Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,278,453 |
T→C |
L38L (TTG→CTG) |
agaW → |
PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,278,453 | 0 | T | C | 85.0%
| 741.2
/ 119.1
| 319 | L38L (TTG→CTG) | agaW | PTS system N‑acetylgalactosameine‑specific IIC component 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/19); new base C (153/118); total (182/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG > NC_000913/3278361‑3278544
|
cATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTgg > 2:3122927/1‑93 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGt < 1:4943558/93‑1 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGt < 1:9244/93‑1 (MQ=255)
tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 2:2714076/1‑93 (MQ=255)
tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 1:5435855/1‑93 (MQ=255)
tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 1:6560871/1‑93 (MQ=255)
tttGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTc > 2:1091924/1‑93 (MQ=255)
gCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCggg < 2:5242304/93‑1 (MQ=255)
tGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTgg > 1:3721799/1‑93 (MQ=255)
ggCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTa > 2:1226357/1‑93 (MQ=255)
gCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTAc > 2:6799581/1‑93 (MQ=255)
cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACt < 2:3937012/93‑1 (MQ=255)
cATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACt < 2:1901941/93‑1 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg < 2:5308124/93‑1 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTg < 1:3308825/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg < 1:7138253/93‑1 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTgg > 1:7056674/1‑93 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGc > 1:4589765/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 1:2645214/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 1:6423296/1‑93 (MQ=255)
ccTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATc > 1:5374041/1‑93 (MQ=255)
cTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCt < 2:1459398/93‑1 (MQ=255)
tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg > 1:1065669/1‑93 (MQ=255)
tttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTg > 1:1572008/1‑93 (MQ=255)
ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGc < 2:7522795/93‑1 (MQ=255)
tATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCa > 2:492219/1‑93 (MQ=255)
tATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCa < 2:2057416/93‑1 (MQ=255)
aTCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCAt > 1:13980/1‑93 (MQ=255)
tCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATa > 2:4752110/1‑93 (MQ=255)
tCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATa < 1:2739369/93‑1 (MQ=255)
tCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCATCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATa < 1:1479368/93‑1 (MQ=255)
gCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGaa > 1:1802463/1‑93 (MQ=255)
cTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAtt > 2:2394100/1‑93 (MQ=255)
tGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAttt > 1:4299888/1‑93 (MQ=255)
tGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAAttt < 1:3122693/93‑1 (MQ=255)
gATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTa > 2:5771633/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTaa > 1:3420154/1‑93 (MQ=255)
atatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTaa > 1:2821380/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAc > 2:537987/1‑93 (MQ=255)
tatGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAc < 2:4974189/93‑1 (MQ=255)
atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc < 2:2314812/93‑1 (MQ=255)
atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc < 1:6010841/93‑1 (MQ=255)
atGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAcc < 2:5412218/93‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcg < 1:4103666/93‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcg > 2:1774375/1‑93 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcg > 1:3876535/1‑93 (MQ=255)
gTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcgg > 1:2486009/1‑93 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc < 1:5676583/93‑1 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc < 2:709498/93‑1 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc < 2:6989934/93‑1 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc > 2:786858/1‑93 (MQ=255)
tttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggc < 1:1653817/93‑1 (MQ=255)
ttAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcg < 2:4290782/93‑1 (MQ=255)
tAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACcggcgg < 2:1710085/93‑1 (MQ=255)
aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGt > 1:201507/1‑93 (MQ=255)
aaCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGt < 1:2437877/93‑1 (MQ=255)
aCGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTa < 2:5609384/93‑1 (MQ=255)
cGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTAc < 1:5110951/93‑1 (MQ=255)
cGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTAc < 1:4536749/93‑1 (MQ=255)
ggCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACg > 1:5640686/1‑93 (MQ=255)
gCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGc > 2:4729112/1‑93 (MQ=255)
ccTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCt > 1:2568953/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 2:4534785/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg > 1:886171/1‑93 (MQ=255)
cTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTg < 1:6232042/93‑1 (MQ=255)
tAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTgg > 2:3267077/1‑93 (MQ=255)
tAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTgg < 2:831762/93‑1 (MQ=255)
tAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTgg > 1:1147987/1‑93 (MQ=255)
tAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTgg > 1:3522139/1‑93 (MQ=255)
aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa < 2:5120552/93‑1 (MQ=255)
aCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGaa > 1:3611790/1‑93 (MQ=255)
cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAc > 1:742238/1‑93 (MQ=255)
cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAc < 2:1666854/93‑1 (MQ=255)
gCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGtgtg < 2:2519714/93‑1 (MQ=255)
ccGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAt > 1:818570/1‑93 (MQ=255)
cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATg < 2:3446320/93‑1 (MQ=255)
cGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATg < 1:4232537/93‑1 (MQ=255)
gCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATgg < 1:6788343/93‑1 (MQ=255)
ggtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCt > 2:6508869/1‑93 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg < 1:1438893/93‑1 (MQ=255)
gtggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTg > 2:6317700/1‑93 (MQ=255)
ggtCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGc < 1:2952342/93‑1 (MQ=255)
tCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGccc > 2:6767369/1‑93 (MQ=255)
ccTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGcccc > 2:7324896/1‑93 (MQ=255)
ccTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGcccc < 2:3279825/93‑1 (MQ=255)
cTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCg > 2:4188192/1‑93 (MQ=255)
cTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCg > 2:2960890/1‑93 (MQ=255)
tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc > 1:4569397/1‑93 (MQ=255)
tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc > 1:4396307/1‑93 (MQ=255)
tCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGc > 2:2601657/1‑93 (MQ=255)
cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt < 1:633621/93‑1 (MQ=255)
cGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCt < 1:7175535/93‑1 (MQ=255)
ggCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTg < 2:6010185/93‑1 (MQ=255)
gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgg > 1:3322423/1‑93 (MQ=255)
gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgg > 2:4065487/1‑93 (MQ=255)
gCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgg > 2:3749490/1‑93 (MQ=255)
cccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggc > 1:1688205/1‑93 (MQ=255)
ccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTgggg > 1:7287762/1‑91 (MQ=255)
ccGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggcg > 2:2861829/1‑93 (MQ=255)
gTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTggcggg < 2:6242529/93‑1 (MQ=255)
|
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG > NC_000913/3278361‑3278544
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGC > NC_000913/3278361‑3278545
|
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTT < SRR4302542.3659712/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT < SRR4302542.1618296/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT < SRR4302542.1176536/94‑1 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302542.1901240/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302542.7542529/1‑94 (MQ=60)
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCT > SRR4302542.475239/1‑94 (MQ=60)
GGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTG < SRR4302542.7478931/94‑1 (MQ=60)
GCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGG < SRR4302542.972144/94‑1 (MQ=60)
CATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGT > SRR4302542.914064/1‑94 (MQ=60)
CATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGT > SRR4302542.3791808/1‑94 (MQ=60)
CATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGT < SRR4302542.6265217/94‑1 (MQ=60)
ATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTC < SRR4302542.4991592/94‑1 (MQ=60)
ATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTC > SRR4302542.5488666/1‑94 (MQ=60)
ATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTC > SRR4302542.4615392/1‑94 (MQ=60)
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ATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTC < SRR4302542.1812579/94‑1 (MQ=60)
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TTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCG < SRR4302542.4188090/94‑1 (MQ=60)
CGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGTCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCT > SRR4302542.5379959/1‑94 (MQ=60)
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GTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTG > SRR4302542.2551985/1‑94 (MQ=60)
TTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGG > SRR4302542.3758622/1‑94 (MQ=60)
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TGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGT > SRR4302542.4330369/1‑94 (MQ=60)
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GGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTA < SRR4302542.1786581/94‑1 (MQ=60)
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TCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATAC < SRR4302542.4515395/94‑1 (MQ=60)
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TGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGA > SRR4302542.4438325/1‑94 (MQ=60)
GGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAA > SRR4302542.1818090/1‑94 (MQ=60)
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CTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTT > SRR4302542.5904288/1‑94 (MQ=60)
CTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTT > SRR4302542.1507851/1‑94 (MQ=60)
CTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTT > SRR4302542.4798249/1‑94 (MQ=60)
CTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTT > SRR4302542.4342170/1‑94 (MQ=60)
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GATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAA > SRR4302542.2848513/1‑94 (MQ=60)
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ATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAAC > SRR4302542.107642/1‑94 (MQ=60)
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TATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACC < SRR4302542.1832739/94‑1 (MQ=60)
