Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
1061 |
294.1 |
15065038 |
98.6% |
14854127 |
93.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,413,723 |
T→C |
F352L (TTC→CTC) |
acrF → |
AcrF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,413,723 | 0 | T | C | 81.2%
| 642.9
/ 153.4
| 309 | F352L (TTC→CTC) | acrF | AcrF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/25); new base C (142/109); total (175/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
GAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCC > NC_000913/3413632‑3413812
|
gAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGtt < 2:7031671/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTcc > 2:3595008/1‑93 (MQ=255)
aGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTcc < 2:5606884/93‑1 (MQ=255)
aGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTcc < 2:6235975/93‑1 (MQ=255)
gNTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCtn < 2:5395358/93‑2 (MQ=255)
ttCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTgg < 2:7240622/93‑1 (MQ=255)
ttCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTgg > 1:3793390/1‑93 (MQ=255)
tctcTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGt < 2:2359724/93‑1 (MQ=255)
ctctACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTg > 1:4690941/1‑93 (MQ=255)
tctACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGa < 2:4493972/93‑1 (MQ=255)
ctACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGAt < 1:6189032/93‑1 (MQ=255)
tACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATg > 2:4743603/1‑93 (MQ=255)
aCCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGt > 1:6989717/1‑93 (MQ=255)
aCCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGt < 1:2712299/93‑1 (MQ=255)
aCCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGt > 1:1712163/1‑93 (MQ=255)
cccTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTa > 2:5490661/1‑93 (MQ=255)
cccTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTa < 1:6342779/93‑1 (MQ=255)
cccTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTa < 2:1938162/93‑1 (MQ=255)
ccTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTAt > 2:6518730/1‑93 (MQ=255)
ttATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCt < 1:1874315/93‑1 (MQ=255)
tATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTg < 2:3230832/93‑1 (MQ=255)
aTGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGt < 2:32903/93‑1 (MQ=255)
tGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGtt > 1:6389500/1‑93 (MQ=255)
tGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGtt > 1:6814585/1‑93 (MQ=255)
acacCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCt < 2:1309847/93‑1 (MQ=255)
accacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTg > 2:4069414/1‑93 (MQ=255)
ccacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGc > 1:3252854/1‑93 (MQ=255)
ccacGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGc > 2:2131977/1‑93 (MQ=255)
cGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGa < 1:5520123/93‑1 (MQ=255)
cATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAata > 2:1136785/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAatat > 1:6926617/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAatat < 1:752780/93‑1 (MQ=255)
aTTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAatat < 2:4547090/93‑1 (MQ=255)
aTTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAatat > 1:559271/1‑93 (MQ=255)
aTTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAatat > 1:3607580/1‑93 (MQ=255)
ttCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATg < 1:4298685/93‑1 (MQ=255)
ttCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATg < 2:5997406/93‑1 (MQ=255)
tCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGc > 1:3720205/1‑93 (MQ=255)
tCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGc > 2:3482842/1‑93 (MQ=255)
tCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGc < 1:3326316/93‑1 (MQ=255)
tCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGc < 1:2638409/93‑1 (MQ=255)
gTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGa < 2:3694375/93‑1 (MQ=255)
tCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAg > 2:4397553/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAg > 1:3936468/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAg > 2:5183080/1‑93 (MQ=255)
tCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAg < 1:4448589/93‑1 (MQ=255)
ccAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGc > 1:1489415/1‑93 (MQ=255)
ccAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGc > 1:2985958/1‑93 (MQ=255)
cAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCa > 2:2837396/1‑93 (MQ=255)
cAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCa > 1:2319334/1‑93 (MQ=255)
cAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCa > 2:1395673/1‑93 (MQ=255)
gCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAAc < 1:548413/93‑1 (MQ=255)
gCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAAc > 1:3129294/1‑93 (MQ=255)
tttCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGc > 1:3508857/1‑93 (MQ=255)
tttCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGc > 2:3179972/1‑93 (MQ=255)
tCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTg > 2:6809356/1‑93 (MQ=255)
tCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTg > 1:672801/1‑93 (MQ=255)
tCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTg > 2:1643782/1‑93 (MQ=255)
tATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGaa > 2:3463020/1‑92 (MQ=255)
tATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGAt > 2:923855/1‑93 (MQ=255)
tATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGAt > 2:301077/1‑93 (MQ=255)
tATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGAt < 2:6944699/93‑1 (MQ=255)
ttCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATcc > 1:4219926/1‑93 (MQ=255)
tCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATccc < 2:4214121/93‑1 (MQ=255)
gAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCccacc > 1:5648478/1‑93 (MQ=255)
gAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCccacc > 1:35251/1‑93 (MQ=255)
aaGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCccacca < 1:1076803/93‑1 (MQ=255)
aaGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCccacca > 1:6099120/1‑93 (MQ=255)
aGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCAt < 1:1242403/93‑1 (MQ=255)
gTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCAtt > 1:2619287/1‑93 (MQ=255)
tGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTg > 2:1711568/1‑93 (MQ=255)
tGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTg > 1:7250679/1‑93 (MQ=255)
ggTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGc < 2:4099242/93‑1 (MQ=255)
ggTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGc < 2:3965879/93‑1 (MQ=255)
ggTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGc > 1:276925/1‑93 (MQ=255)
ggTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGc < 1:5804357/93‑1 (MQ=255)
tAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCgg < 2:7423042/93‑1 (MQ=255)
tAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCgg > 2:594858/1‑93 (MQ=255)
aaCGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTAcc < 1:4625972/93‑1 (MQ=255)
gCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCgt < 2:2529232/93‑1 (MQ=255)
tGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCgtgg > 1:2154152/1‑93 (MQ=255)
gTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCgtggt < 1:2813293/93‑1 (MQ=255)
ttCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCgtggtg > 2:5237172/1‑93 (MQ=255)
cGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGtgtt < 1:4498034/93‑1 (MQ=255)
aaGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGtgttgt > 1:4085239/1‑93 (MQ=255)
aGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTgttgtt > 2:6580313/1‑93 (MQ=255)
gCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTa < 2:1821785/93‑1 (MQ=255)
gCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTa < 2:58462/93‑1 (MQ=255)
gCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTa < 2:4634608/93‑1 (MQ=255)
ccATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAg > 1:526203/1‑93 (MQ=255)
ccATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAg < 1:3984330/93‑1 (MQ=255)
aTTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAggg > 1:1346987/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGa > 1:4950315/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGa > 2:6152305/1‑93 (MQ=255)
ttATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGa < 2:6293469/93‑1 (MQ=255)
ttATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGa > 1:5027215/1‑93 (MQ=255)
tGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGt < 1:906329/93‑1 (MQ=255)
gCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGtt < 2:1066548/93‑1 (MQ=255)
cTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGttt > 2:5353448/1‑93 (MQ=255)
gtgcTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGcc > 2:78852/1‑93 (MQ=255)
|
GAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCC > NC_000913/3413632‑3413812
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCC > NC_000913/3413631‑3413816
|
TGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCT < SRR4302542.5441068/94‑1 (MQ=60)
GAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTC < SRR4302542.1217217/94‑1 (MQ=60)
AAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCC < SRR4302542.931774/94‑1 (MQ=60)
AAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCC > SRR4302542.5625543/1‑94 (MQ=60)
AGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCT < SRR4302542.4013797/94‑1 (MQ=60)
GTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGG > SRR4302542.2828895/1‑94 (MQ=60)
GTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGG > SRR4302542.3830946/1‑94 (MQ=60)
GTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGG > SRR4302542.3566072/1‑94 (MQ=60)
TTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGT < SRR4302542.2692330/94‑1 (MQ=60)
TCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTG > SRR4302542.4736747/1‑94 (MQ=60)
TCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGAT < SRR4302542.4736603/94‑1 (MQ=60)
CTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATG < SRR4302542.6249187/94‑1 (MQ=60)
CTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATG < SRR4302542.2315050/94‑1 (MQ=60)
CTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATG < SRR4302542.5062644/94‑1 (MQ=60)
CTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATG > SRR4302542.4530318/1‑94 (MQ=60)
TACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGT > SRR4302542.7058376/1‑94 (MQ=60)
TACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGT > SRR4302542.1727037/1‑94 (MQ=60)
TACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGT > SRR4302542.1187291/1‑94 (MQ=60)
ACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTA < SRR4302542.4194471/94‑1 (MQ=60)
ACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTA < SRR4302542.2738460/94‑1 (MQ=60)
ACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTA > SRR4302542.4643971/1‑94 (MQ=60)
ACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTA < SRR4302542.900643/94‑1 (MQ=60)
CCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTAT > SRR4302542.3700340/1‑94 (MQ=60)
CCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTAT > SRR4302542.4242461/1‑94 (MQ=60)
CCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTAT < SRR4302542.6405269/94‑1 (MQ=60)
CCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATC > SRR4302542.2662428/1‑94 (MQ=60)
TTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTG < SRR4302542.1890530/94‑1 (MQ=60)
TTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTG > SRR4302542.6855925/1‑94 (MQ=60)
TATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGT > SRR4302542.1812210/1‑94 (MQ=60)
ATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTT > SRR4302542.6881580/1‑94 (MQ=60)
ATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTT > SRR4302542.6452446/1‑94 (MQ=60)
ATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCCGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTT < SRR4302542.832641/94‑1 (MQ=60)
GACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCT < SRR4302542.1257285/94‑1 (MQ=60)
GACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCT < SRR4302542.2404017/94‑1 (MQ=60)
ACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTT < SRR4302542.1455944/94‑1 (MQ=60)
ACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTT < SRR4302542.3325972/94‑1 (MQ=60)
CACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTG > SRR4302542.6194111/1‑94 (MQ=60)
CACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTG < SRR4302542.2539764/94‑1 (MQ=60)
ACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGC > SRR4302542.3283576/1‑94 (MQ=60)
CACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAG > SRR4302542.5355843/1‑94 (MQ=60)
CGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAA > SRR4302542.292995/1‑94 (MQ=60)
CGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAA < SRR4302542.5573772/94‑1 (MQ=60)
GCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAAT < SRR4302542.4317594/94‑1 (MQ=60)
GCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAAT < SRR4302542.7203297/94‑1 (MQ=60)
CCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATA > SRR4302542.7405554/1‑94 (MQ=60)
CCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATA > SRR4302542.3413740/1‑94 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT > SRR4302542.6994626/1‑94 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT > SRR4302542.2142003/1‑94 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT < SRR4302542.6782180/94‑1 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT < SRR4302542.3793703/94‑1 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT > SRR4302542.3641195/1‑94 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT > SRR4302542.7266170/1‑94 (MQ=60)
CATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATAT > SRR4302542.564088/1‑94 (MQ=60)
ATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATG < SRR4302542.703955/94‑1 (MQ=60)
ATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATG < SRR4302542.759293/94‑1 (MQ=60)
ATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATG < SRR4302542.7290195/94‑1 (MQ=60)
TTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGC < SRR4302542.4340958/94‑1 (MQ=60)
TTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGC > SRR4302542.3757012/1‑94 (MQ=60)
TCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGTTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCG < SRR4302542.6277858/94‑1 (MQ=60)
TCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCG < SRR4302542.2663892/94‑1 (MQ=60)
TCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCG < SRR4302542.3357634/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAG < SRR4302542.4412309/94‑1 (MQ=60)
GTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAG > SRR4302542.5655941/1‑94 (MQ=60)
GTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAG > SRR4302542.3975308/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGC > SRR4302542.1502296/1‑94 (MQ=60)
TCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGC < SRR4302542.4492224/94‑1 (MQ=60)
TCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGC > SRR4302542.3014544/1‑94 (MQ=60)
CCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCA > SRR4302542.2339223/1‑94 (MQ=60)
CCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCA < SRR4302542.3867663/94‑1 (MQ=60)
CAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAA > SRR4302542.2189401/1‑94 (MQ=60)
CAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAA < SRR4302542.4037796/94‑1 (MQ=60)
AGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAAC > SRR4302542.1158608/1‑94 (MQ=60)
AGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAAC > SRR4302542.3159049/1‑94 (MQ=60)
GCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACG < SRR4302542.553147/94‑1 (MQ=60)
GCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACG > SRR4302542.3634642/1‑94 (MQ=60)
CTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGC > SRR4302542.3541668/1‑94 (MQ=60)
CTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGC > SRR4302542.3541673/1‑94 (MQ=60)
CTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGC > SRR4302542.1899672/1‑94 (MQ=60)
TTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCT > SRR4302542.5197795/1‑94 (MQ=60)
TTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTG > SRR4302542.678606/1‑94 (MQ=60)
TTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTCCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTG < SRR4302542.1304602/94‑1 (MQ=60)
TCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGA < SRR4302542.3329627/94‑1 (MQ=60)
CTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGAT > SRR4302542.2651044/1‑94 (MQ=60)
TATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATC < SRR4302542.2819081/94‑1 (MQ=60)
ATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCC > SRR4302542.4435566/1‑94 (MQ=60)
ATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCC > SRR4302542.4261512/1‑94 (MQ=60)
CACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCA > SRR4302542.286937/1‑94 (MQ=60)
CACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCA > SRR4302542.7582994/1‑94 (MQ=60)
CGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACC > SRR4302542.35565/1‑94 (MQ=60)
CGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACC > SRR4302542.5703327/1‑94 (MQ=60)
CGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACC < SRR4302542.2776156/94‑1 (MQ=60)
GAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCA > SRR4302542.6158147/1‑94 (MQ=60)
GAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCA > SRR4302542.2733153/1‑94 (MQ=60)
AAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCAT < SRR4302542.1086056/94‑1 (MQ=60)
AAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCAT < SRR4302542.1825239/94‑1 (MQ=60)
AGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATT > SRR4302542.3937545/1‑94 (MQ=60)
AGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATT > SRR4302542.2644597/1‑94 (MQ=60)
AGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATT > SRR4302542.582944/1‑94 (MQ=60)
AGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATT < SRR4302542.1253079/94‑1 (MQ=60)
GTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTG > SRR4302542.7321771/1‑94 (MQ=60)
TGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGC > SRR4302542.279292/1‑94 (MQ=60)
GGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCG < SRR4302542.5860688/94‑1 (MQ=60)
TAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGT > SRR4302542.5962947/1‑94 (MQ=60)
AAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTA < SRR4302542.6098954/94‑1 (MQ=60)
AAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGCGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTA > SRR4302542.5910925/1‑94 (MQ=60)
AAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTAC > SRR4302542.3659860/1‑94 (MQ=60)
AAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTAC < SRR4302542.6370900/94‑1 (MQ=60)
AAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACC > SRR4302542.4971510/1‑94 (MQ=60)
AACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCC < SRR4302542.4671167/94‑1 (MQ=60)
AACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCC > SRR4302542.1479856/1‑94 (MQ=60)
CGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGT < SRR4302542.3348282/94‑1 (MQ=60)
CTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGG > SRR4302542.2172714/1‑94 (MQ=60)
CTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGG > SRR4302542.3984629/1‑94 (MQ=60)
TGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGT > SRR4302542.5806437/1‑94 (MQ=60)
TTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTG > SRR4302542.4040450/1‑94 (MQ=60)
GTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTG < SRR4302542.3073919/94‑1 (MQ=60)
GTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTG > SRR4302542.6213055/1‑94 (MQ=60)
GTTCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTG < SRR4302542.2840363/94‑1 (MQ=60)
TCGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTT < SRR4302542.5552465/94‑1 (MQ=60)
CGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTG < SRR4302542.2615329/94‑1 (MQ=60)
CGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTG < SRR4302542.4542155/94‑1 (MQ=60)
CGAAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTG > SRR4302542.1725624/1‑94 (MQ=60)
GAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCTAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGT > SRR4302542.4945880/1‑94 (MQ=60)
GAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGT > SRR4302542.4125497/1‑94 (MQ=60)
AAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTT > SRR4302542.3199656/1‑94 (MQ=60)
AAGCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTT > SRR4302542.4610376/1‑94 (MQ=60)
AAGCAATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTT > SRR4302542.7046721/1‑94 (MQ=60)
AGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTA > SRR4302542.5162412/1‑94 (MQ=60)
GCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAG > SRR4302542.6430938/1‑94 (MQ=60)
GCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAG < SRR4302542.4498530/94‑1 (MQ=60)
GCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAG > SRR4302542.530746/1‑94 (MQ=60)
GCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAG < SRR4302542.5563272/94‑1 (MQ=60)
GCCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAG > SRR4302542.6976609/1‑94 (MQ=60)
CCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGG > SRR4302542.3814121/1‑94 (MQ=60)
CCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGG > SRR4302542.697148/1‑94 (MQ=60)
CCATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGG < SRR4302542.4023636/94‑1 (MQ=60)
CATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGG > SRR4302542.4724952/1‑94 (MQ=60)
CATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGG > SRR4302542.1358622/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.4955305/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.4998406/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.6854396/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.4295099/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.5076018/1‑94 (MQ=60)
ATTATGCCGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGA > SRR4302542.1634217/1‑94 (MQ=60)
TTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGAC < SRR4302542.641810/94‑1 (MQ=60)
TTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGAC > SRR4302542.3423255/1‑94 (MQ=60)
TTATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGAC > SRR4302542.6564515/1‑94 (MQ=60)
TATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACG < SRR4302542.4080241/94‑1 (MQ=60)
TATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACG > SRR4302542.5399951/1‑94 (MQ=60)
TATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACG > SRR4302542.3557433/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGT > SRR4302542.3255574/1‑94 (MQ=60)
ATGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGT < SRR4302542.5672223/94‑1 (MQ=60)
TGCTGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTT < SRR4302542.914158/94‑1 (MQ=60)
GCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTT < SRR4302542.5618043/94‑1 (MQ=60)
TGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGC > SRR4302542.3141424/1‑94 (MQ=60)
TGGTGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGC < SRR4302542.274701/94‑1 (MQ=60)
GGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCC > SRR4302542.5040133/1‑94 (MQ=60)
TGCTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCAT < SRR4302542.5343089/94‑1 (MQ=60)
CTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCC < SRR4302542.67900/94‑1 (MQ=60)
|
TGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCC > NC_000913/3413631‑3413816
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
