/1‑94 (MQ=60)
CCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGC > SRR4302542.4320956/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.1384031/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.1863127/1‑94 (MQ=60)
GTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCT > SRR4302542.649543/1‑94 (MQ=60)
TGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG > SRR4302542.6123308/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑T > SRR4302542.2036871/1‑94 (MQ=60)
GTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑T > SRR4302542.5857821/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TT > SRR4302542.2217555/1‑94 (MQ=60)
TACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TT > SRR4302542.6897219/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTC > SRR4302542.950384/1‑94 (MQ=60)
ACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAGGGGAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTT > SRR4302542.1784102/1‑94 (MQ=60)
CCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCC > SRR4302542.1999351/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTTCCC > SRR4302542.239442/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCC > SRR4302542.985963/1‑94 (MQ=60)
CTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCC > SRR4302542.2409911/1‑94 (MQ=60)
TGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGT‑TTCCCC > SRR4302542.6505479/1‑94 (MQ=60)
GTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTTCCCC > SRR4302542.1334795/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCA > SRR4302542.7109472/1‑94 (MQ=60)
TCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCA > SRR4302542.2094696/1‑94 (MQ=60)
CATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCCC > SRR4302542.4188897/1‑94 (MQ=60)
ATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACC > SRR4302542.6133684/1‑94 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCccccccc > SRR4302542.4046582/1‑87 (MQ=60)
TAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCT > SRR4302542.7232275/1‑94 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccc > SRR4302542.2580385/1‑82 (MQ=60)
AACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCccccccca > SRR4302542.4189079/1‑86 (MQ=60)
ACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccc > SRR4302542.2845226/1‑81 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccca > SRR4302542.80073/1‑80 (MQ=60)
CATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAAC > SRR4302542.1010696/1‑94 (MQ=60)
ATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccaac > SRR4302542.1742264/1‑79 (MQ=60)
GCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTttccccccccccccccccc > SRR4302542.2782305/1‑75 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCcccccccccccccccc > SRR4302542.5266719/1‑78 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCccccccaccccctc > SRR4302542.7105440/1‑80 (MQ=60)
CACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTC > SRR4302542.1108744/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccaccccccccccc > SRR4302542.5243047/1‑70 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑A > SRR4302542.3756415/1‑94 (MQ=60)
GTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑A > SRR4302542.4576336/1‑94 (MQ=60)
TTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AA > SRR4302542.877946/1‑94 (MQ=60)
tctccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccaacccctcccccaaca > SRR4302542.3242602/11‑66 (MQ=60)
atccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccccccccccccccccacca > SRR4302542.2554844/10‑65 (MQ=60)
tccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtcccccccccccacccccccccccaaacgg > SRR4302542.2829258/9‑64 (MQ=60)
tccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑CAACGGG > SRR4302542.741312/9‑94 (MQ=60)
tccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGGAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCCCCCCCCAAAACGG > SRR4302542.5919666/9‑94 (MQ=60)
ccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCcccccccccaccccccccccaaaccgg > SRR4302542.6646186/8‑67 (MQ=60)
ccctctcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AAACGGGG > SRR4302542.2128322/8‑94 (MQ=60)
CCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccccccccccccccccacacggg > SRR4302542.264650/1‑62 (MQ=60)
TCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCccccccccaccctctcccccaaccgggggg > SRR4302542.5526073/1‑64 (MQ=60)
TCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AAACGGGGCGA > SRR4302542.2112308/1‑94 (MQ=60)
tcCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTtccccccccccccacccccccccccaccgggggggg > SRR4302542.6460269/3‑58 (MQ=60)
C‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCCCCCCCCAACCCTCTCCCC‑CAACGGGGCGAGGG > SRR4302542.4410260/1‑94 (MQ=60)
CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AAACGGGGCGAGGGGA > SRR4302542.7518788/1‑94 (MQ=60)
|
CGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑CCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCC‑AAACGGGGCGAGGGGA > NC_000913/3237161‑3237340
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