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AACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTA < SRR4302542.2461595/94‑1 (MQ=60)
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CCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTG > SRR4302542.2043415/1‑94 (MQ=60)
CCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTG < SRR4302542.546882/94‑1 (MQ=60)
CTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGG < SRR4302542.3168440/94‑1 (MQ=60)
CTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGG > SRR4302542.1157820/1‑94 (MQ=60)
CTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGG > SRR4302542.3555056/1‑94 (MQ=60)
CTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGG < SRR4302542.6293398/94‑1 (MQ=60)
AACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAA > SRR4302542.3645448/1‑94 (MQ=60)
AACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAA < SRR4302542.5699079/94‑1 (MQ=60)
ACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAC > SRR4302542.748675/1‑94 (MQ=60)
ACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAAC < SRR4302542.6698769/94‑1 (MQ=60)
CCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACT > SRR4302542.7515561/1‑94 (MQ=60)
CCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACT < SRR4302542.2847317/94‑1 (MQ=60)
CCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTG > SRR4302542.5641427/1‑94 (MQ=60)
CCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTG > SRR4302542.6787559/1‑94 (MQ=60)
CCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTG > SRR4302542.4626468/1‑94 (MQ=60)
CCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTG > SRR4302542.3733113/1‑94 (MQ=60)
ATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGT > SRR4302542.5291613/1‑94 (MQ=60)
ATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGT > SRR4302542.7216539/1‑94 (MQ=60)
TGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTG < SRR4302542.780342/94‑1 (MQ=60)
CACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGA > SRR4302542.4334879/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATTCCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGTAACTGGTGTGGAT < SRR4302542.7181428/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAT > SRR4302542.2645948/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAT > SRR4302542.825645/1‑94 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAT < SRR4302542.4533355/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAT < SRR4302542.6546002/94‑1 (MQ=60)
ACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGAT > SRR4302542.6443818/1‑94 (MQ=60)
CCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATG < SRR4302542.2633208/94‑1 (MQ=60)
CGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGG < SRR4302542.4274219/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG < SRR4302542.6855109/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG < SRR4302542.1109823/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG < SRR4302542.3081452/94‑1 (MQ=60)
GCCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGG > SRR4302542.3916729/1‑94 (MQ=60)
CCCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGG > SRR4302542.1515081/1‑94 (MQ=60)
CCGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGC > SRR4302542.3499966/1‑94 (MQ=60)
CGGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCT > SRR4302542.1461460/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTG > SRR4302542.4192965/1‑94 (MQ=60)
GGTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTG > SRR4302542.7095637/1‑94 (MQ=60)
GTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGG < SRR4302542.1451323/94‑1 (MQ=60)
GTGGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGGTGG > SRR4302542.6493613/1‑94 (MQ=60)
GGTCCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCC < SRR4302542.2980603/94‑1 (MQ=60)
TCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCC < SRR4302542.6144705/94‑1 (MQ=60)
CCTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCG > SRR4302542.3367234/1‑94 (MQ=60)
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CTCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGC > SRR4302542.4614126/1‑94 (MQ=60)
TCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCT < SRR4302542.7095299/94‑1 (MQ=60)
TCGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCGCT > SRR4302542.3463616/1‑94 (MQ=60)
CGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTG < SRR4302542.3344426/94‑1 (MQ=60)
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CGGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTG < SRR4302542.7245928/94‑1 (MQ=60)
GGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCccttg > SRR4302542.5275339/1‑89 (MQ=60)
GGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGG > SRR4302542.7297500/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGG > SRR4302542.3353714/1‑94 (MQ=60)
GGCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGG > SRR4302542.1669792/1‑94 (MQ=60)
GCCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGC > SRR4302542.1702818/1‑94 (MQ=60)
CCCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGGG > SRR4302542.7359207/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGGCCCGCTGGCGG > SRR4302542.448216/1‑94 (MQ=60)
CCGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGG < SRR4302542.301083/94‑1 (MQ=60)
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CGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG < SRR4302542.4577886/94‑1 (MQ=60)
CGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG > SRR4302542.5732703/1‑94 (MQ=60)
CGCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGG > SRR4302542.5949736/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGG > SRR4302542.7011290/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGG > SRR4302542.5748337/1‑94 (MQ=60)
GCTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGC < SRR4302542.1177681/94‑1 (MQ=60)
|
AGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTGTGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGC > NC_000913/3278361‑3278545
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
